故事主要叙述海棠晴和海棠零两养兄弟纠结的爱情日常。还是高中生的海棠晴在暑假时，因离异多年未见的生母春子诓称病笃而自日本飞奔加拿大，结果在那里突然迎来了生命中的另一位弟弟零。零身世不明，本来是个谁也无法管束的野孩子，晴的温柔和坚毅最终成功打开了零的心扉，两人甚至约定好将来要一起居住日本。夏末，归国的晴却遇上车祸，同车的生父和后母双亡，晴失去了整个夏天的回忆，家庭破裂，兄弟分离，心里也留下了创伤。
五年后，零信守约定越洋而来。高中退学成为牛郎的晴，突然受律师柏木干子知会，其户籍中除双胞胎弟弟亚树、莳麻外，父母生前还领养了一个弟弟。疑惑不安的晴和不谙世事的零经历一番波折的磨合后，零一度放弃回到加拿大，恢复了部分记忆的晴随后紧追而去，两人在加拿大共度一年后才回返日本。零在日本初中毕业并升上私立名校苍陵高校的同时，在晴的努力下，海棠家迁入向柏木律师租借的新居，至此晴终于一偿宿愿，使四兄弟同居一屋檐下。放弃牛郎事业的晴，为顺便照顾长不高的零的饮食，选择在新居所经营新咖啡厅“CAFE & BAR WHITE FANG”的白天时段维生。
渐晓人事又进入青春期的零，和晴从亲吻开始，逐渐超越养兄弟的情分，两人的感情不断遭遇小矛盾和危机时，周围的人温柔接纳并守护他们的感情。在故事主轴外，晴和零的亲朋好友们也分别陷入各种不同的情感混乱和烦恼。
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
原作漫画
双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)
阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。
双星黎明篇(漫画第19-33话)
双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。
土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)
辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。
化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)
失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。
悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)
在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。
动画原创
列岛霸乱篇(动画第21-31话)
全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。
天地鸣动篇(动画第32-40话)
“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。
破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)
激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。
在名叫小孩之家的孤儿院生活的伊达 直人，因在动物园内和三个中学生打架就被摔角组织虎之穴挖角。但原来虎之穴只训练邪恶摔角手，直人则做每天都有可能会死的训练，不希望再有孤儿有跟自己一样的经历。他在完成训练后用虎霸王的身份参加比赛，希望能把一部分收入寄给孤儿院，但虎之穴有规定摔角手要把一半收入上交。后来直人知道小孩之家有了财务危机，而上纳后余额不足帮助孤儿院就决定离开虎之穴。但这做法令虎之穴本身不满意，所以将其视为叛徒的虎霸王不停派出刺客在摔角场上激战。
初代虎面人伊达直人所留下的虎面人遗产，被新的摔角手们继承……!与复活的组织·虎之穴所展开的新战斗传达到了现代!现代的虎面人有两人!?主人公是“东直人”“藤井拓真”两名年轻的摔角手。他们是职业摔跤小团体“Jipang职业摔角”的练习生，但“Jipang职业摔角”被恶质的职业摔角团体“GWM”击溃了。为了复仇，直人在富士的裾野接受了训练成为“新虎面人”，另一方面拓真则进入了“虎之穴”，成为了“黑暗之虎”。“光之虎”与“暗之虎”，等待着两人的战斗与友情将去往何方!?
