《JoJo的奇妙冒险》描述英国贵族乔斯达家族与邪恶的吸血鬼迪奥·布兰度(DIO)及其后继者之间长达一世纪以上的壮大对决。目前连载至第八部，每一部的主角、主题和故事舞台都不同。每一部的主角都是以“乔乔”(JoJo)作为昵称，而第五部主角虽有日本人血统，但身在意大利，现代标准意大利语中并没有“J”，因此采用“GioGio”。
第一部《幻影血脉》
收录于单行本第1卷至第5卷。舞台是1888年的英国。乔纳森·乔斯达是以绅士为目标的青年贵族。下层阶级出身的迪奥·布兰度(DIO)企图夺取其家产，他谋害乔纳森的父亲，并戴上具有特殊力量的石鬼面，变成吸血鬼。乔纳森为了打倒他，向神秘的绅士齐贝林学习波纹气功。乔纳森最终击败迪奥，与迪奥一起沉入大西洋。
第二部《战斗潮流》
收录于单行本第5卷至第12卷。舞台是1938年的美国。乔纳森的孙子乔瑟夫·乔斯达，天生具有波纹能力。1938年，他卷入了与古代超级生物“柱之男”的战斗，结识了齐贝林的孙子西撒，并接受波纹高手莉莎莉莎的训练。在击倒了柱之男后，乔瑟夫得知了自己的身世并结婚成家。
第三部《星尘远征军》
又称“星尘斗士”， 收录于单行本第13卷至第28卷。舞台是1987年。乔纳森与DIO死斗后一百年，DIO从大西洋中苏醒。同时，乔瑟夫的外孙空条承太郎发现自己有幽波纹(替身)能力，DIO的复活令承太郎的母亲陷入病危，为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与他的伙伴们展开为期五十天的旅程，从日本出发，前往埃及并打倒DIO。
第四部《不灭钻石》
收录于单行本第29卷至第47卷。舞台是1999年的日本夏天。乔瑟夫的私生子东方仗助居住在日本小镇“杜王町”，这里有许多看似平凡的居民，但他们其实拥有替身能力，仗助接连地与这些不可思议的人相遇，其中包括了一名潜藏在小镇里的连续杀人狂——吉良吉影。为了守护杜王町，仗助展开和吉良吉影的战斗，最终杜王町重归和平。
第五部《黄金之风》
收录于单行本第47卷至第63卷。舞台是2001年的意大利。围绕在DIO的儿子——乔鲁诺·乔巴拿的故事。乔鲁诺·乔巴拿因误杀一个流氓，而遭到黑手党的追查，他却企图加入这个流氓组织，成为一位“流氓巨星”(Gang Star)。他加入了黑手党后，与伙伴们一边执行任务，一边企图找出黑手党的幕后老大——迪亚波罗并打败他，乔鲁诺在最后成为黑手党新任首领，并扫荡意大利的毒品交易。
第六部《石之海》
收录于单行本第64卷至第80卷。舞台是2011年的美国，空条承太郎的女儿——空条徐伦与男友车祸肇事逃逸，但只有她被捕入狱，承太郎在营救徐伦逃狱时，遭到敌人的攻击，徐伦为了拯救父亲，用替身能力与她的敌人不断地战斗，同时渐渐发现到自己的入狱是遭到DIO的好友——普奇神父的精心设计。故事最后，普奇神父运用他的替身能力加速世界改变了整个宇宙，让乔斯达家与DIO的斗争告一段落。
第七部《飙马野郎》
收录于单行本第81卷至第104卷。舞台是1890年美国，横跨北美大陆的超长程赛马“STEEL·BALL·RUN”即将展开，为了夺得冠军，操作铁球的神秘骑手杰洛·齐贝林参加了比赛，而曾是天才骑手、却因为事故而瘫痪的乔尼·乔斯达，为了从杰洛身上得到能使他瘫痪的下半身行动的秘密，一起参加了比赛。在过程中，他们渐渐发现隐藏于这场比赛真正的意图——美国总统法尼·瓦伦泰打算利用此赛事来收集圣人遗体并使美国强大，而乔尼为了回归下半身健全的生活，开始和各路参赛选手争夺圣人遗体。
第八部《JoJolion》(连载中)
目前已收录于单行本第105卷至第126卷。舞台是2011年，住在日本杜王町的平凡少女广濑康穗在一处泥巴坑中发现一名拥有替身能力的失去记忆的男子，事后该男子被东方家收养并命名为“东方定助”，为了找回失去的记忆，东方定助开始了他的旅程。
原本对围棋一窍不通的小学六年级学生进藤光，在爷爷家的仓库翻找发现古老的围棋棋盘，进藤光因能看到棋盘上本因坊秀策(虎次郎)的血渍，被藏身在棋盘内的古代棋手藤原佐为的灵魂附身。藤原佐为是平安时代的天才棋士，因被对手作弊陷害含冤投水自尽，为了达到神乎其技的境界，在世上徘回千年，等待再次下棋的机会。
