居住在吉祥寺的高中生我闻悠太是汇整超自然现象的博客“轻轻松松破假象”(キリキリバサラ)的管理人，他一心想着靠联盟行销致富。一天悠太偶然知道了网络上人气很高的占卜师相川实优羽，并对她抱有好感。在悠太的后辈，同时也是网站运营团队成员的成泽棱歌的陪同下，他前往成明高校与相川实优羽会面，最终让她加入运营团队。
之后，悠太在棱歌的要求下赴成明大学采访以肯定超自然现象而出名的桥上谏征教授，但当他进入到研究室的时候，却发现教授已经被人杀害。3月1日，即教授被杀的数日后，井之头公园的池塘内发现256具遗体。与此同时，悠太的身边也聚集着与这一连串事件相关的人物，而随着悠太等人对事件调查的深入，一系列事实和真相也逐渐浮出水面。
新生私立女子校·五棱馆学园背后有着不为人知的一面——由于时空歪曲而出现的谜之妖魔“Oburi”。能与这些人类之敌对抗的，唯有具备能探知五次元空间能力的被作“Striker”的少女们。五棱馆学园同时也是选拔出具备素养的少女们，并养成讨伐Oburi的战斗部队“Fifth Force”的机关。隶属于新结成的队伍“Altair Torte”的五位少女的战斗与友情的物语开幕!
在奇幻作品电子角色扮演游戏游戏中，玩家将会成为在空中旅行的“骑空士”，以传说中的岛“伊斯塔鲁西亚”为目标、展开与伙伴的一同旅行的冒险故事。游玩主线故事与战斗的“任务”来推进游戏剧情，此外，我方角色、武器和道具入手并借此强化，也是这款游戏的游玩目的之一。除此之外，也有可让多数玩家共同参与的共斗任务，让此游戏充满着MMORPG的游戏要素。
本作中的世界观，每座岛、土地均飘浮在空中。岛跟岛之间使用可飞行的骑空艇来联系，也因此骑空士的冒险相当的盛行。文明水准大致等同历史上近世的世界，据说骑空艇的这类突出的科学技术，是由过去支配世界的传说之民・星之民所遗留下来的。星之民在被称作“霸空战争”的事件过后在世上消失了踪影，星之民所操纵的强大自律兵器星晶兽则沉睡在这空之世界的各个地方。总称做空之民的现代住民，有与人相同姿态的人类、头上有对角的多拉夫族(男性身材壮硕、女性身材娇小)、有着兽耳的艾伦族、以及身高只有人类一半的哈宾族，四个种族共同生存。此外，魔法的力量也有别于星之民的技术，是自古传承下来的力量，每座岛上也有各式各样的魔物存在。
在某一座小岛・赛克汀瑟，与小只的龙・碧为伙伴一起成长的主人公怀抱着前往被称作传说之岛的伊斯塔鲁西亚的梦想。在将要从故乡出发的那一天，军事国家・艾尔斯提帝国以及被其追捉的少女露莉亚、和守护着她的女骑士卡塔莉娜出现在主人公面前。主人公为了保护露莉亚而负伤近濒死的程度，接着露莉亚使用了星晶兽的力量救了他，并且让她与主人公共有操纵星晶兽的力量。以空之尽头为目标的主人公与碧、以及为了逃离帝国势力圈而奔走的露莉亚和卡塔莉娜，共同迈向前往伊斯塔鲁西亚的旅程。
