在藤田和日郎绘制《潮与虎》时，故事中出现了机关傀儡，当时他对此进行调查，认为非常有趣且可以写成长篇故事，在《潮与虎》完结后隔年，1997年3月决定朝马戏团的方向发展故事，并在4月到法国取材，5月拟出故事大纲。
《魔偶马戏团》将整个故事设计为一出马戏团表演，不时有旁白报幕，故事涉及到转世，时间跨度超过两百年。
背景
1772年，白银和白金兄弟从故乡中国前往布拉格学习炼金术，借此精进傀儡技术，两人遇见美女法兰西奴且都爱上了她。1782年，在法兰西奴答应与白银结婚后，忌妒的白金绑架法兰西奴。经过9年追查，白银在法国基伯龙发现法兰西奴，她因患病而被当地居民囚禁，白银为了救她而制造出炼金术的终极产物“柔石”，并以柔石造出生命之水，饮下此水者可延缓老化并获得强力的再生能力。然而在他完成时，法兰西奴已被烧死。之后白银四处流浪，曾短暂造访长崎，结识成濑正二郎，教导他医术和傀儡术。
1814年，白金以法兰西奴的形象制造出自动傀儡，并注入生命之水让它活动起来，但他意识到这个傀儡终究不是真正的法兰西奴，因为傀儡并不会笑，他制造了多个自动傀儡（后来的午夜马戏团）来逗法兰西奴傀儡开心，又制造出Zonapha病虫，将其释放到克罗格村，罹患Zonapha病者在发病时若不逗人发笑就会呼吸困难、生不如死，村中农妇露西尔就是受害者之一，只是两种方法都无法逗笑它。1820年，白银造访克罗格村并想解决白金犯下的错，衰老的他只能带着柔石投井自尽，让井水变成生命之水拯救村民，同时让村民成为“白银”，继承自己的记忆和知识，以及消灭自动傀儡的意志。柔石随后被藏在露西尔的女儿安洁莉娜体内。
1842年，成濑正二郎结识旅行至日本的安洁莉娜，两人互有好感并订下终身，之后正二郎喝下生命之水并改名为才贺正二。夫妻收了汀?麦斯特为养子，并将他取名为才贺贞义，正二还遇到了放弃寻找笑容的法兰西奴傀儡。1910年，安洁莉娜生下爱蕾诺。这家人遭到寻找柔石的自动傀儡袭击，安洁莉娜将体内有柔石的爱蕾诺交给法兰西奴傀儡保护，之后战死，法兰西奴傀儡保住了爱蕾诺，但遭生命之水溶解消灭。正二为了保护爱蕾诺，将她送往基伯龙给露西尔抚养。
1982年，正二造访基伯龙，发现爱蕾诺长期遭到洗脑，其后他得知贞义有了一个名为小胜的私生子。贞义的计划是诈死后将遗产留给小胜，并引发兄弟阋墙，消灭黑贺村的傀儡师一族。贞义的真实身份是白金，白金以生命之水将自己的记忆转移到年轻男童脑袋里，并自称汀?麦斯特，他计划再将记忆转移到小胜脑袋里，借此永生不死。然而此计划遭到正二阻止，正二摧毁了记忆资料，并请露西尔派出爱蕾诺保护小胜。
小胜之幕
身穿布偶装的加藤鸣海在街头发送麦秆马戏团的传单时遇见才贺胜，鸣海的Zonapha病发作，在他把小胜逗笑之后得救了。小胜即将继承“亡父”才贺贞义的巨额遗产，他的兄姊十分不满，便派傀儡师暗杀小胜，所幸爱蕾诺即时现身，她击败对手后表示自己会誓死保护小胜。小胜的叔叔才贺善治希望收养他，借此获得遗产，小胜因此被绑架到才贺豪宅。鸣海和爱蕾诺闯入豪宅救他，在激战之后，炸药炸毁了豪宅并引发火灾，鸣海在灾难中保护小胜，之后他不知所终，只留下断掉的左臂。
在序幕结束后，故事分为两个看似独立但互相交织的主线，分别叙述小胜和爱蕾诺加入仲町马戏团，以及鸣海和同伴四处攻打自动傀儡的过程。
马戏团篇
小胜和爱蕾诺试图上学并回归日常生活，他也希望爱蕾诺能做自己喜欢的事，两人一起加入濒临倒闭的仲町马戏团。他们在那里结识同伴，一起进行戏剧演出，让仲町马戏团的表演步入正轨，而在将展开大型演出时，因为遇到飞机失事而取消。小胜认为自己害死了鸣海并对此耿耿于怀，决定查清父亲为何将遗产留给自己。他回到才贺豪宅，发现才贺贞义计划将记忆转移到自己脑中，他还取得贞义留下的悬丝傀儡。小胜随后到了黑贺村，见到祖父才贺正二，得知贞义的计划并读取了白金的记忆。汀?麦斯特（无脸司令）自揭身份，在暗示自己有个为期两年的计划后便离去。小胜则开始特训，准备与他决战。
