在人类逐渐无法使用魔法的世界里，人们为了对付还拥有残存魔力的人类，成立了培训“异端审问官”的机关“对魔导学园”。主角草薙哮在这个以枪械为主要武器的环境里，仍旧使用刀剑战斗，而他所率领的第35试验小队，更是由一群劣等生所组成。某日，身为顶尖“魔女猎人”的超精英枪械高手-凤樱花加入了这只小队，让第35试验小队开始有了改变。
男囚篇
随着私立八光学园从女校改为男女合校，五名男学生清志、葛人、真吾、让、安德鲁作为首批男学生入学，他们将与全校1016名女学生共学。
入学后不久，五名男学生策划偷窥女子澡堂，但立刻遭到里学生会逮捕，送入校内监狱后施以各种刑罚和劳动。期间主角清志与他的同学栗原千代立下观看相扑比赛之约，为了达成约定开始筹备逃狱，在葛人的帮助下、清志偷到女生制服并成功乔装越狱。岂知在赴约之后、千代意外发现清志的背包里藏有女生制服，且该制服的原主人就是千代，由于千代正巧是里学生会会长万里的妹妹，越狱计划立刻被揭发，在连坐处罚下、五人刑期被延长。但是、以将男学生退学为目标的万里并不满足，与副会长芽衣子一同设计了“DTO”(男生退学计划)。
受到DTO的影响，真吾和安德鲁被诬陷越狱，在面临三次越狱就将退学的绝境下，清志与学园理事长交涉并成功争取了一天时间。最后，五名男学生和千代、真由美、里学生会亲卫队长杏子共同合作、找出了DTO的相关档案并向理事长告发里学生会的行为，成功为自己平反并得到释放，而陷害他们的里学生会也因而入监。
女囚篇
脱狱后的男学生们重获自由，生活回归正轨并陆续邂逅心仪的对象发展感情。清志无意间发现表学生会设局陷害里学生会的实情，被表学生会陷害再度入狱。表学生会几度从中挑拨陷害，导致芽衣子精神退化至小学时期，清志和万里更被表学生会设局拍下让人误会的镜头。千代因为被凯特派人威胁逼褪内裤拍照，为防备反击打伤三名学姐短暂入狱，对万里产生误会，最终透过清志和万里安抚恢复正常，表现良好获准出狱。
男学生们意外发现仅有里学生执导校园时期才会举办“湿身T恤派对”的事实，遂答应清志帮助里学生会成功脱狱。为了威胁凯特不得公开此段影片，万里不惜和花合作，引诱凯特录下双人赤身接触的影片。为了决定八光学院的执导权，男学生们、里学生会、男学生们的友人结成合作联盟，决定在骑马战和表学生会一决胜负。
另一方面，安德鲁因为芽衣子精神受打击退回小学时期深受打击，被表学生会的丽莎囚禁驯服，成为表学生会的参战人员。
运动会篇
运动会当日，表学生会和里学生会的结盟正式开战。表学生会为打击男学生们和里学生会的结盟队伍，于骑马战里借着言语挑拨、揭露结盟队伍成员的隐私弱点、操控作为坐骑的安德鲁等手段打击对方，正当众人一筹莫展之际，芽衣子因为忆起和万里的约定，蜕变成更坚强的精神回归。
另一方面，理事长外出期间，为解救名作佩斯的小狗不慎坠崖丧失记忆，邂逅艳遇对象被其灌输是其未婚夫的错误认知，于山林遭艳遇对象的未婚夫追击。本处于对立状态的双方，因为于山林遇险合作智退巨熊，救了佩斯和饲主才化险为夷。恢复记忆的理事长遂透过艳遇对象和其未婚夫协助搭乘直升机赶回校园。未料凯特为对付里学生会的结盟，解开光子的发带导致大规模连锁效应发生，令会场烟火误击理事长搭乘的直升机。最终运动会因为理事长平安回到校园，坠毁的直升机摧毁屹立20年的惩罚栋，表里学生会的对决结果受此事影响平局落幕。
出狱篇
运动会落幕后，男生们、千代、佐藤、杏子、真由美、里学生会为了庆祝成功出狱，决定举办烤肉派对。清志透过表里学生会的资助，积极筹备烤肉派对暨计划向千代告白，却在烤肉派对当日获知万里决定出国留学。安德鲁为了追回丽莎婉拒参与烤肉派对。其余人为了追上万里、准备烤肉派对暨千代的生日惊喜，选择兵分三路行动，但是最终芽衣子和凯特未能赶上万里的班机，男生们和各自心仪的对象则因为迷途和玩乐而错过派对地点。
清志抵达烤肉派对会场时，花现身告知千代攸关她和清志发生的种种纠葛，试图让千代拒绝清志未遂，待清志终于费尽说服千代同意交往时，花亲自动手扯落清志的裤子，导致清志失禁及其和花交换内裤的秘密当场曝光，清志和千代的恋情也随之告吹。
故事最后，万里带着复杂但挟带感谢的心情登上班机离开日本;千代则变得和剧情初期的万里一样厌恶男生，成为继任里学生会会长。
第01话 SYMPTOM 变异
膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。
第02话 DEPARTURE 出战
A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…
第03话 TO MARS 前往灾星
火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。
第04话 WAR 全面战争
小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？
第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子
马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。
第06话 2 MINUTES 2分钟
阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？
第07话 CRAB 猛士
米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。
第08话 DER ZITTERAAL 电击生物
幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……
第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒
阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。
第10话 DESIRE 愿望
阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。
