故事背景为虚构的19世纪末，梵蒂冈为阻止约7000年前发生的“诺亚大洪水”又称“黑暗三日”再度降临，创建“黑教团”，结集散布各地的圣洁，而及寻找其使用的适合者－驱魔师对抗恶魔制造者千年伯爵。
恶魔是以“机械”、“灵魂”以及“悲剧”为材料所制造出来的恶性武器。千年伯爵制造出这些悲哀的恶魔准备将世界带向终点，而被神选中的圣职者以“对恶魔武器”救赎灵魂，主角－亚连?沃克与众驱魔师将挺身而战。
漫画
作者：星野桂
出版社：日本 集英社
中国台湾地区 东立出版社
中国香港 文化传信
新加坡 创艺出版社
连载杂志：周刊少年Jump→Jump Square→Jump SQ.CROWN→JUMP SQ.RISE
连载期间：2004年－连载中
册数：刊载27卷（2020年8月4日现在）
话数：242话（2021年10月现在）
其他：由于作者个人因素，将不定期连载。
电视动画
原作：星野桂
导演：锅岛修
剧本统筹：吉田玲子
人物设定：守冈英行
音乐：和田薰
动画制作：TMS娱乐
制作：东京电视台、电通、TMS娱乐
播放电视台：日本 东京电视网
其他电视台：
播放期间：2006年10月3日－2008年9月30日
话数：全103话
用语解释
黑教团
为阻止千年伯爵把世界导向终结，所创立的直属梵谛冈抗衡“恶魔”的秘密组织。其象征以“蔷薇十字架”作标志。当中黑教团还分为七个班，分别是科学班、探索班、医疗班、通信班、警备班、对外调整和综合管理班，而驱魔师、室长和各班的职员等均以教团作根据地，因而又被喻为“家”。黑教团除本部外，还有六个分部，分别是亚洲分部、中东分部、非洲分部、北美分部、南美分部、大洋洲分部。
本部
旧本部建立于英国某处的悬崖之上，新本部则是在伦敦郊区。
室长
正名是“黑教团本部长代行监理官兼中央统合参谋司令室室长”。由考穆伊?李担任，头脑型的官职。可以向驱魔师发出任务指令，根据Lv4袭击总部时，显示其重要性好像也比得上驱魔师。科穆伊·李为了其妹利娜莉?李而进入教团成为室长。
科学班
黑教团的第一班，组员都是知识分子，主要进行对驱魔师的对恶魔武器的研究和开发，以及制造对探索部队的工作必要的武器和工具，
组员在各自的专业突出，有些擅长地质学和植物学。例如科学班瑞巴班长的专业领域是化学、数学、语言学。
另外也负责制作团服，在闲暇时还会创造很多奇怪的工具和药品，导致在搬迁新本部时造成很大的问题。
在诺亚之一的露露?贝尔袭击总部后，科学班失去了一半的团队成员，包括托普。因此，从分部补充了不少组员。
探索班
黑教团的第二班，班组成员称为探索部队（Finder），隶属于黑教团及世界各地的支部。
非驱魔师的普通人类，圣洁的落空者。负责收集全世界的情报来支援驱魔师，根据其怪事件来寻找圣洁。
由于容易撞见同样在搜索INNOENCE的恶魔，因此是死亡率最高的职业。
武器是结界装置，在驱魔师未到达现场前，用其抑制恶魔的活动（但结界装置本身并不具备摧毁恶魔的能力）。
医疗班
黑教团的第三班，负责替团员治疗，除了伤患之外，还治疗病人，以护士长、医生为中心。
通讯班
黑教团的第四班，负责协助驱魔师、探索部队的通讯工作。
警备班
黑教团的第五班，主要在大门和水路出入口进行警戒工作，门卫アレスティーナ＝ドロエ＝ギョナサン＝P＝ルーボーソン＝ギア＝アマデウス＝5世就是其中之一。
对外调整班
黑教团的第六班，对外视窗，负责受理各国的支援请求。
综合管理班
