黑之契约者
十年前，被称为地狱门的不可侵领域突然出现在东京。 真正的星空消失，取而代之的是虚假的星星。世界各地开始出现被称为“契约者”的超能力者。这些本是普通人类的能力者丧失冲动的情感，只遵循“合理性”而行动。围绕“门”的谜团，各国势力和契约者们展开了殊死的利益争夺。“门”里出现的未知事物，昭示这个世界不可避免的走向终结。在静谧绝望的黑暗中，人类、契约者和Doll之间上演着一幕幕人间故事。
漆黑之花
“东京大爆炸”后数周。离奇的连续杀人案件，持有神秘黑花的契约者，如乌云般笼罩这座城市。其中，还有仍然徘徊在这座城市的契约者——BK201的身影。
接受黑花移植的女高中生——月森梓，变成了拥有超出想像之力量的“觉醒者”，并开始了她的复仇。随着事件的深入，与潘朵拉、“组织”和黑花有关的新的黑幕渐渐浮出水面……
流星之双子
东京大爆炸的两年之后，以冬季的俄罗斯为舞台，契约者黑以及少女苏芳两人的相遇，展开全新的故事。
名词解说
“门”(ゲート)
第一季10年前，由谜之光束贯通地球形成口径10公里的未知领域。两个“门”分别是位于巴西的“天堂门”(ヘブンズ・ゲート)和位于东京的“地狱门”(ヘルズ・ゲート)。伴随着门的出现，平流层以外的空间变成不可侵入区域。除太阳以外的天体都从天空中消失，夜空被“虚假的星空”所取代。“门”导致契约者和Doll的出现，并产生多种神秘物质和物种。其内部弥漫着特殊的粒子(“门”粒子)，是各种物理现象都被扭曲的死亡区域。
“门”的流出物质和衍生技术对人类社会产生深远的影响，也被各国视为极重要的资源而垂涎。围绕“门”的利益争夺曾导致南美的大战，而日本则将地狱门的主权移交给联合国以避免遭受战祸。第一季5年前以来，天国门已被半径1500公里的隔绝领域包围，人类可以接触的仅剩地狱门。后者亦被500米高的巨大围墙保护起来禁止一般人进入。研究证实一旦把门消灭，地球上所有的契约者也会随之消失。
“门”的出现和变异都被三鹰文书在50年前所预言。第二季结尾随着复制地球的完成，地狱门也随之“打开”。到底是谁、出于何种目的创造了“门”，门内产生出来的又是什么，人们无从知晓。只是“门”的存在昭示著许多年以后某种事物的开端，同时也是世界走向终结的开始。
契约者(契約者)
随着“门”的出现，由人类突变而来的超能力者。成为契约者不需任何理由，而是随机的。典型的契约者，其精神构造为利己的合理性思维，会采用最有效的办法来达到目的，故一般显得冷酷无情。契约者还须为能力的使用而支付“代价”(自身的强制行为或变化)，这也是“契约者”之名的由来。契约者可能持有相同的能力，但代价的内容和支付方式却多种多样。能力和代价之间并无绝对的关联。
契约者和虚假星空里的星星一一对应。使用能力时有光谱反应，死亡时则化为流星坠落。通常经由天文部分析过的契约者之星都会被安排一个梅西耶编号。契约者发动能力的另一标志现象是瞳孔亮起红光，身上则释放出青色的拉塞尔诺普特放射光。
一直不支付代价的契约者会变成“延迟支付者(Moratorium)”而无法控制自己的能力，最终则彻底丧失自我成为Doll。亦有一次付清代价(如失去本体)的特例。根据奥莱优的说法，契约者是未能完全从人类变成Doll的“残次品”。
除以上特点以外，契约者和普通人类没有区别。契约者和契约者结合，生下的后代一如常人，并不见得拥有契约能力。
Doll(ドール)
契约者的同类。同样因为“门”的出现而由人类突变而来，也会随“门”的消灭而灭绝。看上去完全丧失感情和自主意识，如人偶一般，没有收到指令就无法自己行动(但故事中出现的Doll往往有例外之举)。通常会被灌输用以维持最低限度生活能力的人格程序。
虽然没有契约者一般的超能力，但可通过一定触媒放出名为“观测灵”的隐形分身(能被契约者所见)，常用于进行大范围谍报活动。除被情报机关收容外，外形漂亮的Doll也会在黑市被作为赏玩物品高价交易。
在“进化”程度上高于契约者。拥有可以彼此沟通的精神网络，即Doll Network。Doll也在进化之中，变得拥有独立人格和人形化的观测灵。若有感情的长久共处会加速这种进化，且感情越不安定加速越快。
第01话 SYMPTOM 变异
膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。
第02话 DEPARTURE 出战
A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…
第03话 TO MARS 前往灾星
火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。
第04话 WAR 全面战争
小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？
第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子
马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。
第06话 2 MINUTES 2分钟
阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？
第07话 CRAB 猛士
米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。
第08话 DER ZITTERAAL 电击生物
幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……
第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒
阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。
第10话 DESIRE 愿望
阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。
第11话 BOXER 拳击手
庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。
第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道
小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。
第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处
一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……
日常篇
漫画：第1卷目标1－第8卷目标61／动画：目标1－目标19、目标27－目标33、目标66－目标73
不擅长运动与学习、做什么事都没有耐心，一事无成的少年泽田纲吉（通称阿纲），在他面前出现了一位自称雷伯恩的杀手，外表与婴儿无异的雷伯恩竟然宣称要作他的家庭教师。其目的是要培育阿纲成为意大利黑手党彭格列家族的第10代首领。雷伯恩利用被打中后会拼死完成临终时后悔的事情的彭格列秘弹“死气弹”，让阿纲成为适当首领的“教育”开始了。
VS黑曜篇
漫画：第8卷目标62－第10卷目标81／动画：目标20－目标26
并盛中学的风纪委员无故被人袭击，并且被拔去牙齿（动画改成在现场留下怀表）的事件连续发生。一开始从风纪委员的关系来看，认为只是单纯不良学生的争执，但是受害者扩及到风纪委员以外的学生。雷伯恩从迪诺那得到的情报、被拔牙齿的数目（动画改成怀表的时间）的减少、和以前排名风太所做的排名判断，敌人是被黑手党放逐的越狱逃犯，目标直指彭格列第10代首领阿纲。不能拒绝第9代首领指令的阿纲，为了打倒主谋六道骸，和雷伯恩、狱寺、山本武、云雀恭弥、碧洋琪一同进入敌人的基地。
VS瓦利亚篇
漫画：第10卷目标82－第16卷目标135／动画：目标34－目标65
与六道骸之战胜利后的某日，在阿纲面前出现了一位有着死气的火焰的少年。他的名字是巴吉尔，为了将彭格列秘藏的半彭格列指环交给阿纲，被彭格列的暗杀部队“瓦利亚”的一员史佩尔毕·史库瓦罗追杀。瓦利亚的目的是要让瓦利亚的首领、第9代首领的养子XANXUS成为第10代首领。阿纲方的守护者7人和XANXUS方的守护者7人，为了争夺下一任的彭格列继承者，展开一对一的指环争夺战。
