序

某天，地底墓地的底部，伴随着一次地震坍方，一位枯瘦如柴的老人从深处步出。这位长者自称是千年前灭亡的古老帝国—黄金之国国王;那曾经繁华的国家，遭到疯狂的魔法师封锁于地底，至今仍不见天日。

“谁能击败那位魔法师，我会将一切赠与给他”，说完这句话的老人随即化作尘埃、随风而逝。一场由冒险者们谱出的迷宫冒险于焉展开。

本篇

主角莱欧斯所领导的队伍(公会)在遭遇炎龙的战斗中原先有把握可以打倒那头巨兽;不过由于先前探索的种种失误下消耗为数相当的粮食，空腹迎击的勇者们遭遇了灭团危机。妹妹法琳为了拯救哥哥而被炎龙吞食，被咽下前使用了传送魔法将自己以外的公会成员送到迷宫外。由于行李、钱财都遗留在迷宫中，又有成员因被其他公会挖角而辞职脱团，使得身无分文的他们整装重返迷宫、拯救未被消化完毕的妹妹这项任务难上加难。因此莱欧斯想到了既经济且有效率的方法：靠着吃迷宫中的魔物自给自足。

“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。”

平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。”

由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。

“它们就在你的身边”——在新科技发展的近未来，社交网络上流传着被称为“全息幽灵”(Hologram Ghost)的真假不明的怪奇现象的传闻。初中一年级学生天之河宙，因为启动了父亲失踪后留下的被称为“生命手环 数码器-V-”(Vital Bracelet Digivice-V-)的神秘设备，开始能看到大家看不见的未知生物——“数码兽”。

从与父亲所托付的顽皮数码兽“伽马兽”相遇的那天开始，宙就被卷入了各种怪奇现象中。盗取人类时间的“缝口男”，或是在夜晚徘徊并掳走人类的“木乃伊男”……全息幽灵，就在大家身边伺机而动。由此开始，便是无人知晓的世界背后的故事。宙、伽马兽和伙伴们一起，踏入了生存着数码兽们的不可思议的世界中。