柔道场长男坂东晴希决定放弃柔道，宣布退出大学柔道部的那天，和一起退出柔道部的青梅竹马桥本一马组成男子啦啦队，吸引各具特色的成员加入，没有经验、土法炼钢的他们，却以全国大赛为目标。
坂东晴希(米内佑希 配音)曾经渴望成为一名柔道运动员，然而随着对这项运动的深入了解，晴希渐渐发现，自己也许永远都无法参透其中的精髓了。于是，晴希选择了放弃。桥本一马(冈本信彦 配音)是晴希青梅竹马的玩伴，看到晴希消沉的模样，一马组建了独一无二的男子拉拉队“BREAKERS”，邀请晴希加入。
就这样，晴希进入了一个前所未知的新世界。和晴希一起的，还有性格非常严厉，但穿衣品味风格异常糟糕的德川翔(小野友树 配音)、虽然体格现状，但毫无运动细胞的沟口涉(杉田智和 配音)、重量级选手，想要通过跳啦啦操来减肥的远野浩司(林勇 配音)。
初中2年生早濑真理，是个无论做什么事都非常努力的活泼女孩。她总是很珍惜从3年前失踪的世界级科学家父亲永司那里得到的挂坠——浑仪罗盘。某次，真理在好朋友水城和花的哥哥旬的房间，发现了曾在永司的研究室见到的书(《磁石与电的发明发现物语》)。真理被打开的书里溢出的波纹包围，并穿越了时空。
在浑仪罗盘所指示的时间跳跃前方，真理与各种各样的科学家相遇，与和花、旬一起追逐着行踪不明的永司的足迹。在那里，同样追逐着永司去向的实业家御影丞的动向带来了暗影。以现代围绕着永司失踪的故事为纵轴，以过去真理等人与科学家所展开的发明发现相关联的故事为横轴展开。