黑教团的第七班，从炊事、扫除、到支付经费，为团员的日常生活提供帮助，厨师长─杰利就是其中之一。
元帅（General）
在职位上比一般驱魔师高一级的驱魔师，而且都是与圣洁同步率超越100%以上的“临界者”。而“临界者”也是成为元帅的最基本条件。通常元帅要定期与教团联络。元帅的主要工作是四处寻找“适合者”来成为“适合者不明的圣洁”的“适合者”，成为“驱魔师”。另外元帅还会参与训练新的“驱魔师”，例如克劳斯?马里安是亚连的师父、弗罗?提艾多尔是神田的师父。元帅还会参与其他教团的任务。
教团原本有五位元帅，分别是凯文?伊尔卡、克劳斯?马里安、弗罗?提艾多尔、维达兹?索卡罗、可劳德?纳因。由于其中最年长的元帅——凯文?伊尔卡元帅被诺亚中代表着“快乐”的緹奇?米克所杀，而克劳斯?马里安元帅在告知亚连是继承了“第14任”的“奏者资格”一事后，与寄生型圣洁“圣母之柩”一起下落不明，留下“断罪者”和大量血迹。目前尚有三位元帅于教团中。在漫画217话中神田接替克劳斯?马里安元帅的位置，成为新元帅。
大元帅
“黑教团”的最高上级，可以对元帅及室长下达命令。身份不明，是不是适合者也不明。与元帅一样同样有5位。
驱魔师
每一个圣洁都会选择一个人作为其使徒，亦即是“适合者”，而驱魔师就是加入了“黑教团”的圣洁适合者。属于“黑教团”的前线人员，专门负责回收沈睡在世界各地的圣洁和破坏“恶魔”的圣职者。全体“驱魔师”都穿着黑色的团服。团服的胸口位置有作为“驱魔师”象征的“蔷薇十字架”标志。通常“适合者”是由“元帅”发现，并带到“黑教团”成为驱魔师（这些“适合者”可能在被“元帅”发现前已经拥有圣洁，例如亚连。或是与“元帅”带出去的“适合者不明的圣洁”同步，才发现是“适合者”，例如迪夏·巴里、赵志?韩。）教团为确保作战能力和保护“心”等的情况，也有“适合者”是被“黑教团”发现，强制地被带去成为驱魔师（例如利娜莉?李、斯曼·达克）。
驱魔师的装备
团服
团服是“驱魔师”的证明，是驱魔师值勤时及战斗用的服装，在左胸的位置会有黑教团“白蔷薇十字”纹章，团服上的装饰全是银制品（元帅级驱魔师的团服装饰则是金色），团服的扣子背面则会刻上所属驱魔师的名字。
因为一般而言难以辨别普通人及伪装的恶魔（亚连·沃克算是极少数的例外），所以团服本身也有着吸引恶魔主动现身攻击，借此找出恶魔的作用。
一般以大衣款式居多，但也有诸如斗篷或外套等其他形式，在形式上相当自由。
而在故事中，总共出现过三种版本的团服。第一代团服以黑白双色为主，有大片的白色垫肩；第二代相较于第一代，配色上减少了白色的比例，并将半数的扣子改成拉链设计；第三代团服不同以往，配色改成黑色为底红色为衬，设计上也比前两代要简洁。
无线通讯魔偶（Golem）
由黑教团科学般制作，让驱魔师之间能够进行短距离无线通讯的机器人，外观上通常是黑色并有一对翅膀的眼睛状物体，能够飘在半空中。
除了短程无线通讯以外，似乎也能介入一般民用的电话网络来和远方的驱魔师或是黑教团本部进行联系。
驱魔师的人数
亚连正式加入教团时，包括他在内共有十九名驱魔师，分别是五位元帅（凯文?伊尔卡、克劳斯?马里安、弗罗?提艾多尔、维达兹?索卡罗、可劳德?纳因）和十四位驱魔师（亚连?沃克、神田优、利娜莉?李、拉比、书人、诺伊斯·马利、迪夏·巴里、斯曼·达克、卡沙·李德、查克·拉朋、缇娜·斯帕克、格温·弗雷尔、索尔·加伦、黑布拉斯卡）。
