三个问题儿童在现实世界中拥有特殊能力，有一天，互不相识的他们分别被一张神秘的邀请函召唤前往箱庭世界，在那里特殊能力被称为恩赐(Gift) 。召唤他们去箱庭世界的是被称为“箱庭贵族”的黑兔。箱庭主要以恩赐游戏和共同体为主，任何无理的要求也可以通过恩赐游戏来实现。游戏前双方必须签订契约，由中央审判，输的一方必须完成对方的条件。这是主角们为了共同体 No Name 而勇敢作战的故事，当中包括不少奇遇。
在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜(浅沼晋太郎 配音)、温柔善良爱护小动物的春日部耀(中岛爱 配音)以及高傲自大的大小姐久远飞鸟(布里德卡特•塞拉•惠美 配音)各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔(野水伊织 配音)。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……
本片根据竜ノ湖太郎(文)、天之有(插画)的原作改编。
在人类逐渐无法使用魔法的世界里，人们为了对付还拥有残存魔力的人类，成立了培训“异端审问官”的机关“对魔导学园”。主角草薙哮在这个以枪械为主要武器的环境里，仍旧使用刀剑战斗，而他所率领的第35试验小队，更是由一群劣等生所组成。某日，身为顶尖“魔女猎人”的超精英枪械高手-凤樱花加入了这只小队，让第35试验小队开始有了改变。
第一章 怒涛般的一日(怒涛の一日目)(小说第一卷、漫画第一章全11话、动画第一季第1-3话)
身为家里蹲的少年菜月昴，在从便利商店回家途中突然发生意外被传送到异世界。少年原以为自己完全没有任何特长。但本来应该因为遭遇袭击死去，回过神来后一切却都被重置。发现自己“死亡回归”的特殊能力后，为了拯救少女，少年跨越无数次绝望，一次次地死亡并重新来过。
第二章 动荡的一周(激動の一週間)(小说第二卷-第三卷、漫画第二章全19话、动画第一季第4话-第11话)
醒来时发现自己身在罗兹瓦尔宅邸的昴，认识了双胞胎女仆——拉姆和雷姆，以及守护禁书库的碧翠丝。昴争取以男仆身份入住宅邸，在双胞胎女仆的指导下，开始进入罗兹瓦尔宅邸的新生活。然而，却在某天醒来后发现自己又开始了死亡轮回。为了守护最重要的人，即使面对无数绝望，昴也要从死亡的命运中开拓未来，突破这无尽的轮回。
第三章 再访王都(再来の王都)(小说第四卷-第九卷、漫画第三章全53话、动画第一季第12话-第25话;第二季第26话)
昴在罗兹瓦尔宅邸期间生活一周后，王都使者造访宅邸，向爱蜜莉雅传达王选的消息。昴与爱蜜莉雅于是重返王都，并与之前分别的旧识们重逢。在王都昴结识了众女王候选人，并决心帮助爱蜜莉雅争取王位，却因为误会而遭到了爱蜜莉雅的拒绝。在最恶劣的情况下和爱蜜莉雅别离，昴逃避般寄身至库珥修宅邸，但此时爱蜜莉雅陷危的消息传到了他耳中。他试图挽回一切，但真正的“恶意”正挡在前头……
第四章 永远的契约(永遠の契約)(小说第十卷-第十五卷、漫画第四章9话(连载中)、动画第二季第27话-)
从王都带着避难村民归还的昴与爱蜜莉雅，与女仆法兰黛莉卡会谈后决定前往“圣域”一探究竟。然而爱蜜莉雅却在踏入圣域的瞬间昏迷，醒来后更被告知已无法离开圣域。被迫进行“试炼”的爱蜜莉雅与意外获得“试炼”资格的昴面对陆续降临的危机。昴必须在困境中找出正确选择，拯救被束缚在禁书库中四百年的精灵，缔结永远的契约。
第五章 镌刻历史的群星(歴史を刻む星々)(小说第十六卷-第二十卷、动画第二季)
离开圣域后一年，爱蜜莉雅阵营迎来了新的冒险——水门都市普利斯提拉。在那里等待着的是新的相遇与命运的再会，但平静背后暗涛汹涌。昴来到异世界后最大的危机——愤怒、贪婪、色欲与暴食大罪司教一同袭来。都市的陷落与挺身对抗的王选阵营，只有勇于挑战命运的人，才可能成为镌刻历史的群星。
第六章 记忆的回廊(記憶の回廊)(小说第二十一卷-)
极东大瀑布旁的奥古利亚沙漠，全知者驻留400年的监视塔。像是偶然又似乎命中注定地，昴前来挑战这数百年来无人能到的难关。凶恶的魔兽与魔女的瘴气，未知的魔法与瞬间夺命的狙击。“贤者”夏乌拉是否真能为昴释疑?监视塔里又藏有什么秘密?原为了终结而来，过去却接踵而至。在昴一行人之前铺排著的，无疑是来自这世界记忆回廊的一出恶戏。
本条枫在好友白峰理沙推荐下开始游玩游戏“NewWorld Online”，创建了名为“梅普露”的角色。作为游戏初学者，梅普露选择了不受欢迎的大盾当武器，并因为怕痛而将所有资源用于增进防御能力，因为缺乏游戏常识，在最初的技能点分配中，梅普露将所有的技能点都点在了防御上，因此在误打误撞之中成为了无论怎样的攻击也无法给她造成伤害的“肉盾”型角色。 这种形式让她学到了各种特殊技能并取得罕见装备。
在好友白峰理沙(野口瑠璃子 配音)的陪伴下，梅普露展开了自己的旅程。没有攻击力的梅普露很快就发现，自己在这个世界中，哪怕是一只等级为1的兔子都无法杀死，可同样的，因为她超群的防御力，等级比她高很多的敌人亦无法伤害到她分毫，这样的梅普露意外的成为了队伍之中不可或缺的重要存在。
进而在游戏中创下传说。
热门社交游戏“魔法少女育成计划”，为数万人之中仅一人能成为魔法少女的奇迹般游戏。幸运地获得魔法，过着充实生活的众少女。然而，就在某一天，她们收到法布传来“因人数过多，为了确保魔力供给足够，要裁掉一半的魔法少女”的片面通知，需在16人中削减8人，于是由16位魔法少女所带来的残酷激烈、惨无人道的殊死竞存比赛，由此拉开序幕。
然后在经过一场大规模的战斗后，魔法少女存活人数达到7人，但法布突然宣布“因为途中有给出魔法道具的关系，魔力供给依旧不足，将存活人数下修到4人。”于是残存的魔法少女在生存威迫下再度展开一场殊死厮杀。