在遥远的神话时代，当天帝之神宙斯将陆地的支配权交给女神雅典娜并且消失踪影后，无论是海皇波塞顿、冥王黑帝斯等诸神都在觊觎人类赖以生存的陆地。因此女神雅典娜为了守护人类和陆地与他们展开连续战争。此时人类中一些正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们被称作“雅典娜的圣斗士”。雅典娜和圣斗士们从神话时代开始就与无数的神展开许多漫长多年的圣战。
时间来到现代，新时代的圣斗士少年星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中渐渐成长，与现任的女神雅典娜——城户沙织并肩作战，他们在圣域十二宫中与篡位教皇宝座的双子座撒卡所派来的白银圣斗士和黄金圣斗士展开战斗，经过激烈的打斗中终于打败敌人，之后他们跟意欲淹没一切的海皇波塞顿，对抗企图位陆地带来永久黑暗的冥王黑帝斯展开大战，即使陷入劣势的星矢一行人依然发挥出他们的小宇宙开始战斗。
《银河擂台赛篇》
英雄传说复活！
燃烧！天马流星拳
白鸟！冰原战士
天龙！无敌之拳和盾
奇迹的复活！友情的小宇宙
凤凰！地狱战士
争夺！黄金圣衣
打败！暗黑凤凰军团
《暗黑圣斗士篇》
强敌！暗黑四天王现身
紫龙 危险！圣衣的坟墓
决战！恐怖的黑死拳
抓住！友情的星云锁
燃烧著！火焰一击
失败！幻魔拳
终于身世大白！一辉之谜
《黄金圣衣争夺篇》
巨大！杜拉狄斯的猛袭
拯救！沙织的危机
加勒比海之幽灵圣斗士
生与死的魔界岛血战
认真的决战！莎尔娜的反击
无情！师徒的对战
火焰中复活！不死身的一辉
《教皇的刺客篇》
白银圣斗士！超级刺客
天马飞翔！彗星的表现
战斗！女神雅典娜的真相
是敌是友！钢铁圣斗士
星矢化成石头！美杜莎之盾
天龙！拼命一击
诱拐！袭击沙织的乌鸦军团
燃烧著！爱的小宇宙
幻魔！生死线
大爆发！死亡皇后岛
龙虎激战！天龙之泪
再见吧朋友！安静睡眠吧
生死之旅！张开天龙之眼
震惊！12件黄金圣衣
面具的叫喊！是爱是死
激战！黄金圣斗士
光速！超光速的强拳
《圣域十二宫篇》
前进！我们的旅程
圣域大决战！雅典娜的最大危机
最终的小宇宙！第七感
大恶战！金牛宫的战斗
双子宫！光与黑的迷宫
恐怖！往异次元的漂流
吠叫！攻防一致的星云锁
再见冰河！勇者睡眠了
天龙！死之国苏醒
爱！春丽的祈祷
昇龙！紫龙愤怒的小宇宙
不明！无牙的黄金狮子
亚力士！传说的魔皇拳
男子汉！在爱中死去的卡西欧士
一辉！被折去翼的凤凰
永远的友情！呼叫雅典娜
沙加！神一般之男
不存在的恐怖！张开眼睛的沙加
壮烈！友情消失的一辉
苏醒的白鸟！生与死与爱
冰河的复活！生命回复
是降是死！翼是有限制的
前进冰河！自豪光荣的勇者
响亮！圣域的黄金圣衣
少年！他们是受女神委托的
圣剑咆叫！修罗对天龙
啊 紫龙！星消失了
再见了！是师父是朋友
美的战士！阿布罗狄
恶宫毒玫瑰！死的花香
安息！瞬、最后的微笑
火焰时计消失！教皇的真正身份
星矢 前进！朋友的逝去
友情的结集！女神的根源
《北欧亚斯格特篇》
极北之敌！传说的神斗士
希露达！渐入魔道的女神
巨人特路！憎恶的小宇宙
巨星之泪！为希露达而死
咬牙切齿！北方之狼芬尼路
悲哀！狼爪光速拳之宿命
于冰原消失！悲伤的呼号
弗尼亚！为爱而来的死斗
舞动白鸟！冰里的灼热地狱
妖异之竖琴！引导瞬受死之序曲
死的宣言！竖琴镇魂曲
悲哀的勇者！冰涷的憎恶
不死鸟！燃至深红的翅膀
魔紫水晶！圣斗士的墓场
