故事发生在一个以木造房屋与石板路为特色的小镇。来到小镇就读高中的心爱，在寻找预定的寄宿家庭时偶然进入了一间咖啡店“Rabbit House”，遇到娇小的少女智乃以及毛茸茸的安哥拉兔提比，问询之下发现这就是她要寄宿的家庭。心爱的高中规定学生必须在寄宿家庭工作，因此心爱成为了Rabbit House的店员。心爱将智乃视为自己的妹妹一样疼爱。与心爱同在Rabbit House打工的理世出身自军人世家，有军人气质，身边总是带着模型枪。心爱的同学千夜出身自和风咖啡店“甘兔庵”，带有日式气息，喜欢帮新研发的和菓子取名字。心爱一行人在小镇的店家挑选杯子时遇到了优等生纱路，她是理世小一届的学妹，害羞又别扭，不管做什么事情都带有大小姐的气质，却住在破破旧旧的家。以五名少女为中心的日常轻喜剧就此展开。
作品中的小镇参考斯特拉斯堡、科尔马、蒙马特、里屈埃维和埃吉桑等法国城镇。电视动画第一期第8集出现的温泉泳池场景则是参考匈牙利布达佩斯塞切尼温泉浴场。
见泷原市的魔法少女晓美焰为改变好友鹿目圆终将迎接的悲惨命运，使用自己的“时间操作”魔法，反复在相同的时间中作战。某天，一名神秘的少女突然邂逅小焰，她声称“如果想要改变命运，就到神滨市吧。因为此地的魔法少女都将得救”。面对这未曾发生的事态，小焰心中相当动摇，但也从中感觉到拯救小圆的可能性。
本作讲述一名对献血十分狂热的女高中生绊播贡，从献血车上救出一名晕倒的金发吸血鬼美少女，为了保护她而将其带回家，进而发生了一连串喜剧故事。
重度献血爱好者的女高中生·绊播贡。
她频繁地光顾献血车，每天都被护士冷眼相待……。
某天，她在献血车遇到了一位外国人(?)美少女。
脸色苍白、似乎随时都要晕倒的她，在即将被抽取血液的瞬间发生巨变，破坏了献血车!
贡下意识地保护着失去意识的少女，将她带回家……。
第01话 SYMPTOM 变异
膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。
第02话 DEPARTURE 出战
A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…
第03话 TO MARS 前往灾星
火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。
第04话 WAR 全面战争
小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？
第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子
马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。
第06话 2 MINUTES 2分钟
阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？
第07话 CRAB 猛士
米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。
第08话 DER ZITTERAAL 电击生物
幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……
第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒
阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。
第10话 DESIRE 愿望
阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。
第11话 BOXER 拳击手
庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。
第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道
小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。
第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处
一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……
有马公生自小接受母亲严格的钢琴训练，以按照乐谱精准弹奏的能力在各项音乐比赛中获胜，被人称作“神童”（动画作品内，亦被人嘲讽为“妈妈的傀儡”、“人体节拍器”、“演奏机”、“钢琴比赛机器”）。然而11岁时母亲病逝，加上自身对弹奏的迷惘，陷入听不见钢琴声音的心境障碍，选择放弃钢琴弹奏。
国中三年级时，某一天在青梅竹马椿的介绍下，认识同年级的小提琴手——宫园薰，并于一场合奏的音乐比赛中被薰自由奔放的演奏风格所吸引，自此心境与日常生活开始转变。
