故事的舞台设定在一所寄宿制学校为了特殊目的设定的特殊班级“黑组”中，班上的成员全部都是名义上的归国转学生，但是她们实际上都是接受某项暗杀特定同班同学任务的杀手，来源背景也各不相同。
为争夺杀死万能许愿娘一之濑晴而战的杀手少女们治愈人心的故事。
故事的主角东 兔角(兔爷)是由另一所杀手学校培育的顶尖杀手，她也是接受学校的负责人的命令来到黑组准备暗杀事项的，但是在看到预定目标一之濑晴之后改变了想法，决定以一之濑晴的保护者身份站在舞台上。本身战斗力惊人，原在学校中唯一通过测试的人(有愧死结构,无法杀人)。虽然看起来像是男孩子，但是人家是女孩子，而且胸部是B。
另一位主角一之濑晴则有谜一样的背景，总是笑着的少女，总是据消息她的父母兄弟姐妹朋友全部因为她而死去了。本人也经历过非常多的谋杀之后活了下来，全身布满伤痕。
这样的一之濑晴依然发誓要从黑组活下来顺利毕业。虽然一开始就知道其他同学都是来暗杀她的，仍然在开学之初送给每人一个手工手机挂坠，希望能够与大家好好相处这样就不会有人再因为自己死去了。
比平均水平“能干的孩子”的少女栗原海里在高中毕业典礼结束后，将骑自行车摔倒的少女从大型车中救了出来，以此作为交换而死亡。海里意识被造物主召唤并听取了关于祂们管理的“世界”的说明。由于海里拯救的少女计划创造出人类前往其他恒星系所必需的技术基础理论，所以造物主决定给予将少女从死亡中拯救出来的海里礼物，提出了可转生至异世界。对于自己过于能干而让周围对自己有着过度期待的海里，对着造物主许下了“下一个人生、希望所有能力全部都是平均值！”的愿望。
在接受了散布在转生世界的纳米机器和作为其应用技术的魔法的说明后，海里转生为阿黛尔·冯·阿斯卡姆。阿斯卡姆子爵家生下的阿黛尔没有想起前世的事就度过了，但是在10岁生日的时候伴随着剧烈的头痛而突然恢复了记忆。
虽然希望的能力是平均值，但能力却是中程数(即最弱物种和最强物众能力值相加除以二，不是中央值也不是最频值)，“古龙种和神在内的全存在中，那个领域的最低值和最大值的平均值”，作为一个人是破格的东西。阿黛尔一心想作为“普通的女孩”而决定离家出走，作为C级猎人“麦露”隐藏着力量生活。
某天突然出现了名为“龙”的怪物，让整个世界陷入恐慌之中，唯一能对抗它们的，就只有拥有灭龙之力，且多数都是少女的“D”。而身为唯一例外的男主角物部悠，有一天突然接受调职令来到密得加尔，除了必须要在全是少女的学校生活之外，同时还必须运用“D”的能力与龙对抗。
“D”("D")
黑之弗栗多现身之后，开始持有灭龙异能的孩子的总称，全称为“Type Dragon”。
与弗栗多同样持有上位元素生成能力，并从空无一物的地方将上位元素变换成任意物质。此种能力拥有相当高的价值，过去亦曾有为了抢夺“D”演变成战争的情况。因此联合国决定把“D”规定为龙的一种，并视为世界全体的资源，由国际组织阿斯嘉进行管理。
最初阿斯嘉旗下的军事组织尼福尔以保护之名，捕捉全世界各地的“D”，并将之隔离在名为密得加尔的孤岛。但随着“D”的年龄成长，也开始主张人权。以后连有力财阀和历史悠久王家的女儿中也出现了“D”，令取得契机的密得加尔取得了自治权。
目前“D”对现在的产业已是不可或缺的存在。若是失去密得加尔的供给，会令已经将近枯竭的资源价格暴涨甚至引发世界大战的危机。同时，目前而言也被认为只有“D”具有打倒龙的可能性。
愈是接近弗栗多通过的场所，“D”的发生率就愈有偏高的倾向。因此弗栗多最初出现的日本，诞生了最多的“D”，因此在密得加尔的学生中以亚洲少女居多，而密得加尔亦是以日语为公用语言。此外，由于“D”的能力觉醒往往是在第二性征之前或之后的孩子，“D”以15—16岁居多。相对地年幼的“D”较少。
在20岁前后或是怀孕就会开始失去上位元素生成能力(实际上大约三个月能力才会完全消失)。
据弗栗多所言，“D”不想失去上位元素生成能力的唯一方法是成为真正的龙。而弗栗多给予“D”上位元素生成能力的真正原因是藉其设计的自动生物体变换机制，让“D”的身体进化为龙。不管进化为任何的龙，都会使“D”的能力永久固定，不因年龄增长或怀孕而消退。相反，身体成熟之后如无与龙同步的可能，就会失去上位元素生成能力。
龙纹(竜紋)
为“D”与生俱来的印记。龙纹的大小会随上位元素生成能力而改变。
其实是弗栗多所设计，让“D”变成同种的龙(即龙伴侣)的连结手段。龙要选中“D”需要两个条件，一是龙方面有着强烈渴望“伴侣”的冲动，二是发情状态的“D”当中有精神波长吻合之人。满足两个条件以后，龙与“D”就会透过龙纹建立精神连结。
连结建立以后的表现是被龙看上的“D”的龙纹会开始变色，在一段时间以后，肉体的固有波长亦会同步而令龙纹完全变色。一旦该龙纹变色的“D”接触看上她的龙，就会变成同种的龙。若果两只龙看上同一名“D”，龙纹的颜色为支配力较强的龙。
