“九龙的血统”曾在中国香港引起了一场混乱，英雄“银月”望月次郎成功地终结了那次“圣战”，但却失去了最爱的恋人……然而，换来的宁静却是如此的短暂…… 十年后，当次郎和弟弟小太郎再次回到“特区”时，亡灵们苏醒了。当在圣战中存活下来的“九龙的血统”与中国香港的英雄们再次相会时，人类（RED BLOOD）和吸血鬼（BLACK BLOOD），所有的血将会融在一起…… 赤黑相交的生与死，一个超越一切的吸血鬼故事开始了……

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“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”

很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──

大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而重新建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔，土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，而夜光成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。

但在大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。

土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能可言，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来，将要引领他走向充满曲折的“未来”。