濑川祐太是考入多摩文学院大学文学系国文科，开始踏入新生活的大学一年级学生。小学的时候与父母死别，受到当时为高中生的姐姐祐理所养育。祐太初中的时候，祐理和曾经结过两次婚、带着2个孩子的小鸟游信吾结婚。祐太因为嫉妒姐姐和信吾组成的家庭，但是并不想破坏他们的幸福生活，于是独自一人远离了姐姐一家，身居于外。
有一天，姐姐突然登访自己家并拜托照顾她三个孩子(空、美羽、雏)。祐太虽然勉强地接受了这个请求，照料3个女儿时意外地看到了祐太从未见过的幸福生活，开始后悔当时因为嫉妒姐姐结婚而逃避现实的想法。打算归还以前的忘恩负义的感情，决意重新修复与姐姐一家的关系。在某一天，姐姐和姐夫搭乘的飞机离奇失踪，姐姐和姐夫因行踪未明被政府发布已死亡的通告。剩下的3个女儿在亲属会议后决定分离各所，祐太却执意宣言收养剩下的3个女儿，为此6榻榻米一间的公寓里开始了崭新的4人生活。
这是一个青春期少年少女身上会随时引发特殊能力的世界，而主角乙坂有宇就是一名能够控制他人身体5秒的少年，且恶意利用这种能力获得优等生的生活。但是，他的行为被来自星之海学园学生会的友利奈绪和高城丈士朗揭发，乙坂有宇和妹妹乙坂步未自此被逼转校至星之海学园，与奈绪一同去查找并保护其他不受学园管辖、甚至滥用能力的能力者，并和同为学生会成员的人气偶像西森柚咲过着奇妙快乐的日子。
然而有一天，妹妹乙坂步未发动她的特殊能力“崩坏”后意外死亡，使有宇大受打击而开始自暴自弃的生活，直至友利的出现才得以重新振作。在有宇恢复正常生活后，友利带他出席一场演唱会，期间有宇却突然昏迷。有宇昏迷期间不仅找回了自己对拥有“时空跨越”能力的哥哥 —— 乙坂隼翼的记忆，还知道了自己真正的特殊能力其实是能够夺取他人特殊能力的“掠夺”。
有宇苏醒后跟隼翼再会，应隼翼的要求，夺取了他的“时空跨越”能力，成功回到过去拯救了步未，同时获知“时间倒流”的能力会使人视力逐渐降低直至失明。不过正当各人以为能重新过正常生活的时候，有宇遭到了海外恐怖组织的袭击，失去了右眼。有宇为了根除问题，决意走遍世界、夺取世上所有特殊能力者的能力。在启程前，友利与有宇约定“归来后便成恋人”。
有宇在海外不断夺取他人的能力，化成了怪物般的存在，但夺取如此多能力的副作用是令有宇在完成任务后失去了所有记忆。再会后，友利向失忆的有宇自白，承认了自己是他的恋人，并跟他约定从此要过上幸福的生活
鉴纯一郎沉迷漫画、动画、游戏，把更新动画部落格作为每天的课题，大学毕业后就过着宅生活，因为妹妹的关系回母校当代理讲师。
纯一郎以打破常规的教育方针获得学生的信赖，却因学校的关系而被解雇。之后被目击他的课外课程且感到兴趣的少女柊历的邀请，再次回到教师生活。
故事发生在2072年，人类发现被称为“W”的第四次元，并从其中成功取出无穷无尽的能源，同时也发明一种小型化、能以个人方式携带的次元能量接收装置“线圈”的“世界系统”，一举解决能源危机，世界开始进入梦幻的未来时代。
可是，在这份美丽的愿景之后，是肮脏污秽的严酷事实。无穷无尽的能源造成严重的社会贫富差距，透过非法管道制造的“非法线圈”产生许多犯罪，警察已无力介入非法线圈造成的犯罪。
真渊·京马是一个专门从罪犯手中回收非法线圈的“回收业者”，某一天，他在执行一项委托行动的时候邂逅神秘的美少女蜜拉，随后不仅发现蜜拉是一个人造人，而且两人也开始一起追寻第四次元“W”背后的巨大秘辛。
一处位于乡下的宁静村庄，发生家畜陆续诡异死亡的奇妙案件。 为了解决这起案件，一位穿着显眼服装的名叫“隐神”的男子， 被从东京找来此地。在调查过程中，男子与一名居住村内，被旁人叫“ 泥田坊”，有着神秘气息的少年相遇。
新·圣战篇(漫画单行本第30册-漫画36册)
为阻止梅里奥达斯成为魔神王，伊丽莎白以〈七大罪〉代理团长的身份，与复活的〈光之圣痕〉代表女神族和里欧涅丝全圣骑士组成“联合军”，共同对抗完全复活的魔神族大军。因此，为了和平和守护所爱之人，现代的圣战拉开了序幕……期间，协助回收戒禁的艾斯塔洛萨，却独自在暗中策划着什么……
再战魔神王篇(漫画第37册-39册)
圣战终于以〈七大罪〉胜利，梅里奥达斯恢复正常，解除二人身上的诅咒结束。众人在宴会、出游中享受和平带来的快乐。在举杯畅饮氛围中，却包含着梅里奥达斯不得不离开现世的悲伤，而伊丽莎白也做出了一个决定……就在与众人分别之际，凶恶的诅咒再次袭向伊丽莎白，这背后是巨大的邪恶在蠢蠢欲动……
玛琳的心愿篇(漫画第39册-第41册)
