“这是预言哦。你们五人，终会迎来重大的危机。那时，能够保护大家的人是你”

小时候曾遭到绑架的高中2年级生·堂岛大介，与儿时的好友剀、露、玛丽玛丽、庆作一起，被卷入了不可思议的现象——“涩谷漂流”。

涩谷的中心部跳跃到了300多年以后的“未来”。等在那里的是广袤无边的荒野与森林、散布各处的废墟……以及未来人“revisions”和他们所操纵的巨大机械怪物。

不明原因地遭到怪物蹂躏的涩谷，如同前来拯救它一般而现身的是，与绑架事件中大介的恩人同名且相貌一模一样的少女·米洛。她为大介等人提供了只有他们能够操纵的人形兵器“提线木偶”，并要求他们守护涩谷。

绑架事件的恩人——米洛的预言“守护同伴的命运”，深信着此事活下去的大介，为终将到访的危机以及获得的力量而欢喜。但，5名儿时好友的牵绊由于绑架事件的影响，而变得四分五裂。

孤立的城市。未知的敌人。未确定的过去与命运的预言。少年少女们，为了取回“现在”而与“未来”战斗。一定要回到原本的时代——

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故事讲述在现实世界昏迷17年的舅舅从异世界归来后，外甥敬文听舅舅口述在异世界的回忆。

讲述奥特曼离去之后的故事。英雄不在的时代，出现了继承传说的英雄基因之人。早田进次郎。作为初代奥特曼早田进的儿子，拥有与奥特曼基因带来的特殊力量。他所面对的敌人究竟是宇宙人，还是他自己，亦或是他身体力量的来源？为了成为英雄而诞生的少年，能否成为真正的英雄？

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