2046年，人人都使用名为“神经连结装置（ニューロリンカー，Neuro-Linker）”的终端连线设备，生活的大半时间都可以建构在网络世界的不远未来。
因为身材肥胖而受到欺凌的学生有田春雪（有田 春雪（アリタ ハルユキ）），过着一边逃避现实，一边躲在校内网络一角提升自己虚拟壁球游戏的分数最高纪录的日子。某天，美丽的学生会副会长黑雪公主（黒雪姫（クロユキヒメ））突然出现在他的面前，留下了一句谜一般的话语：
“少年，你想不想……“加速”到更快的境界？”
接受黑雪公主邀请的春雪，与黑雪公主进行有线式直接连线，下载了名为“Brain Burst（ブレイン?バースト）”的游戏应用程序。凭借著Neuro-Linker的量子连线作用，能够将思考速度提升到一千倍。成为“超频连线者（バースト?リンカー，Burst Linker）”的春雪，操纵着自己的对战虚拟角色“Silver Crow（シルバー?クロウ）”，与黑雪公主一起投入加速世界的战斗之中。
第1集 加速
身材肥胖的有田春雪备受同学欺负，他只有在游戏的世界才能找到快乐和自信。学生会副会长黑雪姬此时邀请春雪加入Burst Linker的行列，利用Brain Burst程序改变了春雪的电子设备，黑雪姬还帮助他摆脱了被欺负的状况，但春雪与好友的友情却产生了裂痕。第二天春雪去上学的时候，加速世界忽然出现了。
第2集 变移
春雪没有遵守与黑雪姬的约定，使加速世界忽然展开，自己也被加速世界的成员打败。他与黑雪姬的谈话中明白了Brain Burst程序是基于现实的格斗游戏，而春雪在成为Burst Linker之后的第一步就是要学会加速世界的规则和战斗技巧。在实战中，春雪又遇到第一次在加速世界攻击自己的人，他们之间展开激烈战斗，春雪发现了对手的弱点，顺势赢得了比赛。
第3集 探索
黑雪姬告诉了春雪关于Brain Burst的发展历史，也说出了自己不为人知的黑暗过去，她很感激春雪可以理解她当时的心情。黑雪姬拜托春雪寻找攻击自己的Cyan Pile，而头号的怀疑对象竟然是自己的好友小千，为了排除小千的可疑性，他就与小千进行直结并了解了对方的真正想法，而当小千被排除嫌疑的时候，春雪发现了惊人的秘密。
第4集 告白
春雪为了尽快以让小千摆脱嫌疑，就在放学后与黑雪姬一起回家途中谈论了关于调查小千后的结论，证实了小千并不是Cyan Pile。在他们争吵的时候一辆车冲了过来，他们以突破连接暂时摆脱了撞击，但现实中的她们并没有脱离危险，黑雪姬决定牺牲自己帮助春雪避免撞击。这时，春雪才真正明白了黑雪姬对自己的心意。
第5集 飞翔
春雪在医院等待黑雪姬的苏醒，却在门口看见了好友小拓。他们同时启动突破连接来到了加速世界，春雪才知道小拓就是他们一直寻找的Cyan Pile。小拓嫉妒小千对春雪的感情，决定与春雪用决斗做一个了断。在小拓猛烈地攻击下春雪束手无策，但Silver Crow奇迹般得长出了强健的翅膀，以这样的优势，春雪打败了小拓。而黑雪姬此时也出现了，并且宣布要破坏加速世界虚伪的和平
第6集 报应
春雪非常高兴小拓可以帮助自己在加速世界获得更多的胜利。Silver Crow在升级时耗费了很多突破点数，小拓就想办法来帮助他。小千在电话里要求他们带着冰淇淋前来赔罪，在交谈中小千敞开心扉说出了自己的想法，大家打开心结一起吃冰淇淋的时候，小拓想到可以委托保镖来帮助春雪增加点数的办法。后来春雪独自一人去约定的地点赴约，没想到保镖是一个可爱的女孩子。