方舟大战后，驱魔师的人数下降至大约十四名，分别是四位元帅（克劳斯?马里安、弗罗?提艾多尔、维达兹?索卡罗、可劳德?纳因）和十位驱魔师（亚连?沃克、神田优、利娜莉?李、拉比、书人、诺伊斯·马利、米兰达?罗德、亚历斯特?柯洛利三世、赵志?韩、黑布拉斯卡）。
而截至目前为止，驱魔师人数剩下十三位，分别是是四位元帅（神田优、弗罗?提艾多尔、维达兹?索卡罗、可劳德?纳因）和九位驱魔师（利娜莉?李、拉比、书人、诺伊斯·马利、米兰达?罗德、亚历斯特?柯洛利三世、赵志?韩、提摩西·哈斯特、黑布拉斯卡）。
第二驱魔师
在九年前“黑教团”的第二使徒计划（制造驱魔师的实验）中所创造出的驱魔师。利用垂死的驱魔师的脑袋制造出克隆人后，再令他们与原拥有的圣洁同步。第二驱魔师有着超速的再生能力。在此计划中成功制造了两名第二驱魔师，分别是神田优和阿尔玛，他们的血液也有治疗其他人的作用。
第三驱魔师
通过第三使徒计划中，所创造出的驱魔师。破坏“恶魔”的方法，暂时只有三个，分别是“恶魔”自爆，被圣洁消灭和“恶魔”吞食同类（较强的“恶魔”当没有人类可杀戮时，会吞食其他较弱“恶魔”，“恶魔”吸收“恶魔”）。而第三驱魔师就是利用“恶魔”吞食同类这一点。利用“卵”的碎片与人类融合的阿尔玛·卡尔玛细胞移植到一般人的体内，进行将人体半恶魔化的实验，制造出人体生成的半恶魔化人类。利用半恶魔化人类来吞食“恶魔”，吸收一定数目恶魔后，就会母胎化。母胎化的的第三驱魔师将被奉献于神明，而他们的细胞则能用于生出更多的第三驱魔师。第三驱魔师也有再生能力但不及第二驱魔师。第一代的第三驱魔师有5名，分别是多克萨、基蕾德莉、刚志、蒂瓦葛、玛达拉欧。
圣洁
「圣洁」被称为“神的结晶”，是有着不可思议力量的物质，是人类抗衡及对付千年伯爵所制造的“恶魔”和“诺亚一族”的武器。总数是109个，7000年前随着大洪水爆发而散落到世界各地，通常有圣洁的地方都会因此发生某些以一般常理无法解释的怪异现象。其中有一个称之为“心”的核心，一旦“心”被毁灭所有圣洁亦同时消失。圣洁“原石”的形态是一个正立方体结晶，周围会有两个交叉的齿轮圈。当该圣洁的适合者成为驱魔师，该圣洁便会成为对恶魔武器。对恶魔武器可分为“寄生型”、“装备型”、“结晶型”与“独立型”。
种类
装备型
由于圣洁原石的力量过于强大，所以即使是适合者本身也难以完全控制。因此必须透过科学班将圣洁武器化后才能交由适合者使用。这些武器化后的圣洁就被称为装备型。
例子：拉比的槌子、书人的天针、克劳斯?马里安的断罪者及其它等等。
结晶型
装备型的进化。是跟适合者的血液交换，然后圣洁从适合者使用武器的部位随同血液流出并重新构成武器。由于血成为了驱魔师和圣洁之间的媒介，因此能够获得比装备型更强的力量。甚至在损坏时，也可能只需要适合者的血液便可以修复。目前的结晶型继利娜莉?李的圣洁之后，神田于阿尔玛的事件之后圣洁也成为了结晶型。
寄生型
寄生型是人体和圣洁在细胞层上结合，将肉体改变为“对恶魔武器”，平时不发动的话会保持在人体状态。和装备型不同，寄生型可说是用人体来作为抑制圣洁的存在，因此寄生型的威力较强，不过由于圣洁的力量过于强大，寄生型驱魔师的寿命一般较短，同时万一圣洁遭到破坏，将连同武器化的身体部位一同失去。
因为和圣洁融合的缘故，寄生型适合者可使用圣洁净化入侵体内的恶魔毒素。
目前寄生型驱魔师包括亚连（左手），亚历斯特?柯洛利三世（牙齿）及提摩西（凭神）
独立型
