某日夜里，高中生八坂真寻，行走在夜道上被怪物袭击，然后被谜之少女所救。那个少女自称是奈亚拉托提普，还是一名外星人，为派遣来保护真寻免于其他外星人袭击。两人之间的恐怖（？）、Love（craft）喜剧就这样拉开了序幕……
《Kanon》故事主题主要围绕着五位少女，这些女孩的生活与同一位少年有关联。相泽祐一是一名高中二年级生，曾在来到游戏故事开始前7年来到故事的舞台“北国小镇”，当时佑一寄住在母亲的妹妹水濑秋子和她女儿名雪的家里。7年后几乎忘记该处记忆。之后他遇到几位少女，并慢慢恢复记忆。
名雪于第二天带他去城市各处。名雪虽然要买晚餐材料，但祐一不愿意和她一起，在等待之时与一名少女月宫亚由相遇，相处过后决定再次见面。几天后，祐一遇见泽渡真琴，虽然失去记忆却对他怀恨在心。泽渡真琴在街上倒下后，他带她回家，了解她的处境。水濑秋子暂时允许她与他们同住，但这与祐一想将她交给警察的做法不同。
与祐一的过去有关联另一个女孩是在高中三年级就读的川澄舞。于夜晚溜进学校和“魔物”战斗，虽然因为非常的沉默寡言又背负着孤独一人的战斗且深夜溜进学校和“魔物”战斗所造成的破坏而被周遭的人视为不良少女、问题学生。祐一遇到的第五位女主角美坂栞从小身体孱弱，从高中入学起也是长期缺席没去上学，但是偶而会穿着便服溜进学校里。祐一在学校注意到她后，开始与她交谈。
开始转动的齿轮，打开了命运与秘密的门扉……
名门私立黑主学园分为日间部和夜间部，然而夜间部里美形的学生们实际上全部是——吸血鬼。
主人公优姬(其实自己也是吸血鬼)小时候被吸血鬼袭击，为玖兰枢所救，因为她的妈妈为了保护她而消除其记忆，因此失去了5岁前所有的记忆，也忘记自己本是吸血鬼的事实，然后把她送到黑主(本是吸血鬼猎人，后来成为黑主学院的理事长)的家里。自那时起优姬便将枢视为救命恩人，憧憬着对方。而枢对待优姬也是特别的温柔。
一方面，身为吸血鬼猎人一族的锥生零，四年前由于家族被吸血鬼杀害而被学园收留。零与受伤的优姬如同家人般长大，但零却有着连优姬都不能说的秘密……知道夜间部秘密的零与优姬受命于理事长，担任学园的风纪委员和保护者，为处理两者之间的问题日夜连续活动着。然而某一天，零却成为吸血鬼，袭击了优姬并吸了她的血。
四年前的那天，零也受到了纯血种的吸血鬼的攻击，虽然至今为止一直拼命抵抗着自身的吸血鬼化，但最终还是变身成为了吸血鬼。虽然很震惊，优姬还是做出了决定，把自己的血给零。纯种吸血鬼夜间部的君主枢的目的是?悲惨的被撕裂的零的命运是?优姬所失去的过去是?玖兰枢是优姬的谁?层层谜团包围着的是?优姬会选择跟谁在一起?