在一个被剑与魔法支配的大陆库娜昂(クナアーン)之上，存在着三个势均力敌、互相竞争的王国：圣阿蒙利亚(聖アモリア)、伊斯芬(イシルフェン)和沃伦帝斯(ヴァンロディス)。
此大陆正面临着邪龙“达钢索德(ダガンゾート)”威胁，少年“锡洛”的双亲巴易洛和可斯米特为了封印这威胁着人类存亡的灾祸，于是和一群魔导士启动封印仪式。但最终却因为某种未知阻碍而宣告失败，所有参与者大都死亡或失踪。当时幼小的锡洛立志为双亲报仇，展开了为期10年的剑术修行，并在16岁那一年踏上了击退邪龙的旅程，在旅途中锡洛认识了很多志同道合的好友，大家一齐以讨伐达钢索德为目标，不断前进。
一名古代的武士青马剑之介时贞，在长年的沉睡后苏醒于现代。他在过去所驾驶的机体，则被联合国作为古代人造物进行研究，并开发出了同样尺寸的大型机器人。而在过去曾与青马剑之介时贞战斗过的“鬼”，也从宇宙再次来到了地球。
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
地球上的人类被一种名为“Savage”的神秘生命体侵略，唯一能对抗“Savage”的只有名为“百武装”的兵器。为了利用“武艺者”待遇来替妹妹治病的如月隼人，决定进入海上学园都市舰“Little Garden”就读，并在那里遇见一名陌生却对他所知甚详的室友艾米莉亚·汉密特。隼人、艾米莉亚和“Little Garden”的伙伴与“Savage”的战斗就此开始。
设定
“竞女”为本作品原创的虚构赌博竞技。是一种在水上擂台(称为“立地”)进行、由女性参赛者穿着泳装、并且以胸部和臀部进行碰撞的竞技运动。参加的选手不能使用手和脚攻击，只能以臀部和胸部击落对手，如果用胸、臀以外的部位接触到对手就是违规。只要落到擂台外(也就是落水)即是落败，在擂台上倒地也视为落败。这项运动在2003年诞生，成为与竞马、竞轮、竞艇齐名的超人气赌博赛事。乍看之下比赛热血沸腾，但剧中描写此运动曾多次造成选手及人员伤亡，且有角色因此半身不遂，是一项危险的竞赛项目。竞女选手分为近战型(インファイター)、外线型(アウトファイター)和反击型(カウンター)三种，三者互相克制。
故事大纲
贫穷的高中生神无希得知了一种被称为竞女的竞技赌博运动，为了靠这种运动赚大钱而决定迈向选手之途，她进入位于关西的濑户内竞女养成学校，认识了前柔道选手宫田纱耶香，以及室友青叶风音和丰口能。四人原本被分配在普通班，在某次训练中、神无希意外使出了强大的技巧“真空烈尻”而受到师长的关注，在接受特训后实力提升，并在分班测验后进入精英培训班。之后、神无望在职业选手白雪京子的指导下习得“瞬尻”，并和同学组成队伍、与位于关东的骏河竞女养成学校的队伍举行“东西战”，以两胜一败的成绩取得胜利。毕业后，神无望迈入职业竞女之途、向奖金女王“五尻”挑战。
与奶奶住在一起的中学二年级女孩可可娜，某一天遇到了不可思议的女孩帕皮卡，并和她踏上一同在“纯洁幻影/Pure Illusion”这个世界找寻“耳之碎片”的旅程。而当两人的冒险遭遇危机时，耳之碎片开始发光，给予两人变身的能力。
故事以一群喜爱竞技猜谜的高中生为主轴，描述热爱书籍的男子越山识认识了一名名为深见真理、过去曾参与过猜谜竞赛的女子，主人公为高中一年级的越山识，在入学后立刻受到诡异学长劝募，希望他参加旗下的“猜谜研究会”。
原本只是个内向书虫的识，被一名同学深见真理拉了一把，就此踏入竞争只在0.01秒间的猜谜抢答世界。深见真理过去曾参与过猜谜竞赛的女子，受到他丰沛知识的吸引加入了猜谜研究会，而他们的故事也就此展开。
与猜谜研究会的前辈及伙伴、以及拥有压倒性强大的对手·御来屋千智的相遇，正解时的喜悦，无法按下按钮时的悔恨……
并不只是知识，也要磨炼各种技术，并与同伴一同以胜利为目标的“竞技猜谜”的世界当中，越山识以猜谜拼上青春的每一天开始了。
以“真正的实力、真正的平等到底是什么?”为主题，描写全新的学园默示录。
因某个理由而在入学考试偷工减料的主角绫小路清隆，被分配到了被揶揄为次品聚集地的D班。与同一个班级、成绩优秀但性格超麻烦的美少女堀北铃音，还有由牵挂与善良构成的天使般的少女栉田桔梗的相遇，使得状况开始发生改变。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么——。东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……!来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会?