不需要适合者就可自行发动的圣洁。平时伪装成人类，解除后全身白色皮肤、胸口有圣洁标记、眼瞳与眼白的颜色是绿色和红色。
独立型完全是为了守护“心”而存在，知道心的真正位置所在，千年伯爵称之为“被隐藏之物（Apocryphos）”。
目前的独立型圣洁伪装成枢机主教。
降咎
圣洁若与其适合者的圣洁同步率为0%，或者非适合者强行与圣洁同步，会造成失控的现象，并且吞噬其同步对象形成“降咎”。所谓的“咎”是降给非使徒（圣洁的适合者）之罪，与圣洁的同步率在零以下仍要与神同步，此为罪人故形成降咎。这时候由于圣洁的力量完全失控，并以摧毁同步对象而获取能量，其破坏力会变得极为强大，并且敌我不分地破坏身边所有东西，造成“降咎”的同步对象会在24小时以内死亡。
一般来说，适合者的圣洁同步率不可能会低于0%或以下。造成这个情况可能是适合者背叛了神，例如驱魔师斯曼·达克向千年伯爵、恶魔或诺亚一族屈服，把“黑教团”的情报透露给他们；或者是黑教团的人造使徒计划（第二使徒实验），在圣洁非适合者（如死亡的适合者其亲属）的身上试图强加圣洁，都会造成降咎。
临界者
所谓临界者为圣洁与其适合者同步率高于100%临界点的适合者，同时也是元帅级驱魔师资格的最低限度门槛。亚连在方舟之战中亦超越100%同步率，成为临界者。
中央厅
鸦
隶属中央厅的秘密组织，已知战斗能力很高。目前知道“鸦”多数用符咒等的能力来进行战斗。已知“鸦”的成员有：多克萨、基蕾德莉、刚志、蒂瓦葛、玛达拉欧、林克
人造使徒计划
非适合者的人体实验
是制造驱魔师的实验，在第二使徒计划同期或更早期已经开始。在非适合者（不是该圣洁的适合者）的身上强行加入圣洁，或要使非适合者与该圣洁强行同步，尝试从中制造出驱魔师。根据利娜莉?李的叙述，她曾经看见一个普通的孩子，被强制把把圣洁放进他体内，最后同步失败变成降咎。后来经过的补充知道这个也是属于人造使徒计划。因为利娜莉?李8岁的时候已经遇到神田，而看见这个实验计划的时候是9岁，因此推算这个实验计划在第二驱魔师计划的悲剧后仍然进行。这个实验计划是由黑布拉斯卡把圣洁放进普通人类的体内（例如普通或是已死的适合者的亲属）强迫与圣洁同步。现在因为人造使徒计划失败（实验体最后都变成降咎），已经停止计划。
第二驱魔师的计划
在九年前开始的人造使徒计划，在无法取得任何成果的非适合者的人体实验过后，教团决定着手把适合者人造化，来维持驱魔师的数量。“第二驱魔师计划”就是通过把失去战斗能力的驱魔师的大脑移植到别的容器里，尝试把圣洁的适合权转移的不人道实验。计划中的实验体，阿尔玛和神田优就是从这个实验中所诞生的人造适合者。可是最终这个实验计划最后却酿成悲剧，因为其中一名实验体阿尔玛的暴走，使得46名研究人员死亡。
第三驱魔师的计划
利用第二驱魔师的计划中的实验体阿尔玛与“恶魔卵核”融合，从而制造出阿尔玛·卡尔玛这个第一母胎。由于一般人的肉体不能承受“恶魔卵核”的能量，会导致细胞坏死，所以选择有再生能力的第二驱魔师来与“恶魔卵核”融合。把阿尔玛·卡尔玛的细胞复制，并移植到其他人的身上，使他们成为第三驱魔师。第三驱魔师有着要母胎化的使命，当他们体内的阿尔玛·卡尔玛细胞通过吸收恶魔而增幅后，就会母胎化。母胎化的的第三驱魔师将被奉献于神明，而他们的细胞则能用于生出更多的第三驱魔师，不断重复过程，使对恶魔的战力能扩大，成为拯救世界的基础。
恶魔（AKUMA）