炎之剑！可怕的野心
邪恶之祭物！精灵之森林
回头的星矢！昇龙之小宇宙
燃烧 瞬！黑牙所隐藏之谜
旋涡！瞬的究极星云气流
巴特！宿命的双子星
兄弟情结！史特眠于祖国
高雅的使者！苏醒之传说骑士
双龙对战！十万分之一的取胜机会
海魔女！美妙的死亡曲调
奇迹出现！奥丁圣衣
雅典娜！永远高贵的祷告
《海皇波塞冬篇》
海皇波塞冬出现！圣战再度展开
一定要将之粉碎！七海中之巨柱们
发出神秘的光辉！金色的青铜圣衣
危险 瞬！可怕的魔兽之牙
屠魔兽！不灭之黄金锁
圣剑！栖宿在右腕的修罗之魂
梦无痕！再会却是死的约会
心之猎人！无情的隆奈狄斯
艾萨克！拥有冰的心之男
努力吧贵鬼！悲哀的决斗
听吧！雅典娜的美妙歌声
朋友！让我们死时也在一起吧
两个的灵魂！海皇复活之道
把海皇射倒吧！黄金的一矢
并发著光辉的友情之星！永远之少年传说
《冥王黑帝斯十二宫篇》
新的圣战即将到来
恸哭的三人
蠢蠢欲动的身影
半神的赎罪
短暂的重逢
古代的斗士
黑衣人群
犹疑时刻
矜持的边际
金色的冲突
震撼的圣域
女神的圣衣
决战的清晨
《冥王黑帝斯冥界篇前章》
强渡！阿格龙河
肃穆的法庭
传说的圣斗士！奥路菲
奥路菲 悲伤的镇魂歌
黑帝斯！惊愕的附体
激战！通向朱迪卡之路
《冥王黑帝斯冥界篇后章》
(07)神罚！最终日蚀
(08)一辉！恸哭之拳
(09)女神！以性命为赌注
(10)绝望！叹息之墙
(11)集结！黄金圣衣
(12)永别了！黄金圣斗士
《冥王黑帝斯极乐世界篇》
前往极乐世界道路之死斗
死神与睡神
黄金之援军
复活！传说中的神圣衣
自神话时代以来的觉醒
前往充满光的世界
天界篇序奏
主条目：圣斗士星矢 天界篇 序奏～overture～
2004年，相隔前作15年后再次推出剧场版，车田正美勾划出冥王篇后续部份——天界篇序章。为迎接新的《天界篇序奏》剧场版动画上映，车田正美绘制了8页天界篇短篇 漫画，刊登于集英社的《SUPER JUMP》，天界篇漫画为剧场版的情节作简要铺垫。
本集讲述冥王黑帝斯之战结束后，但对于圣斗士来说伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢一行人和少数白银圣斗士跟青铜圣斗士在最后的决战中生还，但是身受重伤的星矢 需要由雅典娜沙织来照顾，但天斗士突然出现并透露雅典娜之胞姊月神阿提密斯为了惩处多次跟神展开激战的星矢，因此亲自派出天斗士处决他，还跟诸神将黄金圣斗士的灵魂给封印 于石柱都不得安宁的方式来警惕世人。雅典娜为了赦免星矢一行人与世人的罪行，自愿舍弃女神的位置和陆地的支配权跟随姊姊阿提密斯接受诸神的处分，但是她希望星矢一行人能激 发他们的小宇宙跟对手对抗到底，星矢在伤势未愈的情况下跟其他的同伴面对处于劣势中激发小宇宙击败所有的天斗士，抵达雅典娜的所在之处继而与阿提密斯正面交锋。星矢凭意志 奋力击倒天斗士后重遇雅典娜，但出现雅典娜及阿提密斯之胞兄——太阳神阿波罗，星矢爆发全身小宇宙亦只给阿波罗一处小小的划伤。
圣斗士与天界之神的苦战由此展开，天界篇序章故事到此结束。
圣斗士星矢Ω
主条目：圣斗士星矢Ω
“圣斗士星矢Ω”是继2008年8月“圣斗士星矢极乐净土篇”播毕后的新作电视动画，于2012年4月开始播放。圣斗士星矢Ω是完全的电视原创作品。
NEXT DIMENSION冥王神话
2006年4月27日，车田正美推出漫画新作《圣斗士星矢NEXT DIMENSION冥王神话》，刊登于秋田书店《周刊少年Champion》。连载于2006年8月3日正式开始。由于《NEXT DIMENSION冥王神话》采取不定期连载的方式刊登。