第7集 修复
春雪委托的保镖Caren答应帮助自己在游戏里赢得更多的点数，他们很快进入了加速世界，并且极为艰难地打败了敌人获得了胜利。另一边小拓和黑雪姬也展开着激烈的战斗，在战斗中小拓说出了自己对春雪和小千深深的内疚感，即使知道被他们所原谅，但自己仍然无法原谅自己。在黑雪姬的帮助下，困扰他的内疚感消失了，三个伙伴又团结在了一起。
第8集 诱惑
春雪认为自己的能力不够强大，就努力的加强训练。回到家发现自己的堂妹朋子在厨房做点心，后来春雪发现她也是Burst Linker，对方就启动了突破连接，在加速世界与春雪展开对决，春雪才知道她假扮朋子另有目的，而真实身份是Brain Burst世界里的红之王。春雪被打败之后，红之王要求见到黑雪姬本人，春雪丧气的和黑雪姬诉说了整个经过。
第9集 激化
为了弄清楚红之王的真正目的，黑雪姬他们决定跟红之王在春雪家里进行一场谈判。谈判中红之王说出了自己在现实世界中上月由仁子的身份，并表明了她的目的是借Silver Crow的力量摧毁灾祸之恺，黑雪姬用直结让他们了解了当时灾祸之铠给加速世界带来的危害，并计划引出灾祸之铠。谈判结束后，黑雪姬跟仁子竟然都住进了春雪家里。
第10话 出击
春雪从黑雪姬那里了解到在加速世界中，上辈只能帮助一个下辈成为突破连接者，他很惊讶黑雪姬会选择自己，他发誓绝对不会背叛她。后来春雪他们在咖啡厅找到了行动目标，并进行突破连接来到了无限空间，在这里所有的突破连接者都可以为所欲为。在飞行中有人忽然偷袭他们，原来是黄之王一伙人，仁子才忽然明白进行灾祸之铠计划的主谋就是黄之王！
第11话 宿命
黄之王用立体影像再现了黑之王用卑鄙手段杀死前任红之王的全过程，黑雪姬无法接受自己曾经的卑鄙行为，中断了所有的战斗机能，春雪他们立即陷入了苦战。红之王展开战斗形态抵御黄之王一伙人的攻击，春雪也在努力的呼唤黑雪姬的战斗意识，黑之王苏醒后，用强大的战斗力战胜了敌人，而黄之王却被忽然而来的攻击贯穿了胸膛。
第12话 宽恕
灾祸之恺的出现让春雪他们措手不及，黑雪姬却很快进入战斗状态把敌人打倒。红之王忽然发动偷袭，打败黑之王并意图亲手杀死操纵灾祸之恺的cherry，反被灾祸之铠抓住，春雪立刻展开营救。他们在苦战中最终取得胜利，由红之王手刃了灾祸之铠的持有者，同是自己的好友cherry。但他们却不知道灾祸之铠的碎片已经悄然附着在了Silver Crow身上。
第13集 侵入
小千为了挽回曾经的友情就自愿成为了突破连接者中的一员，并且拥有了属于自己的虚拟人物。在小拓的推断下小千是治疗师的属性，对于他们团队来说是非常好的事情。学校开学的同时，在堂会上黑雪姬发现新生中有突破连接者，但她因为修学旅行要暂时离开，重担落在了春雪肩上。春雪在小拓的剑道比赛上锁定了能美征二就是突破连接者。
第14集 策略
春雪把自己的想法告诉了小拓，在小拓的分析下确定能美就是突破连接者。春雪为了证实这个结论便去跟踪能美，但偏偏中了能美安排的陷阱，被录像机录到进入女生浴室，这样的事情被学校知道一定会被开除。小千出现试图帮助春雪也没能成功，他们都要沦为能美的奴隶，春雪很不甘心。能美便趁机发起与春雪的战斗。
第15集 崩坏
