世界突然间出现了不明生物“魔甲虫”，它们在与人类的战斗中获胜并占领了陆地，人类也因此被赶到了空中。
彼方·英司原本是浮游都市“密斯特岗”中隶属于S128小队的优秀空战魔导士，但因为不明原因转而成为后方支援科的人员，并被小队成员称为“叛徒”。某一天，英司在原小队成员蔻伊推荐下，担任最差三人小队“E601小队”的教官。四个人在以变成最强小队为目标的同时，也必须挺身而出对抗魔甲虫。
在人类逐渐无法使用魔法的世界里，人们为了对付还拥有残存魔力的人类，成立了培训“异端审问官”的机关“对魔导学园”。主角草薙哮在这个以枪械为主要武器的环境里，仍旧使用刀剑战斗，而他所率领的第35试验小队，更是由一群劣等生所组成。某日，身为顶尖“魔女猎人”的超精英枪械高手-凤樱花加入了这只小队，让第35试验小队开始有了改变。
平凡的高中生相川步，在莫名其妙的因缘下被卷入震惊社会的连环杀人案身亡，但他竟然死而复生了。原来在事件发生之前与步偶然邂逅的死灵法师优，将他变成了僵尸而复活，再加上来自魔法世界的少女战士春奈，与另一个吸血忍者少女瑟拉，最后居然演变成步跟她们全住在一起的局面。
四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!
精灵(精霊(せいれい))
在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。
精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。
根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。
空间震(空間震)
当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。
一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。
再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。
现界、消失(現界、消失(ロスト))
当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。
通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。
被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。