2095年，魔法不再是一种虚无缥缈的幻想，而是一种已经应用了近一个世纪的科学技术。在例行的新生入学的春天，国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高中”，迎来了一对兄妹。哥哥是什么事都拿得起放得下的“二科生”，而妹妹是对兄长抱有超越血亲感情的“一科生”。伴随着两人的入学，平稳的日常生活开始变得波澜万丈。

2095年，魔法不再是一种虚无缥缈的幻想，而是一种已经应用了近一个世纪的科学技术。在例行的新生入学的春天，国立魔法大学附属第一高中，通称“魔法科高中”，迎来了一对兄妹。哥哥是什么事都拿得起放得下的“二科生”，而妹妹是对兄长抱有超越血亲感情的“一科生”。伴随着两人的入学，平稳的日常生活开始变得波澜万丈。

见泷原市的魔法少女晓美焰为改变好友鹿目圆终将迎接的悲惨命运，使用自己的“时间操作”魔法，反复在相同的时间中作战。某天，一名神秘的少女突然邂逅小焰，她声称“如果想要改变命运，就到神滨市吧。因为此地的魔法少女都将得救”。面对这未曾发生的事态，小焰心中相当动摇，但也从中感觉到拯救小圆的可能性。