春雪在与能美的战斗中被夺走了翅膀，和小千一起沦为了能美的奴隶，他们都对小拓隐瞒了这件事情。小拓到春雪家中找他谈心，没想到却演变成争吵和暴力。后来春雪在极速世界里和Ash Roller战斗时发现没有翅膀的自己一点用也没有。Ash为了帮助春雪重新树立信心，便决定带着他去见自己的师傅Sky Raker，在Sky Raker帮助下，春雪会再一次飞翔吗？
第16集 心念
春雪在Sky Raker的要求下进行攀爬高塔的任务，在攀爬的过程中掌握了一种名叫心意的力量，那种力量可以强化他的意志，给他带来更强的攻击力。虽然Sky Raker并不能让春雪再次拥有翅膀，却让他明白了心意的力量也可以让他再次飞翔。Sky Raker还把自己的装备Gale Thruster送给了春雪，春雪十分感激，并保证以后会把装备还给她。
第17集 分裂
春雪从Sky Raker那里学到的心意让自己有了更强的力量。在学校的体育课上，他看到小拓发起突破连接，就同时连接上去。春雪在加速世界看到小拓向能美挑战，并要帮自己夺回失去的翅膀。小拓不是能美的对手战斗失败后，春雪紧接着发起挑战，并且用装备Gale Thruster飞上了天空，击败了能美。就在春雪准备给能美最后一击的时，小千的出现却让形式发生了变化。
第18集 挑战
黑雪姬一直在冲绳进行着修学旅行，根本不清楚春雪现在的窘迫状况。在她给好友小惠买礼物的时候碰到了两个突破连接者，安里琉花和系洲真鱼。两人委托黑雪姬帮助她们的师父解决棘手的问题。在不知道已经被人跟踪的情况下黑雪姬同意与她们的师父见面。在加速世界里，黑雪姬看见了她们口中的师傅，那个喝的大醉的人竟然是黑雪姬旧友Crikin。
第19集 变迁
在黑雪姬他们聊天的时候突然有人入侵，是带着怪物的连接者在寻找猎物。大家从黑雪姬口中得知这个连接者是依靠后门程式进入冲绳的加速世界，大家与连接者展开了激烈的战斗。连接者并不好对付使众人陷入了苦战，这时在现实世界的小惠无意间直结连接，也成为了突破连接者，这使黑雪姬他们的战斗有了转机，他们利用在海里的有利地形打败了敌人。
第20集 支配
小千竟然帮助了能美，这一举动让春雪和小拓很不理解。小千不但没有做出任何的解释，还疏远了他们。虽然春雪和小拓都相信小千有自己的理由，可是小千的离开和背叛还是让他们感到很难过。小拓一直努力增强自己的实力，而春雪在学校又备受同学们奇怪的注视。两人心里都很难受，但是为了自己所要保护的人，他们必须坚强。
第21集 叛逆
春雪为了帮助小拓提高战斗力就联系上了仁子，仁子接受请求教导小拓心意的运用。而春雪自己则去调查Dusk Taker的具体情况，在他准备调查的时候，蛋糕店的女仆Leop受仁子的委托前来帮助他。他们骑着摩托车来到Battle Ground，在这里向吧台的人询问情报，但是酒保却说出了另外一个有着相同情况的人的名字，情况变得越来越复杂了。
第22集 决意
Leop为了付清酒保的情报费用决定自己和春雪当诱饵引出Rust Jigsaw，他们进入了加速世界后，看见了Rust Jigsaw。春雪有了Leop的帮助很快击败了对手，在他们要锁定现实世界的Rust Jigsaw的时候却失败了。经过春雪不懈努力终于查出了能美的秘密，并且提出要跟能美决斗。而能美却提出了很危险的战斗方式，春雪跟小拓商量之后，决定与能美一战。
第23集 羁绊
