背景设定
故事在开端描述有一群超能力者一直在某孤岛的特殊学校中接受训练，以迎接未来的灾厄——“人类之敌”。这些超能力者的能力各有不同，例如控制火焰、时空转移、预知未来等等。然而，故事接着会揭露这只是政府的阴谋——所谓“人类之敌”并不存在，而且超能力者毫不知情。公元19XX年，世界上开始出现具有超能力的人类，仗着特殊能力为非作歹，导致社会制度崩解。这些人被视为“人类之敌”。历经五年战争，无能力者取得胜利。因此，在百年之后，政府才会宣称要培训他们与所谓“人类之敌”战斗，以便合理地孤立超能力者。政府安排了没有超能力的柊娜娜混入其中，来屠杀超能力者，以免无能力者再度受超能力者支配。
剧情大纲
柊娜娜进入学校后，宣称自己具有读心能力，实际上她只是透过冷读法和演绎推理判断情况，借此杀死可将其它超能力无效化的中岛，以及其它超能力者。她还刻意让自己受伤，并引导其他人认为这是“人类之敌”造成，顺利让自己被推举为班长。虽然娜娜在岛上顺利执行任务，但其举动渐渐遭到同为转学生的小野寺怀疑。小野寺具有不老不死的能力。娜娜在无法杀死他的情况下，一面要阻止他继续追查真相，一面要杀死其它超能力者。然而，娜娜获同学之一的犬饲满真情相待，得以走出了双亲被杀的童年阴影。她不但与犬饲萌生友情，还开始怀疑起自己的任务。
娜娜在岛上遇见并非学生的橘慎。橘具有变身成他人并使用其超能力的能力。他与其他超能力者在五年前被送到岛上后自相残杀，橘慎是该次战事中唯一的生还者。他变身成动物暗中观察，因此对娜娜的所作所为了若指掌，并打算在得知她的动机后杀死她，为学弟妹复仇。岛上开始出现其它杀人者，在追查过程中，犬饲为救娜娜而殒命，让娜娜情绪低落。娜娜的长官鹤冈辰巳来到岛上，利用犬饲的死迅速整顿心志散乱的学生，让娜娜重新振作，再派出自己的学生真壁萌监视娜娜，之后便离开小岛。橘调查鹤冈后推断出娜娜的动机。娜娜因犬饲的死，决定顺从自己的真心，追查真正的敌人。
众人离开小岛回到本土，鹤冈持续命令娜娜杀人。娜娜则提出交换条件，要鹤冈说出真相。鹤冈暗示自己便是娜娜双亲的凶手，让娜娜背叛鹤冈。鹤冈找到实际上并未身亡的中岛来接替娜娜的工作。中岛的能力变得更强，可消除他人的认知能力，也能消除情绪进而控制人心。
20XX年8月，东京的银座突然打开了“门(ゲート)”并从中出现了大量的怪物及仿若古罗马的骑士组成的军队，杀死了大量的平民，后称此事件为“银座事件”。
在事件发生后的七天，击败敌方军队并顺利攻占异世界的“门”的日本政府，称“门”另一边的幻想世界为“特别地区”(简称“特区”)，同时为了调查及防止类似“银座事件”的情况再次发生而派出自卫队(官方称特地派遣)，确保“门”的掌控。
在“银座事件”活跃的主角伊丹耀司(动机是“这样下去同人志贩卖会就要中止了!”)，在事件后晋升为二等陆尉(相当于中尉)，并率领一只侦察队深入“特区”，在为了调查遭炎龙毁灭的村子时结识并与三位美少女(魔法使、精灵、亚神)一起行动。
“银座事件”的当事人要求日本政府向“帝国”讨回赔偿，但对没有人权及国际法等概念的帝国交涉十分的困难。这时垂涎“特区”利益的世界各国也开始干涉自卫队在“门”的另一边的行动。
“门”的另一边，自卫官不断与住在靠近自卫队的桥头堡的避难村民交流，日本(地球)的文化在“特区”逐渐的传播开来。
全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至现代之时，不死的怪物“卡巴内”突然出现。卡巴内被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭。被卡巴内啃咬的人几乎会变成卡巴内，并开始袭击人类。之后卡巴内爆发性地增殖，并覆盖全世界。