亚连?沃克曾说过“并非一般概念中的恶魔，而是用这个名词称呼的武器，是为了对付人类制造的武器”。如上所述，恶魔是以“机械”、“灵魂”以及“悲剧”为材料所制造出来的恶性武器。当人们碰到“悲剧”（确切说来，特别指失去重要的人）之时，千年伯爵便会出现，并询问失去重要的人之人是否要让失去的人复活。若此人向千年伯爵的特殊机械呼喊失去之人的姓名，其人的灵魂便会变成恶魔，之后恶魔就会遵从伯爵的命令去杀死那个人，并侵入其体内，伪装为人类的外表，继续杀害其他人类。 目前破坏恶魔的方法有三种：圣洁破坏恶魔、恶魔的自爆、恶魔吞食恶魔。不过只有被圣洁破坏的恶魔灵魂才能得到拯救，自爆及被吸收的恶魔灵魂只能悲哀的随着被破坏而消失。
恶魔之血
恶魔的血液，对人类而言是剧毒的液体，被恶魔之血入侵的人类身体会在很快的时间内被侵蚀，并且灰飞烟灭。寄生型的驱魔师对恶魔之血是有免疫的，例如：亚连、亚历斯特?柯洛利三世及斯曼·达克，装备型的神田则是特别例子（和他胸口上的梵印有关）。此外，由中国前往江户途中，拉比被恶魔击中过，在恶魔之血发作前被柯洛利吸出来而存活。
恶魔的进化
恶魔通过杀戮一定数量的人类得到进化。目前漫画中已出现过LV2、LV3、LV4及多头合体的恶魔。高等级的恶魔拥有更强的能力，在没有人类可杀戮时，弱肉强食其他低级数的恶魔。
守化髅
原身为拥有头脑聪敏的人类，在教团总部被入侵时，科学班的科学家就被改造成守化髅，其中还包括亚连的好友塔普。被魔术改造了身体寿命约200年，身体非常坚固，能抵御普通刀枪。负责的工作有制造恶魔﹑打扫方舟﹑帮伯爵缝衣服及一般杂务。
千年伯爵
恶魔的制造者。以“机械”、“灵魂”、“悲剧”制造出恶魔，和恶魔还有诺亚一族一起将世界导向终结。
仲介人
提供“情报”和提供当作恶魔“材料”的人类，换取金钱为此与千年伯爵交易换取利益。
诺亚一族
据书人及拉比说历史称他们为“无痕一族”，自称是7000年前上帝用洪水（“诺亚大洪水”）毁灭人类时被选中的使徒诺亚的后代，人类最古的使徒，是真正被“神”所选中的人，声称驱魔师才是被虚伪的神所选中。拥有深不可测的强大能力，能够自愈重生和破坏圣洁，但圣洁仍然是他们的弱点。身体流有诺亚的遗传因子，拥有作为白色（人类）姿态。以及黑色（诺亚）的姿态，身体的特征是，额头有十字圣痕，皮肤靠近灰色和褐色。
诺亚一族的人数
共有十三名使徒和原本不应存在的“第14任”，是7000年前使徒诺亚的后代，值得一提7000年前的诺亚并不是一个人来的，而是十三名使徒一起出现的。由于诺亚大洪水后，除了被“心”打败的第一使徒千年伯爵外，其余的十二名诺亚作为了第二亚当，成为了现代人类的祖先。所以往后现代人类都是拥有诺亚的遗传因数，为了保护第一使徒千年伯爵，每个时代里都会有十三个人由于诺亚的遗传因数觉醒并诺亚化。
第一使徒?千年伯爵
第二使徒?裁(トライド)
第三使徒?快乐(ジョイド)
第四使徒?欲(デザイア)
第五使徒?智(ワイズリィー)
第六使徒?蚀(フィードラ)
第七使徒?恤(マーシーマ)
第八使徒?怒(ラースラ)
第九使徒?梦(ロード)
第十、十一使徒?绊(ボンドム)
第十二使徒?色(ラストル)
第十三使徒?能(マイトラ)
第十四号(前代诺亚使徒基于嘲讽而取的绰号，并不将他视为第十四使徒)
诺亚记忆