《Hand Shakers》的故事背景发生在西元20XX年的大阪。主角高槻手纲是位擅长机械的高中生，他接受了一项修理委托并前往某大学研究机构，并在那里遇见芥川小代理，一位躺在床上的女孩。手纲和小代理的指尖轻触，他的耳中响起了神秘的声音，并在之后进入了异世界“通灵塔”、并卷入攻击之中。手纲紧握著小代理的手、并以保护她的愿望为契机触发了超能力，最终打倒了对手。大学副教授槙原长政向手纲解释，他与小代理成为了“Hand Shakers”，被称为“宁录”的超能力是透过握手而发动的。而其它的参战者也都是两人一组，各有不同的能力，发动能力的条件也不同。他们彼此对战，不断胜出的人便可以谒见神，而神会实现他们的愿望。
十岁的仁乃最爱做的事情就是天天与青梅竹马桃君一起放声歌唱，原本以为能一直一直这样唱下去谁知道桃君却突然搬家了。自那以后仁乃就一直带着口罩以此来抑制自己随时想要呐喊的冲动也不再唱歌了。某一天，在那个海边，仁乃遇到睫毛长长爱喝牛奶的矮个子作曲家柚子，自桃君离开后仁乃第一次唱出了歌。大一岁的柚子爱上了仁乃的声音约定每个星期三在这海边见面并且给仁乃取了小名“爱丽丝”，但柚子却又在某一天突然消失了。六年后仁乃带着对桃君和柚子的思念进入了高中，而在社团会上与在轻音部的柚子重逢，却不知桃君也在同一所学校入学。仁乃记起桃君在烟火大会时对她说“唱吧，大声唱，我会把你的声音标记起来，我会用这个标记找到你。”，从而鼓起了勇气替代了轻音部突然消失的主唱，桃君认出了仁乃的声音却没有选择与她见面。六年中，桃君带着对仁乃的思念做了许多首歌曲，但却因为父母欠的债而不得不卖掉为仁乃写的歌。巧合中，桃君与同是作曲的柚子成了朋友。
柚子在未和仁乃重逢前组织了一个乐队“iNoHurry”(iNo 发音与仁乃相同)，并且当任主唱用名“爱丽丝”。仁乃接替柚子当上了真正的“爱丽丝”并且同时得知桃君再以音乐人的身份选拔新乐队成员，从而决定去面试见桃君，桃君得知后还是不想见仁乃。而柚子在和仁乃重逢后音乐灵感源源不断，乐队也风生水起得到好评。柚子也越来越认识到自己从六年前就开始喜欢仁乃了，但是基于仁乃对桃君的感情迟迟没有表白。柚子与桃君都想要霸占仁乃的声音，因此双方用音乐在较量著。而仁乃也想唱的更好，想要让桃君听到她的思念而努力练习著。但是桃君却在最后因为母亲对仁乃的威胁而选择了离开，同时柚子也意识到自己赢不了桃君在仁乃心中的分量。
皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……
第一章《飞龙降临》
2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……
第二章《折翼飞龙》
皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”
E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。
另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。
为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。
第三章《辉芒陨落》
革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。
第四章《憎恨记忆》
革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了……
夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。
最终章《致我所爱》
信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。
「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」
レイラはアキトを见つめる。
「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」
人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。
真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局
秘密、无法割舍的感情证明就是回忆，而以人类时间为食的恶魔被称为“计”，操纵时间与其对抗的人被称为时间支配者“chronosruler”。
被计夺走“时间”的维克托，与最亲密的伙伴雾，凭借著“时之契”操作时间的能力，来讨伐吞噬人类时间的怪物“计”来夺回过去!
王牌时间支配者维克托和伙伴们找寻当年跟他签订契约的“计”，因此而陷入了巨大的阴谋…
利用“时之契”讨伐吞噬人类时间的怪物“计”的人被称为——“时间支配者”。传说中，只要在月圆之夜跟“计”签订契约就可以让时间倒流回到过去，实际上不过是“计”为了吞噬人类的时间而设下的巨大陷阱……利用人们的后悔意念吞噬人类时间的“计”，使用“时之契”讨伐“计”的“时间支配者”，被夺去时间的少年“王牌”支配者……这是一场追逐时间的战斗。为了找回失去的记忆和时间，主人公维克托和伙伴们踏上了找寻当年跟他签订契约的“计”的旅行。但是，“计”的背后似乎有着更大的阴谋，维克托的『时之契』也好像有着非一般的秘密……