主角渡边早季5人小组在野营中抓到国立国会图书馆筑波分馆自发进化型SE-778Hλ（拟蓑白），拷问拟蓑白后得知人类屠杀人类的黑历史、愧死机构等规则。得知2011年人类获得超能力（咒力）后，超能力者能轻易毁灭一座城市，热兵器无法抵抗他们，导致世界人口剩下2%，经过了五百多年的暗黑时代，东北亚分成4种集团：超能力者统治普通人的奴隶王朝、普通人组织的狩猎逃亡集团、移动型超能力者掠夺集团、继承科学技术的超能力者集团。超能力王朝暴君被刺杀，新世界的日本尚存6万名继承科学技术的超能力者集团，以基因改造产生愧死维持社会和平，并将普通人改造成化鼠排除出愧死反应的对象。
后来伊东守因咒力太弱被教育委员会下令处死，伊东守击退不净猫后逃亡，秋月真理亚随其叛逃，伦理委员会议长朝比奈富子下令渡边早季与朝比奈觉3天内追回2人可不追究，否则将通报各町及化鼠部落追杀。两人因感情徇私，伙同食虫虻化鼠部落领袖斯奎拉谎称叛逃的两人被雪崩埋入山谷。
数年后食虫虻部落扩张势力与奇狼丸率领的大黄蜂部族交战，斯奎拉驱使伊东守的孩子用咒力防御大黄蜂部族攻击，大黄蜂军队战败，仅剩首领奇狼丸脱逃，神栖66町议会中决议派出5人死神小组抹杀食虫虻部落及其同盟，食虫虻部落早有防备，死神小组中只有干先生幸存。渡边早季的母亲渡边瑞穗与丈夫返回町中学校放出不净猫、烧毁图书馆后遇害；渡边早季与朝比奈觉逃至清净寺取得母亲遗书及国会图书馆筑波分馆终端008号（太阳能型），清净寺随后被攻破焚毁。
渡边早季、朝比奈觉、奇狼丸、干先生四人前往东京找寻能杀死伊东守孩子的生化武器（炭疽杆菌），斯奎拉率领伪恶鬼与5只化鼠追踪，四人躲至地道后兵分两路，朝比奈觉、奇狼丸引开斯奎拉，渡边早季、干先生由地下运河至生化研究所，而后干先生被大鬼矶女杀死，渡边早季在生化研究所中找到生化武器，回地表与众人会合。战斗中，朝比奈觉抛出生化武器，由于渡边早季不想让唯一的亲友死亡，将空中的炭疽杆菌粉末烧毁引发尘爆，奇狼丸以放过大黄蜂部族女王为条件，穿上人类的衣服让伪恶鬼用咒力杀死，因伪恶鬼认为自己是化鼠，杀死同为化鼠的奇狼丸触发愧死机构死亡。事件后斯奎拉被施加永久性极端痛苦的惩罚。
后来朝比奈觉发现化鼠的学名〈Homo cephals Glaber〉像是人类与裸鼹鼠组成的，而伦理委员会规定禁止对化鼠的基因进行研究分析，但朝比奈觉仍发现化鼠的染色体有23对与人类相同。两人讨论后，渡边早季烧毁斯奎拉，中止惩罚。最后渡边早季与朝比奈觉结婚，两人一起努力改变“将孩子当作恐怖因子”的社会。
用语
地理
新世界里的日本社会共由9个各自独立的“町”组成，总人口约5到6万人。主人公生活的神栖66町即这9个町之一。其他8町分别为“夕张新生町”（北海道）、“白石71町”（东北）、“胎内84町”（北陆）、“小海95町”（中部）、“精华59町”（关西）、“石见银山町”（中国）、“四万十町”（四国）、“西海77町”（九州）。
和万事依赖科学文明的旧时代不同，这里因为受到交通和通讯手段限制，只在必要的时候才会进行町与町之间的联络以及合作。恶鬼袭击事件后，早季正在规划成立“联络协议会”，以加强町间的相互联系。
神栖66町（神栖66町（かみすろくじゅうろくちょう））
位于利根川下游，是现实世界中茨城县神栖市一角所伸展出的城市，由散布在方圆五十千米内的7个乡镇组成，目前约有3000人居住于此。町围绕霞之浦到利根川河口的水路而建，居民利用丰富的水资源进行移动、运输和发电。町内不存在货币的概念，社会通过互相帮助和无偿的服务所组成。此外，町被一条叫做“八丁标”的注连绳圈住，与外界隔断开来。这条注连绳是为防止外部邪恶之物侵入町内而设立的一条防御线，町里的孩子越过“八丁标”前往町外的行为被明令禁止。
