众神在一千年一度的“人类存亡会议”决定让人类灭绝，唯有女武神布伦希尔德反对。她主张应举办由13位神明对上13位人类，并各自进行1对1决斗的“神VS人类的最终斗争”。若是人类先取得7胜，就可以存活至下一次的“人类存亡会议”。首战为吕布奉先对上雷神索尔....
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由于人类不断破坏环境，众神在一千年一度的“人类存亡会议”决定让人类灭绝，唯有女武神布伦希尔德反对。她主张应举办由13位神明对上13位人类，并各自进行1对1决斗的“神VS人类的最终斗争”。若是人类先取得7胜，就可以存活至下一次的“人类存亡会议”。
第一回战：吕布奉先vs.雷神索尔(胜)
第二回战：亚当vs.宙斯(胜)
第三回战：佐佐木小次郎(胜)vs.波赛顿
第四回战：开膛手杰克(胜)vs.海克力士
第五回战：雷电为右卫门vs.湿婆(胜)
第六回战：前 释迦牟尼(代表人类)vs.七福神集合体“零福” 后 释迦牟尼(代表人类)vs.波旬
那是与我们的地球相似，存在着魔力的世界。二十世纪初，突然出现的敌人“涅洛伊(异形军)”，以压倒性的武力与瘴气的污染大举入侵。人类将唯一的希望寄托在能够驱动魔力机械装置“飞行脚”和“翱翔内裤”、具有魔力的“魔女”们身上;而从世界各国齐集的她们，被称为“强袭魔女”。
小说版“索穆斯没人要中队系列”
1939年，欧洲大陆面临异形军侵略的危机，远离欧陆战场的扶桑皇国决定派遣陆海军的魔女援助欧洲。在皇国近海异形军袭击事件“扶桑海事变”中声名大噪、一跃成为国民英雄的魔女穴拭智子，十分期待自己能被派遣至卡尔斯兰。然而，就任的目的地是欧洲最北境的索穆斯，同伴尽是表现不佳、被各自祖国如同资源回收般送到这里、实力与干劲都低人一等的魔女。集结各国问题儿童、被戏称“没人要中队”的“索穆斯义勇独立飞行中队”，究竟要如何抵挡异形军的威胁?
动画版
1944年，欧洲大陆已殆半沦陷，世界各国纷纷为此筹备反攻作战计划。集结各国素质优异的年轻魔女，联合军第501统合战斗航空团“STRIKE WITCHES”就此成立。在这之中，扶桑皇国出身的宫藤芳佳，因为稀有的强大魔力潜能而被501航空团教官坂本美绪相中。尽管最初因父亲之死而相当排斥参与战争，芳佳在领悟自己的能力可以用来拯救受战火波及的人们以后，带着父亲遗留的飞行脚，加入为人类战斗的行列……
自古以来，人类与海洋的渊源就颇为深厚，人类之所以能够进步和发展，也和海洋有着不可否认的关系。然而，在海洋资源被大力开采的同时，严重的污染也随之而来，越来越频繁的海洋灾害让人类吃了不小的苦头。乌贼娘（金元寿子 配音）是海里的忠实居民，看着生存的家园被破坏，忍无可忍的她决定给人类一个小小的教训。
初涉陆地的乌贼娘还有些不太习惯，顶着一副可爱迷糊的萝莉外形，还未教训人类，自己就先失手打破了海之家的墙壁。无奈之下，乌贼娘只得留在海之家做打工妹来偿还墙壁修补的债务。在海之家，乌贼娘认识了个性好强的相泽荣子（藤村歩 配音），温柔可人的相泽千鹤（田中理惠 配音），活泼好动的相泽武（大谷美贵 配音）。对于乌贼娘来说，虽然惩戒人类的大计尚未成功，但是就这样和朋友们快乐的在一起，好像也是一种不错的选择。
日常篇
漫画：第1卷目标1－第8卷目标61／动画：目标1－目标19、目标27－目标33、目标66－目标73
不擅长运动与学习、做什么事都没有耐心，一事无成的少年泽田纲吉（通称阿纲），在他面前出现了一位自称雷伯恩的杀手，外表与婴儿无异的雷伯恩竟然宣称要作他的家庭教师。其目的是要培育阿纲成为意大利黑手党彭格列家族的第10代首领。雷伯恩利用被打中后会拼死完成临终时后悔的事情的彭格列秘弹“死气弹”，让阿纲成为适当首领的“教育”开始了。
