故事设定在24世纪。彼时人类在火星上进行地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被称为“水星”(Aqua)。在此星球上有个以过去被称为“水都”的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯(Neo-Venezia)，因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱;而其中有一种驾驶贡多拉穿梭于运河之间、带领观光客游览整座城市的职业，称为领航员(Undine)。

出身于地球(故事中称为“行星Manhome”)的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，在“亚利亚公司”(Aria Company)见习;身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。

在本作品里出现的Undine(本意为水之精灵温蒂妮)指的是专为观光导览的贡多拉操控者。能从事的只有女性，是Aqua的明星职业。

领航员手上是否有戴手套为能力的指标：见习生的手为双手套(Pair)，半熟手为单手套(Single)，能独当一面的老手则无手套(Prima)。这是因为有本事的领航员不必使用过多的力量即可操控贡多拉、手也不大会起水泡，所以也就没有戴手套保护的必要了。

Pair 升级 Single 的测验是操控贡多拉到达称为“希望之丘”的地点，而此为测验内容、其位置与路程皆禁止泄漏;要升格为Prima，虽须通过贡多拉协会特定的考验，但升级并无明确标准，一般是交由各家公司或负责指导的前辈，关于测验的方法或标准完全由主考官决定。Prima 的平均升格年龄为18～20岁，成为 Prima 后便可允许为自己取个通称。

可以自由营业载客的只有无手套，单手套需有负责指导的无手套陪同。渡船(Traghetto)则允许单手套自行营业的，费用上比起Prima 较为便宜，也是由于 Prima 所操控的贡多拉较为安全之故。灯里经常使出“不收取费用，而以朋友的名义乘船”的钻漏洞招数，因为“规则上所禁止的是单手套以下的领航员所控船之营业行为，并非禁止让人一同乘船”，而周遭的人们也会默许。此招的发明者是以消磨时间为目的而想免费乘船的看火人阿晓;动画里的发明者则是小爱，只是后来阿晓也免费乘船。此外，单手套也能以助手的身份搭乘无手套所操控的贡多拉，动画中却有身为双手套的艾里须搭乘雅典娜或晃所操控之贡多拉的场面，小说里同样也有雅典娜的贡多拉让艾里须搭乘的情况。在月刊Undine第3集(18月号)里，艾里须操纵贡多拉，却在有雅典娜搭乘的情况下接受采访，想来也是用这个招数来随机应变。

领航员的制服为统一，夏天为类似水手服的衬衫(亚利亚公司的设计有很大的不同，衬衫的前襟为西服领，只有后领还保留水手服的形式)、贴身衣则为下䙓带有开口的连衣裙，再加上帽子、鞋子、和半指手套，胸口系上领结;冬季服饰方面，从长袖连衣裙的上面、肩膀的地方披着系有领结的短斗蓬(手套的设计也和夏天不同)。每家公司的服饰花样、帽子、领结、鞋子、手套、及连衣裙下䙓的开口位置不尽相同，成为各家公司的特色。另外在袖子和帽子上则带有各家公司的标识。

曾经暗杀过无数政界要人的机密组织“克罗诺斯”前王牌杀手托雷，人称“黑猫”，相传由于背叛组织而被杀。可是，2年后，他竟然再度出现，做起了“赏金猎人”。他与拥有“预知眼”的前国际搜查官史恩搭档，再加上好财如命的变装高手琳斯雷特和纳米生体兵器伊芙，一同寻找库利得，以了结2年前结下的恩怨……

每集列表

舞-乙HiME的舞台是以前地球人类移民的行星エアル，以及当时发生的两大战争(十二王战争与龙王战争)。

某夜，温德布卢姆王国的风华宫被入侵，国王与王妃被杀害，服侍国王的乙HiME也失踪了。

14年后，以徒步穿越沙漠的少女爱莉卡.梦宫，为了找寻从出生就马上分离母亲而到了温德布卢姆王国，并带着母亲的信物“苍天之青玉”来到了世界唯一培养乙HiME的学校加尔德罗贝学园。

入境后，爱莉卡偶然遇见了加尔德罗贝学园的预科生妮娜.王和温德布卢姆王国的公主真白.布兰.杜.温德布卢姆，3人突然遭遇到黑团所操控的奴兽攻击，爱莉卡身上的“苍天之青玉”化解了危机。

爱莉卡想尽办法入学，终于成为加尔德罗贝学园的预科生，但过的生活非常苦，有一名匿名的援助着解决了爱莉卡学费的问题，在那之后她不小心与真白闯入了风华宫的地底，发现了古代的超级兵器“古风琴”，紧接着又被黑团的奴兽袭击，所以真白不得不用“苍天之青玉”与爱莉卡定下契约，后来以苍天之青玉的力量打败了奴兽。

后来爱莉卡潜入真祖所在的灵庙，知道了被藏在华丽的乙HiME历史背面的黑暗，“作为战争兵器分成敌我被迫作战了的“乙HiME”的话扰乱了，更发现被妮娜的养父王.塞鲁哥吸引的心情，而爱莉卡也开始犹豫了，另一方面真白遇到了日邦国年轻的君主鸨羽巧海头忠赖，被指出自己没做到的事，一时放弃了作为女王的责任和义务，但因为想起与爱莉卡的约定，看是爱莉卡先成为最优秀的乙HiME，还是自己先成为让大家幸福的女王。

然而阿尔塔公国与黑团进行着计划，先让罗缪勒斯和莱姆斯双方掀起乙HiME之间的战斗，之后又在新风华宫落成仪式时将风华宫动了手脚，毕业纪念舞斗进行时，黑团的总攻击开始进行，结果温德布卢姆王国和加尔德罗贝学园都落到炎风.戴.阿尔塔的手中，并将静留.维奥拉俘虏，奈月.库鲁卡不得已才逃出温德布卢姆王国，逃跑的爱莉卡被她的好朋友埃尔斯特.霍所持有的奴兽挡下，那时爱莉卡才知道塬来那位匿名援助她的人是塞鲁哥，妮娜的嫉妒之火顿时爆发，和失踪已久的贵石“漆黑之金刚石”有了反应，和阿尔塔定下了契约，妮娜攻击爱莉卡的时候，被埃尔斯特挡下攻击，但埃尔斯特却和她的奴兽一起消失了，爱莉卡无法容许杀了埃尔斯特的妮娜，结果互相憎恨……