这是一个青春期少年少女身上会随时引发特殊能力的世界，而主角乙坂有宇就是一名能够控制他人身体5秒的少年，且恶意利用这种能力获得优等生的生活。但是，他的行为被来自星之海学园学生会的友利奈绪和高城丈士朗揭发，乙坂有宇和妹妹乙坂步未自此被逼转校至星之海学园，与奈绪一同去查找并保护其他不受学园管辖、甚至滥用能力的能力者，并和同为学生会成员的人气偶像西森柚咲过着奇妙快乐的日子。
然而有一天，妹妹乙坂步未发动她的特殊能力“崩坏”后意外死亡，使有宇大受打击而开始自暴自弃的生活，直至友利的出现才得以重新振作。在有宇恢复正常生活后，友利带他出席一场演唱会，期间有宇却突然昏迷。有宇昏迷期间不仅找回了自己对拥有“时空跨越”能力的哥哥 —— 乙坂隼翼的记忆，还知道了自己真正的特殊能力其实是能够夺取他人特殊能力的“掠夺”。
有宇苏醒后跟隼翼再会，应隼翼的要求，夺取了他的“时空跨越”能力，成功回到过去拯救了步未，同时获知“时间倒流”的能力会使人视力逐渐降低直至失明。不过正当各人以为能重新过正常生活的时候，有宇遭到了海外恐怖组织的袭击，失去了右眼。有宇为了根除问题，决意走遍世界、夺取世上所有特殊能力者的能力。在启程前，友利与有宇约定“归来后便成恋人”。
有宇在海外不断夺取他人的能力，化成了怪物般的存在，但夺取如此多能力的副作用是令有宇在完成任务后失去了所有记忆。再会后，友利向失忆的有宇自白，承认了自己是他的恋人，并跟他约定从此要过上幸福的生活
刚刚出道的新人声优一之濑双叶，在大学毕业时遇上了就业难，抱着“既然到哪里找工作都困难，那还不如索性挑战一下自己梦想中最困难的工作”心态的她，进入了声优行业。某天，双叶在参加电视动画《佛战士菩萨音》的配音工作时，认识了同是新人声优的萌咲莓和现役初中生声优小花铃。在某一次录音之后，3人获邀请做网络广播的主持。
有一日，高中生矢野宗平的家突然被驾驶坦克的少女露特中尉和春香少尉闯入，因为爸爸签错合同在克拉科齐亚公国成为雇佣兵，并令克拉科齐亚公国与邻国格拉尼亚共和国战争中处于优势而成为英雄人物，为怕儿子矢野宗平遭到敌国暗杀，从而授命露特中尉和春香少尉保护他，然之后就是矢野宗平与她们一同不平稳地生活的故事。
某天突然出现了名为“龙”的怪物，让整个世界陷入恐慌之中，唯一能对抗它们的，就只有拥有灭龙之力，且多数都是少女的“D”。而身为唯一例外的男主角物部悠，有一天突然接受调职令来到密得加尔，除了必须要在全是少女的学校生活之外，同时还必须运用“D”的能力与龙对抗。
“D”("D")
黑之弗栗多现身之后，开始持有灭龙异能的孩子的总称，全称为“Type Dragon”。
与弗栗多同样持有上位元素生成能力，并从空无一物的地方将上位元素变换成任意物质。此种能力拥有相当高的价值，过去亦曾有为了抢夺“D”演变成战争的情况。因此联合国决定把“D”规定为龙的一种，并视为世界全体的资源，由国际组织阿斯嘉进行管理。
最初阿斯嘉旗下的军事组织尼福尔以保护之名，捕捉全世界各地的“D”，并将之隔离在名为密得加尔的孤岛。但随着“D”的年龄成长，也开始主张人权。以后连有力财阀和历史悠久王家的女儿中也出现了“D”，令取得契机的密得加尔取得了自治权。
目前“D”对现在的产业已是不可或缺的存在。若是失去密得加尔的供给，会令已经将近枯竭的资源价格暴涨甚至引发世界大战的危机。同时，目前而言也被认为只有“D”具有打倒龙的可能性。
愈是接近弗栗多通过的场所，“D”的发生率就愈有偏高的倾向。因此弗栗多最初出现的日本，诞生了最多的“D”，因此在密得加尔的学生中以亚洲少女居多，而密得加尔亦是以日语为公用语言。此外，由于“D”的能力觉醒往往是在第二性征之前或之后的孩子，“D”以15—16岁居多。相对地年幼的“D”较少。
在20岁前后或是怀孕就会开始失去上位元素生成能力(实际上大约三个月能力才会完全消失)。
据弗栗多所言，“D”不想失去上位元素生成能力的唯一方法是成为真正的龙。而弗栗多给予“D”上位元素生成能力的真正原因是藉其设计的自动生物体变换机制，让“D”的身体进化为龙。不管进化为任何的龙，都会使“D”的能力永久固定，不因年龄增长或怀孕而消退。相反，身体成熟之后如无与龙同步的可能，就会失去上位元素生成能力。
龙纹(竜紋)
为“D”与生俱来的印记。龙纹的大小会随上位元素生成能力而改变。
其实是弗栗多所设计，让“D”变成同种的龙(即龙伴侣)的连结手段。龙要选中“D”需要两个条件，一是龙方面有着强烈渴望“伴侣”的冲动，二是发情状态的“D”当中有精神波长吻合之人。满足两个条件以后，龙与“D”就会透过龙纹建立精神连结。
连结建立以后的表现是被龙看上的“D”的龙纹会开始变色，在一段时间以后，肉体的固有波长亦会同步而令龙纹完全变色。一旦该龙纹变色的“D”接触看上她的龙，就会变成同种的龙。若果两只龙看上同一名“D”，龙纹的颜色为支配力较强的龙。
