书道家半田清舟在某书道奖的获奖宴会上狠揍了一位批评了他获得大奖的作品的老者，而这位老者正是书道展示馆的馆长。目睹此事的半田的父亲将他外放到了被大自然环抱的五岛之上，严厉地要求他“找回你自己欠缺了的人类应有的部分”。

在岛上等待着他的，是以天真烂漫的少女(只有七岁的少女)琴石奈留为首的充满了个性的岛民们。在与岛民们日常交流的过程中，半田一边困惑于岛上的乡间风情，一边习惯着岛上特有的生活，也一边寻找到一些他以前从未有过的东西……。

在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。那是世界大战之后不再降雨的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市(封印都市)。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。“恭喜您!您正正好是250万个客人!”对突然出现的机器人进行警戒的男人·“废墟猎人”。以自城市回收贵重物资作为生计的他，正为了生存潜入(封印都市)，被在都市中徘徊的战斗机械的袭击，而误入了这个天文馆。“要来观赏一下天象仪吗。无论何时都不会消失的美丽的无尽的星光……。漫天的星星们正在等着大家呢”在大战的影响之下，连星星都无法再看见的濒临毁灭的这个世界，他究竟在那里看到了什么。一年之中只有7天能够运行的机器人少女，苏醒的那一天正遇上那偶然的到访。奇迹就这样发生了——。

就时间上来讲，故事发生在小说和广播剧CD(见后述)的《耶路撒冷》和《星之人》之间。此外，各平台版本之间的故事和画面之类没有区别。

故事是发生于末日幻想世界，在世界大战的30年后，整个世界遭受了极严重的破坏，一位废墟猎人来到了一座因为战争而被废弃的都市来寻找可用物资，在都市里，他碰到了都市星象馆的招待机器人——星野梦美，故事就此开始……

12年前，在利姆加尔德王国发生的大事件，所有人神秘失踪而留下了一个巨大的谜团。随着时日经过人们已日渐忘却。时光流转，尤依和蕾娜两个没有血缘关系的姐妹在埃纳斯特利亚皇国度过着平稳的日常。某天，一台巨大机体袭击了埃纳斯特利亚。以这一天为分界线，少女的命运被卷入了漩涡当中。