春雪和小拓带着小千来到加速世界与能美决斗，能美竟然让连接者Black Vise在战场设了埋伏，这使春雪落入了陷阱。在战斗力只有小拓的情况下，能美不但对他进行强力的攻击，还用小千作为人质威胁小拓。为了小千，小拓只能放弃了抵抗。就在这危急关头黑雪姬出现了，解救了小拓，此时春雪早已从陷阱逃脱，而他与黑雪姬能战胜强大的敌人吗？
第24集 再生
春雪与能美在天空展开战斗，能美毫无还手之力。在春雪要给他最后一击时，小千用必杀技恢复了能美的力量。在恢复力量的能美得意忘形的时，他的翅膀却消失了，在小千的必杀技的帮助下，春雪的翅膀重新回到了身上，没有翅膀的能美在战斗中很快被打倒了。在春雪的帮助下，黑雪姬与以前的好友也和好如初，一切都将会有新的开始。
憧憬都市的异常事件的少年龙之峰帝人因为青梅竹马纪田正臣的邀请，决定进入来良学院读书。
正臣告诉他，在池袋生活千万不能与特殊的几个人为敌，特别是不良青年平和岛静雄和经营情报屋的折原临也这两人。还有，有着奇妙的组织体系、正体不明的街头暴力组织“DOLLARS”。
到达池袋的第一天，对正臣的话语感到不安的帝人所目击的，正是驾驶漆黑摩托车的都市传说“无头骑士”……。
不止连续在道路发生的事件，池袋街头暴力组织“黄巾贼”的出现，让池袋的街道渐渐崩坏——。
本作的舞台设立在与现实有着微妙历史差异的现代日本，作品主要描绘七位“王”各自的执著，以及被卷入其中的少年与异能者之间战斗。
“赤之王”周防尊率领的吠舞罗与“青之王”宗像礼司率领的Scepter4，因追赶某事件的嫌疑人——少年伊佐那社而互相对立。但社对这事件一点记忆也没有，什么都不知道的他逃避著来自两个集团的追赶。
而出现在此情况的小白面前的是，继承已逝的“无色之王”之遗志，身着黑服的高挑长发少年——夜刀神狗朗。
与他的邂逅，小白的命运开始加速——
2029年，日本因突然爆发的”Apocalypse Virus（天启病毒）“的蔓延而陷入了混乱之中。处于无政府状态的日本，受到了由超国家之间所组织成的名为“GHQ”的组织的武力介入并接受其统治，东京的六本木更成为被封锁的地区。之后又以名为“lost christmas（失落的圣诞）”的事件为契机，日本失去了独立国家的实质权力，并被赋予了表面上的自治权，由此人们开始享受短暂的和平。
时光流逝，10年后的2039年。少年樱满集怀抱着抑郁的心境，并对世间冷眼相待。樱满集是在天王州第一高校就读的高中二年生，与同学们保持着一定距离的同时，度过着闲散而又平静的日子。
然而集安稳的日常在某一天突然宣告结束。那天放学后，在自己中意的老地方和一名少女不期而遇。少女名为楪祈。她正是集所憧憬，并在网上有着巨大影响力的歌手。而她也有不为人知的一面。祈正是由17岁青少年恙神涯所率领的“葬仪社”——一个在被封锁的城市中歌颂着从”GHQ“手中得到”日本的解放“而赌上性命不断孤独地战斗着的抵抗组织——的成员之一。
集在祈与涯引导之下，与葬仪社而发生了关联。尔后因为关系紧迫获被女主使用了虚空基因组，他的右手上出现了“王之刻印”。通过刻印，集可以自在地从人的身体里抽取出名为“void（虚空）”的物质，并以借此为武器得到战斗的力量。然而这也仅仅是，他所背负的“罪之王冠”的物语的开幕罢了……
对于朋友、家人以及成绩怀有烦恼和自卑的少女立花彩， 某天，与在补习班遇到超有个性的四个男生，组成了"侦探小队KZ"! 个性丰富的"侦探小队KZ"被卷入事件当中， 有时也会发生冲突，即使如此他们也利用各自的特技和专门知识， 齐心协力将事件导向解决!