不久之后，渐渐加入了新的伙伴，骑空艇操舵士拉卡姆、魔导士少女伊欧、老兵欧根、谜之魔女萝赛塔等多人加入主人公同行的行列。乘着骑空艇古兰赛法号的一行人，先后造访各式各样的岛，并解决了许多有关星晶兽的问题。另一方面、艾尔斯提帝国的宰相芙莉西亚执意持续地追迹主人公等人，并且在各个岛周边住派军队得以搜索他们。此外，带着与露莉亚有相似能力的少女欧尔姬斯的帝国顾问官・黑骑士阿波罗，也在主人公面前出现数次，并且带有某种有别于帝国的目的行动着。
到2020年现在，主线故事还在持续追加更新当中。
舞-乙HiME的舞台是以前地球人类移民的行星エアル，以及当时发生的两大战争(十二王战争与龙王战争)。
某夜，温德布卢姆王国的风华宫被入侵，国王与王妃被杀害，服侍国王的乙HiME也失踪了。
14年后，以徒步穿越沙漠的少女爱莉卡.梦宫，为了找寻从出生就马上分离母亲而到了温德布卢姆王国，并带着母亲的信物“苍天之青玉”来到了世界唯一培养乙HiME的学校加尔德罗贝学园。
入境后，爱莉卡偶然遇见了加尔德罗贝学园的预科生妮娜.王和温德布卢姆王国的公主真白.布兰.杜.温德布卢姆，3人突然遭遇到黑团所操控的奴兽攻击，爱莉卡身上的“苍天之青玉”化解了危机。
爱莉卡想尽办法入学，终于成为加尔德罗贝学园的预科生，但过的生活非常苦，有一名匿名的援助着解决了爱莉卡学费的问题，在那之后她不小心与真白闯入了风华宫的地底，发现了古代的超级兵器“古风琴”，紧接着又被黑团的奴兽袭击，所以真白不得不用“苍天之青玉”与爱莉卡定下契约，后来以苍天之青玉的力量打败了奴兽。
后来爱莉卡潜入真祖所在的灵庙，知道了被藏在华丽的乙HiME历史背面的黑暗，“作为战争兵器分成敌我被迫作战了的“乙HiME”的话扰乱了，更发现被妮娜的养父王.塞鲁哥吸引的心情，而爱莉卡也开始犹豫了，另一方面真白遇到了日邦国年轻的君主鸨羽巧海头忠赖，被指出自己没做到的事，一时放弃了作为女王的责任和义务，但因为想起与爱莉卡的约定，看是爱莉卡先成为最优秀的乙HiME，还是自己先成为让大家幸福的女王。
然而阿尔塔公国与黑团进行着计划，先让罗缪勒斯和莱姆斯双方掀起乙HiME之间的战斗，之后又在新风华宫落成仪式时将风华宫动了手脚，毕业纪念舞斗进行时，黑团的总攻击开始进行，结果温德布卢姆王国和加尔德罗贝学园都落到炎风.戴.阿尔塔的手中，并将静留.维奥拉俘虏，奈月.库鲁卡不得已才逃出温德布卢姆王国，逃跑的爱莉卡被她的好朋友埃尔斯特.霍所持有的奴兽挡下，那时爱莉卡才知道塬来那位匿名援助她的人是塞鲁哥，妮娜的嫉妒之火顿时爆发，和失踪已久的贵石“漆黑之金刚石”有了反应，和阿尔塔定下了契约，妮娜攻击爱莉卡的时候，被埃尔斯特挡下攻击，但埃尔斯特却和她的奴兽一起消失了，爱莉卡无法容许杀了埃尔斯特的妮娜，结果互相憎恨……
以状大的大海与小岛为舞台演绎的少女们的心灵之绊，
战斗、变身……美丽的魔法巫女幻想传说诞生!