傀儡篇
失去左臂的鸣海被奇用生命之水救助，成为“白银”，丧失记忆的他被带到法国，并得知了傀儡与白银间的战争。他四处击破自动傀儡，并会见白银的领导者露西尔，表示自己愿意一起对抗自动傀儡及散播Zonapha病的午夜马戏团。鸣海等人踏上寻找柔石之旅，他在途中目睹太多孩童因Zonapha病痛苦不堪，只好戴上面具掩盖自己的感情。众人打探到午夜马戏团的下个目标在中国，在飞机上，鸣海等人遭到袭击，飞机迫降在仲町马戏团的帐篷前，但他与小胜和白银并未相认。鸣海等人抵达四川后，找到鸣海的师父梁剑峰，梁剑峰道出两百多年前的故事。接着鸣海等人追查到撒哈拉沙漠，与午夜马戏团厮杀，但他们最终发现统帅午夜马戏团的法兰西奴傀儡是冒牌货。
本篇
鸣海受到胡氏企业协助，知晓无脸司令的真实身份，并认为身为法兰西奴转世的爱蕾诺知道Zonapha病的治疗方法，他暂且加入仲町马戏团。小胜在黑贺村进行特训，期间结识了几位年龄相仿的朋友，击败了多个无脸司令派出的刺客。
机关傀儡之神
无脸司令在全世界散播Zonapha病，并掳走了爱蕾诺，搭著飞行船来到法国，并预计搭火箭到国际太空站。小胜一路追到法国与无脸司令对战，战败后被无脸司令以转送装置输入记忆，但小胜喝过爱蕾诺的血（生命之水），得以治愈被洗脑的脑细胞。小胜假装被他洗脑并配合演出，随后救下爱蕾诺，并把无脸司令独自送上宇宙。
鸣海到了美国后负责保护能治疗Zonapha病的机器，在胡氏的安排下，他与仲町马戏团部分成员会合。无脸司令宣告自己对这个世界感到失望，并加速散播Zonapha病。为了问出阻止Zonapha病的方法，仲町马戏团护送航天飞机到俄罗斯的发射基地。众人在途中接连击败自动傀儡，而小胜也终于再次与鸣海相遇并与他并肩作战。小胜搭上航天飞机后，在太空站里和无脸司令决战。无脸司令被小胜的信念说服，不再与他为敌并透露Zonapha病的治疗方法，他坦承自己的错误并选择与坠毁的太空站一起灭亡，而小胜平安返回地球。世界回归和平，故事最后是身穿布偶装、长大后的小胜帮助了受难的陌生孩童。
谢幕
在故事结束后，所有角色不分敌我、不分生或死都一起携手登场，满面笑容地向读者谢幕。
《死神》(日语：BLEACH)，是日本漫画家久保带人创作的漫画作品，于《周刊少年Jump》连载，自2001年36·37合并号起至2016年37号结束。改编动画版从2004年10月5日起于东京电视台播放。于2018年7月推出真人电影版。系列漫画的世界发行量达1亿2000万本。2020年3月21日，宣布为庆祝漫画出版二十周年，漫画最终章“千年血战篇”将动画化。
故事剧情
代理死神篇
漫画：第1卷第1话-第8卷第70话/动画：第1集-第20集
在现世，能看见幽灵的黑崎一护与死神朽木露琪亚相会，紧接着一只“虚”攻击了一护的家人，一护和露琪亚一齐投入了消灭虚的战斗中，露琪亚在战斗中受伤而无法行动，她只好把死神的灵力分给一护，让他变成一位死神，但她发现一护的灵力非常强大，并且有着比大多数死神所持都要大的斩魄刀，随后一护消灭了虚。由于一护将露琪亚的能力全吸收走，在这段时间，一护必须接手死神的任务，消灭在空座町一带出没的虚。
尸魂界篇
漫画：第8卷第71话-第21卷第181话/动画：第21集-第63集
尸魂界・潜入篇(漫画：第8卷第71话-第14卷第123话/动画：第21集-第41集)