公元2021年，人类在与病毒性寄生生物“原肠动物”的战争中败北，被驱逐至狭窄的领土，带着恐惧与绝望苟且偷生。
至此过了十年，人类在能控制原肠动物病毒的少女们“受诅之子”力量下得以找到对抗怪物的最后希望，然而过去的伤痛却使两者之间出现难以填平的代沟，看似得到和平的人类社会正悄悄变质，暗潮越见汹涌。
居住于东京的高中生少年里见莲太郎，是一位专门对抗原肠动物的“民警”中其中一分子，与自己的搭挡蓝原延珠一起从事许多危险的工作，就在某天接获政府的特别命令，内容竟是避免东京毁灭的高度机密任务……
全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至现代之时，不死的怪物“卡巴内”突然出现。卡巴内被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭。被卡巴内啃咬的人几乎会变成卡巴内，并开始袭击人类。之后卡巴内爆发性地增殖，并覆盖全世界。
远东岛国“日之本(日ノ本/ひのもと)”的人们，为了对抗卡巴内的威胁，而在各地建造名为“驿”的城市并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车(通称“骏城”)。驿之间通过各自生产物的融通，总算是保全生活。
某天，穿越前线的骏城之一“甲铁城”来到显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称“无名”的那位白天的少女再会，此时一架骏城“扶桑城”突然暴走并突入了显金驿，那架骏城乘员全灭而且全部变成了卡巴内，卡巴内从骏城向显金驿溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，与卡巴内的战斗开始了。
【终极间谍的天才斗智之战】：在结城中校的力排众议下，日本陆军成立了间谍培训学校“D机关”。在这里，所有成员都被灌输了彻底否定军人信条的三大戒律：“不准死”、“不准杀人”、“不准被抓”。这样的组织自然成为他人的眼中钉，时时腹背受敌；然而“魔王”－结城中校以他犹如魔术师般的高超手腕交出间谍大战的丰厚战果，就连隐身在陆军内部的敌人也被他逐一消灭……从东京、横滨到伦敦、上海，紧张刺激的间谍殊死战，就此展开！
D机关（D機関）
传说中的间谍──“魔王”结城中校在日本陆军设立间谍养成学校兼谍报机关。“D机关”的存在只有极少数陆军高层才知道他们。于昭和12年（1937年）设立。
除结城中校外，无人知道D机关成员的真实身份，连成员自己也都以假名和假经历彼此往来，可说是一群带着假面具过日子的人。成员来自各方，学习各国语言，接受炸药、无线电、开锁、台球、变装等技术训练，甚至包括追求女性的方法，是一群为了国家，带着假面具过日子的人。
陆军内部似乎依旧对设立谍报员培训所一事极为反弹，因而删减原本的预算。这栋建筑是接收昔日陆军使用的老旧鸽舍，加以临时改建而成。后来陆续有人加入或退出，最后留下十二名学生（动画版为八名）。
三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。
四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲(空闲有吾)的熟人，并认识了三云修。修为了了解近界民的真相，决定指引及监视游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。
邂逅篇(漫画第1～13话;动画第一期1～7话)