故事讲述1990年，星矢在《圣斗士星矢》最终决战中被冥王黑帝斯之剑刺入胸口陷入昏迷，即使返回现世也无法将其拔出来。如果不在三天内拔除冥王之剑，否则星矢将会当 场丧命。身为女神雅典娜的沙织为了拯救星矢决心返回前圣战时代摧毁冥王之剑。从极乐净土之战中唯一返回的瞬也决定跟随雅典娜同行，然而，雅典娜长期与诸神展开斗争已经引起 许多奥利匹斯山诸神的愤怒，（特别是雅典娜的姐姐月神阿尔忒弥斯）。雅典娜决心即使她要面对惩处也要拯救星矢的生命，她与时间之神柯罗诺斯做个交易穿越的时空抵达前圣战的 圣域。
另一方面在前圣战时代，上代天马星座的圣斗士天马与喜爱绘画的温柔少年亚伦互为挚友关系，在圣域中刚从青铜圣斗士上升为黄金圣斗士的童虎和史昂得知冥王的人间体所在的 地方，于是他们尚未获得较黄的同意私自行动。当童虎和史昂发现亚伦是冥王的人间体正要袭击他时，天马却出现却穿上天马星座的青铜圣衣并向童虎和史昂挥拳相向。但天马因为实 力悬殊而被打倒在地于是在趁乱之际带亚伦逃走，却不知道有人蠢蠢欲动想要对亚伦下手。此时的圣域不仅正遭受冥斗士的攻击，更有部分黄金圣斗士选择投靠冥王。而且在背后还有 传说中的‘第十三位黄金圣斗士蛇夫座’正策划推翻雅典娜借此颠覆圣域......眼看在前圣战时代更有空前严峻的挑战与试炼在等待著雅典娜，与此同时跟随在雅典娜身旁的瞬 、冰河、紫龙与一辉也迅速往前圣战时代展开他们的战斗。
第一部
公元199X年，世界受到核武器的洗礼，绝大多数的人类遭到灭绝，国家的机能丧失，导致整个世界陷入暴力的支配之中，而在这块世纪末大地中主角拳四郎将成为救世主并缔造传说。拳四郎在荒漠旅行时因缺水及疲惫而倒在一座村庄，村人们因怀疑他是暴力组织“Z”的成员，将他押入牢房。在牢中结识原为小偷的帕德以及看守的女孩琳儿。村人在检查拳四郎的身份时，发现他的胸口有北斗七星形状的伤痕，便认为这是不祥之兆。不久Z党来袭击村子，村中自卫队被残杀，琳儿更被对方首领抓为人质，危急中破牢而出的拳四郞施展北斗神拳摆平Z党老大，平安救出琳儿，保住村子。之后拳四郞离开村子，继续旅程，帕德因为崇拜拳四郞而跟他同行。旅程途中在交换站发现琳儿被关在由以前特种部队所组成的组织“神国”，之后顺利救出琳儿也摧毁了组织。之后来到帕德的故乡，见到义母朵洋婆婆，在帮忙的时候遇到飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，大怒的拳四郞制裁了飞车党全员，为了安置朵洋婆婆所收养的孩子，拳四郞受委托来消灭“牙一族”组织，并结识了南斗六圣拳之一“南斗水鸟拳”的雷伊以及酷似尤莉亚的麻米亚。
拳四郎和雷伊联手消灭牙一族，替弟弟被杀的麻米亚复仇，并救出雷伊的妹妹艾丽。经两兄妹得知有人假借他的名义破坏消息北斗神拳的名声，推测其为三师兄杰基。拳四郎杀死杰基后意外其余两位师兄还活着。就在打探到二师兄托席成为杀人魔的消息，发现二师兄却难以制裁他，此时雷伊赶来揭穿他的真面目，他是南斗六圣拳的阿米巴，假冒托席之名研究人体身上的经脉穴道，将其制裁后继续打探二师兄的行踪。麻米亚查出托席被关在卡山多拉监狱，于是拳四郞一行人前往此处，拳四郎和托席重逢后，托席透露拳王就是两人的大师兄雷奥。雷奥骑着巨马前往琳儿他们所在的村子大肆破坏，回到村中的雷伊在盛怒之下挑战雷奥，但却被他点中“新血愁”穴道，生命仅剩下三日。