之后一护持续消灭虚的任务，直到有一天露琪亚因转让死神能力被尸魂界发现，一护与前来现世追捕露琪亚的阿散井恋次决斗并占得上风之时，却被露琪亚的大哥“护廷十三队”六番队队长 朽木白哉一击击倒，露琪亚被强制送返尸魂界，为了救出露琪亚，一护接受 浦原喜助的特训而领悟‘始解’，并和井上织姬、石田雨龙、茶渡泰虎、四枫院夜一一同前往尸魂界。在一行人潜入了瀞灵廷内不久后， 蓝染惣右介遭到杀害，引发瀞灵廷骚动。
尸魂界・救出篇(漫画：第14卷第124话-第21卷第181话/动画：第42集-第63集)
为了救出露琪亚的一护在忏罪宫前遇上了朽木白哉，为了击败白哉，一护随四枫院夜一进行“卍解”的修行。而背负着杀害蓝染队长罪名的日番谷冬狮郎认定市丸银为凶手，与松本乱菊一起追查真相，最后发现主使者是众人认为已故的蓝染惣右介，在蓝染展现出压倒性力量之后，他实现了自己的目的、取得了露琪亚体内的“崩玉”，并与市丸银、东仙要在大虚的反膜保护下跑到“虚圈”。战后满目疮痍的尸魂界逐渐被修复，而一护则回到现世正式开始代理死神工作。
破面篇
漫画：第21卷第182话-第48卷第423话/动画：第110集-第316集
破面・出现篇(漫画：第21卷第182话-第26卷第228话/动画：第110集-第131集)
从尸魂界回到现世的的一护一行人，在过着退治虚的日常生活之中遇到奇妙的转学生平子真子，他隶属于死神踏入虚的领域的假面军势。另一方面，查觉到蓝染的阴谋，一护的父亲一心重新作为死神复出。不久之后，空座町遭到蓝染底下的破面・乌尔奇奥拉袭击，他的战斗能力之高让一护感到惊愕。在这种情况下，尸魂界将露琪亚、恋次、日番谷以及其他人作为对付破面的先遣队送到现世，严密监控来自虚圈的任何异变。但是第6十刃葛力姆乔与其他几个破面再次来袭，即便是解放斩魄刀能力的队长级死神以及卍解状态的一护面对破面却是陷入苦战。对此感到无力的一护为了能控制体内的虚，亲自拜访了假面军势并要求指导进行虚化的修行。此外，日番谷从山本总队长那里得知尸魂界调查了蓝染之前的行动，发现他的另一目的就是制作“王键”，而制作王键所需的10灵哩重灵地正是目前的战场“空座町”，而崩玉的完全觉醒就在冬天，并以此作为与蓝染决战的时间点。就在一护等人在为了应付在冬天的决战而修行之时，蓝染也盯上织姬的能力。
破面・虚圏救出篇(漫画：第26卷第229话-第28卷第251话/动画：第132集-第151集)
当一护等人在为了应付在冬天的决战而修行之时，以第10十刃牙密与取代葛力姆乔成为第6十刃的鲁比为首的十刃突然袭击空座町。日番谷等几名死神前去对付，已经能进行虚化10秒的一护也前去与葛力姆乔对战。这其实是蓝染想带走织姬的诱饵作战，当在尸魂界修行准备回来支援一护等人的织姬被蓝染派去的乌尔奇奥拉在断界拦截，并被胁迫在12小时内选择向一个人告别之后来到虚圈。蓝染将织姫作为“伙伴”，迎接她的到来。葛力姆乔在织姬的能力之下恢复了力量，杀死鲁比并重新成为第6十刃。由于尸魂界判定织姬是背叛者，故不提供帮助，要求恋次与露琪亚等先遣队成员回到尸魂界备战，并派出朽木白哉与更木剑八强制带回先遣队。一护、雨龙、茶渡三人在浦原的帮助下出发前往蓝染所在的虚圈营救织姬。途中与妮露、佩谢、唐多恰卡的破面三人组相遇并一起行动。之后，而获得白哉默认的露琪亚与恋次前往虚圈与一护一行人会合，进入虚夜宫的一护一行人决定分开行动并继续前进。
破面・激斗篇(漫画：第28卷第252话-第32卷第286话/动画：第152集-第167集)