远东岛国“日之本(日ノ本/ひのもと)”的人们，为了对抗卡巴内的威胁，而在各地建造名为“驿”的城市并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车(通称“骏城”)。驿之间通过各自生产物的融通，总算是保全生活。
某天，穿越前线的骏城之一“甲铁城”来到显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称“无名”的那位白天的少女再会，此时一架骏城“扶桑城”突然暴走并突入了显金驿，那架骏城乘员全灭而且全部变成了卡巴内，卡巴内从骏城向显金驿溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，与卡巴内的战斗开始了。
不知从何时开始，各种具有超自然力量的“怪人”不断地出现并造成灾害，为了打击它们，由某富豪所创立的“英雄协会”开始招募全世界的能人异士成为职业英雄与怪人对抗。
故事主角埼玉是一名兴趣使然英雄，因为22岁时打败了怪人‘蟹人’并且拯救了小孩而燃起小时候想成为英雄的梦想，接下来持续三年的每一天不间断地做100下俯卧撑、100下仰卧起坐、100下深蹲和长跑10公里以及和怪人战斗、不断提升战斗力与身体机能，最终打破生物限制器的自我训练而变的强大，在无人知晓的情况下从事英雄的工作。最终掉光所有毛发成为了光头，但也因此获得最强的力量。
埼玉成为了最强英雄后，却因为力量太过强大，没了当初训练期间能打败怪人那激昂的情绪并渴望遇见能与之一战的强大对手。在一连串事件中，埼玉遇见了各式各样的英雄和怪人，收了魔鬼改造人杰诺斯做为徒弟，并加入英雄协会以获得官方认可。与众多英雄一起开始了对抗各种怪人以及灾难的生活。
一日，外星球的暗黑物质首领，全宇宙的霸主‘波罗斯’来到地球想找一个能和自己决一死战的强大对手，埼玉将和他爆发一场惊天动地的大战。
另一方面，英雄协会为了因应“地球不妙了”的末日预言而召开了一场征求高额悬赏犯及犯罪份子共同参与保卫地球及人类免于受怪人毁灭的会议。此时，一名名为‘饿狼’的武术天才现身，声称自己就是预言提到的神级怪人灾害并击败了在场所有的英雄与罪犯，其后饿狼便展开了“英雄狩猎”活动，目标是击败所有的英雄并成为最强的怪人。
与此同时，以‘怪人王远吕智’为首，名为“怪人协会”的怪人集团在一旁虎视眈眈，注意到了饿狼的英雄狩猎活动后打算将其招募为怪人协会干部，并即将向人类社会发动前所未有的战争。兴趣使然的英雄，埼玉与人类怪人饿狼两人之间即将展开价值观冲突的战斗。
剧情是设定
在故事开始前的一百年，巨大的类人生物“巨人”突然出现，毫无理由地消灭大半人类。残余的人类建造了三道同心圆高墙，最外围的是玛丽亚之墙、中间是罗赛之墙、最内侧是希娜之墙，人类怀抱着摇摇欲坠的和平居住在墙内百年之久，许多人在墙内出生长大、不曾见过巨人。这一切在某一天起了变化，一个六十米的超大型巨人突袭并破坏了西干希娜区（玛丽亚之墙外）的城门，而另一个全身覆有似铠甲构造的铠之巨人则打碎了玛丽亚之墙的城门，让一大群巨人得以进入该区。人类被迫放弃了玛丽亚之墙和罗赛之墙间的土地，撤离到内部区域，导致人口变得密集，产生动乱和饥荒。
巨人是巨大的人型生物，身高通常在3至15米之间，他们的外观看似成年人类，不过都没有生殖器。他们似乎不需要食物，但会本能地捕吃人类，却不会袭击人类以外的生物。巨人没有消化系统，他们吞掉人类后，体内的黏液会将之包裹为黏糊糊的球吐出。巨人的皮肤坚硬，能迅速再生，除了后颈这个唯一的弱点以外都难以造成永久伤害。
