高中生田中，在日常生活中极力避免麻烦事、爱叹气、总是单手拄著脸，一副快睡着的眼神，基本上也不想努力，跟无法丢下他不管、个头高大且沉默寡言的太田所带来的悠哉缓慢、迟钝且神经大条的青春喜剧。 本作是描述一个懒散却不令人讨厌的田中，以及沉默但爱照顾人的太田两人一段缓和的学园生活故事。
热门社交游戏“魔法少女育成计划”，为数万人之中仅一人能成为魔法少女的奇迹般游戏。幸运地获得魔法，过着充实生活的众少女。然而，就在某一天，她们收到法布传来“因人数过多，为了确保魔力供给足够，要裁掉一半的魔法少女”的片面通知，需在16人中削减8人，于是由16位魔法少女所带来的残酷激烈、惨无人道的殊死竞存比赛，由此拉开序幕。
然后在经过一场大规模的战斗后，魔法少女存活人数达到7人，但法布突然宣布“因为途中有给出魔法道具的关系，魔力供给依旧不足，将存活人数下修到4人。”于是残存的魔法少女在生存威迫下再度展开一场殊死厮杀。
公元1939年9月1日，架空的二战欧洲，专制国家日耳曼尼亚掀起了战争，并很快侵占了欧洲大片领土。公元1940年，为配合非洲的战事，日耳曼尼亚向南侵略，开始威胁阿尔卑斯山山麓的小国埃尔施塔特公国。为抗击侵略，当时的公女菲涅代表大公秘密前往中立国维斯特里亚与不列颠尼亚外相瑞德弗德会面，争取与不列颠建立同盟。
但因公国战事的爆发使得谈判未果，菲涅也被突然闯入的日耳曼尼亚军逮捕。随后菲涅与魔女伊泽塔相遇，伊泽塔是世界上最后在世的魔女，幼时便与菲涅相识。伊泽塔就帮助了菲涅安全回国。在了解当时时局后伊泽塔打算用她的魔法守卫公国。于是在魔法的介入下日耳曼尼亚的侵略计划受阻并打乱。随后公国大公逝世，菲涅继承王位。伊泽塔同时透露魔女的魔力源自地脉，只有在地脉密度较高之地才能发挥力量。在见识到魔法的力量下，日耳曼尼亚秘密开展了找寻魔女的新计划，并找到了曾经与公国结怨的白色魔女佐菲的骸骨。公国也相应的展开了宣传魔女魔法的计划，希望通过魔法的强大震慑日耳曼尼亚。伊泽塔的魔法事迹于是向全世界进行传播。此时公国暂时恢复平静。
不久在诺斯王国召开了同盟国大会，借助伊泽塔击沉日耳曼尼亚航母龙岩的展示，菲涅赢得了与会成员的信任，来自亚特兰大合众国的大使也向总统发电报请求出兵欧洲同时消灭日耳曼尼亚与埃尔施塔特。但同时因为魔法的强大使得人们既惊叹于魔法也产生了恐惧。在击沉航母时地脉的秘密也被日耳曼尼亚得知。日耳曼尼亚加快了进度，透过克隆技术将佐菲复活。并透过伊泽塔的血液唤醒了佐菲的意识。另一方面日耳曼尼亚秘密获取了可吸收地脉能量的半块魔石。但它的使用会减损寿命。一番准备后日耳曼尼亚卷土重来，伊泽塔与佐菲爆发战斗。因魔石的助力伊泽塔被佐菲击败。随后日耳曼尼亚攻占了公国首都，不久公国沦陷。菲涅与大臣逃往阿尔卑斯山藏匿，并奋力救回了伊泽塔。伊泽塔苏醒后，公国方齐克拿出了另半块魔石，伊泽塔为守卫公国接受了魔石。后来菲涅从投诚的贝格曼得知，日耳曼尼亚利用魔女的力量研发了类似核武器的战略兵器，打算摧毁公国以威胁同盟国。但战略兵器仍需要依靠地脉和佐菲的力量控制。
为阻止这场悲剧，带着魔石的伊泽塔再次跟佐菲爆发战斗。伊泽塔已和菲涅商量好，透过吸收欧洲的地脉能量使得魔法不再存在于欧洲，而菲涅赴维斯特里亚将她们的计划告诉同盟国。这也是伊泽塔提出的作战策略。最终佐菲因身体是复制体而无法承受过多的地脉能量聚集而死亡，伊泽塔虽然活了下来但落下双腿残疾，魔法从此在欧洲消失。此后亚特兰大合众国与伏尔加联邦两路出兵日耳曼尼亚。日耳曼尼亚皇帝自尽、帝国覆灭、欧洲最终恢复和平，此后菲涅致力于维护世界和平，伊泽塔则在幼时与菲涅相遇之地静养，菲涅不时会来看望伊泽塔。
运动神经不好，无论做什么事都无法坚持的亚美。对某日偶然看到小巧可爱的折叠自行车一见钟情，深信这是“命运的相遇”的亚美用存下来的钱买下了“蹦太”，并开始和好朋友葵一起享受骑自行车的乐趣。她也因此结识了同所大学的单车同好。在憧憬着学姐们口中风景和美食的亚美，因而展开向自我挑战的自行车运动。
12年前，在利姆加尔德王国发生的大事件，所有人神秘失踪而留下了一个巨大的谜团。随着时日经过人们已日渐忘却。时光流转，尤依和蕾娜两个没有血缘关系的姐妹在埃纳斯特利亚皇国度过着平稳的日常。某天，一台巨大机体袭击了埃纳斯特利亚。以这一天为分界线，少女的命运被卷入了漩涡当中。
在奇幻作品电子角色扮演游戏游戏中，玩家将会成为在空中旅行的“骑空士”，以传说中的岛“伊斯塔鲁西亚”为目标、展开与伙伴的一同旅行的冒险故事。游玩主线故事与战斗的“任务”来推进游戏剧情，此外，我方角色、武器和道具入手并借此强化，也是这款游戏的游玩目的之一。除此之外，也有可让多数玩家共同参与的共斗任务，让此游戏充满着MMORPG的游戏要素。