即使是复活的魔神王也终被〈七大罪〉英雄们的齐心合力攻克，扰乱梅里奥达斯和伊丽莎白包括众人的命运宣布结束……虽然拯救到弟弟赛多里斯，但是〈七大罪〉也失去艾斯卡诺一员，加上梅里奥达斯把自身那股魔神王之力同时注入戒禁一并消除，那么魔神王最后留下的告诫——光明与黑暗均衡瓦解时代结束的以后，以及玛琳所说的“混沌再次苏醒，世界将彻底改变”又是什么意思，这次主角是复活的亚瑟混沌之力以及〈暴食之罪〉玛琳不惜隐瞒众人且持续追求的秘密有关……
剧情是设定
在故事开始前的一百年，巨大的类人生物“巨人”突然出现，毫无理由地消灭大半人类。残余的人类建造了三道同心圆高墙，最外围的是玛丽亚之墙、中间是罗赛之墙、最内侧是希娜之墙，人类怀抱着摇摇欲坠的和平居住在墙内百年之久，许多人在墙内出生长大、不曾见过巨人。这一切在某一天起了变化，一个六十米的超大型巨人突袭并破坏了西干希娜区（玛丽亚之墙外）的城门，而另一个全身覆有似铠甲构造的铠之巨人则打碎了玛丽亚之墙的城门，让一大群巨人得以进入该区。人类被迫放弃了玛丽亚之墙和罗赛之墙间的土地，撤离到内部区域，导致人口变得密集，产生动乱和饥荒。
巨人是巨大的人型生物，身高通常在3至15米之间，他们的外观看似成年人类，不过都没有生殖器。他们似乎不需要食物，但会本能地捕吃人类，却不会袭击人类以外的生物。巨人没有消化系统，他们吞掉人类后，体内的黏液会将之包裹为黏糊糊的球吐出。巨人的皮肤坚硬，能迅速再生，除了后颈这个唯一的弱点以外都难以造成永久伤害。
人类为了对抗巨人而招募了三支兵团：故事的核心放在调查兵团，他们会策马出击，对充满巨人的墙外世界进行调查，试图夺回土地。由于调查兵团的伤亡率极高，但却又鲜能勘查到实质有用的情报，所以经常受到民众的无情嘲讽；第二支是人数最多的驻扎兵团，他们守卫墙内人民的和平；第三支部队是宪兵团，他们负责守卫王室，由于工作相对轻松及安全性较高，导致了腐败和许多政治弊病。士兵使用立体机动装置作为武器，这是一个绑在腰间的多功能装置，能发射钩绳以便在树木、屋顶和墙壁间移动，两侧有鞘放置双刀，主要用于割下巨人后颈致命部位。
墙内的政治实权在王政府身上，国王是没有实权的傀儡，亦存在类似国会的立法机关；而总统则是三个兵团的统帅，代表军方。但是王政府官员和议员都存在腐败问题，同时在议会上亦有部分派别议员反对继续提供资源给调查兵团进行壁外调查。随着故事的进展，傀儡国王以及王政府被推翻，但是实际权力仍在总统和三大军团手上。
故事大纲
《进击的巨人》故事围绕在主人翁艾伦·耶格尔、寄养于他家的三笠·阿克曼，和他们的童年玩伴爱尔敏·阿诺德三人的经历。在保护他们家乡的玛丽亚之墙被“超大型巨人”和“铠之巨人”摧毁后，艾伦亲眼目睹母亲卡露拉被巨人吃掉，立下誓言要杀光所有巨人，而艾伦父亲古利夏从此下落不明。艾伦、三笠及爱尔敏三人随其他难民撤退到罗赛之墙内，之后加入了训练兵团。
墙内篇
托洛斯特防卫战（1~4卷）
第57次壁外调查（5~8卷）
厄特加尔城墙战（9~10卷）
艾伦夺还战（10~12卷）
王政篇（13~18卷）
玛丽亚之墙夺还战（18~22卷）
墙外篇
马莱篇（23~26卷）
帕拉迪岛分裂篇（27~29卷）
地鸣篇（30~34卷）
史雷(木村良平 配音)虽然身为人类，却在天族的养育下长大。人类无法感知到天族的存在，可史雷却因为其拥有的强大灵力而让这两个格格不入的种族产生了交集。为了解开遗迹崩塌的谜团，为了推进历史的前进，史雷踏上了旅途，并且在误打误撞之中拔起了石缝中的圣剑，成为了净化凭魔的导师。
成熟冷静的米库里欧(逢坂良太 配音)、善良正义的少女艾利夏(茅野爱衣 配音)、开朗热情的罗洁(小松未可子 配音)、外表成熟个性却略显天真的莱拉(下屋则子 配音)、独来独往对人类缺乏信任的埃德娜(福圆美里 配音)，一路上，史雷结识了一位又一位个性迥异的同伴，会有怎样的答案在终点等待着他们呢?
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
故事发生在一家名为犍陀罗music的唱片公司中，澄空翼(金元寿子 配音)是刚刚来到公司的经纪人，然而，初来乍到的她立刻就被通知要同时负责三支偶像小组，一上来就要背负如此艰巨的任务，澄空翼简直怀疑自己是不是被骗了。
向来以王子形象示人，但实际上非常缺乏生活常识的北门伦毗沙(小野大辅 配音)、身材娇小个性腹黑的是国龙持(岸尾大辅 配音)、个性认真严肃甚至有些古板的金城刚士(丰永利行 配音)、天真浪漫非常友好热情的阿修悠太(花江夏树 配音)、常常沉浸在自己的世界中的爱染健十(加藤和树 配音)，澄空翼要应付的，是这些帅气但是麻烦的家伙们。