故事舞台为苇原町的“创圣学院(創聖学院)”，学院分为两个学部，一为明治时代以来的女校“创圣女学院”学部，俗称“完美(フローレス)”(来是由钻石的净度级别FL(Flawless)，指无瑕，是最高级的净度);二为近年创立的男女校“创圣一般学部”，俗称“细微(スライトリー)”(同是来自钻石的净度级别，指微瑕疵的SI1和SI2(Slightly Included)，比FL低数级)。前者是校风严肃的传统名门学校，后者是自由度高、理念革新的学校，两者几乎相反。而男主角泉户裕理则是属于一般学部，并且是八衢神社宫司泉户裕导的儿子，并有几乎如亲妹妹一样的小鸟游由美奈。

裕理与友人河合亚芽里和要三九郎一起度过升上三年级前的春假，当时学院正进行操场的扩充工程，其间发掘到刻有奇异文字的遗迹，其文字就是裕理家中神社所奉祀的神祇“太转依(太転依(たゆたい))”。但学院鉴定遗迹并无价值而继续工程。数日后开学仪式的当日，裕理被女学院学部如月美冬质疑是阻止扩充工程的人，裕理虽自身知道无关系，但不能辩驳而逃走。裕理认为破坏遗迹恐怕会有灾难发生，遂于深夜潜入学院，进行转换神祇灵魂的仪式，名为“绮久罗美守毘卖(綺久羅美守毘売(きくらみかみのひめ))”、看上去如神一般的纯白灵体立刻出现，并述说约五百年前人类与太转依的共存问题，最后“化成”另一位有狐狸耳和尾的小女孩。之后裕理替其取名为“真白(ましろ)”。

“真白(ましろ)”需要通过睡眠才能回复力量，于是来到八衢神社。

不可思议的少女──花户小鸠有个“想去的地方”，为达到目的，她必须收集许多受伤的心来装满瓶子，在那之前，便需要治愈那些人们的心灵创伤。机缘巧合的情况下，小鸠来到人手不足的幼稚园帮忙，然而那是一间面临废校的幼稚园。于幼稚园打工的青年藤本清和、园长冲浦清花，还有幼稚园的小孩子们和其他人，都受到小鸠的真诚打动，而小鸠的内心也开始逐渐成长。小鸠成功治愈许多受伤的心，但最后又能否拯救到即将废校的幼稚园呢?小鸠最终又能否达到目的?至于引导小鸠的不可思议小狗布娃娃──五百阿藏，其真正身份又到底是……?

在没有黎明的行星上，有一片称为“琥珀之地(Amber Ground)”的大陆。有一班位于首都上的人工太阳照射不到的危险地域执勤国家公务员，国民把他们的“心”托付于重要的“信”中运送出去。这就是被“信蜂”的工作。

少年拉格以“信件”的身份遇上信蜂葛修，两人于旅程中互相扶持克服逆境，逐渐培养出真挚的感情，促使拉格有了要成为信蜂的目标，并借此获得首都晓的通行证以寻找自己的母亲……