《薄樱鬼》是以日本幕末时期的史实为背景改编的故事，作为奇谭的本作以独自的新要素为中心描述，因此会有和史实不一致的地方。
故事开端是幕末文久三年。
主人公雪村千鹤是在江户生长的兰学医（西方医学）之女。其父纲道因工作而离开江户前往京都。一开始千鹤与父亲有定期的书信往来，但很突然的，父亲不再来信，而自己写的信也得不到回应。千鹤因担心父亲而穿上男装来到京都，却没想到在那里遭遇到了冲击性的场面，并且与新选组的各位邂逅，一起寻找父亲的下落。
围绕着她的是与新选组的队士之间发生的事、自己的身世、新选组隐藏着的秘密，以及幕末的男子为了生存的战斗历程。
主人公是自称“武士·弗拉明戈”的青年，以及一位年轻警察。两名男子相识后活跃在为正义而战的战斗中。紧张而有漫画风格的情节即将展开，这是一场英雄的演出。作品描写红衣青年即主人公“武士·弗拉明戈”和警察是互相合作又互相斗争，充满正义的故事。
故事以战后日本高度经济成长时期为时代背景和以“神化”的虚构年号纪年的日本为舞台。作品中，地球上存在特性各异、由来万种的各种“超人”，有来自宇宙的巨人、魔科幻世界的生命体、古代即存的妖怪、科学狂人改造的机器人、远古文明的遗产等。这些超人部分公然活动而受到民众欢迎，也有部分在暗地里活跃;而世间上则有和超人立场不同的各种组织、势力存在并蠢动。
超人的存在，让日本政府为了维持社会秩序，在厚生省下设立通称为“超人课”的外围组织，对外则伪称“超过人口审议研究所”。超人课在该伪装下，在社会上协助发现、保护、引导甚至是消灭超人。作品中，以超人课一员的“人吉尔朗”为主角。
本作品为以昭和50年代之虚构村庄“雏见泽”(雛見沢，ひなみざわ)村为舞台，并以该村之古老习俗“綿流し”(わたながし)为轴所引起的一连串连续死亡事件。作品中以平行次元轮回的形式，来讽刺人类深层充满罪恶的本性，并在结局中指出只有团结一心才可以克服。
2040年代的虚构日本城市新滨市，经过第三次和第四次世界大战洗礼的近未来科技已可将人类除大脑外的所有身体器官用生化电子的义体代替，并将人类大脑改装成与具有互联网功能的电子脑。上层社会和有经济条件的中产阶级人类纷纷进行义体手术，加装先进的电子脑，并用性能更高的人造义肢替换原有的身体器官——赛博格（生化人）已然渐渐成为社会常态。
人类社会的全面义体化（电子化）虽然带来了巨大的便利，却也不可避免地催生出了一种新的犯罪方式——电子犯罪。电子化并互联网化的人类开始受到黑客攻击，暴露在大脑被入侵、记忆被篡改等危险之中。日本政府因此专门成立了首相直属的特别情报机构“公安九课”（也就是所谓的“攻壳机动队”），来应对这种新兴的犯罪。故事中女主角草薙素子自幼便全身义体化，装备有最先进的军用义体，并在电子设备中如鱼得水，是出色的黑客。2029年正式加入公安九课，并以她卓越的指挥能力获得了队员们的信赖，被亲切地称为“少佐”。
《攻壳机动队》系列因其赛博朋克并带有反乌托邦性质的世界观著名。作品中对于未来科技有着精密的设想、考据和描绘，很多出现在其中的概念如今已然成为了现实，《攻壳机动队》也因此获得了众多硬科幻爱好者们的赞赏，并对后世的许多科幻作品有着显著的影响。（具体细节请参考#总体评价）
就《攻壳机动队》的不同版本比较来说，士郎正宗原著的漫画以短篇单元剧为主，人物通常比较轻松幽默，剧情也并非异常复杂，但往往有探讨研究各种科技或社会问题的大段对白文字，因此在分类时属于青年漫画。押井守导演的著名动画电影则十分严肃，人物角色完全没有漫画中轻松的儿童个性，以探讨深刻的哲学话题为主，电影整体也营造出一种沉闷、昏暗并略悲观的氛围。神山健治导演的电视动画则大概介于两者之间，如要分类的话应该是含有大量政治剧情的科幻警察刑侦电视剧。