本作中的世界观，每座岛、土地均飘浮在空中。岛跟岛之间使用可飞行的骑空艇来联系，也因此骑空士的冒险相当的盛行。文明水准大致等同历史上近世的世界，据说骑空艇的这类突出的科学技术，是由过去支配世界的传说之民・星之民所遗留下来的。星之民在被称作“霸空战争”的事件过后在世上消失了踪影，星之民所操纵的强大自律兵器星晶兽则沉睡在这空之世界的各个地方。总称做空之民的现代住民，有与人相同姿态的人类、头上有对角的多拉夫族(男性身材壮硕、女性身材娇小)、有着兽耳的艾伦族、以及身高只有人类一半的哈宾族，四个种族共同生存。此外，魔法的力量也有别于星之民的技术，是自古传承下来的力量，每座岛上也有各式各样的魔物存在。
在某一座小岛・赛克汀瑟，与小只的龙・碧为伙伴一起成长的主人公怀抱着前往被称作传说之岛的伊斯塔鲁西亚的梦想。在将要从故乡出发的那一天，军事国家・艾尔斯提帝国以及被其追捉的少女露莉亚、和守护着她的女骑士卡塔莉娜出现在主人公面前。主人公为了保护露莉亚而负伤近濒死的程度，接着露莉亚使用了星晶兽的力量救了他，并且让她与主人公共有操纵星晶兽的力量。以空之尽头为目标的主人公与碧、以及为了逃离帝国势力圈而奔走的露莉亚和卡塔莉娜，共同迈向前往伊斯塔鲁西亚的旅程。
不久之后，渐渐加入了新的伙伴，骑空艇操舵士拉卡姆、魔导士少女伊欧、老兵欧根、谜之魔女萝赛塔等多人加入主人公同行的行列。乘着骑空艇古兰赛法号的一行人，先后造访各式各样的岛，并解决了许多有关星晶兽的问题。另一方面、艾尔斯提帝国的宰相芙莉西亚执意持续地追迹主人公等人，并且在各个岛周边住派军队得以搜索他们。此外，带着与露莉亚有相似能力的少女欧尔姬斯的帝国顾问官・黑骑士阿波罗，也在主人公面前出现数次，并且带有某种有别于帝国的目的行动着。
到2020年现在，主线故事还在持续追加更新当中。
皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……
第一章《飞龙降临》
2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……
第二章《折翼飞龙》
皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”
E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。
另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。
为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。
第三章《辉芒陨落》
革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。
第四章《憎恨记忆》
革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了……
夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。
最终章《致我所爱》
信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。
「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」
レイラはアキトを见つめる。
「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」
人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。
真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局
以“真正的实力、真正的平等到底是什么?”为主题，描写全新的学园默示录。
因某个理由而在入学考试偷工减料的主角绫小路清隆，被分配到了被揶揄为次品聚集地的D班。与同一个班级、成绩优秀但性格超麻烦的美少女堀北铃音，还有由牵挂与善良构成的天使般的少女栉田桔梗的相遇，使得状况开始发生改变。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么——。东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……!来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会?
