自西历20XX年，人类从肯尼亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立计算机程序以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)链接的链接实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完全从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。

到了四千多年后，在游戏开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。

另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Realian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲着索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

近未来世界，通过结合大脑和科学的技术革新，人类建立了新的文明。

同时，异形般的存在——“怪异”也追求着发达的人脑，长久以来不断威胁着人们的生活。

为了对抗这群无法被普通兵器伤害的怪异，人类集结了能够发挥特殊超能力的人选，组成“怪异讨伐军”来保护人们的生活。

结人皇在小时候被怪异讨伐军拯救一命，于是自愿加入怪异讨伐军。重兰德尔则是因为优异的脑力被招募至怪异讨伐军。同样操控“念力”的两人透过作为怪异讨伐军战斗，将知晓自己的力量与世界背后隐藏的真相。

玩家将作为操作超常脑力的一员，与伙伴在世界各地战斗。

史雷(木村良平 配音)虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。

成熟冷静的米库里欧(逢坂良太 配音)、善良正义的少女艾利夏(茅野爱衣 配音)、开朗热情的罗洁(小松未可子 配音)、外表成熟个性却略显天真的莱拉(下屋则子 配音)、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜(福圆美里 配音)，一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢?