身为贵族的儿子却埋头于研究魔术和炼金术的少年蒙莫朗西，在巴黎的王立骑士养成学校，身边聚集著布列塔尼公爵的妹妹里什蒙等众多的骑士、姬骑士候补，过著慌乱而又充实的每一天。但随著阿赞库尔之战的大败，法兰西与他们的命运彻底改变。巴黎陷落，骑士养成学校也被关闭，失去了一切、成为在逃流亡炼金术师的蒙莫朗西，在逃亡前往的村子里与不可思议的少女贞德相遇了。

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在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中，每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫，白鬼院凛凛蝶（日高里菜 配音）和御狐神双炽（中村悠一 配音）的故事就由此开始。

在妖馆中，还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜（细谷佳正 配音）和他的护卫雪小路野蔷薇（日笠阳子 配音）；不良正太渡狸卍里（江口拓也 配音）和他的护卫夏目残夏（宫野真守 配音）；狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉（杉田智和 配音）和他倒霉的护卫髅髅宫歌留多（花泽香菜 配音）。在和这些同类相处的过程中，凛凛蝶找回了久违的快乐，同时，返祖妖怪们丢失的记忆也逐渐的浮出了水面。

第一章（初章）

白鬼院家的大小姐白鬼院凛凛蝶因为总是不由自主地虚张声势，而使事情变得越来越糟糕。为了改变这种性格，十分懊恼的凛凛蝶决定离开本家，一个人独立生活，之后凛凛蝶搬进了被称作“妖馆”的豪华公寓，遇到了身为其保镖的御狐神双炽，故事因此而展开。

第二章（if）

妖馆的众人不幸地卷入犬神命的百鬼夜行事件中而身故。在23年后，身为返祖妖怪的他们再一次转生、并再次相遇。

“interlude”

插曲。聚焦各登场人物的特色短篇集。全5话。

舞台为第1章。

第三章（在春天觉醒）

第二章的最后，众人通过千年樱将时间胶囊送回过去。第三章（最终章）的时间点回到在第一章挖埋时间胶囊的洞之时，众人挖出由未来（第二章）送来的时间胶囊，因而回避第一章在百鬼夜行中死亡的时间线。在收到另一个自己写的信后，众人也开始有所行动。

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20XX年，日本——

巨额的财政赤字，使日本国债暴跌，日本经济崩毁，财政危机迫在眉睫，在这个时刻，一个名为「Sovereign Wealth Fund」政策金融机构，成功运用政府现有资金，奇迹般是使政府财政恢复正常。

当时日本总理向世界发布日本财政步入稳健发展状态，经济全面复苏的宣言。此番言论引起世界各国政治家的关注。

另一方面，虽然日本经济呈V字反弹，财政收入再度黑字化，但是先前财赤造成的大量社会问题尚待解决，长期经济危机造成的失业问题，失业者生活没有改善，自暴自弃而发生的杀人事件，对于未来的展望也不太乐观，结婚率低导致的少子化问题，人们对社会未来发展十分消极，为逃避现实而失踪和自杀的人数不断增加……

对未来发展感到不安，社会停滞不前的想法在社会普遍存在。

余贺公麿一个普通的都内经济学系大学生，梦想成为一个公务员，过上平凡的生活。幼年时母亲因病离世，父亲失踪的情况下，曾寄居于舅母的家。现在靠着奖学金和打工，一个人过著单身生活。有一天，一个什么的男子出现在他面前，并将借他钱，希望他能利用自己的才能运用那笔金钱。自此公麿的命运改变了……