1973年外星生物BETA入侵地球后，明斯克巢穴的BETA自1983年开始向欧洲入侵。由于1978年由欧洲联军所发动的巴莱奥罗格斯作战失败，隔年波兰遭到沦陷后，东德成为抵御BETA的前线并且陷入困境。东德国家人民军最强的陆军第666战术机中队“黒之宣告”(Schwarzesmarken)的队员提奥多尔和中队长爱丽丝蒂娜在战场上解救凯蒂亚之后开始展开的欧洲战场故事。
被当成掌上明珠抚养的大小姐二阶堂夏步在高中入学时决定离开家里搬到位于东京的“华澄庄”展开独居生活。夏步于搬家当天差点遭遇车祸时被高桥奏所救，并对他一见钟情，但之后夏步才知道奏是小学生的事实。
原本对围棋一窍不通的小学六年级学生进藤光，在爷爷家的仓库翻找发现古老的围棋棋盘，进藤光因能看到棋盘上本因坊秀策(虎次郎)的血渍，被藏身在棋盘内的古代棋手藤原佐为的灵魂附身。藤原佐为是平安时代的天才棋士，因被对手作弊陷害含冤投水自尽，为了达到神乎其技的境界，在世上徘回千年，等待再次下棋的机会。
为了满足佐为下棋的欲望，光特地带佐为到碁会所下棋，因而打败了同龄的天才棋士塔矢亮。塔矢亮是围棋界第一人名人塔矢行洋的儿子，自小受到父亲的指导，棋力远超同侪，堪比职业棋士，但他却败于受佐为指挥的进藤光。受此打击的亮，为了要追赶进藤光(佐为)，努力磨练自己的棋艺。光被亮认真的态度激励，从而对围棋产生兴趣，在佐为的指导与修练下，进入职业围棋界，然而佐为下棋的机会却因此而变少。
为此，阿光让佐为使用“sai”为网名下网络围棋，sai的名气越来越响亮，在塔矢行洋因病住院期间，sai和塔矢行洋对弈并获胜，但在棋局结束后，光却发现了唯一一个可以让塔矢行洋反败为胜的棋路，佐为领悟到自己就是为了让光看到这盘棋，才在世上徘徊千年之久，不久后便消失了，光因此而放弃围棋。在各人鼓励和引导下，光终于发现佐为的棋艺已融入在他棋艺之中。在职业围棋里面，光继续跟不同的高手对弈，且与塔矢亮共同追求神乎棋技的境界。
公元2191年，地球人类于史上首次与地球外智慧生命体接触，两者之间并引发战端。对方名为“卡米拉斯”。在拥有压倒性军事力量的卡米拉斯攻击下，地球防卫舰队即将溃灭，且由于卡米拉斯冥王星基地发射的游星炸弹对地球不断轰炸，将人类逼进地下都市，大地一片枯竭，大气遭到污染，地下都市中则因能源不足、饥饿、暴动等状况将人类逼入绝境。并且覆盖地表的污染亦往地下都市侵蚀。
2198年，地球接收了来自异星人行星的“次元波动引擎”技术供应，并开启了星际航行用宇宙战舰“大和”号的建造计划。
2199年1月，经科学家估计后得出，人类距离灭绝只剩下一年的时间。冲田十三提督所率的联合国宇宙军第一舰队，在冥王星宙域开始了“メ号作战”。这场战斗中，有一艘暗号代码为“天照”(アマテラス)的宇宙船飞入太阳系。于火星等待“天照”的古代进与岛大介，将坠落宇宙船中的座舱回收，并由撤退的宇宙战舰 雾岛号 收容回到地球。
回到地球，于“天照”计划中回收的“波动核心”被装进“大和”号，成为主要能源核心。古代等人均以遴选乘员身份受到召集。虽然他们估计受到召集是因为要启动宇宙移民计划“出云计划”(イズモ計画)，但实际上发动的，却是以前往异星人行星接收污染净化系统为目的的“大和计划”(ヤマト計画)。
于地球拔锚的大和号，成功于太阳系内突破光速。带着人类最后的一线希望，踏上了这场以一年为限的33万6千光年旅程，前往大麦哲伦银河星球。
在名叫小孩之家的孤儿院生活的伊达 直人，因在动物园内和三个中学生打架就被摔角组织虎之穴挖角。但原来虎之穴只训练邪恶摔角手，直人则做每天都有可能会死的训练，不希望再有孤儿有跟自己一样的经历。他在完成训练后用虎霸王的身份参加比赛，希望能把一部分收入寄给孤儿院，但虎之穴有规定摔角手要把一半收入上交。后来直人知道小孩之家有了财务危机，而上纳后余额不足帮助孤儿院就决定离开虎之穴。但这做法令虎之穴本身不满意，所以将其视为叛徒的虎霸王不停派出刺客在摔角场上激战。
初代虎面人伊达直人所留下的虎面人遗产，被新的摔角手们继承……!与复活的组织·虎之穴所展开的新战斗传达到了现代!现代的虎面人有两人!?主人公是“东直人”“藤井拓真”两名年轻的摔角手。他们是职业摔跤小团体“Jipang职业摔角”的练习生，但“Jipang职业摔角”被恶质的职业摔角团体“GWM”击溃了。为了复仇，直人在富士的裾野接受了训练成为“新虎面人”，另一方面拓真则进入了“虎之穴”，成为了“黑暗之虎”。“光之虎”与“暗之虎”，等待着两人的战斗与友情将去往何方!?