VS黑曜篇
漫画：第8卷目标62－第10卷目标81／动画：目标20－目标26
并盛中学的风纪委员无故被人袭击，并且被拔去牙齿（动画改成在现场留下怀表）的事件连续发生。一开始从风纪委员的关系来看，认为只是单纯不良学生的争执，但是受害者扩及到风纪委员以外的学生。雷伯恩从迪诺那得到的情报、被拔牙齿的数目（动画改成怀表的时间）的减少、和以前排名风太所做的排名判断，敌人是被黑手党放逐的越狱逃犯，目标直指彭格列第10代首领阿纲。不能拒绝第9代首领指令的阿纲，为了打倒主谋六道骸，和雷伯恩、狱寺、山本武、云雀恭弥、碧洋琪一同进入敌人的基地。
VS瓦利亚篇
漫画：第10卷目标82－第16卷目标135／动画：目标34－目标65
与六道骸之战胜利后的某日，在阿纲面前出现了一位有着死气的火焰的少年。他的名字是巴吉尔，为了将彭格列秘藏的半彭格列指环交给阿纲，被彭格列的暗杀部队“瓦利亚”的一员史佩尔毕·史库瓦罗追杀。瓦利亚的目的是要让瓦利亚的首领、第9代首领的养子XANXUS成为第10代首领。阿纲方的守护者7人和XANXUS方的守护者7人，为了争夺下一任的彭格列继承者，展开一对一的指环争夺战。
未来篇
漫画：第16卷目标136－第30卷目标282／动画：目标74－目标203
“十年后火箭炮”是个可以将现在的自己和10年后的自己交换5分钟的道具，但是被误射中的雷伯恩却行踪不明，寻找他的阿纲也不小心被射中来到10年后（正确时间为9年又10个月后）。来到10年后世界的阿纲，知道10年后的自己已经死了，并且杀了他的就是由白兰带领的米尔菲欧雷家族这个新兴黑手党。5分钟过去了却没有回到10年前，狱寺等朋友也来到了10年后，在这个最糟糕的情况下，为了寻找回到10年前的线索，阿纲等人在这个“指环”和“匣子”就是力量的世界展开战斗。并在阿尔克巴雷诺的协助下，阿纲打开了彭格列匣子。
未来篇(1)（漫画：第16卷目标136－第20卷目标175／动画：目标74－目标101）
十年火箭炮飞向雷伯恩，雷伯恩进入十年火箭炮后，却没出现十年后的雷伯恩，阿纲开始寻找雷伯恩，阿纲一行人却意外的进入十年后，得知他们并非到十年后而是九年又十个月，也许打败入江正一就能找到回去的方法，于是阿纲开始艰难的训练，然后到基地中战斗寻找入江正一。
未来篇(2)（漫画：第20卷目标176－第24卷目标226／动画：目标102－目标141）
未来选择篇（漫画：第25卷目标227－第27卷目标256／动画：目标154－目标177）
未来决战篇（漫画：第27卷目标257－第30卷目标282／动画：目标190－目标203）
阿纲他们在获得了彭格列初代家族的认同后，对即将到来的战斗抱持着坚定的决心回到了未来的世界。随着真·六吊花突然袭来，瓦利亞暗杀部队与阿纲等人一同加入战斗之中，彼此之间的斗争难分胜负。然而这场持续已久的战斗终将会结束，即将迎来崭新的未来。
阿尔克巴雷诺篇
动画：目标142－目标153
未来篇的插曲。在10年后的世界，入江正一告诉阿纲，单靠他的大空之戒并不足以开启他的匣子，为了要让彭格列指环发挥真正的力量，因此必须取得阿尔克巴雷诺的七个标记。为了得到标记，众人需回到10年前的并盛町，进行阿尔克巴雷诺们的试炼并完成试炼以取得标记。
初代家族篇
动画：目标178－目标189
未来篇的插曲。雷伯恩认为在选择游戏中败北的阿纲与守护者还不具备能够战胜白兰的实力，于是和尤尼一起决定带着众人回到10年前的并盛町，让阿纲与守护者一同接受彭格列初代家族成员的试验取得他们的认同，并以阿尔克巴雷诺作为家庭教师进行观察并在试验中给予建议。