未来篇
漫画：第16卷目标136－第30卷目标282／动画：目标74－目标203
“十年后火箭炮”是个可以将现在的自己和10年后的自己交换5分钟的道具，但是被误射中的雷伯恩却行踪不明，寻找他的阿纲也不小心被射中来到10年后（正确时间为9年又10个月后）。来到10年后世界的阿纲，知道10年后的自己已经死了，并且杀了他的就是由白兰带领的米尔菲欧雷家族这个新兴黑手党。5分钟过去了却没有回到10年前，狱寺等朋友也来到了10年后，在这个最糟糕的情况下，为了寻找回到10年前的线索，阿纲等人在这个“指环”和“匣子”就是力量的世界展开战斗。并在阿尔克巴雷诺的协助下，阿纲打开了彭格列匣子。
未来篇(1)（漫画：第16卷目标136－第20卷目标175／动画：目标74－目标101）
十年火箭炮飞向雷伯恩，雷伯恩进入十年火箭炮后，却没出现十年后的雷伯恩，阿纲开始寻找雷伯恩，阿纲一行人却意外的进入十年后，得知他们并非到十年后而是九年又十个月，也许打败入江正一就能找到回去的方法，于是阿纲开始艰难的训练，然后到基地中战斗寻找入江正一。
未来篇(2)（漫画：第20卷目标176－第24卷目标226／动画：目标102－目标141）
未来选择篇（漫画：第25卷目标227－第27卷目标256／动画：目标154－目标177）
未来决战篇（漫画：第27卷目标257－第30卷目标282／动画：目标190－目标203）
阿纲他们在获得了彭格列初代家族的认同后，对即将到来的战斗抱持着坚定的决心回到了未来的世界。随着真·六吊花突然袭来，瓦利亞暗杀部队与阿纲等人一同加入战斗之中，彼此之间的斗争难分胜负。然而这场持续已久的战斗终将会结束，即将迎来崭新的未来。
阿尔克巴雷诺篇
动画：目标142－目标153
未来篇的插曲。在10年后的世界，入江正一告诉阿纲，单靠他的大空之戒并不足以开启他的匣子，为了要让彭格列指环发挥真正的力量，因此必须取得阿尔克巴雷诺的七个标记。为了得到标记，众人需回到10年前的并盛町，进行阿尔克巴雷诺们的试炼并完成试炼以取得标记。
初代家族篇
动画：目标178－目标189
未来篇的插曲。雷伯恩认为在选择游戏中败北的阿纲与守护者还不具备能够战胜白兰的实力，于是和尤尼一起决定带着众人回到10年前的并盛町，让阿纲与守护者一同接受彭格列初代家族成员的试验取得他们的认同，并以阿尔克巴雷诺作为家庭教师进行观察并在试验中给予建议。
继承仪式篇
漫画：第30卷目标283－第36卷目标346
阿纲一行人在优尼燃烧生命之火时，借着她复活的阿尔克巴雷诺的力量进行时空旅行，回到了过去。但在此同时却对地壳造成影响，于各地发生地震，为了暂时躲避地震的灾害，至门中学有七位转学生来到阿纲等人所就读的并盛中学。七人之一的古里炎真转到阿纲班上，并与其成为好友。其它的转学生也各自与阿纲的守护者们互相有所关联，对此感到怀疑的雷伯恩对“至门中学”古里炎真等人展开调查，查出他们是个势力弱小的西蒙家族，并且也受邀前来日本参加蓬哥列第十代首领的继承仪式。聚集了世界各地黑手党的继承仪式即将到来，就在此时，却发生阿纲遭到反对势力攻击的事件。狱寺将守护者与西蒙家族找来轮流保护阿纲的安全。
彩虹诅咒篇
漫画：第36卷目标347－第42卷目标409
阿尔克巴雷诺将阿纲等人在未来战斗的过程传达给十年前参与其中的人，使得六道骸等人以及暗杀部队瓦利亚双方为了争取“十年前的弗兰”的归属权形成对立关系。另一方面，雷伯恩与其它阿尔克巴雷诺不约而同地做起有关于过去的恶梦。设计七人受到诅咒的神秘人物再度出现并提议为其解除诅咒，然而却限定唯有最强的阿尔克巴雷诺才能被解除诅咒。为了避免阿尔克巴雷诺直接对战破坏奶嘴，他又进一步要求阿尔克巴雷诺必须各自选择代理人为其战斗。
日常篇（终）
漫画：目标407－409
阿纲被迫抱着必死决心在京子与小春之中做出未来妻子的抉择，却依然不愿意继承彭格列第十代首领的位置，而使得雷伯恩离去，之后再次返回并决定以新?彭格列一世为目标继续教导阿纲。