漫画
‘第一部’漫画于1992年至2001年间，在《周刊少年Magazine》上连载，由1992年10月28日开始，以《歌剧院杀人事件》为金田一一初登场的第一个案件，而《金田一少年敢死之行》最后一话则于2001年1月1日出刊，为第一部完结时漫画的最后案件，同年4月20日推出小说《邪宗馆杀人事件》，至此《金田一少年事件簿》‘第一部’告一段落。
1997年，在《银幕之杀人鬼》之后金成阳三郎退出漫画创作团队，原作由天树征丸担当，跟佐藤文也继续《金田一少年事件簿》的新故事。由《歌剧院杀人事件》开始至《速水玲香诱拐事件》为止的19个案件的长篇，组成了第一部“File系列”。而后的7个中篇及长篇的案件组成了第一部“Case系列”。
2000年末，随着“Case系列”最终回《金田一少年的敢死行》的结束，从1992年开始连续8年的金田一漫画连载画上了休止符。通常，“File系列”、“Case系列”、“Short File系列”、“明智系列”与长短篇小说等，被合称为“第一部”。
于第一部与第二部之间刊登了《旅行途中》短篇小说，简短的交代金田一一于第一部完结时的单车之旅所为何事，现在可以于金田一20周年官网中看到此文。
‘第二部’漫画是以3个系列构成，分别是“新系列”“20周年系列”“R系列”组成，以《吸血鬼传说杀人事件》为起点，直至R系列的《金一二三诱拐杀人事件》为止。
“新系列”---2004年夏，在同作者(天树征丸与佐藤文也)结束了《侦探学园Q》的连载后，2004年8月开始在《周刊少年Magazine》恢复不定期连载，距第一部完结时隔四年发表了《金田一少年事件簿》第二部的第一个案件《吸血鬼传说杀人事件》。由2004年8月18日开始连载的《吸血鬼传说杀人事件》至《游戏馆杀人事件》最后1话于2011年6月8日为止，之后的2004年-2011年间，不定期的连载了8个长篇案件以及7个短篇案件。由于连载不定期，虽然File编号依然延续，但没有官方的系列名，通常被称为“新系列”。
“二十周年纪念系列”---2012年《金田一少年事件簿》踏入20周年，漫画故事再次长期连载，而漫画亦由《食人研究所杀人事件》开始，以第1期为名称开始于2012年3月7日开始在《周刊少年Magazine》恢复长期连载(20周年系列)，连续推出了三个长篇及一个短篇作为“二十周年纪念系列”。直至《蔷薇十字馆杀人事件》于2013年4月17日连载完成最后一话，作为20周年系列的终点。
“R系列”---2013年11月，“二十周年纪念系列”之后，漫画宣布以《金田一少年事件簿R》为题连载再开，代表归来之意的Returns系列，可能会是一个较为长期而稳定的连载。《金田一少年事件簿 R》以《雪鬼传说杀人事件》作为起始案件于2013年11月27日开始连载，最后的案件为《金田一二三诱拐杀人事件》。
同一时间于手机程式MangaBox中连载《高远少年之事件簿》以及《金田一少年之2日1夜小旅行》。以不同漫画家执笔的官方补完系列展开，第一次由佐藤文也老师以外的漫画家——あわ箱作画，轻松搅笑向的《金田一少年之2日1夜小旅行》;以及由佐藤友生作画的《明智警部之事件簿》。
‘第三部’漫画以《金田一37岁之事件簿》为名，以《歌岛渡假村杀人事件》为起点，至今一直连载在讲谈社的Evening杂志连载中。故事主要围绕地狱傀儡师高远遥一及他的诡计执行者们跟金田一的对决。天树曾在作者的话中说《金田一少年事件簿》并未完结，所以再回到17岁的少年系列继续发展还是有可能，只是暂时仍未有相关情报。
“金田一37岁之事件簿”---《金田一37岁之事件簿》是《R系列》的后续故事，时间线现定在20年后，讲述37岁金田一所发生的故事。和第二部新系列相同，由天树征丸担任原作者，佐藤文也作画。并改由《Evening》连载。《金田一37岁之事件簿》以《歌岛度假村杀人事件》作为起始案件开始连载，到《杀人二十面相》篇连载完后暂时休载，目前未知复载时刻。
“三十周年纪念系列”---2022年《金田一少年事件簿》踏入30周年，漫画故事再次推出新作连载，并由《八呎乌村杀人事件》开始。
第一部 无印篇
《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚回锅。该系列简称为“无印”（因没副标题得称）。
