21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……
战场上的是武士，大地上的是农民， 在战火彼方观战的是商人，这是武士时代。 商人买下了这个时代，终结了战争， 武士失去了这个时代成了野武士， 农民依旧守着大地， 野武士将刀剑指向农民， 他们发出的隆隆声成了农民的噩梦， 接着......
故事背景是遥远的未来，那里可能是也可能不是地球。漫长的战争结束后，许多武士沦落为作恶多端的野武士。神无村是一个盛产白米的村庄，每年到了收割时，野武士便会来到村子抢走村民辛勤种出来的白米，反抗者格杀勿论。村民无力反抗这些机械化的野武士，只好任由他们抢掠。除了白米外，野武士也随意掳走妇女。村民终于忍无可忍，决定要聘请武士去对抗野武士。农民利吉、“水之巫女”绮罗罗及其妹小町代表神无村前往城市寻找武士。神无村没有钱，只能以白米饭作为武士的酬劳。寻找武士的过程并不容易，要打败人数众多的野武士，至少需要找到七位武士。