在东京街头，一切成谜的吃人怪兽“喰种”正悄悄的在人类世界扩张势力。
平凡的大学生金木研因为遭到喰种猎食而性命垂危，医生为他进行了器官移植手术，不料器官提供者其实就是猎食他的喰种。在病床上醒来的金木很快就感觉到身体不对劲，原本记忆中美味的食物全都走味到难以下咽。
一开始，即使好几天不吃东西他也不会饿，但不久，激烈的空腹感开始折磨他。当他意识到，能引起他食欲的对象只剩下街上擦身而过的男男女女，他绝望的日子也就此开始──
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活，再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，最后居然演变成步跟她们全住在一起的局面。
2006年，身为漫画家的藤沼悟因为现实生活不顺遂而持续挣扎，拥有着“重播”(也称重映)的穿越时空能力，是可主动或被动地将时间反复倒带重播，借此阻止“事件”的发生。而他某天下班回到家时，从家乡来访的母亲因在超级市场意外目睹到18年前绑架犯的真实身份，然后认为与过去的同班同学的女孩雏月加代的遇害事件有关，尔后在悟住的公寓遭到杀害，同时悟还被嫁祸成弑亲凶手;这时“重播”能力启动，自己却回到18年前……。来到18年前2月15日的藤沼悟开始决定要阻止整起事件的发生，为了雏月加代与母亲他将出手改写一切历史……。
此外另有外传，故事描述主角藤沼悟在昏睡状态中，以另一个视角描述的新故事，成为中学生的雏月加代和小林贤也等人的外传故事。
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
昔日一场魔界大军与人界的战争“穷暮之战”中，人类锻造出诸多名唤“神诲魔械”的强力兵器。战争过后，这批为数众多的神诲魔械被交由护印师一族长久看守，其中最强兵器“天刑剑”分剑刃、剑柄和剑锷三部分，剑刃奉祀于锻剑祠中，而剑柄和剑锷分别由丹衡、丹翡这对兄妹守护。嗜于收藏宝剑的恶人蔑天骸企图将天刑剑据为己有，丹衡被其所杀、而剑柄亦遭夺去。
另一方面、因雨而向佛堂中的佛像借得一伞的旅人殇不患遇见在寺旁树下歇脚的神秘男子凛雪鸦，凛雪鸦表示取走神佛之物乃大不敬，如不报还一伞之恩可谓违背仁义。殇不患答应他、会协助往后旅途中所遇的第一人。之后、他在半路与遭蔑天骸所率恶党玄鬼宗追杀的丹翡相遇，便允诺助她取回剑柄。
为攻克蔑天骸及玄鬼宗的根据地七罪塔，凛雪鸦召来狩云霄、刑亥两位助力，而狩云霄的义弟卷残云、以及持有攻克七罪塔前迷宫所需法器“回灵笛”的杀无生亦加入队伍中。七人过关斩将、来到七罪塔前的迷宫，凛雪鸦、殇不患和丹翡先行一步进入塔内，丹翡本以为终能杀死蔑天骸报杀兄之仇，但她却连同殇不患一起遭凛雪鸦背叛，被蔑天骸押入大牢。在得知凛雪鸦实为盗贼后，丹翡感叹自己遇人不善，盛怒的殇不患破牢而出，自凛雪鸦处探知真正的剑锷藏于他处，再将消息告知丹翡。
另一方面、卷残云得知狩云霄的目的乃丹翡手中的剑锷，并因此与他决裂，在救出丹翡后、两人回到藏剑锷处，但却遭狩云霄和刑亥追杀，卷的右眼因而失明。得到天刑剑所有部件的蔑天骸拔起天刑剑，唤醒被封于剑下的魔神妖荼黎。取剑不成的凛雪鸦与蔑天骸厮杀，轻而易举将其击败，蔑天骸在破坏天刑剑后自尽。为阻止肆虐的妖荼黎，殇不患取出宝剑“劫荒剑”将其封印。
殇不患将封住魔神的剑交给丹翡与卷残云守护后、便继续踏上旅途。凛雪鸦见天色将变，欲赠纸伞一把聊表饯别，殇不患见风雨之大、持伞形同虚设，便将伞随意一扔。伞被风吹到佛像之旁，报还了一伞之恩。