作品设定
高度育成高等学校(高度育成高等学校)
99.9% 能够就职于期望的工作，拥有最新的设备。每个月学校发放货币，发型和私有物的携带等等极其自由的校风。学校指南的小册子里是个由梦幻般文字书写而成的学校。然而其真实情况则是一切皆由自身实力来衡量，完全的实力主义教育学校。入学测试的综合分数(包括笔试、面试、国中时的评价)按照高到低，从A班开始分配。一开始能力就很高且无不良纪录的人必然被分到A班。而因为能力低或拥有不良纪录的人则会被分配到D班，因此入学后的点数必然会被越拉越开。优秀的人会被作为优秀的存在而被郑重其事地对待。因为比起笔试，面试，也就是个人的外在占的比重更大，所以D班里必然聚集了一堆问题人物(不良品)。
S系统(Sシステム)
入学后班级人员的分配，以及班级点数增减原因，都根据此系统决定，是一个潜藏在高度育成高等学校未明朗化的系统，学生只能根据自己的手上的资讯，来推测此系统的正体，整体状况不明。
S点数(Sポイント)
又称为“班级点数”，简称“Cl”，动画简称为“CP”。每个月底班级点数汇入各班并转换成个人点数，“1 Cl”可转换成“100 Pt”。
个人点数(個人的なポイント)
简称“Pt”，动画简称为“PPt”。“1 Pt”相当于“日圆1元”，在这所学校中，只要有点数，没有买不到的东西(除了违反校规之外)。个人持有两千万个人点数可以单独转去想去的班级，是除了依靠提升班级点数超越别班之外，另一个可以往A班的方法，只是创校以来，没有任何一个学生成功达成此功绩。
就连三年前依靠违反校规的手段收集个人点数，达成创校以来收集最多个人点数纪录的3年B班学生，直到毕业前夕最高也只有收集到一千两百万，而且后来此学生还被学校退学。龙园打算在这三年内收集八亿个人点数，让C班全员转入A班。
特别考试(特別試験)
在这所学校除了其他正常学校有的考试之外，还有独特的考试，其次数甚至超过正常的考试，不如说这所学校的考试主轴就是特别考试。根据幸村的说法和实际体验痛悟，在这所学校只会学习是不行的，只会运动也是不行的，即使两者兼备，也无法只依靠这些通过这所学校全部的特别考试，直觉、灵感、感觉，这所学校依次考验在人类社会中立足所必不可缺的东西。单打独斗已经是没有出路的了，将会需要的是能把那些要素全部填补的队伍与团结。
White Room(ホワイトルーム)
绫小路清隆成长并受教育的地方，故事开始一年前，绫小路清隆都在这里度过。由绫小路清隆的父亲所掌管，在White Room 里，绫小路清隆的父亲的命令是绝对的。根据绫小路清隆的说法，White Room 不是一个很有人道的地方，甚至见不得人，还有人权等诸多问题，但是这里可以受到最好的教育，因此绫小路清隆累积了远超越一般人一生所能学习到的知识。
这里的教育不止有单纯的能在普通学校能学习到的，还有各种各样的东西，学问、学术、武术、防身术、处世术……等等，绫小路清隆的父亲认为必要的部分都是White Room 必须学习的。反之绫小路清隆的父亲认为不必要的部分，如游戏、动漫……这些世俗东西之类的，不在White Room的学习范围内，导致绫小路清隆对于世俗方面的东西不是很了解。
