在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。
不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，
沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。
住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。
这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人……？
深渊的分层
深界一层 “阿比斯之渊”（アビスの渊）：0 - 1350米。
深界二层 “诱惑之森”（诱いの森）：1350 - 2600米，底部为监视基地所在的“逆之森”
深界三层 “大断层”（大断层）：2600 - 7000米。
深界四层“巨人之杯”（巨人の杯）： 7000 - 12000 米。
深界五层“亡骸之海”（なきがらの海）：12000 - 13000 米，高度最低、宽度最大的区段，大型地底湖沉积著大量生物残骸。
深界六层“来无回之都”（还らずの都）：13000 - 15500 米。生骸村所在地，“歼灭之莱莎”曾在此发现真身不明、疑似雷古同族的人形生物。
深界七层“最终极之涡”（最果ての涡）：15500 - ????? 米。
深界极点“奈落之底”（奈落の底）：20000 米以下。
深渊的诅咒
自深渊向上返回超过10米高时，探窟家会遭遇因深渊“力场”而对人体（集中在大脑、心脏、脊髓等维持生命的关键部位）造成的作用现象，下潜越深，上升负荷越大，可借由游走力场较弱处或是弹药包来回避。通常来说，离纵穴越远力场越弱。
自深界一层返回 - 轻微的晕眩与呕吐感。
自深界二层返回 - 严重呕吐感、头痛、末端神经麻痹。
自深界三层返回 - 平衡感异常、幻听、幻觉。
自深界四层返回 - 浑身剧烈疼痛、全身孔洞流血。
自深界五层返回 - 丧失所有感觉、意识混乱、自残行为。似乎无法影响人类没有的感觉。
自深界六层返回 - 丧失人性、人体机能，甚至致死。
自深界七层返回 - 绝对死亡。
探窟家的笛
探窟家的笛是通行证，也是身份的证明，一般也常以笛的颜色代指探险者的级别。
持铃生：学生，为了成为探窟家而学习。
赤笛（红色）：见习生，仅能下潜至多550米。
苍笛（蓝色）：可独当一面的探窟家，可以下潜至深界二层。一般要15岁后才能获得。
月笛（紫色）：教师级探窟家。
黑笛（黑色）：大师级探窟家，可以下潜至深界四层。
白笛（白色）：传说级探窟家。其持有的白笛皆为使用遗物“生命回响之石”加工而成，且只有本人可使用，被生骸村的人们称为“梅迪波图特”（人类结晶之乐器，需至少牺牲一名人类）。深界五层“前线基地”内进入深界六层的唯一突破口需要以白笛启动，除此之外还能让身上的所持遗物觉醒，发挥超常力量。
已知的白笛
歼灭卿“歼灭之莱莎”
不动卿“不动如山之奥森”
黎明卿“崭新之波多尔多”
神秘卿“神秘之斯拉乔”
先导卿“天选之瓦库那”
在梵蒂冈内，有一个专门受理全球的“神迹申请”并负责检证其真伪的机关——“圣座(聖徒の座)”，而隶属圣座的神父则会被称作奇迹调查官。
天才科学家平贺·约瑟夫·庚及暗号解读专家罗贝多·尼可拉斯均是圣座的奇迹调查官，他们经常调查在世界各地所发生的神迹。但在调查期间，却逐渐揭露一些被隐藏的事件及阴谋。
看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。这就是我们奇迹调查官的义务——天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯托。两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”——那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件——天才神父组合的事件簿，开幕!
秘密、无法割舍的感情证明就是回忆，而以人类时间为食的恶魔被称为“计”，操纵时间与其对抗的人被称为时间支配者“chronosruler”。
被计夺走“时间”的维克托，与最亲密的伙伴雾，凭借著“时之契”操作时间的能力，来讨伐吞噬人类时间的怪物“计”来夺回过去!
王牌时间支配者维克托和伙伴们找寻当年跟他签订契约的“计”，因此而陷入了巨大的阴谋…
利用“时之契”讨伐吞噬人类时间的怪物“计”的人被称为——“时间支配者”。传说中，只要在月圆之夜跟“计”签订契约就可以让时间倒流回到过去，实际上不过是“计”为了吞噬人类的时间而设下的巨大陷阱……利用人们的后悔意念吞噬人类时间的“计”，使用“时之契”讨伐“计”的“时间支配者”，被夺去时间的少年“王牌”支配者……这是一场追逐时间的战斗。为了找回失去的记忆和时间，主人公维克托和伙伴们踏上了找寻当年跟他签订契约的“计”的旅行。但是，“计”的背后似乎有着更大的阴谋，维克托的『时之契』也好像有着非一般的秘密……