拳四郎出手攻击却也不敌，甚至无法让雷奥下马，托席出面搏命一战，让拳四郎领悟“柔拳”的精髓，但托席久病的身躯不堪负荷，拳四郞不得不出手力抗雷奥，却因体力不支而惨败，雷奥骑马离去。雷奥因之前的激战而静养。南斗六圣拳中最强的“帝星”－沙乌刹趁隙崛起，奴役大量孩童为自己修建“圣帝十字陵”。但拳四郎初战沙乌刹时却不能伤他分毫，战败被俘后，修武之子希巴舍命救他，重伤的拳四郎回到修武的基地。沙乌刹的部队发现了修武的基地，修武挺身而战，却被沙乌刹以人质威胁，最终被沙乌刹刺杀。悲愤的拳四郎解开了沙乌刹的身体之谜，之后击败了他，而见证对战过程的雷奥则与拳四郎缔约再战。托席决定和雷奥一决生死，但病入膏肓的他无法成功，雷奥基于兄弟之情没有痛下杀手。
第二部
核战前的政府首脑“天帝”复权，但其暴政的阴影再度笼罩世间，民间反抗组织“北斗军”揭竿而起，他们的领袖就是长大后的帕德和琳儿。然而相较之下北斗军的力量是如此薄弱，人民的心中一直呼喊著英雄归来。在帝都的掌握实权的沙乌总督，借词雷奥和沙撒奥等的恶行，以天帝之名要把北斗和南斗抹杀，到处派兵追杀两大派的门人。而一个使用自创“喧哗”拳法（打架拳法）的赏金猎人艾英（アイン），被雇去对付拳四郎时，一交手下知道拳四郎的武功盖世便在第一招失手投降，后同门胁持其女儿再对拳四郎挑战，其救出女儿明日香后，决意加入北斗军并为表示诚意，协助他们救出两名被囚的南斗圣拳高手Harn兄弟。
天帝军出动了他们的秘密武器，以秘传拳法威力超越过北斗和南斗的“元斗皇拳”的将军们，这是唯一直接以斗气为主要攻击手段的拳法，可以轻易隔空杀人的最强拳术。为的是捕杀南斗北斗的高手们。绰号“金色之狼”的主将法鲁克（ファルコ）找到了北斗军的大本营正要围攻，而拳四郎去和北斗军会合时，被副将紫光的索利亚阻挡着挑战。北斗军受到天帝军主力围剿时，被Harn兄弟和艾英相救，而Harn兄弟的南斗双鹰拳即使以二敌一仍然不敌法鲁可的元斗皇拳战死。拳四郎打败了索利亚后会合了五车星中海的里哈克，知道了法鲁克的秘密，便决心找天帝会面谈判。天帝军得知真相后，也为法鲁克与拳四郎的对决划下休止符。
但总督的长子假装受伤把琳掳走，去到邻近的封闭地区“修罗之国”，图引强大的修罗军消灭拳四郎和法鲁戈。
修罗之国的守军俘虏并处死总督的长子后，把琳儿献给了郡将-凯杰鲁（カイゼル），而法鲁戈和不知名的修罗守将同归于尽。琳儿所见那里的实况是：战士以斯巴达方式教育人民从小习武，一切社会地位皆以武力高下定夺。一般人民平时不允自行在公众场所表露真面目和公开真实姓名，获得社会承认的高手都会被称为修罗（亦是“修罗之国”之名的起源），才可公开自己外表姓名和拥有土地。男童所受的教育，是要和同年龄的人间被逼真实以死相博。而各将军更会定期举办血腥的比武，吸引修罗参加争夺地位。
拳四郎进入内陆后沿途不断有修罗挑战，都被拳四郎给轻易打倒，并救出因宣扬爱与和平而被修罗所捕的少女蕾亚（レイア）。在他救出琳儿时和郡将凯杰鲁战斗时杀死对方，凯杰鲁死前说过在修罗之国最大势力和武功最高的，同样使用北斗琉拳的三大罗将会追杀他。而琳儿为了改变这修罗之国的局面，决定支持他的做法假意被罗将邦（ハン）所捕。拳四郎为了救琳儿和可汗决斗，守卫们误会他是雷奥。以为他将引领大军全面进攻本国，便把大量红色颜料倒进河中给外界知道警告。??对琳儿无意中说出幼时，雷奥曾经承诺将来会到这里改变这个社会的现况。