White Room 将绫小路清隆培养成一个全才，并称作最高杰作品。因为某些原因，White Room 暂停一年，之后再度重启，不过都没有出现有如绫小路清隆的人才，导致绫小路清隆的父亲想用各种手段把绫小路清隆从学校带回去。坂柳有栖对White Room的想法是，为了让“没有天分的人”成为天才而准备的场所，作为天才出生的人不需要那个场所。
转学到远处高中的金泽伸明，由于在之前的学校经历过的某件事，而对于与同班同学亲密相处感到恐惧，封锁了自己的内心，但他以体育祭上的班级对抗接力赛为契机，开始和同学们变得融洽起来。
一天，伸明的班级所有人都收到来自“国王”不可违背的命令简讯。开始只是平常的命令，大家也当作玩笑执行了。可是，命令逐渐升级，演变成赌命游戏。不服从命令者则死!无边的恐惧开始腐蚀著同学间的友情，也考验著大家的人性。
同班同学们认为这只是单纯的恶作剧而并没当回事，但只有伸明知道此事的含义，并对于要面对即将开始的“死亡”游戏感到内心纠葛……
故事发生在持续发生大规模杀人和猎奇杀人的社会中，其中调查组织“藏（也译作仓）”用着从罪犯的杀意（思想粒子）构筑的无意识世界（杀意世界）的系统（罔象女）与鸣瓢秋人在“井”（日语：イド）中的身份名侦探·酒井户，协助通过揭开井的奥秘来帮助追查追捕杀人魔的罪犯行踪，其中几个杀人魔的井中出现了同样面貌的以约翰·沃克为命名的人影。
里面的调查人员有能力进入杀手的潜意识，看到他们精神的碎片，而井是一种可以通过数字输入来收集有关杀手的受害者、犯罪现场甚至动机的线索的心理平面，当一个人通过“井”时，他们的视线和行动就像真实世界中的数字投影，供调查人员实时分析。
由于人的无意识思维很少被组织起来，井内的一切都呈现出破碎或象征性的状态，包括人和地点，只能由调查井内的人暂时拼凑在一起。此外，井只能由其他杀手进入。
虽然在井中受伤或死亡是可能的，但“名侦探”可以被移除并重新注入井中，尽管之前在井中的记忆将会消失。现场分析人员使用一种名为“稚产灵”的工具协助井调查人员，这是一种探测和收集细微的“思想粒子”的手持雷达枪，它是由一个人的杀人意图发出的。
扫描程序可以收集特定罪犯的杀人意图，并将这些信息添加到他们的井中。这有助于充实杀手的身份，以便进行更彻底的调查。此外，在井中遇到的受害者的记忆也可以为环境增加重要的信息。
在一切事情发生的两年前，鸣瓢秋人的女儿穆库被一名连环杀手残忍杀害，导致鸣瓢的妻子自杀。这些死亡促使他追捕并杀害了凶手，使他被判入狱。
后来他的任务是潜入各种连环杀手的井，期间他仍然为妻子和女儿的死亡感到沮丧和困扰，但他也以此为动力，认真对待自己的工作，帮助拯救其他连环杀手受害者。然而，鸣瓢分析杀手的心理弱点的能力也导致了多个连环杀手在监狱期间自杀，调查小组对此很警惕。然而，尽管如此，这表明大多数鸣瓢的同事都非常尊重他的工作。
另一边，在现实世界中追捕犯罪分子的新手现场外务分析官本堂町成为一个重要的人物，利用不顾自己的行动能力和洞察力，成功抓住了犯罪分子。但是，由于他在“挖墓”事件中表现出了自杀与杀人行为，因此被推荐转向了名侦探。井端从约翰·沃克监视杀人魔的痕迹中，寻找起藏成立以前的“单挑”事件的线索，让在事件中的杀死了杀人犯单挑，并产生了让本堂町潜入的井。井中还有个井，里面有一个叫飞鸟井木记的，亦是百贵救出并调查下落的杀人犯单挑的最后的受害者。