为了终结持续不断的内战而制造出来的拟神兵，终于替国家带来了和平，成为英雄。但在战争结束后，他们却堕落为野兽，并不断遭到猎兽者的追杀。少女夏尔的爸爸也被猎兽者杀死，因此决定找猎兽者报仇。然而实际认识了猎兽者汉克，并与他一同踏上猎杀拟神兵的旅程之后，夏尔才发现他的真实身份，与潜藏在其内心那不为人知的苦衷。
不知从何时开始，各种具有超自然力量的“怪人”不断地出现并造成灾害，为了打击它们，由某富豪所创立的“英雄协会”开始招募全世界的能人异士成为职业英雄与怪人对抗。
故事主角埼玉是一名兴趣使然英雄，因为22岁时打败了怪人‘蟹人’并且拯救了小孩而燃起小时候想成为英雄的梦想，接下来持续三年的每一天不间断地做100下俯卧撑、100下仰卧起坐、100下深蹲和长跑10公里以及和怪人战斗、不断提升战斗力与身体机能，最终打破生物限制器的自我训练而变的强大，在无人知晓的情况下从事英雄的工作。最终掉光所有毛发成为了光头，但也因此获得最强的力量。
埼玉成为了最强英雄后，却因为力量太过强大，没了当初训练期间能打败怪人那激昂的情绪并渴望遇见能与之一战的强大对手。在一连串事件中，埼玉遇见了各式各样的英雄和怪人，收了魔鬼改造人杰诺斯做为徒弟，并加入英雄协会以获得官方认可。与众多英雄一起开始了对抗各种怪人以及灾难的生活。
一日，外星球的暗黑物质首领，全宇宙的霸主‘波罗斯’来到地球想找一个能和自己决一死战的强大对手，埼玉将和他爆发一场惊天动地的大战。
另一方面，英雄协会为了因应“地球不妙了”的末日预言而召开了一场征求高额悬赏犯及犯罪份子共同参与保卫地球及人类免于受怪人毁灭的会议。此时，一名名为‘饿狼’的武术天才现身，声称自己就是预言提到的神级怪人灾害并击败了在场所有的英雄与罪犯，其后饿狼便展开了“英雄狩猎”活动，目标是击败所有的英雄并成为最强的怪人。
与此同时，以‘怪人王远吕智’为首，名为“怪人协会”的怪人集团在一旁虎视眈眈，注意到了饿狼的英雄狩猎活动后打算将其招募为怪人协会干部，并即将向人类社会发动前所未有的战争。兴趣使然的英雄，埼玉与人类怪人饿狼两人之间即将展开价值观冲突的战斗。
一名古代的武士青马剑之介时贞，在长年的沉睡后苏醒于现代。他在过去所驾驶的机体，则被联合国作为古代人造物进行研究，并开发出了同样尺寸的大型机器人。而在过去曾与青马剑之介时贞战斗过的“鬼”，也从宇宙再次来到了地球。
被当成掌上明珠抚养的大小姐二阶堂夏步在高中入学时决定离开家里搬到位于东京的“华澄庄”展开独居生活。夏步于搬家当天差点遭遇车祸时被高桥奏所救，并对他一见钟情，但之后夏步才知道奏是小学生的事实。
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
原作漫画
双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)
阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。
双星黎明篇(漫画第19-33话)
双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。
土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)
辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。
化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)
失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。
悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)
在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。
动画原创
列岛霸乱篇(动画第21-31话)
全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。
天地鸣动篇(动画第32-40话)
“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。
破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)
激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。
