以下为游戏版的故事设定。
绫月芽衣是一个非常普通的女高中生。在一个红色满月之夜逛庙会时遇见了一位自称是查理的迷之魔术师，并被选中为他的表演助手。
在查理的表演上，芽衣进入了一个盖起来的箱子里。就在查理倒数完三秒后，她顿时失去意识。再次醒过来时，却惊骇的发现自己身处在一个陌生的地方，同时也失去了过去的记忆。此时再次出现在芽衣面前的查理告诉她，她是跨越时代来到了明治时代的“东京”。
芽衣被查理带到了“鹿鸣馆”之中，发现这场舞会上的人们的穿着打扮都与现代不同，甚至惊讶地发现森鴎外、菱田春草、川上音二郎、泉镜花、藤田五郎、小泉八云等历史上的有名人物竟然都活生生的出现在她的面前。
在现代与古老相接衔的“明治”时代中，人们依然相信着妖怪(物の怪)的存在，能看见这类事物的人被称作“魂依”(たまより)，而芽衣正是这类特殊的人。种种的一切突如其来的降临在失去记忆的自己身上，芽衣到底该如何面对这一切才好?一场超越时空的恋爱，结果究竟是悲剧或是……?
--‘来吧!现在，请闭上你的双眼。现在开始就要揭露本世纪最大的魔术!等到我数完，你就会从这个世界消失。准备好了吗?那么，3、2、1……’
游戏系统
游戏共有七名可攻略角色：森鴎外、菱田春草、川上音二郎、泉镜花、藤田五郎、小泉八云、查理。
玩家在游戏里透过分歧选项的决择和指定攻略角色互动，依据玩家的选项，决定玩家和攻略角色的结局。每位攻略角色共有三个结局：芽衣和攻略角色留驻明治时代的“明治残留END”、芽衣告别攻略角色单独返回现世的“一人现代归返END”、芽衣偕同攻略角色返回现代相恋生活的“二人现代归还END”。
将六名历史人物角色的剧情线全数通关后，将开启查理的剧情线，所有暗埋伏笔的剧情真相只在查理的“二人现代归还END”一并揭晓。
PlayStation Vita移植版追加攻略角色岩崎桃介。
本篇(动画版第一季)
希望成为作曲家的主人公七海春歌，通过了竞争率200倍的超难关，进入到了艺能专门学校“早乙女学园”。由学园的规定，需要和一个出道志向相同的男生组队，为了在毕业式上能在新人发掘出道表演中合格，开始了自己一年的学园生活!
Debut(动画版第二季)
已从毕业公演合格的春歌加入了事务所，为了准备出道参加精英课程，男主角们则各由四位性格迥异的前辈带领学习……
动画版第三季
出道后荣获新人奖“歌王子奖”的ST☆RISH与Shining事务所的前辈偶像组合QUARTET☆NIGHT一起在更广大的舞台上歌舞表演，积极活动。这次他们将为了争夺国际运动比赛开场曲的演唱权而全力拼搏，ST☆RISH、QUARTET☆NIGHT和新出道的作曲家七海春歌将迎来怎样的未来呢?....
动画版第四季
偶像团体·ST☆RISH和作曲家七海春歌以成为国际体育赛事奥林匹克(SSS)开幕式艺人目标前进。
但在选拔开幕式艺人LIVE现场被突然出现Raging娱乐事务所偶像团体HE★VENS让现场一片混乱。
然而，shining事务所前辈 偶像团体QUARTET NIGHT根据自己想法所提出的案子备受认同
3个团体以一个新的阶段往目标迈进，发誓将会报复的HE★VENS、 以完全胜利为目标的QUARTET NIGHT、而ST☆RISH的目标在未来又是如何?......