第11话 BOXER 拳击手
庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。
第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道
小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。
第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处
一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……
第1期
某天，老牌网游《幻境神话》在引入第十二次资料片改版“开拓智域”之后，将日本三万名在线用户囚禁在了游戏中。其中游戏资历8年的大学生城惠也被卷入了异世界之中。
不断的与怪物战斗、连死了也无法结束的情况。不知道接下来会发生什么的玩家们充满了不安，“大和”地区最大的都市“秋叶原”就这样失去了秩序。
曾经如同一匹孤高的狼般的城惠和老朋友直继、美少女刺客晓一起创立了公会“记录的地平线”。
于是，在这个与游戏十分相似的世界，不善与他人交往的内向大学生和伙伴们就此一起踏上了从废墟秋叶原开始改变世界的旅程。
第2期
自从城惠等冒险者们被关进网络游戏《幻境神话》的世界，时间已经过了半年。
当初充满着混乱的都市秋叶原，由于自治性的组织“圆桌会议”的结成，取回了活力和平稳。更借着桑托利夫半岛的地精防卫战，与游戏世界的居民“大地人”加深了彼此间的信赖。最后，大地人贵族们的领袖的柯文家的千金——蕾妮希雅，作为大使前往秋叶原赴任了。
渐渐踏入冬季，冒险者们对于在这个异世界该怎样行动、以什么为目标，都各自在摸索着。不论是在秋叶原的街头、西方的都市、北方的大地、甚至是遥远的异国，冒险者们的思想相互碰撞、交错着……到底会有什么样的冒险在等待着城惠和他的同伴们呢？
濑川祐太是考入多摩文学院大学文学系国文科，开始踏入新生活的大学一年级学生。小学的时候与父母死别，受到当时为高中生的姐姐祐理所养育。祐太初中的时候，祐理和曾经结过两次婚、带着2个孩子的小鸟游信吾结婚。祐太因为嫉妒姐姐和信吾组成的家庭，但是并不想破坏他们的幸福生活，于是独自一人远离了姐姐一家，身居于外。
有一天，姐姐突然登访自己家并拜托照顾她三个孩子(空、美羽、雏)。祐太虽然勉强地接受了这个请求，照料3个女儿时意外地看到了祐太从未见过的幸福生活，开始后悔当时因为嫉妒姐姐结婚而逃避现实的想法。打算归还以前的忘恩负义的感情，决意重新修复与姐姐一家的关系。在某一天，姐姐和姐夫搭乘的飞机离奇失踪，姐姐和姐夫因行踪未明被政府发布已死亡的通告。剩下的3个女儿在亲属会议后决定分离各所，祐太却执意宣言收养剩下的3个女儿，为此6榻榻米一间的公寓里开始了崭新的4人生活。
由于进入了禁止入内的仓库而被逐出本宅，并被下令住到别馆的“奇异太郎”。他在那里遇到了座敷童子“铃”，并开始了同居生活。妖狐、雪女、雪娘等各种各样的怪异来到了别馆。面对奇异太郎和铃，怪异们时而让他们欢笑，时而让他们困扰，时而帮助他们加深羁绊。与并不可怕的怪异们度过的日常就此开始了。
东京发生“第三次流沙现象”使得一部分沉入泥泞之中。企业为快速重建复兴，以一种高输出力、外骨骼强化的发明“Willware”进行施工;与此同时利用Willware进行的犯罪行为日益增加，为了有效遏止之，警察厅警备局在吉祥寺分室新设了第五特别公安课第三机动强袭室第八系——通称“第八”。“第八”是一群在层层的法律制约及各种障碍下，以智慧、勇气及口才向凶恶事件发起挑战的年轻人。
由于本作的总监督曾经制作《反逆的鲁路修》，本作有一些致敬镜头。例如第七话的犯人使用了枢木朱雀招牌的跳跃连续踩脸，以及神话与伯德的全知全能都相当接近鲁路修和修奈杰尔的设定。
此片讽刺了警察与腐败官僚之间的黑暗面。
咲良田，一座看似平凡普通、安详宁静的城镇，实际上城中半数居民都是拥有超能力并受到约束的“能力者”。就读芦原桥高中的浅井惠和春埼美空，正是“管理局”严密控管的对象， 因为惠与春埼合作的“重启”指令，能够让世界回到三天前，使一切重新来过。为了让管理局放宽监视而加入“服务社”的两人，某天收到了一名少女的委托：“请让我的猫复活!” 惠和春埼为了救助猫咪，使用了“重启reset”……
半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。
拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—。
但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。
两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。
为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿越时间，前去改变世界—
羽鸟智世是个无依无靠、没有求生欲望和方法、一无所有的十五岁少女，却有一名非人类的魔法使艾利亚斯·恩滋华斯以五百万英镑买下智世，并把她当成“徒弟”和“新娘”，她心中停止已久的时间也开始慢慢地运转……
不论是能够回去的地方，还是生存的理由，亦或是活下去的手段，她都一无所有。除了一种与生俱来的特别力量之外。将这样的智世收为弟子，以及迎作未来新娘的是，异形的魔法使·艾利亚斯。在融入自然、生活了悠久时日的魔法使生活当中，智世一点一点地取回她所重视的某些东西……。这是为了知晓世间美丽，而编织的故事。
一个充满魔法的世界亚斯蓝德(Earth Land)中，位于菲欧烈王国的一个众多厉害魔导士云集的魔导士公会妖精尾巴(Fairy Tail)。露西·哈特菲利亚一直希望能加入成为其中的一位成员。在纳兹‧多拉格尼尔的引导下，终于如露西所愿，并结识了许多厉害又出色的魔导士们，与格雷、纳兹、艾露莎和公会的伙伴们一起做任务，开启了一连串的冒险旅程。