有意思的是，人类姿态的抗体龙种与“D”(如伊莉丝等人)因为一开始就有着“人类”这个相同性质，所以无需肉体同步的过程，在精神上也容易同步。
在二年前的克拉肯之战前都没有人知道这事，证实这事实以后却足以令人震惊。在那之后也让密得加尔的机能出现根本上的改变。因此在密得加尔准备讨伐巴西利斯克以前，甚至以临时实施健康检查之名检查“D”的龙纹有否变色。
第14卷、安哥鲁莫亚1号袭来时，弗栗多借由调整人类形代，以修改悠的生物体变换机制并且所借予的部分真正的第七权能。使得他以后接获安哥鲁莫亚的瞬间，发动机制转变为同种。
龙化
为生物转变为龙的现象，目前原因有三。
第一种是借由弗栗多提供能使用上位元素的因子，再和与其频率完全同步的龙接触后，以自身上位元素作生物体变换为同种的龙(龙伴侣)。这方式甚至可覆盖以下龙化的原因。但持有“全知回路”的话，可对自身的生物体变换作出干涉。
第二种是完全的继承龙的权能，并且使用其完全甚至以上的力量，在期间作生物体变换并且变成相对应的龙。弗栗多解释这是容器为配合内容物而改变，但洛基少佐指出改变的原因是器量太小。某个意义上，变成赫瑞德玛也算是这类龙化。
第三种仅适用于权能“全知回路”，为取代原中枢系统以后成为其新中枢。这种龙化需要的不是生物体变换，而是能够发出操纵植物网络的电波。反过来的话，就是从脑中被植入病毒以后，被其侵蚀意识并受到控制。
权能(権能，Authority)
本作对于龙的各种能力的总称，由世界所孕育的龙都是获得这能力所变异而成的。
虽然可藉上位元素变换成其他权能，但其实以不经过上位元素的方式，比较能发挥权能本来的力量。
权能继承自何处是以因果的深浅来决定。其中最强的因果是产生于“杀戮者与被杀者”之间，其次是亲子血缘。只要涉及血与杀害的因果，继承率就大增。
如因持有者自然死亡或自尽等原因的没有继承对象，权能就会碎片化并且扩散削弱。
此外，持有权能的龙亦可借由伴侣关系或借由看上时的精神连结，主动分散让渡给其他人使用，但分散以后的力量会因扩散而有所减弱。
单一个体(例如人类)能从先天获得或后天继承或让渡的权能数量不明。
上位元素(上位元素(ダークマター)，Dark matter)
“D”所生成的万能因子总称，外观如同棒球大小的黑色球体。使用时会伴随着次元微动。
能够变换成任何物质或现象(包括其他权能)，最广泛应用的转换物质为空气，可以用来攻击、防御与移动。
上位元素理论上也能进行活体变化，这行为被称为“生物体变换”，最简单的表现是治愈自己或他人的伤口。然而生物的身体实在太过复杂，不是单凭想像就能重现，一般被认为如不是龙或是脑部有着同等的处理能力的话无法作生物体变换。但其实是弗栗多对奇力以外的“D”设下限制，以免她俩能够进行生物体变换。
事实上上位元素是星球的未来及生命的根源，当其耗尽，世界也将终结。生成上位元素，就是在预支未来。如变换为无机物，对其残量几乎不会有影响;但将上位元素花费在生命时，就会消耗“未来的可能性”，特别是涉及“起死回生”时。
于第七次灾厄当中，该元素成为了黑之乌洛波罗斯的权能。现在该权能由弗栗多所继承，而“D”能生成上位元素是因为弗栗多散布能使用上位元素的因子。
上位元素理论(上位元素理論)
一个由学者们提出的假说名称。上位元素不是任何物质或现象，就物理上的定义来说，甚至不算是存在。由于普通人类无法理解只有“D”才能以感觉理解到的上位元素的存在，因而创立该理论作为假设。
该理论假设上位元素可以变换成三次元世界中的任意物质，因此它被认为有可能是高一个次元的物质。假若上位元素是四次元物质，那么为了定义它的存在，就需要四条轴线。
至于第四条轴线为何则仍然未明。目前最有力的说法为那是与精神十分相近的某种存在，因为上位元素的型态会随着生成者的意志而改变。
秘银(ミスリル，Mithril)
理论上最安定的物质，只能借由上位元素变换而成。
除伊莉丝外，即使失败也只是比重不对，因而变质成相近的金属。
基本上能够防御所有攻击，但唯独对反物质无效。另外强力的“灾厄时间”亦会将其风化消灭。
为克拉肯的触手与克拉肯兹拜于少女模样时的头髪的构成物质。
灾害指定(災害指定)
尽管“D”的能力为黑手党和恐怖分子利用是不寻常的事，少数的“D”却会自己主动展开恶行。这时，这些“D”的行为会被视为灾害指定。被视为灾害指定的“D”将不被视为人类，而是被视为歼灭目标。目前的例子为奇力·史尔特尔·穆斯贝尔海姆。
信奉龙团体(ドラゴン信仰団体)
把龙视为神并且敬仰、崇拜的团体。他们在这个遭受龙所威胁的世界中，相信自己是龙的使徒，并借此保持精神上的安定，以及获得安全感。该类型团体中的恐怖组织为“穆斯贝尔之子们”。
排斥龙团体(ドラゴン排斥団体)
把龙视为人类敌人并且主张将其排除的团体。亦是与信奉龙团体相互敌对的团体。