那里是有着眩目阳光射入的海底。有着人类外表的纯洁无暇的少女与鱼儿们共同生活在一起。少女的名字叫玛琳。在海洋世界与妹妹乌琳一起生活的玛琳是憧憬着空中世界(地面上)的“海人”。某一天，海面上掉下了一枚闪耀着美丽光辉的戒指。玛琳想：“丢失了这么美丽的东西的话一定会很悲伤吧。我要还给失主。”她准备到空中世界去归还戒指，可是却遭到了妹妹乌琳的强大反对。对于海洋世界的人们来说，空人(人类)和空中世界(地面)都是相当恐怖的。
可是玛琳却坚信有着这样美丽事物的空人并不恐怖。最终决定和有着恋姐情结的乌琳一起去空中。来到了人界的玛琳和乌琳初次仰望清爽的天空，以及初次见识到在这清朗天空下正在进行中的“岛之夏祭”。
来到岛上的玛琳姐妹开始寻找戒指的主人，听到她们询问的叫声后，居住在岛上的女子高中生宫守音着急地飞奔过来。这枚戒指其实是以前她从抛弃她的恋人那里得到的，所以才会扔到海里去。夏音再度将戒指投进了大山中，玛琳与乌琳也去山里寻找戒指。可是就在这时，乌琳不小心打开了被封印的石棺。从石棺中飞出的黑烟就是让世界产生“暗”的“瑟多那”。瑟多那是为了让世界充满恶意而操纵鱼儿们的魔力，邪恶的灵魂也开始集合。
玛琳和夏音开始察觉自身隐藏的某种力量。作为“海之巫女”和“空之巫女”的她们决定挑战邪恶的瑟多那。要打倒瑟多那的话，只能提高巫女力量的源泉——心的纯洁度。可是夏音的心原来有着部分的邪恶，所以心之纯洁度怎么也无法提高，但通过与玛琳的关系，逐步取回了心灵的纯洁。玛琳也通过和夏音的接触而逐渐成长，两人之间的羁绊逐步确立……
一个充满魔法的世界亚斯蓝德(Earth Land)中，位于菲欧烈王国的一个众多厉害魔导士云集的魔导士公会妖精尾巴(Fairy Tail)。露西·哈特菲利亚一直希望能加入成为其中的一位成员。在纳兹‧多拉格尼尔的引导下，终于如露西所愿，并结识了许多厉害又出色的魔导士们，与格雷、纳兹、艾露莎和公会的伙伴们一起做任务，开启了一连串的冒险旅程。
五百年前世界黑暗与光明之间的平衡由两大势力-安柏拉魔女(Umbra Witches)与流明贤者(Lumen Sages)-维系，双方亦各管有一颗能监察时间流逝之宝石“世界之眼”(Eyes of the World，亦称“左眼”与“右眼”)。两派后期爆发冲突，虽然安柏拉魔女取得优势但于人们的猎巫行动中被大量杀害，直至只剩下最后一人。
于现世中，持有“左眼”之魔女贝优妮塔(Bayonetta)于二十年前从湖底苏醒但失去记忆，平时利用运送遗体到墓园的工作猎杀天使。在情报贩子恩佐(Enzo)提示下，贝优妮塔前往欧洲城市维格利德(Vigrid)打听“右眼”下落。沿途上贝优妮塔分别遇上一名与她战斗方式相近之白发女子贞德(Jeanne)，一名因认为她杀死了父亲而致力追踪她的男记者路卡(Luka)，以及四元德成员勇气(Fortitudo)。贝优妮塔其后于一斗技场击败勇气，其死前道出“愿创造主祝福你”(May Jubileus the Creator grace you)之语句。
在经过弯月谷(Crescent Valley)与日出谷(Sunrise Valley)后，贝优妮塔再次遇上贞德并发现她与四元德成员节制(Temperantia)有所关连。贝优妮塔击败贞德后继续旅程，遇上一名视她为母亲之迷途女孩瑟蕾莎(Cereza)，贝优妮塔把她交予路卡照顾后击败节制并前往Isla del Sol小岛，沿途上亦击败余下两名四元德成员正义(Iustitia)与智慧(Sapientia)，三名四元德死前亦向贝优妮塔表示“愿创造主祝福你”。