为了满足佐为下棋的欲望，光特地带佐为到碁会所下棋，因而打败了同龄的天才棋士塔矢亮。塔矢亮是围棋界第一人名人塔矢行洋的儿子，自小受到父亲的指导，棋力远超同侪，堪比职业棋士，但他却败于受佐为指挥的进藤光。受此打击的亮，为了要追赶进藤光(佐为)，努力磨练自己的棋艺。光被亮认真的态度激励，从而对围棋产生兴趣，在佐为的指导与修练下，进入职业围棋界，然而佐为下棋的机会却因此而变少。
为此，阿光让佐为使用“sai”为网名下网络围棋，sai的名气越来越响亮，在塔矢行洋因病住院期间，sai和塔矢行洋对弈并获胜，但在棋局结束后，光却发现了唯一一个可以让塔矢行洋反败为胜的棋路，佐为领悟到自己就是为了让光看到这盘棋，才在世上徘徊千年之久，不久后便消失了，光因此而放弃围棋。在各人鼓励和引导下，光终于发现佐为的棋艺已融入在他棋艺之中。在职业围棋里面，光继续跟不同的高手对弈，且与塔矢亮共同追求神乎棋技的境界。
故事以现代学园为背景，星奏学院是一所分有普通科和音乐科的高中。两个学部有着极大的分别，无论校舍、校服、课程都各自为政。修读普通科的日野香穗子是个平凡的女孩子，充满阳光气息，无论遇到事情也会率直面对。一日她意外的看见音乐精灵利利，任性的利利便趁香穗子迷迷糊糊时把魔法小提琴强行送予她，并软硬兼施逼使她参加学校的音乐演奏会。这个小提琴的特点是使用者不需任何技术都可以演奏出美妙的音乐，但使用者的心情需与小提琴共鸣才能弹奏。而一起参加比赛的其他五位成员都是来自音乐科的精英，其他无法参赛的音乐科学生对于香穗子这个普通科学生的加入也大感不忿。而同时要保守魔法小提琴的秘密对坦率的香穗子亦十分困扰烦恼。
漫画版的剧情中，在只学了小提琴七天的情况下，香穗子意外揭穿临时的钢琴伴奏想要蓄意失踪的计谋，香穗子只好硬著头皮没有伴奏的情况下表演，最后幸运地得到土浦的帮助才没有失礼于人前，但因为只是临时组合表演水准差强人意。不过可幸的是音乐科的同学开始接受她，也使得土浦成为第七位参赛者。
游戏初代的主要过程是要玩家在每回比赛前的期间，限时内于校园中找寻乐谱跟诠释方法的音乐精灵，并加强练习以增进自己的小提琴能力，渡过为期共四轮的音乐比赛。在这段期间，玩家过程中可以跟参加比赛的成员等角色萌生恋爱和友情的种子。练习过程、角色之间的相处互动、比赛结果等都是影响亲密度与对手值的极大要素。
到了二代，游戏则进化成要与过去的比赛敌手一同合奏让演奏会成功。故事舞台是在一代比赛结束后的秋～冬天，玩家要与原本是敌手的男性角色一同练曲，以完成各项演奏会的目标。比起前作，二代加入了更多日常校园生活之描述，以及友情恋爱方面的要素。除了要提升自身的熟习度外，与合奏伙伴的练习在二代成为非常重要的关键。二代也加入了两个新角色：转学生加地葵&理事长吉罗晓彦。
各话列表
第一季：金色琴弦～primo passo～
无法置信的前奏曲(ありえないプレリュード)
前途多难的嘉禾舞曲(前途多難なガヴォット)
匿名希望的萧邦(匿名希望のショパン)
心情迷惘的华尔滋(迷い心のワルツ)
赤脚的颤音(裸足のヴィブラート)
忐忑不安的波卡舞曲(胸騒ぎのポルカ)
秘密的二重奏(秘めやかなデュエット)
心连心的卡农(こころ紡ぐカノン)
安祥的协奏曲(安らぎのコンチェルト)
孤高的演奏名家(孤高のヴィルトゥオーソ)
白与黑的慢板(白と黒のアダージョ)
内疚的极弱音(後ろめたさのピアニッシモ)
无法替代的旋律(かけがえなきメロディ)
少女情怀的奇想曲(乙女心のカプリチオ)
心动的咏叹调(高鳴る胸のアリア)
骗人的小提琴(うそつきなヴァイァ￡ン)
焦躁的渐强(焦躁のクレッシェンド)
伤心的组曲(傷心のパルティータ)
失落的帕望舞曲(失くした心のパヴァーヌ)
欲哭的回旋曲(涙色のロンド)
再次,行板(もう一度、アンダンテ)
为你而奏的号声(君のためのファンファーレ)
我们的装饰奏(俺たちのカデンツァ)
满足的和声(心満たすハーモニー)
爱的圣母颂(愛しのアヴェ?マリア)
SP < 特别编 > . 夏的安可曲(ひと夏のアンコール)
第二季：金色琴弦～secondo passo～
第一集 第一乐章 于2009年3月26日放送
第二集 第二乐章 于2009年6月5日放送