为了保护第一使徒千年伯爵，7000年前第二至第十三名使徒的记忆会转生到十二名诺亚化的人类。十二名诺亚化的人类都各自遗传了7000年前第二至第十三名使徒的记忆，称为“诺亚记忆”，记忆中包括7000年前自己的名字。即使遗传了“诺亚记忆”但十二名诺亚化的人类会无意识地抑压着记忆，因为自我意识会拒绝被“诺亚记忆”吞噬掉，所以他们不算完全觉醒。只有持续生存了7000年的第一使徒千年伯爵和当中遗传了7000年前第五使徒“智”记忆的人（这是因为第五使徒有能偷窥脑的魔眼）除外。
诺亚方舟
虽说明为方舟，但外形是由多个立方体组成，完全没有船的外形。内部是类似南欧风格的城市，城市内有林林总总的房子。“奏者”可透过诺亚方舟在自己去过的地方展开传送门，传送门是与诺亚方舟的房子的门是互相连接着的，人们可以透过进入传送门瞬间转移到诺亚方舟的内部，再经其他房子的门到其所连接着的传送门，到该传送门展开的地方，而且方舟还拥有好几个被称为“房间”的空间——恶魔制造工场、“第14任”的秘密房间（谜之钢琴房）等。
方舟暂时共有两艘，分别是亚连操纵的旧方舟和千年伯爵开拓的新方舟。
旧方舟
7000年前大洪水中的诺亚一族所使用过的船。后来受“第14任”的诅咒，弄得方舟出了好多毛病，“第14任”更把“奏者”的资格交给别人，使旧方舟的主体从此停留在日本江户不能脱离，只有继承“第14任”的“奏者资格”的人才能解除江户连结，但传送门的功能仍然能使用。
由继承“第14任”奏者资格的亚连重新启动，解除江户连结后目前主体在旧本部上空。旧方舟由于受“第14任”的诅咒一直不能离开江户，所以被千年伯爵所放弃，在把旧方舟下载到新方舟时，亚连等人（神田、拉比、柯洛利和赵志）跟随被千年伯爵拉到旧方舟的莉娜丽，进入到旧方舟内部。在下载期间，每下载完一个地方到新方舟，该地方便会崩毁，吸进次元隙缝，然后毁灭。千年伯爵本想把莉娜丽拉到旧方舟，与旧方舟一起吸进次元隙缝，然后毁灭，但却意外把亚连等人都拉到旧方舟。最后旧方舟下载到最后一个房间恶魔制造工场（存放“恶魔之卵”的地方）时，被拥有“奏者资格”的亚连，找到了“第14任”的秘密房间并成功终止下载和毁灭程式，把先前被摧毁的地方复原。旧方舟现由拥有“奏者资格”的亚连操作，但控制权则是“黑教团”的高层。
新方舟
旧方舟由于受“第14任”的诅咒不能离开江户，所以千年伯爵制造新方舟来取代旧方舟。新方舟由千年伯爵掌管。这方舟都拥有一个和旧方舟的“谜之钢琴房”相似的“房间”。
奏者
对诺亚方舟有着重大影响的人。昔日的奏者第14任背叛了千年伯爵，将奏者的资格交给其他人，而遭到杀害。因此，旧有的诺亚方舟失去了奏者而无法启动，一度逗留在日本的江户，后来由拥有“奏者资格”的亚连和蒂姆恰比重新启动。* 现存的奏者只有千年伯爵、长子罗德?贾梅托以及亚连?沃克。所以，制造新的诺亚方舟的时候，由罗德重新下载旧有的诺亚方舟程式。
庆长十九年（1614年），取得天下的德川家康为继承问题堪忧，他不想牺牲自己麾下的武士，便令相互仇视的伊贺和甲贺两大忍术宗家相争，进行十人对十人的忍术生死战，以解决继承问题。甲贺隶属国千代派（德川忠长），伊贺隶属竹千代派（德川家光），双方宗长在卷轴写上门下十个忍者的姓名，并在缔下战约后相杀，双双身亡。这些姓名中包括双方继承人甲贺弦之介和伊贺胧，他们分处两个阵营却彼此相爱，原本要论及婚嫁，但这场战事破坏了他们的姻缘。
卷轴传回甲贺卍谷和伊贺锷隐谷的边界，伊贺锷隐众读过卷轴后，隐瞒双方开战的消息并杀掉甲贺忍众中的三人，后朝甲贺卍谷出击，但他们的行动失败，只捉住甲贺的胡夷便撤退。甲贺忍众得知开战的消息后，杀死伊贺中的一人，并赶往锷隐谷营救弦之介。
