在少年支仓孝平(小野大辅 配音)的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。

很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华(神田理江 配音)，娇小害羞的东仪白(峰岸由里香 配音)，沉默冷静的红瀬桐叶(鸣海绘里香 配音)，这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。

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住之江圭太是个中学三年级的高中联考应届考生，他与一对和他没有血缘的双胞胎姐妹亚香与理香一起生活。尽管圭太一开始不喜欢他的二个姐姐积极诱惑他，后来他渐渐地被他的二个姐姐吸引住。而他们的父母亲亦鼓励圭太与亚香和理香其中一个或一起结婚。

而且在进入高中后遇上担任班主任的桐生夕月，初中学妹同时是桐生夕月妹妹的桐生三日月，加上同级学生三国美春，与众人纠缠的关系，令圭太的生活每天都充满刺激。

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《寻找失去的未来》作为一款十八禁恋爱冒险游戏，玩家须与游戏中4名女主角互动以推动剧情发展。玩家在游玩《寻找失去的未来》时将会花费大多数时间观看出现在萤幕上的文字叙述、人物对话以及角色心理等，借由这样的方式除了让故事获得进展外，也可以与游戏角色对话进行交流。玩家可以选择不同选项，并随着游戏的进行而与女主角关系渐趋亲密，甚至最后还有可能发生更加亲密的关系。

玩家于游戏中能够体会到4条主要故事路线。在每次阅读故事发展以及与其他角色对话后，玩家便有机会能够在与角色互动时、从游戏提供的数个选项中挑选其中一项。这时游戏会暂停一会儿以提供玩家依据先前的对话作出决定，玩家在某些关键选项之中的抉择则会影响到游戏朝特定方向展开，并进入各式分支情节中。借由决定于数个选项抉择的方式来让游戏系统判定玩家攻略的故事剧情，同时游戏中所做的决定也会影响这些角色故事后半段呈现不一样的结局。

天文学会所属的秋山奏，与很有才能的副会长佐佐木佳织、文武双全的才女会长支仓爱理、策略家的大小姐华宫凪沙、美国的交换留学生长船?KENNY?英太郎成员的独特个性，共同解决内滨学园的骚乱。

因为放学后在保健室旁的奏，听到校舍内发出震动与怪声，跑去现场后发现，全裸的少女倒在地上。自称叫唯的少女，完全不谈论当时的情况，为何好像知道奏的名字，隔日加入天文学会。

之后天文学会收到了学生会的委托，负责“校内出现幽灵”、“内滨症候群”、“事故多发地区”的事件调查。