作品设定
高度育成高等学校(高度育成高等学校)
99.9% 能够就职于期望的工作，拥有最新的设备。每个月学校发放货币，发型和私有物的携带等等极其自由的校风。学校指南的小册子里是个由梦幻般文字书写而成的学校。然而其真实情况则是一切皆由自身实力来衡量，完全的实力主义教育学校。入学测试的综合分数(包括笔试、面试、国中时的评价)按照高到低，从A班开始分配。一开始能力就很高且无不良纪录的人必然被分到A班。而因为能力低或拥有不良纪录的人则会被分配到D班，因此入学后的点数必然会被越拉越开。优秀的人会被作为优秀的存在而被郑重其事地对待。因为比起笔试，面试，也就是个人的外在占的比重更大，所以D班里必然聚集了一堆问题人物(不良品)。
S系统(Sシステム)
入学后班级人员的分配，以及班级点数增减原因，都根据此系统决定，是一个潜藏在高度育成高等学校未明朗化的系统，学生只能根据自己的手上的资讯，来推测此系统的正体，整体状况不明。
S点数(Sポイント)
又称为“班级点数”，简称“Cl”，动画简称为“CP”。每个月底班级点数汇入各班并转换成个人点数，“1 Cl”可转换成“100 Pt”。
个人点数(個人的なポイント)
简称“Pt”，动画简称为“PPt”。“1 Pt”相当于“日圆1元”，在这所学校中，只要有点数，没有买不到的东西(除了违反校规之外)。个人持有两千万个人点数可以单独转去想去的班级，是除了依靠提升班级点数超越别班之外，另一个可以往A班的方法，只是创校以来，没有任何一个学生成功达成此功绩。
就连三年前依靠违反校规的手段收集个人点数，达成创校以来收集最多个人点数纪录的3年B班学生，直到毕业前夕最高也只有收集到一千两百万，而且后来此学生还被学校退学。龙园打算在这三年内收集八亿个人点数，让C班全员转入A班。
特别考试(特別試験)
在这所学校除了其他正常学校有的考试之外，还有独特的考试，其次数甚至超过正常的考试，不如说这所学校的考试主轴就是特别考试。根据幸村的说法和实际体验痛悟，在这所学校只会学习是不行的，只会运动也是不行的，即使两者兼备，也无法只依靠这些通过这所学校全部的特别考试，直觉、灵感、感觉，这所学校依次考验在人类社会中立足所必不可缺的东西。单打独斗已经是没有出路的了，将会需要的是能把那些要素全部填补的队伍与团结。
White Room(ホワイトルーム)
绫小路清隆成长并受教育的地方，故事开始一年前，绫小路清隆都在这里度过。由绫小路清隆的父亲所掌管，在White Room 里，绫小路清隆的父亲的命令是绝对的。根据绫小路清隆的说法，White Room 不是一个很有人道的地方，甚至见不得人，还有人权等诸多问题，但是这里可以受到最好的教育，因此绫小路清隆累积了远超越一般人一生所能学习到的知识。
这里的教育不止有单纯的能在普通学校能学习到的，还有各种各样的东西，学问、学术、武术、防身术、处世术……等等，绫小路清隆的父亲认为必要的部分都是White Room 必须学习的。反之绫小路清隆的父亲认为不必要的部分，如游戏、动漫……这些世俗东西之类的，不在White Room的学习范围内，导致绫小路清隆对于世俗方面的东西不是很了解。
White Room 将绫小路清隆培养成一个全才，并称作最高杰作品。因为某些原因，White Room 暂停一年，之后再度重启，不过都没有出现有如绫小路清隆的人才，导致绫小路清隆的父亲想用各种手段把绫小路清隆从学校带回去。坂柳有栖对White Room的想法是，为了让“没有天分的人”成为天才而准备的场所，作为天才出生的人不需要那个场所。
“我相信着你的笑容。纵使你没有灵魂——。”
少年开启了名为“人类未到产物”的潘朵拉之箱。一百年后的未来，人类是否会被进化过度的“物品”所淘汰?那是从现在开始延续的崭新生存竞争的故事。 BEATLESS，那是没有心跳之物。从来没人描写过的，人类的绝望与希望。
这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会几乎听任名为hIE人形机器人的世界。17岁少年·远藤于某日出遇一体仿生人·蕾西亚、结下了主从契约。