有意思的是，人类姿态的抗体龙种与“D”(如伊莉丝等人)因为一开始就有着“人类”这个相同性质，所以无需肉体同步的过程，在精神上也容易同步。
在二年前的克拉肯之战前都没有人知道这事，证实这事实以后却足以令人震惊。在那之后也让密得加尔的机能出现根本上的改变。因此在密得加尔准备讨伐巴西利斯克以前，甚至以临时实施健康检查之名检查“D”的龙纹有否变色。
第14卷、安哥鲁莫亚1号袭来时，弗栗多借由调整人类形代，以修改悠的生物体变换机制并且所借予的部分真正的第七权能。使得他以后接获安哥鲁莫亚的瞬间，发动机制转变为同种。
龙化
为生物转变为龙的现象，目前原因有三。
第一种是借由弗栗多提供能使用上位元素的因子，再和与其频率完全同步的龙接触后，以自身上位元素作生物体变换为同种的龙(龙伴侣)。这方式甚至可覆盖以下龙化的原因。但持有“全知回路”的话，可对自身的生物体变换作出干涉。
第二种是完全的继承龙的权能，并且使用其完全甚至以上的力量，在期间作生物体变换并且变成相对应的龙。弗栗多解释这是容器为配合内容物而改变，但洛基少佐指出改变的原因是器量太小。某个意义上，变成赫瑞德玛也算是这类龙化。
第三种仅适用于权能“全知回路”，为取代原中枢系统以后成为其新中枢。这种龙化需要的不是生物体变换，而是能够发出操纵植物网络的电波。反过来的话，就是从脑中被植入病毒以后，被其侵蚀意识并受到控制。
权能(権能，Authority)
本作对于龙的各种能力的总称，由世界所孕育的龙都是获得这能力所变异而成的。
虽然可藉上位元素变换成其他权能，但其实以不经过上位元素的方式，比较能发挥权能本来的力量。
权能继承自何处是以因果的深浅来决定。其中最强的因果是产生于“杀戮者与被杀者”之间，其次是亲子血缘。只要涉及血与杀害的因果，继承率就大增。
如因持有者自然死亡或自尽等原因的没有继承对象，权能就会碎片化并且扩散削弱。
此外，持有权能的龙亦可借由伴侣关系或借由看上时的精神连结，主动分散让渡给其他人使用，但分散以后的力量会因扩散而有所减弱。
单一个体(例如人类)能从先天获得或后天继承或让渡的权能数量不明。
上位元素(上位元素(ダークマター)，Dark matter)
“D”所生成的万能因子总称，外观如同棒球大小的黑色球体。使用时会伴随着次元微动。
能够变换成任何物质或现象(包括其他权能)，最广泛应用的转换物质为空气，可以用来攻击、防御与移动。
上位元素理论上也能进行活体变化，这行为被称为“生物体变换”，最简单的表现是治愈自己或他人的伤口。然而生物的身体实在太过复杂，不是单凭想像就能重现，一般被认为如不是龙或是脑部有着同等的处理能力的话无法作生物体变换。但其实是弗栗多对奇力以外的“D”设下限制，以免她俩能够进行生物体变换。
事实上上位元素是星球的未来及生命的根源，当其耗尽，世界也将终结。生成上位元素，就是在预支未来。如变换为无机物，对其残量几乎不会有影响;但将上位元素花费在生命时，就会消耗“未来的可能性”，特别是涉及“起死回生”时。
于第七次灾厄当中，该元素成为了黑之乌洛波罗斯的权能。现在该权能由弗栗多所继承，而“D”能生成上位元素是因为弗栗多散布能使用上位元素的因子。
上位元素理论(上位元素理論)
一个由学者们提出的假说名称。上位元素不是任何物质或现象，就物理上的定义来说，甚至不算是存在。由于普通人类无法理解只有“D”才能以感觉理解到的上位元素的存在，因而创立该理论作为假设。
该理论假设上位元素可以变换成三次元世界中的任意物质，因此它被认为有可能是高一个次元的物质。假若上位元素是四次元物质，那么为了定义它的存在，就需要四条轴线。
至于第四条轴线为何则仍然未明。目前最有力的说法为那是与精神十分相近的某种存在，因为上位元素的型态会随着生成者的意志而改变。
秘银(ミスリル，Mithril)
理论上最安定的物质，只能借由上位元素变换而成。
除伊莉丝外，即使失败也只是比重不对，因而变质成相近的金属。
基本上能够防御所有攻击，但唯独对反物质无效。另外强力的“灾厄时间”亦会将其风化消灭。
为克拉肯的触手与克拉肯兹拜于少女模样时的头髪的构成物质。
灾害指定(災害指定)
尽管“D”的能力为黑手党和恐怖分子利用是不寻常的事，少数的“D”却会自己主动展开恶行。这时，这些“D”的行为会被视为灾害指定。被视为灾害指定的“D”将不被视为人类，而是被视为歼灭目标。目前的例子为奇力·史尔特尔·穆斯贝尔海姆。
信奉龙团体(ドラゴン信仰団体)
把龙视为神并且敬仰、崇拜的团体。他们在这个遭受龙所威胁的世界中，相信自己是龙的使徒，并借此保持精神上的安定，以及获得安全感。该类型团体中的恐怖组织为“穆斯贝尔之子们”。
排斥龙团体(ドラゴン排斥団体)
把龙视为人类敌人并且主张将其排除的团体。亦是与信奉龙团体相互敌对的团体。
作品舞台是一个挂着“注意牛只穿越”的看板，公车不等上5个小时不会来的乡下。主角一条萤因父亲工作调职的关系从东京迁居此地，进入“旭丘分校”就读，故事即描写萤与越谷姐妹及宫内姐妹度过的日常生活。