不知从何时开始，各种具有超自然力量的“怪人”不断地出现并造成灾害，为了打击它们，由某富豪所创立的“英雄协会”开始招募全世界的能人异士成为职业英雄与怪人对抗。
故事主角埼玉是一名兴趣使然英雄，因为22岁时打败了怪人‘蟹人’并且拯救了小孩而燃起小时候想成为英雄的梦想，接下来持续三年的每一天不间断地做100下俯卧撑、100下仰卧起坐、100下深蹲和长跑10公里以及和怪人战斗、不断提升战斗力与身体机能，最终打破生物限制器的自我训练而变的强大，在无人知晓的情况下从事英雄的工作。最终掉光所有毛发成为了光头，但也因此获得最强的力量。
埼玉成为了最强英雄后，却因为力量太过强大，没了当初训练期间能打败怪人那激昂的情绪并渴望遇见能与之一战的强大对手。在一连串事件中，埼玉遇见了各式各样的英雄和怪人，收了魔鬼改造人杰诺斯做为徒弟，并加入英雄协会以获得官方认可。与众多英雄一起开始了对抗各种怪人以及灾难的生活。
一日，外星球的暗黑物质首领，全宇宙的霸主‘波罗斯’来到地球想找一个能和自己决一死战的强大对手，埼玉将和他爆发一场惊天动地的大战。
另一方面，英雄协会为了因应“地球不妙了”的末日预言而召开了一场征求高额悬赏犯及犯罪份子共同参与保卫地球及人类免于受怪人毁灭的会议。此时，一名名为‘饿狼’的武术天才现身，声称自己就是预言提到的神级怪人灾害并击败了在场所有的英雄与罪犯，其后饿狼便展开了“英雄狩猎”活动，目标是击败所有的英雄并成为最强的怪人。
与此同时，以‘怪人王远吕智’为首，名为“怪人协会”的怪人集团在一旁虎视眈眈，注意到了饿狼的英雄狩猎活动后打算将其招募为怪人协会干部，并即将向人类社会发动前所未有的战争。兴趣使然的英雄，埼玉与人类怪人饿狼两人之间即将展开价值观冲突的战斗。
某天，15歳的国中生浅永瞬因为在他父亲的公司接触了水晶，被从地球突然出现的异次元空间安多拉给吸了进去。
另一方面，在安多拉王国的王子艾米里欧想要刺杀国王失败而抓进了牢房。就在这个时候，浅永瞬突然出现在艾米里欧面前...
在ENDORA的城堡迎来16岁生日的王子·艾米利欧，对于现在的王·德尔塞因怀有强烈的憎恨。到达了继承王位的年龄，终于可以拿起武器复仇，却由于力量差距过大而完全不是对手。艾米利欧被德尔塞因逮捕并投入监狱，只能悲叹度日。但牢狱的墙壁突然歪曲，瞬在那里现身了。
一人为了回到原本的世界，一人为了成功复仇，而在“ENDORA”生存的少年们。在不同世界长大的两名少年所抓住的未来会是……。
小森唯听从父亲暂时寄宿远房亲戚家，却发现她的亲戚其实是“吸血鬼”，她必须和六个性格糟糕的兄弟同住，照着他们的夜间作息生活，并一同到“岭帝学院高中”上课。每天过得胆颤心惊、随时都有可能被吸血的她，是否能保有自身的信仰并活下来?
第一季封面
游戏初作可攻略角色为逆卷家六兄弟，二作‘More Blood’版本增加无神家四兄弟，三作‘Dark Fate’版本增加月浪兄弟，‘Lost Eden’增加基诺后，可攻略人数高达13人。
每代游戏的每位角色皆有“Burto End”(坏结局)、“Manservant end”(较“Burto End”稍好的坏结局)、“Vampire end”(最佳结局)。
原作漫画
双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)
阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。
双星黎明篇(漫画第19-33话)
双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。
土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)
辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。
化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)
失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。
悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)
在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。
动画原创
列岛霸乱篇(动画第21-31话)
全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。
天地鸣动篇(动画第32-40话)
“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。
破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)
激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。
主角苗木诚于希望之峰学园举行开学典礼当天踏进校门后不久便突然晕倒。当他醒来时发现自己身旁有一张和恶作剧没两样的入学章程。他在看完章程后环顾四周，这下他才发现自己身在一个窗户被金属板所封闭的课室……
故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚(绪方惠美 配音)以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的录取通知，奇怪的是，他平凡的生活中并没有遇到过什么幸运的事情，如果硬要说有的话，那就是此次的录取了。
这一届，包括苗木诚在内共有15名新生，均为各个领域内的尖端人士，而在开学典礼上，黑白熊(大山羡代 配音)的出现却让他们落入了永恒的炼狱。闭锁的出口，昏暗的空间，残酷的脱出规则，激烈的学级审判，只有双手沾满鲜血的人才能够成为最后的胜者重获自由。这一回，被称为超高校级幸运的苗木诚能够继续他的幸运吗?