一护一行人分开行动之后，一护、石田、茶渡各自遇到原・十刃对战，一护对上多鲁多尼，雨龙对上缇鲁蒂，茶度则是对上刚腾拜恩，皆获得胜利。露琪亚遇到第9十刃的亚罗尼洛，露琪亚一度在和拥有志波海燕的外表与记忆的亚罗尼洛陷入苦战，最后还是成功打倒亚罗尼洛。一护与乌尔奇奥拉再次对决，即便一护使用虚化的力量，仍然不敌乌尔奇奥拉压倒性的强大力量，更发现乌尔奇奥拉只是第4十刃。恋次对上第8十刃萨尔阿波罗，石田随后加入战局，与恋次联手对抗萨尔阿波罗。葛力姆乔出现在被乌尔奇奥拉击败的一护面前，并且要织姬治愈一护的伤势。恢复的一护与葛力姆乔再次对决，一护使出虚化的力量与归刃之后的葛力姆乔展开激烈的战斗，双方激战的结果是一护终于成功打倒宿敌葛力姆乔。
破面・VS.死神篇(漫画：第33卷第287话-第35卷第315话/动画：第192集-第205集)
多次与破面战斗的一护已经满身疮痍之时，遇到第5十刃诺伊特拉而陷入绝境。此时，更木剑八出来援助一护来对抗诺伊特拉。另一边，涅茧利出现在雨龙与恋次面前对抗萨尔阿波罗，茶渡那边是卯之花烈与虎澈勇音，而露琪亚那边则是朽木白哉对抗第7十刃佐马利。在四位进入虚圈的队长战胜之后，发现蓝染带走织姫的目的就是为了分散灵尸魂界的战力。蓝染将代理死神一行人与尸魂界前来支援的四名队长困在虚圈，被一护救出的织姫突然被十刃的其中一人──史塔克再次虏走。 此外，蓝染带走了持有数字在3以上的十刃的史塔克、拜勒岗、赫丽贝儿以及他们的从属官，进攻位于现世的空座町，而乌尔奇奥拉受到蓝染的命令守护虚夜宫，并且看守着织姬，等待着一护的到来。然而，空座町因为受到山本总队长的命令的浦原制作的转界结柱而被替换成技术开发局制作空座町的复制品。出现在现世的护廷十三队的队长们与蓝染一派在复制的空座町展开了一场全面战斗。
过去篇(漫画：第36卷第-108话-第37卷第-97话/动画：第206集-第212集)
时间追溯到110年前。蓝染当时还是五番队的副队长，成立“假面军势”之前的平子则是担任五番队的队长，而日世里与“假面军势”的其他人也都曾经是护廷十三队的队长以及副队长。浦原喜助则是因为十二番队的前任队长被调任至王属特务的异动，而被任命为队长。尽管当时的副队长日世里反对，但是浦原还是自己决定担任队长的职务，并且建立了技术开发局。在流魂街，发生了一件神秘的“变死事件”。六车拳西率领着九番队前往进行调查，却发现了与之前派去的先遣队的人数同样数量的死霸装。为了查明真相而到现场扎营六车九番队遭到攻击，拳西与副队长久南白的灵压反应消失。赶到现场救援的平子与其他人看到的是发生异变的拳西。
破面・空座决战篇(漫画：第37卷第316话-第39卷第339话/动画：第213集-第229集)
在虚圈的一护与死神一行人展开反击，一护与乌尔奇奥拉的最后决战开始。在现世，护廷十三队与破面展开正面冲突，四名副队长与席官为了保护转界结柱而与第2十刃拜勒岗的四名从属官对战。日番谷与第3十刃赫丽贝儿展开激战。而最后，京乐春水也开始与第1十刃史塔克对战。
破面・灭亡篇(漫画：第39卷第340话-第48卷第423话/动画：第266集-第316集)
在现世，当护廷十三队与破面的战斗持续进行之时，护廷十三队在得到介入其中的假面军势的协助下获得胜利。战胜第4十刃乌尔奇奥拉的一护也抵达现世作战，但蓝染轻易压制了虚化的一护，并重创了护廷十三队与假面军势，此时一护的父亲黑崎一心、浦原喜助、四枫院夜一出现在战场上与蓝染战斗，一护则是跟旁观的市丸银进行对决。与崩玉融合而得到超越死神与虚的力量蓝染重创三人，与市丸银为了进攻被传送至尸魂界的空座町，通过穿界门抵达尸魂界。为了打赢赌上空座町与全世界的命运的决战，一心协助一护进行修行，要求他在断界的三个月之内学会“最后的月牙天冲”。完成修行的一护以失去死神之力为代价发动“最后的月牙天冲”，成功打倒因为得到崩玉之力而完全觉醒的蓝染，蓝染被逮捕并遭监禁两万年。而一护失去了死神之力变回一名普通人。此事件就此划下句点。