继承仪式篇
漫画：第30卷目标283－第36卷目标346
阿纲一行人在优尼燃烧生命之火时，借着她复活的阿尔克巴雷诺的力量进行时空旅行，回到了过去。但在此同时却对地壳造成影响，于各地发生地震，为了暂时躲避地震的灾害，至门中学有七位转学生来到阿纲等人所就读的并盛中学。七人之一的古里炎真转到阿纲班上，并与其成为好友。其它的转学生也各自与阿纲的守护者们互相有所关联，对此感到怀疑的雷伯恩对“至门中学”古里炎真等人展开调查，查出他们是个势力弱小的西蒙家族，并且也受邀前来日本参加蓬哥列第十代首领的继承仪式。聚集了世界各地黑手党的继承仪式即将到来，就在此时，却发生阿纲遭到反对势力攻击的事件。狱寺将守护者与西蒙家族找来轮流保护阿纲的安全。
彩虹诅咒篇
漫画：第36卷目标347－第42卷目标409
阿尔克巴雷诺将阿纲等人在未来战斗的过程传达给十年前参与其中的人，使得六道骸等人以及暗杀部队瓦利亚双方为了争取“十年前的弗兰”的归属权形成对立关系。另一方面，雷伯恩与其它阿尔克巴雷诺不约而同地做起有关于过去的恶梦。设计七人受到诅咒的神秘人物再度出现并提议为其解除诅咒，然而却限定唯有最强的阿尔克巴雷诺才能被解除诅咒。为了避免阿尔克巴雷诺直接对战破坏奶嘴，他又进一步要求阿尔克巴雷诺必须各自选择代理人为其战斗。
日常篇（终）
漫画：目标407－409
阿纲被迫抱着必死决心在京子与小春之中做出未来妻子的抉择，却依然不愿意继承彭格列第十代首领的位置，而使得雷伯恩离去，之后再次返回并决定以新?彭格列一世为目标继续教导阿纲。
公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。
2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。
2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。
回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。
于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。
在奇幻作品电子角色扮演游戏游戏中，玩家将会成为在空中旅行的“骑空士”，以传说中的岛“伊斯塔鲁西亚”为目标、展开与伙伴的一同旅行的冒险故事。游玩主线故事与战斗的“任务”来推进游戏剧情，此外，我方角色、武器和道具入手并借此强化，也是这款游戏的游玩目的之一。除此之外，也有可让多数玩家共同参与的共斗任务，让此游戏充满着MMORPG的游戏要素。
本作中的世界观，每座岛、土地均飘浮在空中。岛跟岛之间使用可飞行的骑空艇来联系，也因此骑空士的冒险相当的盛行。文明水准大致等同历史上近世的世界，据说骑空艇的这类突出的科学技术，是由过去支配世界的传说之民・星之民所遗留下来的。星之民在被称作“霸空战争”的事件过后在世上消失了踪影，星之民所操纵的强大自律兵器星晶兽则沉睡在这空之世界的各个地方。总称做空之民的现代住民，有与人相同姿态的人类、头上有对角的多拉夫族(男性身材壮硕、女性身材娇小)、有着兽耳的艾伦族、以及身高只有人类一半的哈宾族，四个种族共同生存。此外，魔法的力量也有别于星之民的技术，是自古传承下来的力量，每座岛上也有各式各样的魔物存在。