对周围隐瞒自己是BORDER C级队员的中学男生三云修，班上转学来了迷之少年空闲游真。经过一系列奇遇，修和游真互相坦白了修是BORDER队员、游真是近界民以及来这边世界寻找父亲友人的事实。修被游真各种折腾，为了防止不习惯这个世界的游真做出太过脱线的事，决定监视他而一同行动。这期间，与实力派精英迅悠一和被近界民盯上的少女雨取千佳相遇。
黑触发争夺战篇(漫画第14～32话;动画第一期8～16话)
某天，游真是近界民的事被BORDER得知了，游真以一敌四与三轮队战斗后大胜，后来在迅介入调解的情况下结束了战斗。但是，BORDER本部司令城户策划消灭游真回收他的黑触发。对此迅让游真加入BORDER玉狛支部来保护他。游真最初拒绝了入队，最后为了帮助想入队寻找和救助被掳去近界民世界的哥哥和友人的千佳，决定与修一起入队。
为了夺取游真的黑触发，本部向玉狛支部派去了城户派的远征部队(太刀川队、冬岛队、风间队)以及三轮队，要他们四队联手拿下游真，但是迅和忍田派联手，与A级5位的岚山队共同作战，迅使用黑触发的力量成功打退了对方。之后，迅以自己的黑触发风刃换来了游真的BORDER入队许可。
BORDER入队篇(漫画第33～43话 ;动画第一期17～21话)
游真和千佳终于如愿以偿的进入BORDER。当天进行的训练中两人展现出了超于常人的才能。另一边，修也和A级队员风间进行了模拟战。
大规模侵略战篇(漫画第44～85话 ;动画第一期22～37话)
某天，三门市再次开启了无数的门，近界的其中一个国家，军事大国阿夫特克拉托尔来侵略。开始了和新型三离子兵拉比特以及包含黑触发使用者在内的多名人形近界民的大规模战役。
逃亡者篇(动画第一期49～64话)
动画原创故事，讲述未知的乱星国家强行袭击。
B级RANK战上篇(漫画第86～116话 ;动画第一期38～48话、第一期65～73话)
游真和修将在侵略战获得的点数全部给予千佳让她得以升到B级，而游真则靠着个人RANK战赚取点数，也同样升到B级。
之后三人正式结成B级部队“玉狛第二”，开始以入选远征部队为目的参加B级RANK战。
远征舰防卫战篇(漫画第117～136话 ;动画第二期1～4)
为了抵抗神之国的附属国-伽罗普拉要阻止玄界的远征计划，而开始了和三离子兵爱朵拉、三离子犬多葛以及伽罗普拉多名人形近界民的远征舰防卫战役。
B级RANK战下篇(漫画第137～199话 ;动画第二期5～)
高层同意让休斯加入到Border组织，其条件是要先让雨取独自加入远征队，因此三云他们为了可以加入远征部队而朝着B级前两名队伍可入选远征部队为目的迈进。
远征选拔篇(漫画第200话～)
新·圣战篇(漫画单行本第30册-漫画36册)
为阻止梅里奥达斯成为魔神王，伊丽莎白以〈七大罪〉代理团长的身份，与复活的〈光之圣痕〉代表女神族和里欧涅丝全圣骑士组成“联合军”，共同对抗完全复活的魔神族大军。因此，为了和平和守护所爱之人，现代的圣战拉开了序幕……期间，协助回收戒禁的艾斯塔洛萨，却独自在暗中策划着什么……
再战魔神王篇(漫画第37册-39册)
圣战终于以〈七大罪〉胜利，梅里奥达斯恢复正常，解除二人身上的诅咒结束。众人在宴会、出游中享受和平带来的快乐。在举杯畅饮氛围中，却包含着梅里奥达斯不得不离开现世的悲伤，而伊丽莎白也做出了一个决定……就在与众人分别之际，凶恶的诅咒再次袭向伊丽莎白，这背后是巨大的邪恶在蠢蠢欲动……
玛琳的心愿篇(漫画第39册-第41册)
即使是复活的魔神王也终被〈七大罪〉英雄们的齐心合力攻克，扰乱梅里奥达斯和伊丽莎白包括众人的命运宣布结束……虽然拯救到弟弟赛多里斯，但是〈七大罪〉也失去艾斯卡诺一员，加上梅里奥达斯把自身那股魔神王之力同时注入戒禁一并消除，那么魔神王最后留下的告诫——光明与黑暗均衡瓦解时代结束的以后，以及玛琳所说的“混沌再次苏醒，世界将彻底改变”又是什么意思，这次主角是复活的亚瑟混沌之力以及〈暴食之罪〉玛琳不惜隐瞒众人且持续追求的秘密有关……