代理死神消失篇
漫画：第49卷第424话-第54卷第479话/动画：第343集-第366集
1年5个月后，高中三年级的黑崎一护成了平凡人，遇到了完现术者集团XCUTION的首领银城空吾，他表示可以帮一护取回死神之力，一护为了保护同伴而和XCUTION合作，并在该组织的本部修行。XCUTION前首领月岛袭击了众人并展开战斗，在XCUTION的成员莉露卡和雪绪的出面干预下，月岛先行撤退;一护则获得银城等人的协助，顺利地抵达XCUTION的备用基地，并且在雪绪制造的空间里，进行最终阶段的完现术训练。前往医院治疗雨龙的织姬，对前者道出自己遭到月岛袭击一事后，遇见刚离开XCUTION本营的茶渡，旋即接受后者的委托协助一护进行最终阶段的修练。
千年血战篇
漫画：第55卷第480话-第74卷第686话
重获死神力量之后，一护正式返回代理死神的岗位，继续在空座町执行工作。然而尸魂界的技术开发局，却侦测到虚不停被消灭和界线侵蚀的警讯，十二番队队长涅茧利为了平衡尸魂界的魂魄，甚至还派遣队士抹除两万八千名流魂街居民的魂魄。就在新任驻空座町死神来到现世的当晚，一护、茶渡、雨龙、织姬为遭到特大虚袭击而重伤的两人解围，却在事发两天后，遇上自称阿兹基尔罗·伊邦的男子。一护主动迎击并重创伊邦，发现对方企图破坏他的卍解但未能得逞，正欲追问更多细节时，不慎让对方逃跑。于此同时，一群来自“无形帝国”的不明人士攻占虚圈，将其他破面收编旗下作为兵力，入侵瀞灵廷杀害一番队副队长雀部长次郎在内共117名死神，还向总队长山本元柳斋重国下达宣战通告，扬言在五天以内将尸魂界毁灭殆尽，尸魂界正式进入警戒状态。
无形帝国发动总攻击，死神难以抵挡，友哈巴赫得以进攻灵王宫，并假一护之手害死灵王。友哈巴赫夺走灵王的力量，成为能改写未来的全知全能者。友哈巴赫在尸魂界建立起宫殿，一护等人闯入宫殿，石田雨龙弃暗投明提供帮助，但一护仍在战斗时被友哈巴赫夺走力量。最终在月岛改写过去、蓝染使用镜花水月、石田射出银血栓之箭的助攻下，一护重拾力量，重创友哈巴赫，并拒绝友哈巴赫的理念。战争落幕十年后，一护和织姬结婚，育有一子一勇;露琪亚则晋升为队长，和恋次育有一女莓花;其他伙伴和死神们也有各自的发展。一勇拥有不可思议的力量，仅凭一己之力便消灭了友哈巴赫的残余灵力。(千年血战篇·完)
狱颐鸣鸣篇 20周年外传
又过了2年，一护等人参加十三番队队长浮竹十四郎的魂葬，却发现现世与地狱正处于平衡濒临破坏的状态，而一勇则展现出能通往地狱的能力，并看见了地狱蝶，故事开始轮回。(狱颐鸣鸣篇·完)
首部结合偶像歌手、恋爱、战机变形机器人等元素的动画剧集，当时掀起一波热潮。西历1999年，一颗巨大陨石坠落在南太平洋亚塔利亚岛。经过调查之后发现，这颗“陨石”原来是一艘拥有超越地球人类科技的巨型宇宙战舰。明白告诉了地球人类，在地球以外还有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人类身高高五倍，以战争为生之巨人。于是各国政府抛开国家之间的利害关系，成立整合世界现有国家的单一人类政府，并开始重建这艘代号为ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。
重建的10年期间，虽然决定组成地球统合宇宙军，但地球各地亦发生了很多为利害冲突而展开的激烈战争。在战争期间重建的工作仍然继续进行，直至战争结束，地球恢复平静，这艘ASS-1终于重建完成，并且改名SDF-1 马克罗斯。就在纪念马克罗斯重建完成纪念当天，马克罗斯突然失控自动发射主炮……