突然降临的魔兽将人类逼入灭亡边缘，最终“六英雄”出现并将远古的力量“魔术”传给人类，通过使用魔术和科技结合开发出来的“术式”，人类在这场后来被称为“第一次魔道大战”的战争中逆转胜利。

然而战后，负责管理“术式”的“世界虚空情报统制机构”开始独裁统治，“斑鸠连邦”向“统制机构”竖起反旗并发动“第二次魔道大战”(人类内战)，但结果仍以“统制机构”的胜利告终……内战结束2年后，2199年12月，史上最高悬赏金额最高的通缉犯拉格纳·THE·布拉德艾奇出现在阶层都市“迦具土”，单身向“统制机构”发起挑战。

故事背景

22世纪，出现了来路不明的“黑兽”，“黑兽”的存在已威胁人类的生存，但人类却对黑兽一点办法也没有，最终世界一半的人口皆死于“黑兽”。

就在人类即将灭绝之时，出现了谜样的白色武士以及他带领的五位伙伴出面拯救人类，他们被称为“六英雄”。他们以黑兽的组成物质“魔素”为媒介，创造了万用的“术式”，以流传给人类。

获得新力量的人类在“六英雄”的带领下成功将“黑兽”给消灭。这个战役被称为“第一次魔道大战”，“六英雄”的事迹也被流传至今。

为了不让大战期间制造的【魔导书】被滥用，而建立【虚空情报统治机构】进行管理。

【黑兽】被消灭后在世界的大气留下大量的【魔素】，许多生物都因接触【魔素】过量而变异成凶暴的【魔兽】。人类为了免于【魔素】过量而带来的危害，开始在世界各地建立【阶层都市】以供人类居住。统治机构在各【阶层都市】的最顶层设立支部来进行治安上的管理。时间流逝，统治机构最终成了独裁统治全世界的最大组织。

统治机构世界性的统治下，【术式】被普及化，人类进入了崭新的历史。

统制机构独裁统治世界经过数十年后，以【术式】为主体的世界，因为人与人之间能力巨大的差距，影响至的贫富、阶级等差别。世界各地开始有人累积对统治机构的不满。

以主阶层都市-“斑鸠”组织成“斑鸠联邦”并发动反抗，开始了“第二次魔道大战”(斑鸠内战)。这是人类史上第一次以【术式】来互相攻击而展开的战争。“斑鸠联邦”因首领被歼灭而瓦解，“第二次魔导大战”结束。自这个战役后，统治机构宣示会歼灭所有反抗者。

2199年，出现了一名神秘男子，以一己之力挑战拥有国家级军事力量的统治机构。该男人号称【死神】。

死神有着威力无比的【苍之魔导书】，独自将统治机构的支部给完全破坏。死神后被以最高等级SS通缉为赏金首。

【拉格纳·布莱德艾奇】潜入【第十三阶层都市-迦具土】的情报释出， 各有不同目的的众人聚集于该都市，故事开始。

“我愿意成为你的式神，一直在你身边，永远保护你。”

很久以前，年幼的男孩对着女孩定下约定，在他还不知道“将来”的意义之前──

大战时期，日本帝国陆军为将咒术运用在军事上而重新建立阴阳寮，并派任传说中阴阳师安倍晴明的后裔，土御门家当家的天才阴阳师土御门夜光担任统领，而夜光成功缔造日本咒术界的改革，成为现代咒术之父。

但在大战末期，处于败势的帝国陆军要求夜光实行大规模咒术仪式以挽回局势，但结果仪式失败，不只做为执行者的夜光身亡，还强烈的扰乱首都东京的灵气，使东京百鬼夜行、妖魅纵横。直到了战后阴阳寮改名阴阳厅，负责处理日本各地－主要是东京－发生的灵力灾害，而阴阳师也因而活跃在现代的舞台之上。

土御门春虎是个出生土御门家的少年，虽身为阴阳师名门后代，却毫无阴阳师才能可言，过着一般人的生活。某年夏天，春虎遇见了他的童年玩伴，也是土御门家的下任当家的少女夏目。过去曾允下承诺如今却分道而行的两人，在此刻相见之后，土御门的历史开始转动了起来，将要引领他走向充满曲折的“未来”。