大部分观众以为，《神奇宝贝》只有275集（这里指由石英篇到城都篇一般TV版），实际上神奇宝贝有276集，中国台湾的中视及中国香港的无线电视没有引进第38集“电脑战士3D龙”，因为日本在播出第一年（1997年）的12月16日，许多日本观众（青少年以下观众居多）因看了这集动画而引发光敏性癫痫送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。原因就出在那集皮卡丘从3D龙身上跳出来，对迎面而来的导弹使出电击绝招，导致导弹爆炸发出强烈的闪光，红色和蓝色的光快速替换，如果一直盯着萤幕看的话，就可能会引发所谓的光敏性癫痫。这次的事件让神奇宝贝停播了一段时间，不过在日本观众热烈的反应及支持下，隔年4月16日终于复播了，但当地收视率大跌，并且制作公司也对制作动画的规则重新作了讨论，避免以后再发生类似的事故。而之后这集也被日本官方冻结，也导致3D龙和其进化型系列再也没出现在动画上。
第二部 超世代
后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，精灵宝可梦于2002年11月21日播出《精灵宝可梦 超世代》（Pokémon Advanced Generation）系列。在城都联盟结束后，小霞跟小刚因为各自有事而和小智告别，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚重新加入，于是四人展开全新的冒险，在传统故事上保持角色互动的新意。
《精灵宝可梦 超世代》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。全新的比赛内容在支持者间得到好评，使之在系列往后有所延续。
第三部 钻石&珍珠
2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷偷跟来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。
在《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取宝可梦。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和为继续宝可梦培育家（饲养家）修行而前来的小刚再度会合。在因缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘并把火箭队打飞，三人于是结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。故事和《精灵宝可梦 超世代》一样是有两个主线：小智为参加神奥联盟，挑战道馆；小光则为成为顶尖协调训练员而参加华丽大赛及华丽大型庆典。本作和以往不同的是小光的戏份大幅增加，于其比赛中经历比其他女主角更多高低起跌，也有更多需要单独应对的剧情处境，戏份可说是第一个有办法和小智相提并论的。
第四部 超级愿望
第一季
而后于由于任天堂于2010年推出NDS版全新作（黑、白版），动画也跟着推出新作，新作名为《精灵宝可梦 超级愿望》（Pokémon Best Wishes！），于2010年9月23日开始播映，在结束了神奥地区的旅程后，小智与妈妈和大木博士一同乘飞机前往合众地区。在那里，小智结识了带着牙牙的少女艾莉丝，及宝可梦酒侍兼道馆馆主天桐，三人于是一同展开在合众地区的旅程。艾莉丝的蓝本是取自电玩“精灵宝可梦白版”的第八道馆训练家（黑版2、白版2则成了冠军），动画则设定为以成为龙之大师为目标的少女 动画的角色成长设定的还不错 也是目前唯一会超能力的女主角。原本担任搞笑恶役的火箭队两人一猫组，在此作改变形象，成了认真的反派角色，并且秘密地执行神秘任务，为往后的剧情埋下了一些谜样的伏笔。而此作恢复为只有一个主线──小智为参加合众联盟而挑战道馆。
第二季
随后于2012年夏季，为配合电玩NDS版（黑版2、白版2）的上市，动画也正式进入第二季。在第二季中，除了原班人马外，更请回了前作的女主角小光和神奥冠军竹兰回来助阵，不仅许多第一季没有出现的旧宝可梦纷纷登场，同时更加入了“幻之宝可梦”美洛耶塔作为小智等人的伙伴，并且增添了新的主轴—火箭队对美洛耶塔的阴谋、世界锦标赛及合众联盟，为新一季带来了不一样的风气。