贝优妮塔于岛上再遇上贞德，贞德表示贝优妮塔乃流明贤者之父与安柏拉魔女之母诞下之子(此举被双方视为禁忌，贝优妮塔亦因此被放逐)。贝优妮塔战胜贞德后获悉自己真名为瑟蕾莎，与贞德本为好友：贞德于多年前封印了贝优妮塔并把“左眼”交予她作为保护。
贝优妮塔其后与瑟蕾莎及路卡进入位于小岛上的最高大楼与巴尔德神父(Father Balder)会面，发现他是流明贤者最后一人亦是自己父亲，其计划使创造主复活使天堂、地狱与人界统一，但由于贝优妮塔失去记忆而把瑟蕾莎(小时候之贝优妮塔)送到现今时空而帮助她回复记忆，以此使贝优妮塔自身成为“左眼”。巴尔德于表示路卡父亲乃死于他手上后把路卡掷出大楼外，其后吸收瑟蕾莎并与贝优妮塔展开战斗，贝优妮塔击败他后救回路卡与瑟蕾莎。
贝优妮塔把瑟蕾莎送回过去后不久即因回复记忆而昏倒，毫发未伤的巴尔德随即把自己与贝优妮塔送进大楼顶部之创造主石雕像双眼。大楼顶部变为火箭把石像送上太空之际，贞德赶上火箭并救出贝优妮塔，石雕像随即成为创造主并把巴尔德杀死，贝优妮塔于击败祂后与贞德击毁变回石雕像的创造主并返回地球，继续进行猎杀天使之工作。
19世纪末，阿尔比昂王国控制一种名为“Cavorite”的物质而成为世界强国。但因为贫富悬殊问题，导致基层市民爆发革命，爆发后不久，首都伦敦被巨大的墙壁断开以致东西分隔。
而在伦敦内，有五位少女就读于一所传统与礼仪的名门学校·梅菲尔女王学校。她们伪装成一般的女高中生，并在这个城市内展开间谍活动。
少女们活用各自的能力，在影之世界来回飞奔。
在东西分裂的伦敦所展开的，少女们的谍战动作剧!“我们是什么?”“间谍。是满口谎言的生物”
重考两年才考上大学，研究所毕业的男主角海崎新太(27岁)，由于和上司起冲突，第一份工作只做三个月就离职，也因此找工作处处碰壁，成为一个尼特族。
在某一个夜晚返家的路上，遇上了自称重生研究所职员的夜明了(27岁)，夜明了邀请海崎新太作为受试者，参加为期一年的重生实验研究计划：海崎新太和夜明了皆服用一颗药丸，服后会变回17岁的外表，但心智、记忆、体能等皆保持27岁，然后两人一起入读同一所指定高中的三年级同一班别，让受试者(海崎新太)重新体验17岁的高中三年级生活，借由这个“重新开始”的机会，重新学习、改变自身。同时支援者(夜明了)成为同班同学，以作观察及支援，并把受试者的变化、表现及行为，详记于《重生实验报告书》。
受试期间，受试者的生活费用由重生研究所负责。一年过后，实验完毕，受试者会变回服用药丸前的年龄外貌，重生研究所会参考《重生实验报告书》，为受试者推荐合适工作。就这样，漫无目标的海崎新太，在生活费的诱惑下服用药丸，以17岁的外表、27岁的内在，重新返回高中就读三年级，一场充满欢笑泪水的校园青春喜剧就此展开。
本作的舞台设立在与现实有着微妙历史差异的现代日本，作品主要描绘七位“王”各自的执著，以及被卷入其中的少年与异能者之间战斗。
“赤之王”周防尊率领的吠舞罗与“青之王”宗像礼司率领的Scepter4，因追赶某事件的嫌疑人——少年伊佐那社而互相对立。但社对这事件一点记忆也没有，什么都不知道的他逃避著来自两个集团的追赶。
而出现在此情况的小白面前的是，继承已逝的“无色之王”之遗志，身着黑服的高挑长发少年——夜刀神狗朗。
与他的邂逅，小白的命运开始加速——