双方首领都得知了开战的消息，弦之介靠着强大的眼术压制伊贺忍众，撤回甲贺卍谷。珑不愿意见到双方兵戎相见可能为锷隐造成的崩坏，使用秘药封住双眼及自己的眼术。弦之介打算率甲贺众到骏府城想向德川家康询问原委，伊贺众趁他们露宿时追击，封住了弦之介的双眼。双方在路途中持续激斗，各剩三人。
伊贺众遇见竹千代的乳娘阿福（春日局），与她一同前去骏府城，在阿福的协力下，双方厮杀之后，演变成仅剩弦之介和胧的局面。双方的决斗由服部半藏担任裁判，决斗开始后，珑自杀，弦之介在卷轴上写下珑的名字后也投海殉情。德川家光继任德川三代将军。
每集列表
| 话数 | 日文标题 | 中文标题 | 英文标题 | 脚本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
相思相杀 | Destiny | 武藤やすゆき | 木崎文智 | 千叶道德 | |
| 2 |
|
两幕胎动 | Last Rendezvous | 西本由纪夫 | 桥本英树 | ||
| 3 |
|
悲惨凶虫 | The Onslaught of War | 冈田麿里 | 大冢健 | 麦野アイス | 石野聪 |
| 4 |
|
妖城夜行 | The Horned Owl | 武藤やすゆき | 神户洋行 | 神户洋行 大木贤一 |
|
| 5 |
|
忍者之道 | The Surprise Attack | 东出太 | |||
| 6 |
|
降泪恋慕 | Longing in the Rain | 冈田麿里 | 魔贝升天 | 筑紫大介 | 河添明 |
| 7 |
|
人肌地狱 | Blood-Sucking Seductress | 武藤やすゆき | 下司康弘 | 饭岛弘也 | |
| 8 |
|
血烟无情 | Cage of Blood | 山田靖智 | 笹岛启一 | 酒井和男 | 桥本英树 |
| 9 |
|
哀绝霖雨 | Farewell | 武藤やすゆき | 深泽学 | 下司康弘 | 深沢学 |
| 10 |
|
上祖御令 | Devine Mandate | 西本由纪夫 | 河添明 | ||
| 11 |
|
石砾无告 | On Their Own | 魔贝升天 | 三泥无成 | 石野聡 饭岛弘也 |
|
| 12 |
|
追想幻灯 | Remembrance | 冈田麿里 | 篠原俊哉 | 水本叶月 | 伊藤秀树 |
| 13 |
|
蝴蝶乱舞 | A Swarm of butterflies | 山田靖智 | 福田道生 | 粟井重纪 | 高鉾诚 Park Dae-yeol |
| 14 |
|
散花海峡 | Fallen Flower | 冈田麿里 | 西本由纪夫 | 下司康弘 | 竹田逸子 桥本英树 |
| 15 |
|
波涛狱门 | Reckoning | 山田靖智 | 神戸洋行 | ||
| 16 |
|
怀抱淡画 | First Impressions | 冈田麿里 | 黑津安明 | 石平信司 | 石野聡 饭岛弘也 |
| 17 |
|
昏冥流亡 | Wandering Hearts | 武藤やすゆき | 篠原俊哉 | 下司康弘 | 深沢学 林山人 |
| 18 |
|
无明拂晓 | A Dawn Without Light | 山田靖智 | 西本由纪夫 | 山田弘和 | 金东俊 饭岛弘也 |
| 19 |
|
猛女奸谋 | Conspiracy | 松尾慎 | 石井久志 | ||
