《Hand Shakers》的故事背景发生在西元20XX年的大阪。主角高槻手纲是位擅长机械的高中生，他接受了一项修理委托并前往某大学研究机构，并在那里遇见芥川小代理，一位躺在床上的女孩。手纲和小代理的指尖轻触，他的耳中响起了神秘的声音，并在之后进入了异世界“通灵塔”、并卷入攻击之中。手纲紧握著小代理的手、并以保护她的愿望为契机触发了超能力，最终打倒了对手。大学副教授槙原长政向手纲解释，他与小代理成为了“Hand Shakers”，被称为“宁录”的超能力是透过握手而发动的。而其它的参战者也都是两人一组，各有不同的能力，发动能力的条件也不同。他们彼此对战，不断胜出的人便可以谒见神，而神会实现他们的愿望。
文久三年。倒幕派击败了佐幕派，刀剑的时代宣告结束―――幕末时代。作为刀剑男士的堀川国广和曾经一同被主人用作战斗武器的和泉守兼定，奔跑在雨中的山路。刀剑男士在审神者的激励下，开启了付丧神的道路。他们的使命是将企图改变历史的时间溯行军打倒，以守护“正确的历史”。与陆奥守吉行、药研藤四郎、蜻蛉切、鹤丸国永这些新的伙伴一起，在动荡的时代投身到与时间溯行军的战斗中。刀刃挥舞，刀光剑影。刀剑男士、即刻出阵。
在梵蒂冈内，有一个专门受理全球的“神迹申请”并负责检证其真伪的机关——“圣座(聖徒の座)”，而隶属圣座的神父则会被称作奇迹调查官。
天才科学家平贺·约瑟夫·庚及暗号解读专家罗贝多·尼可拉斯均是圣座的奇迹调查官，他们经常调查在世界各地所发生的神迹。但在调查期间，却逐渐揭露一些被隐藏的事件及阴谋。
看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。这就是我们奇迹调查官的义务——天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家罗伯托。两人是一对好搭档，是梵蒂冈所属的“奇迹调查官”——那是对来自全世界的奇迹的真伪进行调查与判别的秘密调查官。在为调查而造访的地点遇到的不可思议事件——浮现的圣痕、流泪的玛利亚像。在判定奇迹的真伪过程中，突然发生的奇怪事件——天才神父组合的事件簿，开幕!