在神栖66町的中部地区，集中了众多町级行政机关的便是坐落在利根川东岸的“茅轮之乡”。町的北面，是在森林中散落分布住宅区的“松风之乡”。“白砂之乡”位于东部沿海的宽广地区。“茅轮之乡”南面与“水车之乡”相接壤；西北面与适合登高眺望的“见晴之乡”，西南面与水田农业区“黄金之乡”隔川相望。而“栎林之乡”则位于神栖66町的最西端（瞬变成业魔后改名为“朽木之乡”）。
完人学校（全人学級（ぜんじんがっきゅう））
从和贵园毕业的学生继续升学的学校。号称不偏重知识与技能的教育，而要使人全面和谐发展。
和贵园（和貴園（わきえん））
神栖66町的三所小学之一，另外两所分别为“友爱园”和“德育园”，校内正面墙壁上有写有“以和为贵”的牌匾。为早季、觉、瞬3人的母校。毕业的时间并不固定，基本上以出现“祝灵现象”的人作为咒力表现的依据，进而往上级学校“全人班”升学。在神栖66町，凡满6岁的小孩必须上小学。
如果在小学一定时间内仍无法觉醒念力则会遭受教育委员会处分。
妙法农场（妙法農場（みょうほうのうじょう））
小町主要的粮食产地，同时也是各种基因实验的基地。里面的七彩蚕、袋牛等都是基因改造的产物。
清浄寺（清浄寺（しょうじょうじ））
在利根川的上流，位于霞之浦旁的寺院，无嗔上人担任寺院住持。由于要传授发动咒力的关键话语，即“真言”，而进行各种各样的秘密仪式，町民对其正确的位置也一无所知。后于“化鼠叛乱事件”中毁于战火。
咒力
咒力（呪力（じゅりょく））
新世界的人类所拥有的念力，起源于现人类的进化，本作中所有“正常”的人类到一定年龄便会拥有，如果没有的儿童将被处分（被不净猫杀死）。
可用的能量是无上限的，强力咒力的威力甚至远超核武器。由此，若发起攻击可能造成社会的全面崩坏，为了避免这一情况，而将能抵制其能量的“攻击抑制”与“愧死机构”的咒力植入了人类的基因中。
据信，咒力是由对不占多数的咒力拥有人进行超心理学实验而被发现的，并在世界各地急速扩展。至于咒力的根源，有两种说法，一是咒力来自太阳的影响，另一说则是人脑的量子力学现象。
真言（まんとら）
表面上的人类发动咒力的关键话语。神栖66町居民的真言在清净寺正式传授咒力的仪式上被授予，具体内容因人而异，并被告诫若随意告诉别人便会失去言灵，对咒力的发动会产生阻碍。实际上真言是用于催眠控制人类咒力开关的手段。瞬就是因为是自己想起真言，所以早季解放其咒力之后无法控制咒力，导致自己业魔化。
攻撃抑制（攻撃抑制（こうげきよくせい））
为了避免拥有强力咒力的人类之间的争斗而在DNA里加入的机构。能抑制人类的攻击冲动。
PK
为使用意志力——意念致动能力，Psychokinesis（念动力）的简称。拥有这种能力的人均称为PK能力者。例如动画版第4话台词：“A某日发现了他自己利用PK可以自由打开任何门锁”。
愧死机构（愧死機構（きしきこう））
一种存在于人类的遗传因子中的强制性且强劲的攻击抑制机能。拥有意念致动的人类，将其视为维持集体的社会生活而必不可少的东西。在企图攻击同类（不一定是人类）时以及大脑在进行认知时，会潜意识启动意念致动，肾脏及副甲状腺的机能停止，从而导致不安、悸动、出汗等的警告发作；如若继续发动攻击，生理上会因低钙血浆发作导致窒息而死，或因钾浓度的急剧增加导致心脏停止跳动，但此反应在现实中是十分缓慢的，所以实际愧死发动的机制不明。
生物