| 20 |
|
种种仁慈 | River of Mercy | 冈田麿里 | 福田道生 | 信田ユウ | 竹田逸子 河添明 |
| 21 |
|
魅杀阳炎 | With All Her Heart | 武藤やすゆき | 大冢健 | 西本由纪夫 | 桥本英树 |
| 22 |
|
鬼哭啾啾 | The Haunted | 浅井义之 | 村田峻治 | ||
| 23 |
|
梦幻泡影 | Emancipation | 木崎文智 | 饭岛弘也 石野聡 |
||
| 24 |
|
来世邂逅 | Requiem | 千叶道徳 |
|||
性格懦弱、没有朋友但擅长玩游戏的少年武藤游戏从爷爷手上得到了名为千年积木的古埃及神秘古董，他在拼好了千年积木后，寄宿在积木中的灵魂暗游戏进入他的身体之中。暗游戏是一个有高超游戏技术、自信而且大胆的人格，他是正义的守门人，会以黑暗游戏(暗のゲーム)来挑战伤害了游戏和他朋友的人，并对失败者以惩罚游戏来进行制裁。
M&W的创造者贝卡斯‧J‧克罗佛多邀请了游戏以及其他的玩家来到他的岛上，进行决斗大赛，为了夺回被贝卡斯夺走的爷爷的灵魂，游戏来到岛上接受挑战，而他的朋友也偷渡前往。游戏和城之内在岛上击败众多决斗者后打入决赛，而游戏也在最后击败贝卡斯。
埃及考古局长伊西丝来到日本，举办古埃及特展并将神之卡交给海马，希望他能以搜集“神之卡”为由、召开战斗城市大赛。整个童实野市都成为决斗的舞台，游戏和城之内在参赛过程中遭遇了猎卡集团“古鲁斯”与其首领马利克，他是企图找游戏复仇的守墓者一族。在最后、游戏、城之内、海马和马利克进入了决赛，就在大赛迈入终盘时，马利克体内邪恶的人格苏醒了。在准决赛和决赛中，游戏击倒海马和马利克，集齐三张神之卡。
顺利取得七个千年古物和三张神之卡的暗游戏来到埃及，他的灵魂回到了古埃及并取得自己的记忆，也取回了自己真正的名字“亚图姆”。为了回到冥界，必须在荷鲁斯之眼前进行决斗仪式，武藤游戏和已经取回记忆的亚图姆在此对决。最后，武藤游戏击倒了亚图姆，让他能安然回到冥界。
设定
《游戏王》的世界里盛行一种集换卡牌游戏，而故事中期起的主题都是卡片决斗。决斗(デュエル)是《游戏王》系列的主题，也是该作品世界观里的主流文化。卡片决斗为回合制，进行决斗的人称为决斗者。在这种决斗中，双方决斗者会配戴名为“决斗盘”的便携式牌桌，透过从预备好的牌组中抽出卡片，发动卡片上的效果，召唤卡片上的怪兽攻击对手，借着将对手的生命值降低至零以取得胜利。对《游戏王》世界而言、卡牌决斗不仅是一种风行的游戏，更与整个世界的存亡息息相关。在该世界中，有着大量与卡片决斗相关的训练学校、提供高额奖金的决斗竞赛、当然也有窃取或伪造卡片的犯罪集团。在漫画、动画中的决斗所采取的规则和其改编集换纸牌游戏的规则有若干差异，实体游戏规则请见游戏王集换纸牌游戏。
故事中具有各种超自然力量，其中之一是“千年神器”，这是古埃及守护法老王的七件器具。神器会选择持有者，持有者可以发动“黑暗游戏”，指的是有着残酷规则的游戏，而黑暗游戏的输家通常会受到“惩罚游戏”的惩罚。在黑暗游戏里、卡片上的怪兽会实体化，而这个实体化与决斗盘的“虚拟影像系统”毫无关联，是由决斗者的精神力产生。主角武藤游戏拥有千年神器之一的千年积木。
《游戏王》的故事背景主要是位于日本的虚构都市童实野市，是主角居住的城市。该城市有高中、医院、港口、水族馆、商店街等各式设施