「……我好像喜欢你」「好！就来证明这份恋情吧！」在研究中倾注热情的理科女子和理科男子如果相恋的话？以集合了独具个性的理科生们的大学研究室为舞台，山本阿里弗雷德所描绘的爆笑+心动的『从恋爱的定义开始』的实验理系恋爱喜剧登场！！『理系女子』×『理系男子』=理充（现充）！？
将日本的历史、神话、民间故事、童话结合在了一起的异界日本为舞台，谜样怪物“噬神者”突然出现，神与人组起共同战线，与其对抗了百年之久。最后靠着太阳神・天照大御神架设起的三大结界，总算结束这场长久的斗争。
转眼时光流逝，来到幻历十三年。此时的日本三大结界其一不知被谁所毁。世态又逐渐开始动荡不安。故事的开端是伫立于西海上的鬼之岛，伴随着复活的噬神者与袭击，一名鬼的后裔与少女相遇，让历史的齿轮开始转动，异世界的恶魔，并且背后还有虎视眈眈的迷之集团，他和同伴将一同战斗的故事。
由于体弱多病且父母双亡而遭受欺负的少女实，与希望看到实的笑容的方和杏子之间的感人故事。
一直被贴著受欺负孩子标签的实。 希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。
然而仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。
之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。 没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知—题目中出现的クリオネ(Clione)是一种于深海生存的软体动物，海天使的名字可能是因为它在海水里展翅游泳时，类似翅膀的器官看起来像天使的翅膀，而且透明的身体中央有着像红心一样的红色消化器官。