在某一座小岛・赛克汀瑟，与小只的龙・碧为伙伴一起成长的主人公怀抱着前往被称作传说之岛的伊斯塔鲁西亚的梦想。在将要从故乡出发的那一天，军事国家・艾尔斯提帝国以及被其追捉的少女露莉亚、和守护着她的女骑士卡塔莉娜出现在主人公面前。主人公为了保护露莉亚而负伤近濒死的程度，接着露莉亚使用了星晶兽的力量救了他，并且让她与主人公共有操纵星晶兽的力量。以空之尽头为目标的主人公与碧、以及为了逃离帝国势力圈而奔走的露莉亚和卡塔莉娜，共同迈向前往伊斯塔鲁西亚的旅程。
不久之后，渐渐加入了新的伙伴，骑空艇操舵士拉卡姆、魔导士少女伊欧、老兵欧根、谜之魔女萝赛塔等多人加入主人公同行的行列。乘着骑空艇古兰赛法号的一行人，先后造访各式各样的岛，并解决了许多有关星晶兽的问题。另一方面、艾尔斯提帝国的宰相芙莉西亚执意持续地追迹主人公等人，并且在各个岛周边住派军队得以搜索他们。此外，带着与露莉亚有相似能力的少女欧尔姬斯的帝国顾问官・黑骑士阿波罗，也在主人公面前出现数次，并且带有某种有别于帝国的目的行动着。
到2020年现在，主线故事还在持续追加更新当中。
舞-乙HiME的舞台是以前地球人类移民的行星エアル，以及当时发生的两大战争(十二王战争与龙王战争)。
某夜，温德布卢姆王国的风华宫被入侵，国王与王妃被杀害，服侍国王的乙HiME也失踪了。
14年后，以徒步穿越沙漠的少女爱莉卡.梦宫，为了找寻从出生就马上分离母亲而到了温德布卢姆王国，并带着母亲的信物“苍天之青玉”来到了世界唯一培养乙HiME的学校加尔德罗贝学园。
入境后，爱莉卡偶然遇见了加尔德罗贝学园的预科生妮娜.王和温德布卢姆王国的公主真白.布兰.杜.温德布卢姆，3人突然遭遇到黑团所操控的奴兽攻击，爱莉卡身上的“苍天之青玉”化解了危机。
爱莉卡想尽办法入学，终于成为加尔德罗贝学园的预科生，但过的生活非常苦，有一名匿名的援助着解决了爱莉卡学费的问题，在那之后她不小心与真白闯入了风华宫的地底，发现了古代的超级兵器“古风琴”，紧接着又被黑团的奴兽袭击，所以真白不得不用“苍天之青玉”与爱莉卡定下契约，后来以苍天之青玉的力量打败了奴兽。
后来爱莉卡潜入真祖所在的灵庙，知道了被藏在华丽的乙HiME历史背面的黑暗，“作为战争兵器分成敌我被迫作战了的“乙HiME”的话扰乱了，更发现被妮娜的养父王.塞鲁哥吸引的心情，而爱莉卡也开始犹豫了，另一方面真白遇到了日邦国年轻的君主鸨羽巧海头忠赖，被指出自己没做到的事，一时放弃了作为女王的责任和义务，但因为想起与爱莉卡的约定，看是爱莉卡先成为最优秀的乙HiME，还是自己先成为让大家幸福的女王。
然而阿尔塔公国与黑团进行着计划，先让罗缪勒斯和莱姆斯双方掀起乙HiME之间的战斗，之后又在新风华宫落成仪式时将风华宫动了手脚，毕业纪念舞斗进行时，黑团的总攻击开始进行，结果温德布卢姆王国和加尔德罗贝学园都落到炎风.戴.阿尔塔的手中，并将静留.维奥拉俘虏，奈月.库鲁卡不得已才逃出温德布卢姆王国，逃跑的爱莉卡被她的好朋友埃尔斯特.霍所持有的奴兽挡下，那时爱莉卡才知道塬来那位匿名援助她的人是塞鲁哥，妮娜的嫉妒之火顿时爆发，和失踪已久的贵石“漆黑之金刚石”有了反应，和阿尔塔定下了契约，妮娜攻击爱莉卡的时候，被埃尔斯特挡下攻击，但埃尔斯特却和她的奴兽一起消失了，爱莉卡无法容许杀了埃尔斯特的妮娜，结果互相憎恨……
故事主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱浬受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，作品就以这些人为中心展开。
用语解说
黑科学
以下是关于本篇科学部部长代理?黑崎朱浬归纳关于黑科学的说法与主要部分(参照第一卷)。