在击毙第三罗将汗后，得知道第二罗将是拳四郎的亲兄雄武，而第一罗将加奥是雷奥和多奇的兄长，加奥因为母亲的死和家族被逼当北斗宗家的奴仆，便把雄武洗脑而雄武更击杀了试图说服自己和拳四郎合作的师父十庆。加奥后绑架了玲和击败欲救玲的拳四郎。但被??和海盗救出拳四郎，而海盗都被加奥所杀了。为了对付拳四郎加奥杀死自己的妹妹兼雄武的未婚妻与嫁祸拳四郎，试图诱使雄武和四爷斗过两败俱亡后独霸修罗之国。另一方面加奥对玲解释雷奥传说是加奥所散播，使到本地人更为害怕外来人的干涉。最后当雄武和拳四郎跟宗家的守护者黑夜叉死斗时，??击伤了雄武使其发觉真相，所以加奥在领会北斗宗家拳和击杀??后，刻意把玲失忆和放逐下，引拳四郎进母亲墓地所在的石阵中决战，结果反而被拳四郎想到的新战术所败，拳四郎并指出加奥其实也是宗家的后人。而雄武和黑夜叉为了保护玲与加奥陆战队作困兽之斗，黑夜叉阵亡时被柏德带领的北斗军所救。
最后，柏德带着濒死的雄武和玲到拳四郎和加奥所在，雄武和加奥原谅对方相拥而逝，而拳四郎把玲交托给柏德，分头离开修罗之国。
接着去找寄养在友人处的雷奥之子--辽（リュウ），打算将他培养成北斗神拳的继承者，但发觉该地方受到一个前雷奥的部下可玆侵占并屠杀，可兹以人质威胁很多人（包括原雷奥军的将领柏卢嘉〔バルガ〕）开垦荒地或看守农场，再以剩余的食物作为扩充势力的本钱。拳四郎决心救出被可玆关起来的人们，要辽和可玆亲自对决。两人到达一个环山包围的内陆国萨梵，在核战后成立的新政府的年迈国王阿萨姆，居然把一套不见经传的大乘南拳使得出神入化，但其实察觉到拳四郎秘密的小公主沙娜表露身份，指出王族的三兄弟（加尔、布哥、撒多勒）阋墙危及了国家的安全，而阿萨姆王又身患不治之症无法讨伐叛乱的蛮族。国王接见了拳四郎后请求他教训三位王子，便亲自率兵扫平蛮族，同时拳四郎证明了三位王子的学艺不精，他们便亲自上阵协助父亲。但在胜利在望时，国王病发而逝和长王子被敌人谋杀。国家恢复和平时，三王子决定放弃跟二兄争夺王位，改为找未婚妻即邻国的雪莉公主结婚。
拳四郎随三王子到了北方的邻国布兰嘉，只见一个自称“光帝巴南”的神棍藉北斗系的拳法招摇撞骗和控制国政，他更劫持了雪莉公主和其他贵族或高官，以各种魔术使军队相信他是超越神话的英雄。拳四郎便找巴南对质，巴南明言自己跟雷奥学过北斗神拳，他口中充满了对雷奥的美化和夸张，于是辽便说明了真相而后巴南大败于拳四郎。事后他接受了政府军的法律审判而处决，三王子和雪莉重逢。拳四郎认为他没有东西能再教辽之后便独自离去，辽最后跟着柏卢嘉等人一同生活，并立志超越父亲雷奥。
终章
回归独自一人旅行的拳四郎，在旅途中失去了记忆。另一方面，原以为能够过着幸福快乐的日子的帕德和琳儿，帕德却认为琳儿是因为凯欧点她的“死环白”穴开眼后第一个看到他才会喜欢上他，认为这份爱不够真实便去除了琳儿的记忆，试图让琳儿重新喜欢拳四郎。途中遇到了失去记忆的拳四郎，帕德故意丢下两人独自离去。这时之前拳四郎的手下败将普勒纪（ボルゲ）要找拳四郎复仇，帕德不想让失去记忆的拳四郎受到影响而把自己装成拳四郎，不敌普勒纪遭到虐待。后来拳四郎与琳儿抵达现场，尚未完全恢复记忆的拳四郎眼看就要死在普勒纪手下，帕德发出真情呐喊拳四郎的名字使拳四郎恢复记忆，打败普勒纪最后由帕德击杀。后来琳儿看见帕德温柔的眼神也跟着恢复记忆，但帕德因伤势过重而死亡。原打算跟拳四郎一起旅行的琳儿，最后认知自己应该爱的是谁，决定守帕德一辈子的墓后与拳四郎告别。就要将帕德的遗体运至墓地时，才发现帕德未死，拳四郎点了帕德的穴救活了他。