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二十一世纪初，转基因重组设施遭到恐怖袭击后，特殊病毒开始流出。这个时间后，人类的脑机能开始产生异变，对幽灵妖怪的认识变成可能。人们将这些称为“幻影Phantom”，与脑机能变异的同时，在这件事情发生前后出生的孩子，有能够与此对抗的特殊能力者出现。
弗塞亚学院的高一的一条晴彦就是其中一人，与能够操控五行击败敌人的前辈川神舞、被称作幻影杀手拥有特殊能力的和泉玲奈、对幻影要员的候补生孤独战斗的水无濑小糸一起。以此事件为契机，他们开始了解这个世界的真实……
每集列表
| 话数 | 日文标题 | 中文标题 | 脚本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 第1话 | ファントムの時代 | 幻影时代 | 志茂文彦 | 武本康弘 | 三好一郎 | 秋竹齐一 |
| 第2话 | 迷惑UFOをやっつけろ! | 解决烦人的幽浮！ | 北之原孝将 | 明见裕子 | ||
| 第3话 | 記憶コピペ作戦 | 记忆剪下贴上作战 | 藤田春香 | 池田晶子 | ||
| 第4话 | 模造家族 | 仿制家族 | 石立太一 | 植野千世子 | ||
| 第5话 | 特異能力が使えない！ | 用不了特殊能力！ | 山村卓也 | 门胁未来 | ||
| 第6话 | 久瑠美とぬいぐるみ王国 | 久瑠美与布偶王国 | 山田由香 | 山田尚子 | 小川太一 | 丸木宣明 |
| 第7话 | シュレーディンガーの猫屋敷 | 薛定谔的猫宅 | 吉田玲子 | 河浪荣作 | 濑崎利惠 | |
| 第8话 | 猿温泉を突破せよ！ | 突破猴子温泉！ | 西川昌志 | 北之原孝将 | 明见裕子 | |
| 第9话 | 幕末ファントム異聞 | 幕末幻影异闻 | 志茂文彦 | 石原立也 | 三好一郎 | 角田有希 |
| 第10话 | 小さいルルの大きな夢 | 小露露的大梦想 | 山田由香 | 藤田春香 | 冈村公平 | |
| 第11话 | ちびっ子晴彦くん | 小孩子晴彦 | 吉田玲子 | 石立太一 | 植野千世子 | |
| 第12话 | 母は帰りぬ | 回不来的母亲 | 志茂文彦 | 山村卓也 | 门胁未来 | |
| 第13话 | 永遠のファントム・ワールド | 永远的幻影世界 | 小川太一 | 武本康弘 | 丸木宣明 | |
| 番外篇 | 水玉の奇跡 | 圆点的奇迹 | 山田由香 | 河浪荣作 | 濑崎利惠 | |