自古以来，魔术和科学是相同一起的，炼金术遗留下来的东西对今日的化学贡献做了很大有名地的事，不过，但不仅只有那个。 现在的科学是将过去在于多样的领域还原到极限继续追究只为当作一个准则，现在为了试图也日夜尝试找寻着。 所谓“黑科学”是指在那个提出想法上对主张不同的事物。
炼金术成为转换化学并且代表一种手段，数学与卡巴拉密术(塔罗牌)是最先进的秘诀，天文学与占星术也因诞生。 在重新考虑此处的话，截至上述“只有一个准则”以实际来说是很奇怪的事。在魔术打破一切相关规则。 占卜?卡巴拉与炼金，不过，黑魔术和善意(白)法术存在于魔术里。 有时，如果像黑科学也像必然对立的两个不相容不必然性地存在可笑。 换句话说，现在以广泛而闻名的现代在科学上做对立的还有一个理论体系，那个就是“黑科学”。
机巧魔神（アスラ?マキーナ）
总数二十一部，为了对抗恶魔而仿造的机械恶魔仿造品，称为“魔神(机神)”，高约四米。
从演操者的影子中出现，消耗副葬处女的灵魂，根据演操者的命令而活动。 各个机体都有自己各自的特性, 因此拥有的特殊能力也因机而异. 召唤及使用特殊能力时会念出各机独有的咒文。机巧魔神只会在装载着副葬处女的容器被破坏，演操者死亡或副葬处女的灵魂消耗之情况之下才会机能停止。
存在着机能扩张用的增设物品。
小说原本设定中，是说其中十部有金属名字的机巧魔神更为强力。
以下为已登场的机巧魔神（如无特别注明的话是第二巡世界之人）:
黑铁（クロガネ）
演操者:橘高冬琉（前任）→夏目智春、副葬处女:橘高秋希（前任）→水无神操绪、能力:重力制御
漆黒的魔神，在机巧魔神中以高性能为自豪。
其能力“黒之拳撃”，可以产生出高重力能源球用作攻击，及歪曲空间构成防御壁来防御。正体为黑洞的生成及操作，拥有凌驾光速，核心为无限重力之状态，改变时间流动的能力(根据与蔷薇辉一战中在时间停止状态中仍能活动来推断)。
召唤语为“来吧，黑铁！”（来い、黑鐡!）
咒文为““出自比黑暗更为黯淡的深渊－其为、科学之光所投下之影！”（闇より暗き深淵より出でし―其（そ）は、科学の光が落とす影!）
黑铁·改（クロガネ?かい）
演操者:夏目智春、副葬处女:水无神操绪、能力:重力制御·空间切断
恶魔相关
恶魔（悪魔）
表面上与普通人类并无区别，根据种族的不同所能使用的能力也有所区别。
尤其是女性恶魔通过与人类进行“契约”，可以获得召唤使魔的能力，而男性恶魔则在基础战斗能力上有较大优势。
使魔（使い魔）
女性恶魔给与契约者的力量的具现化的象征，从属于契约者。
由恶魔属性的不同具有诸多特殊能力，有着与机巧魔神匹敌的战斗能力。
分为幼体与成年体两种形态，虽然具体的成长条件不明，不过若父母双方（即恶魔与契约者）之前的关系不好则使魔也会难以得到成长。
魔神相克者（アスラ?クライン）
参见“机巧魔神相关-魔神相克者”
学生会（生徒會）
第一学生会（第一生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。隶属于被称为神圣防卫队的国际治安维持组织，负责保证校内的安全，以及管理运动系社团。
他们主张恶魔的存在是世界灭亡的原因，所以要清除校内危险的恶魔。
第二学生会（第二生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。又被称为巡礼者商联盟，负责校内委员会的活动的管理。
他们主张为了防止世界灭亡需要大量的资金，为了赚钱，他们接受了许多非法的工作依赖。
第三学生会（第三生徒會）
洛芦和高中公认的学生会之一。是被称为王立科学狂会的国际学术机构的支部组织，他们研究的是被称为黑科学的技术。负责管理文理系社团。
他们主张恶魔的能力是拯救世界灭亡的关键，与第一学生会相对立。