在遥远的未来，人类为了生存，不断地与怪异的生命体“希迪亚斯”(ヒディアーズ)对抗。在一场战斗中，人类银河同盟少尉莱德和他的人形兵器“Chamber”(チェインバー)被吞入不明的时空。当他从人工冬眠中醒过来时，他发现自己连同机体被打捞至一个古旧地方——加尔冈蒂亚之内。更进一步，他发现身处的是早已被人类遗忘的起始之星——地球。如今这个行星被一望无际的海水围绕著，人们只能住在巨大的舰船，靠着打捞古文明遗留在深海中的物品生存。由于缺乏行星历史、文化以至语言方面的知识，他被逼于海中的城市加尔冈蒂亚滞留着，与对其充满兴趣的艾美一同生活……

人类银河同盟(人類銀河同盟)

同盟成员有4亿7000万人。透过讨伐黑迪亚斯，从而维护人类的安定。身体较弱者会被视为劣等者以及淘汰。

拥有军队。军人执行军务的时间达到14万5000小时(约16.5年)便拥有限定市民权、申请在同盟的根据地‧阿瓦隆进行四星期的旅游与滞留资格(拥有自由睡眠、自由饮食以及生殖的自由)。

其起源是在旧文明时代提倡以宇宙船进出宇宙，并因人道争议问题而与EVOLVER(自发进化推进派)进行战争冲突的多国组织“大陆同盟”。

在同盟内，黑迪亚斯的诞生以及与其所发生的战争都被视为机密资料。

由于组织信念的关系，大型战舰均有“人”的象征，且全是载人兵器。

其实在本篇开始前经历了数月和黑迪亚斯战斗的连败，处境极为不利，实际上人口数也不到4亿7000万，有一些成员因为恐惧这没有尽头的战争而脱离同盟，成为“漂流部族”。

黑迪亚斯(ヒディアーズ)

人类基因为基础演变出来的宇宙生命体，与人类银河同盟属于敌对状态。拥有高战斗力，可以在一瞬间摧毁人类银河同盟的舰艇及Machine Calibur。

为了应付复杂的战局而特化出了多种个体，外表类似由三片花瓣组成，可搬运的“中型攻击体”、菱形，可搭载许多攻击形并俱备反舰光束发射器官战力强大的“攻击型母舰”、和具有学习能力，可免疫相同攻击的“进化型母舰”，透过奈米机械模拟碳元素形成坚固的外骨骼的同时可高效率的将电磁波转换成能量，并且可由外部补食机械的能源，虽然不具备虫洞技术，但其战斗力远远凌驾人类银河同盟。

其起源是旧文明时代的EVOLVER(自发进化推进派)。由于冰河期逼近，而使用宇宙船进行移民需时长，人类可能在宇宙船内因衰老而自然死亡，因此主张在人类的基因组上进行调整，使人类自己的身体转变成适合在宇宙的真空环境生存。但因为如此将会使人类失去自我而成为另类生物而使的大陆同盟的人们感到非人道而且是威胁到人类的存在，无视于同盟的多次通牒而持续推广并进行基因改造研究，最终发展成长期的慢性战争。

黑迪亚斯是从鲸鱼乌贼进化演变成的，在宇宙严酷的环境以及长期的战争中演变为躯体与生存力强大的生物，失去了社会、文明以及伦理，成为威胁人类于宇宙发展的生物兵器。

鲸鱼乌贼(クジライカ)

形状类似一只巨大的鱿鱼，是地球最强的海洋生物。加尔冈蒂亚船团的住民视它为神圣的生物。特征与黑迪亚斯相似，由DNA分析证实与黑迪亚斯是同种生物。

不会主动对人类进行攻击，但受到攻击就会狂暴化，而加尔冈蒂亚船团的装备亦不可能与其进行对抗。

人类适应宇宙实验的先行海中适应实验产物，其实验体的后裔、黑迪亚斯的原型，称为 “共生体”(共生体)，由旧文明时代的人类制造，能呼吸海中的氧气，还可承受深海的水压。通过奈米机械“光虫”共生进行营养补给，和光合作用相似，但效率更高。

光虫(ヒカリムシ)

奈米机械所构成拟似生体组织。渡过地球寒冷化后人类能源的来源，组成鲸鱼乌贼的皮膜及触手，在宇宙则是黑迪亚斯的外壳。

公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。

2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。

2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。

回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。

于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。