居住在吉祥寺的高中生我闻悠太是汇整超自然现象的博客“轻轻松松破假象”(キリキリバサラ)的管理人，他一心想着靠联盟行销致富。一天悠太偶然知道了网络上人气很高的占卜师相川实优羽，并对她抱有好感。在悠太的后辈，同时也是网站运营团队成员的成泽棱歌的陪同下，他前往成明高校与相川实优羽会面，最终让她加入运营团队。
之后，悠太在棱歌的要求下赴成明大学采访以肯定超自然现象而出名的桥上谏征教授，但当他进入到研究室的时候，却发现教授已经被人杀害。3月1日，即教授被杀的数日后，井之头公园的池塘内发现256具遗体。与此同时，悠太的身边也聚集着与这一连串事件相关的人物，而随着悠太等人对事件调查的深入，一系列事实和真相也逐渐浮出水面。
在奇幻作品电子角色扮演游戏游戏中，玩家将会成为在空中旅行的“骑空士”，以传说中的岛“伊斯塔鲁西亚”为目标、展开与伙伴的一同旅行的冒险故事。游玩主线故事与战斗的“任务”来推进游戏剧情，此外，我方角色、武器和道具入手并借此强化，也是这款游戏的游玩目的之一。除此之外，也有可让多数玩家共同参与的共斗任务，让此游戏充满着MMORPG的游戏要素。
本作中的世界观，每座岛、土地均飘浮在空中。岛跟岛之间使用可飞行的骑空艇来联系，也因此骑空士的冒险相当的盛行。文明水准大致等同历史上近世的世界，据说骑空艇的这类突出的科学技术，是由过去支配世界的传说之民・星之民所遗留下来的。星之民在被称作“霸空战争”的事件过后在世上消失了踪影，星之民所操纵的强大自律兵器星晶兽则沉睡在这空之世界的各个地方。总称做空之民的现代住民，有与人相同姿态的人类、头上有对角的多拉夫族(男性身材壮硕、女性身材娇小)、有着兽耳的艾伦族、以及身高只有人类一半的哈宾族，四个种族共同生存。此外，魔法的力量也有别于星之民的技术，是自古传承下来的力量，每座岛上也有各式各样的魔物存在。
在某一座小岛・赛克汀瑟，与小只的龙・碧为伙伴一起成长的主人公怀抱着前往被称作传说之岛的伊斯塔鲁西亚的梦想。在将要从故乡出发的那一天，军事国家・艾尔斯提帝国以及被其追捉的少女露莉亚、和守护着她的女骑士卡塔莉娜出现在主人公面前。主人公为了保护露莉亚而负伤近濒死的程度，接着露莉亚使用了星晶兽的力量救了他，并且让她与主人公共有操纵星晶兽的力量。以空之尽头为目标的主人公与碧、以及为了逃离帝国势力圈而奔走的露莉亚和卡塔莉娜，共同迈向前往伊斯塔鲁西亚的旅程。
不久之后，渐渐加入了新的伙伴，骑空艇操舵士拉卡姆、魔导士少女伊欧、老兵欧根、谜之魔女萝赛塔等多人加入主人公同行的行列。乘着骑空艇古兰赛法号的一行人，先后造访各式各样的岛，并解决了许多有关星晶兽的问题。另一方面、艾尔斯提帝国的宰相芙莉西亚执意持续地追迹主人公等人，并且在各个岛周边住派军队得以搜索他们。此外，带着与露莉亚有相似能力的少女欧尔姬斯的帝国顾问官・黑骑士阿波罗，也在主人公面前出现数次，并且带有某种有别于帝国的目的行动着。
到2020年现在，主线故事还在持续追加更新当中。
《Hand Shakers》的故事背景发生在西元20XX年的大阪。主角高槻手纲是位擅长机械的高中生，他接受了一项修理委托并前往某大学研究机构，并在那里遇见芥川小代理，一位躺在床上的女孩。手纲和小代理的指尖轻触，他的耳中响起了神秘的声音，并在之后进入了异世界“通灵塔”、并卷入攻击之中。手纲紧握著小代理的手、并以保护她的愿望为契机触发了超能力，最终打倒了对手。大学副教授槙原长政向手纲解释，他与小代理成为了“Hand Shakers”，被称为“宁录”的超能力是透过握手而发动的。而其它的参战者也都是两人一组，各有不同的能力，发动能力的条件也不同。他们彼此对战，不断胜出的人便可以谒见神，而神会实现他们的愿望。
咲良田，一座看似平凡普通、安详宁静的城镇，实际上城中半数居民都是拥有超能力并受到约束的“能力者”。就读芦原桥高中的浅井惠和春埼美空，正是“管理局”严密控管的对象， 因为惠与春埼合作的“重启”指令，能够让世界回到三天前，使一切重新来过。为了让管理局放宽监视而加入“服务社”的两人，某天收到了一名少女的委托：“请让我的猫复活!” 惠和春埼为了救助猫咪，使用了“重启reset”……
半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。
拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—。
但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。
两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。
为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿越时间，前去改变世界—