本作品是包含生命值、魔力值、等级、魔法技能等数值化后能够确认的异世界故事。在斯坦尼亚王国，每当国家被瘴气覆盖、魔物大量产生时，圣女就会拯救国家。因为这次圣女没有出现，所以用过去的魔导书召唤了圣女，小鸟游圣和御园爱良两人从现代日本转移过来。王国的第一王子问爱良“你是圣女吗?”，只把她当作圣女对待。
被无视的圣愤怒地离开了王宫，成为了药用植物研究所的研究员。召唤三个月后，王国的第三骑士团因讨伐魔物而受到了破坏，但是用圣制作的药水团长艾尔伯特·霍克等人恢复了。召唤七个月后，探望再次讨伐魔物而负伤的骑士们，用恢复魔法使他们痊愈。并且受到正规魔法指导的圣在召唤的9个月后作为恢复要员参加了霍克团长率领的魔物讨伐，通过突然发动的圣女的术将魔物涌出的黑沼和周围的魔物净化并消灭。第一王子在讨伐中的活跃被传开之后，说圣不是圣女，因而被要求反省思过。召唤1年后，圣和霍克团长以及第三骑士团一起远征被称为药师圣地的克劳斯纳领，讨伐魔物。在这次远征中，圣意识到“想起团长”是圣女之术的必要条件，从而可以自由地发动术。
剧情是设定
在故事开始前的一百年，巨大的类人生物“巨人”突然出现，毫无理由地消灭大半人类。残余的人类建造了三道同心圆高墙，最外围的是玛丽亚之墙、中间是罗赛之墙、最内侧是希娜之墙，人类怀抱着摇摇欲坠的和平居住在墙内百年之久，许多人在墙内出生长大、不曾见过巨人。这一切在某一天起了变化，一个六十米的超大型巨人突袭并破坏了西干希娜区（玛丽亚之墙外）的城门，而另一个全身覆有似铠甲构造的铠之巨人则打碎了玛丽亚之墙的城门，让一大群巨人得以进入该区。人类被迫放弃了玛丽亚之墙和罗赛之墙间的土地，撤离到内部区域，导致人口变得密集，产生动乱和饥荒。
巨人是巨大的人型生物，身高通常在3至15米之间，他们的外观看似成年人类，不过都没有生殖器。他们似乎不需要食物，但会本能地捕吃人类，却不会袭击人类以外的生物。巨人没有消化系统，他们吞掉人类后，体内的黏液会将之包裹为黏糊糊的球吐出。巨人的皮肤坚硬，能迅速再生，除了后颈这个唯一的弱点以外都难以造成永久伤害。
人类为了对抗巨人而招募了三支兵团：故事的核心放在调查兵团，他们会策马出击，对充满巨人的墙外世界进行调查，试图夺回土地。由于调查兵团的伤亡率极高，但却又鲜能勘查到实质有用的情报，所以经常受到民众的无情嘲讽；第二支是人数最多的驻扎兵团，他们守卫墙内人民的和平；第三支部队是宪兵团，他们负责守卫王室，由于工作相对轻松及安全性较高，导致了腐败和许多政治弊病。士兵使用立体机动装置作为武器，这是一个绑在腰间的多功能装置，能发射钩绳以便在树木、屋顶和墙壁间移动，两侧有鞘放置双刀，主要用于割下巨人后颈致命部位。
墙内的政治实权在王政府身上，国王是没有实权的傀儡，亦存在类似国会的立法机关；而总统则是三个兵团的统帅，代表军方。但是王政府官员和议员都存在腐败问题，同时在议会上亦有部分派别议员反对继续提供资源给调查兵团进行壁外调查。随着故事的进展，傀儡国王以及王政府被推翻，但是实际权力仍在总统和三大军团手上。
故事大纲
《进击的巨人》故事围绕在主人翁艾伦·耶格尔、寄养于他家的三笠·阿克曼，和他们的童年玩伴爱尔敏·阿诺德三人的经历。在保护他们家乡的玛丽亚之墙被“超大型巨人”和“铠之巨人”摧毁后，艾伦亲眼目睹母亲卡露拉被巨人吃掉，立下誓言要杀光所有巨人，而艾伦父亲古利夏从此下落不明。艾伦、三笠及爱尔敏三人随其他难民撤退到罗赛之墙内，之后加入了训练兵团。
墙内篇
托洛斯特防卫战（1~4卷）
第57次壁外调查（5~8卷）
厄特加尔城墙战（9~10卷）
艾伦夺还战（10~12卷）
王政篇（13~18卷）
玛丽亚之墙夺还战（18~22卷）
墙外篇
马莱篇（23~26卷）
帕拉迪岛分裂篇（27~29卷）
地鸣篇（30~34卷）
在大约30年前，地球被一种突如其来的生物攻击，而这种生物被分类为第一种灾害指定异来生物，通称“Unknown”。
由于“Unknown”拥有压倒性的力量，人类惨被蹂躏，世界亦惨遭破坏。此时，人类出动全部力量抵抗，几经辛苦下才获得胜利。虽然战争结束，但人类仍不时遭受“Unknown”的零星攻击。
为了对抗这种永无止境的威胁，东京、神奈川及千叶这三个都市便组织起来，成立“南关东防卫机构”。居于这三个都市的少年少女拥有一种名为〈世界〉的特殊能力，具有与“Unknown”对战的能力。他们不仅要背负世界的命运，还要在一个名为排行榜的制度中为了贡献度与他人竞争，经常守着人类领域的最前线。
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