人类为了对抗巨人而招募了三支兵团：故事的核心放在调查兵团，他们会策马出击，对充满巨人的墙外世界进行调查，试图夺回土地。由于调查兵团的伤亡率极高，但却又鲜能勘查到实质有用的情报，所以经常受到民众的无情嘲讽；第二支是人数最多的驻扎兵团，他们守卫墙内人民的和平；第三支部队是宪兵团，他们负责守卫王室，由于工作相对轻松及安全性较高，导致了腐败和许多政治弊病。士兵使用立体机动装置作为武器，这是一个绑在腰间的多功能装置，能发射钩绳以便在树木、屋顶和墙壁间移动，两侧有鞘放置双刀，主要用于割下巨人后颈致命部位。
墙内的政治实权在王政府身上，国王是没有实权的傀儡，亦存在类似国会的立法机关；而总统则是三个兵团的统帅，代表军方。但是王政府官员和议员都存在腐败问题，同时在议会上亦有部分派别议员反对继续提供资源给调查兵团进行壁外调查。随着故事的进展，傀儡国王以及王政府被推翻，但是实际权力仍在总统和三大军团手上。
故事大纲
《进击的巨人》故事围绕在主人翁艾伦·耶格尔、寄养于他家的三笠·阿克曼，和他们的童年玩伴爱尔敏·阿诺德三人的经历。在保护他们家乡的玛丽亚之墙被“超大型巨人”和“铠之巨人”摧毁后，艾伦亲眼目睹母亲卡露拉被巨人吃掉，立下誓言要杀光所有巨人，而艾伦父亲古利夏从此下落不明。艾伦、三笠及爱尔敏三人随其他难民撤退到罗赛之墙内，之后加入了训练兵团。
墙内篇
托洛斯特防卫战（1~4卷）
第57次壁外调查（5~8卷）
厄特加尔城墙战（9~10卷）
艾伦夺还战（10~12卷）
王政篇（13~18卷）
玛丽亚之墙夺还战（18~22卷）
墙外篇
马莱篇（23~26卷）
帕拉迪岛分裂篇（27~29卷）
地鸣篇（30~34卷）
某天，15歳的国中生浅永瞬因为在他父亲的公司接触了水晶，被从地球突然出现的异次元空间安多拉给吸了进去。
另一方面，在安多拉王国的王子艾米里欧想要刺杀国王失败而抓进了牢房。就在这个时候，浅永瞬突然出现在艾米里欧面前...
在ENDORA的城堡迎来16岁生日的王子·艾米利欧，对于现在的王·德尔塞因怀有强烈的憎恨。到达了继承王位的年龄，终于可以拿起武器复仇，却由于力量差距过大而完全不是对手。艾米利欧被德尔塞因逮捕并投入监狱，只能悲叹度日。但牢狱的墙壁突然歪曲，瞬在那里现身了。
一人为了回到原本的世界，一人为了成功复仇，而在“ENDORA”生存的少年们。在不同世界长大的两名少年所抓住的未来会是……。
故事发生在一家名为犍陀罗music的唱片公司中，澄空翼(金元寿子 配音)是刚刚来到公司的经纪人，然而，初来乍到的她立刻就被通知要同时负责三支偶像小组，一上来就要背负如此艰巨的任务，澄空翼简直怀疑自己是不是被骗了。
向来以王子形象示人，但实际上非常缺乏生活常识的北门伦毗沙(小野大辅 配音)、身材娇小个性腹黑的是国龙持(岸尾大辅 配音)、个性认真严肃甚至有些古板的金城刚士(丰永利行 配音)、天真浪漫非常友好热情的阿修悠太(花江夏树 配音)、常常沉浸在自己的世界中的爱染健十(加藤和树 配音)，澄空翼要应付的，是这些帅气但是麻烦的家伙们。
故事以一群喜爱竞技猜谜的高中生为主轴，描述热爱书籍的男子越山识认识了一名名为深见真理、过去曾参与过猜谜竞赛的女子，主人公为高中一年级的越山识，在入学后立刻受到诡异学长劝募，希望他参加旗下的“猜谜研究会”。
原本只是个内向书虫的识，被一名同学深见真理拉了一把，就此踏入竞争只在0.01秒间的猜谜抢答世界。深见真理过去曾参与过猜谜竞赛的女子，受到他丰沛知识的吸引加入了猜谜研究会，而他们的故事也就此展开。
与猜谜研究会的前辈及伙伴、以及拥有压倒性强大的对手·御来屋千智的相遇，正解时的喜悦，无法按下按钮时的悔恨……
并不只是知识，也要磨炼各种技术，并与同伴一同以胜利为目标的“竞技猜谜”的世界当中，越山识以猜谜拼上青春的每一天开始了。