之后于2013年，在合众联盟结束后，动画又另外推出了两个第二季的新章节“Episode N”和“Da！”（杰可罗拉冒险！）章，“Episode N”是以游戏中的超人气角色N及反派等离子团的阴谋做为主轴所展开的故事。尽管在游戏（黑、白版）中N是偏向反派定位的角色，不过在动画中更多是做为较为正向的角色。另外原先于前一章结束任务的火箭队两人一猫组亦再次回归，并再次结合其前几部的形象，退场时会说“好讨厌的感觉”。而在“Da！”章，小智一行人告别了合众地区，打算搭船回到关都地区，顺路经过了杰可罗拉群岛，在那里遇见了很多宝可梦及新鲜或怀念的事，也为接下来的《精灵宝可梦XY》做了缓冲。
第五部 XY,XYZ
第一季, XY
2013年秋季，精灵宝可梦电玩进入了全新的3DS纪元（X、Y版），动画亦再次推出全新的系列《精灵宝可梦XY》（Pokémon XY）。告别了艾莉丝与天桐，这次小智在“Da！”章结识的记者三色堇带领下，前往卡洛斯地区，在那里他邂逅了天才发明少年，同时也是道馆馆主的希特隆、以及他的妹妹柚丽嘉、和小时候曾有一面之缘的少女莎莉娜，并与他们一同展开在卡洛斯地区的冒险。和以往的女主相比，莎莉娜的设定有些不同，除了以前曾和小智见过面外，甚至还是继小霞以来再次对小智拥有好感描述的女主，加上开播以来深入刻划人物性格的剧情及高品质的作画，尽管收视率初期没预想的高，仍受到观众不少正面评价。其冒险地图“卡洛斯地区”是以法国做为蓝本，因此多处场景皆是取材自法国实地场景。此作从中段开始再次分为两个主线：小智为参加卡洛斯联盟而挑战道馆，而莎莉娜则以宝可梦表演家为目标参加三冠卫星赛。
第二季, XYZ
在《精灵宝可梦XY&Z》动画中，首次大幅增加“传说宝可梦-基格尔德(Z)”的动画原创剧情，也首次在动画中出现正统游戏中未出现的宝可梦型态变化(牵绊变身)，更是替主角小智原创了一只型态差异的宝可梦小智版甲贺忍蛙，也是在游戏中未曾出现的宝可梦。
第六部 太阳&月亮
《精灵宝可梦 太阳与月亮》简称日月，内容为主角小智留在家中的宝可梦魔墙人偶在抽奖活动抽中大奖，一家人而前往阿罗拉地区度假。后来小智就读宝可梦学校，并暂居库库伊博士家里，在此认识了洛托姆图鉴和许多就读宝可梦学校的伙伴，如卡奇 水莲 玛奥 马玛内 莉莉艾。并和他们一起加入究极防卫队，让究极异兽回到原本的世界。在阿罗拉地区得知地区型态与Z纯晶/手环，而主角小智也获得一只卡璞·鸣鸣给的Z手环。本作以跟过往不同的软Q画风呈现人物，喜剧效果演出也大幅增加，并跟随游戏设定，以有限范围内的日常生活剧情代替持续旅行为主轴。在动画启播20周年的契机下，电视动画和剧场版动画的故事不再有关连和制作计划正式分离。
第七部 新无印/旅途篇
本作在播放前，官方率先预告内容不会单纯对照游戏《宝可梦 剑／盾》，而是会整合系列至今为止所有地区和宝可梦，制作全新的世界旅行故事，并确认不会加入副题。此外，本作亦直接采用了剧场版第20作重新设计的标志。
这部动画评价两极，加入被网友戏称“一球超人”的小豪做为主角之一，对大部分宝可梦几乎都是一球收服，既不重视培育、视宝可梦如大量收集之玩物，也去掉过去宝可梦与人的羁绊。引起极大的争议，且将过往传说宝可梦如水君，不仅被一球收服、且被过场的猎人虐待，更造成大量观众不满。
但是由于小智这部没有弱化、热爱对战、展现出优秀的冠军、好前辈等形象，而且掌握Mega进化、Z招式、极巨化三大对战系统，本部小智的目标挑战世界锦标赛，最终打赢丹帝成为世界最强训练家。
《Kanon》故事主题主要围绕着五位少女，这些女孩的生活与同一位少年有关联。相泽祐一是一名高中二年级生，曾在来到游戏故事开始前7年来到故事的舞台“北国小镇”，当时佑一寄住在母亲的妹妹水濑秋子和她女儿名雪的家里。7年后几乎忘记该处记忆。之后他遇到几位少女，并慢慢恢复记忆。
名雪于第二天带他去城市各处。名雪虽然要买晚餐材料，但祐一不愿意和她一起，在等待之时与一名少女月宫亚由相遇，相处过后决定再次见面。几天后，祐一遇见泽渡真琴，虽然失去记忆却对他怀恨在心。泽渡真琴在街上倒下后，他带她回家，了解她的处境。水濑秋子暂时允许她与他们同住，但这与祐一想将她交给警察的做法不同。
与祐一的过去有关联另一个女孩是在高中三年级就读的川澄舞。于夜晚溜进学校和“魔物”战斗，虽然因为非常的沉默寡言又背负着孤独一人的战斗且深夜溜进学校和“魔物”战斗所造成的破坏而被周遭的人视为不良少女、问题学生。祐一遇到的第五位女主角美坂栞从小身体孱弱，从高中入学起也是长期缺席没去上学，但是偶而会穿着便服溜进学校里。祐一在学校注意到她后，开始与她交谈。