昔日一场魔界大军与人界的战争“穷暮之战”中，人类锻造出诸多名唤“神诲魔械”的强力兵器。战争过后，这批为数众多的神诲魔械被交由护印师一族长久看守，其中最强兵器“天刑剑”分剑刃、剑柄和剑锷三部分，剑刃奉祀于锻剑祠中，而剑柄和剑锷分别由丹衡、丹翡这对兄妹守护。嗜于收藏宝剑的恶人蔑天骸企图将天刑剑据为己有，丹衡被其所杀、而剑柄亦遭夺去。
另一方面、因雨而向佛堂中的佛像借得一伞的旅人殇不患遇见在寺旁树下歇脚的神秘男子凛雪鸦，凛雪鸦表示取走神佛之物乃大不敬，如不报还一伞之恩可谓违背仁义。殇不患答应他、会协助往后旅途中所遇的第一人。之后、他在半路与遭蔑天骸所率恶党玄鬼宗追杀的丹翡相遇，便允诺助她取回剑柄。
为攻克蔑天骸及玄鬼宗的根据地七罪塔，凛雪鸦召来狩云霄、刑亥两位助力，而狩云霄的义弟卷残云、以及持有攻克七罪塔前迷宫所需法器“回灵笛”的杀无生亦加入队伍中。七人过关斩将、来到七罪塔前的迷宫，凛雪鸦、殇不患和丹翡先行一步进入塔内，丹翡本以为终能杀死蔑天骸报杀兄之仇，但她却连同殇不患一起遭凛雪鸦背叛，被蔑天骸押入大牢。在得知凛雪鸦实为盗贼后，丹翡感叹自己遇人不善，盛怒的殇不患破牢而出，自凛雪鸦处探知真正的剑锷藏于他处，再将消息告知丹翡。
另一方面、卷残云得知狩云霄的目的乃丹翡手中的剑锷，并因此与他决裂，在救出丹翡后、两人回到藏剑锷处，但却遭狩云霄和刑亥追杀，卷的右眼因而失明。得到天刑剑所有部件的蔑天骸拔起天刑剑，唤醒被封于剑下的魔神妖荼黎。取剑不成的凛雪鸦与蔑天骸厮杀，轻而易举将其击败，蔑天骸在破坏天刑剑后自尽。为阻止肆虐的妖荼黎，殇不患取出宝剑“劫荒剑”将其封印。
殇不患将封住魔神的剑交给丹翡与卷残云守护后、便继续踏上旅途。凛雪鸦见天色将变，欲赠纸伞一把聊表饯别，殇不患见风雨之大、持伞形同虚设，便将伞随意一扔。伞被风吹到佛像之旁，报还了一伞之恩。
东京发生“第三次流沙现象”使得一部分沉入泥泞之中。企业为快速重建复兴，以一种高输出力、外骨骼强化的发明“Willware”进行施工;与此同时利用Willware进行的犯罪行为日益增加，为了有效遏止之，警察厅警备局在吉祥寺分室新设了第五特别公安课第三机动强袭室第八系——通称“第八”。“第八”是一群在层层的法律制约及各种障碍下，以智慧、勇气及口才向凶恶事件发起挑战的年轻人。
由于本作的总监督曾经制作《反逆的鲁路修》，本作有一些致敬镜头。例如第七话的犯人使用了枢木朱雀招牌的跳跃连续踩脸，以及神话与伯德的全知全能都相当接近鲁路修和修奈杰尔的设定。
此片讽刺了警察与腐败官僚之间的黑暗面。
“放弃梦想的方法，我不知道——”
追逐着憧憬的高中生，进入音乐艺能界的名门·绫薙学园的星谷悠太。
学园中存在着作为全体新生目标的“音乐学科”，其中由成绩顶尖的三年生构成的组织“华樱会”更是君临学园的顶点。 为了进入音乐学科，被“华樱会”的成员看中，并进入接受其直接指导的特别门路，通称“星路”是最好的捷径，但……。
虽然有着优秀的才能，却因为各自的问题而陷入从音乐学科的候补生中落选的危险境地的那雪、月皇、天花寺、空闲，以及完全是新人的星谷。 这样的五人受到了“华樱会”的怪人以及天才·凤的注意……!?
青春的喧闹音乐物语开幕!