恶鬼（悪鬼（あっき））
神栖66町传说中的怪物，据说踏出八丁标就会被恶鬼袭击。
实际上是“拉曼-库洛基斯症候群（ラーマン?クロギウス症候群）”，别名“鸡舍狐狸症候群（鶏小屋の狐症候群，Fox In The Henhouse）”的精神疾病的患者。患者先天缺少攻击抑制及愧死机构，杀害人类时毫不犹豫，会使用咒力进行无止境的杀戮。“拉曼-库洛基斯症候群”一词来自在过去杀掉数万人，如魔鬼一样的少年的名字。
业魔（業魔（ごうま））
与恶鬼一样是神栖66町传说中的怪物。
事实上是对“桥本-阿培巴姆症候群（橋本?アッペルバウム症候群）”的重症期患者的俗称。此类患者无法控制自己咒力的开关，进而无意识之间泄漏咒力，使得周围的生物和非生物异形化，异形化生物因不能维持生命活动而死亡。
化鼠（バケネズミ）
据说是裸鼹鼠（一种类似于蜜蜂、蚂蚁之真社会性哺乳动物）与无咒力的人类基因改造进化而成的生物，和人类同样拥有23对染色体（生物界拥有23对染色体的仅有人类与橄榄树）。将有着咒力的人类看作是神明而绝对服从。
身高普遍在120～140cm左右，也有少数超过儿童身高的例子。
有着以女王为中心的社会群体——“部族”，一个部族的化鼠少则数百，多则上万。
和人类有着相似的智力，也有自己的语言。指挥官、女王级别的高级个体则可理解人类的语言。
平时以部族为单位，散居在八丁标之外的巢穴中，但在奉命从事土木建筑工事等杂务时，被准许进入町内。另外，忠于人类的化鼠在额头上会有标识部族名的刺青。
虽然被视为由裸鼹鼠进化而来，但根据觉的猜测，化鼠其实是没有咒力而被基因改造的人类，是PK能力者为求自保下的牺牲品。之所以选择裸鼹鼠，是因为裸鼹鼠奇丑无比，难以让人类产生同理心；另一方面是裸鼹鼠是仅有的两种真社会性哺乳动物之一。
部族
以女王为中心的化鼠集团组成的单位。神栖66町周边存在着大约10个化鼠部族，其中由奇狼丸担任司令官的“大黄蜂”部族、由斯奎拉担任传话者的“食虫虻”部族等服从人类的部族被允许存续。
相反，对人类及咒力的存在一无所知的“土蜘蛛”等来自海外的化鼠部族，被称为“外来种”。一旦试图加害人类，整个部族都会被视为驱逐对象。
猫怪（ネコダマシ（猫騙し））/不净猫（不浄猫（ふじょうねこ））
孩子之间广为流传的一种巨大猫形妖怪。传说无法从和贵园毕业的孩子都会被其掳走。
后证实是被基因改造的大型猫科动物，拥有像狮子般的体型和力量还有集体作战的习性，和像家猫般对主人驯服的态度。
假巢蛇（カヤノスヅクリ（茅の巣作り））
由菜花蛇（缟蛇）进化而来的一种蛇，其特征是嘴部和鸟的嘴部一样尖。
会筑造像鸟类一样的巢，生产假蛋，蛋的臭味是种厉害武器，是种会放置假鸟蛋的奇怪蛇类。
假巢蛇吞下鸟蛋之后，并不会把蛋壳排出，而是将其磨碎吸收充当制作假蛋的材料。而为了排除掉青蛇，念珠蛇等竞争对手，它的假蛋内藏机关。
利用鸟类孵蛋的习性，筑造假巢，然后孵蛋，吸引其他蛇来吞食假蛋。一旦假蛋被吞食或破裂，藏在壳中的臭粪以及其他物质就会炸裂而出，其中就包括了“恶魔之手”，“恶魔之手”带有锋利的逆棘，会对吞食掉它的生物造成巨大伤害。
虎蛱（トラバサミ（虎挟み））
肉食性的螃蟹。平素潜藏在河底和浅水的地方捕食猎物。驱使强而有力和如金属般强韧的甲壳，有能力捕食比自己体型还大的生物。为此，躯体尺寸超过1米也不怎么新奇。大量生活在八丁标外，尽管具有相当大的食欲，但是并不会袭击人类。
根据当时的定论，其祖先是生活在海中的三疣梭子蟹。
是蓑白唯一的克星。
蓑白（ミノシロ）
根据当时最新查明的资料，蓑白的直系祖先为蓑海牛（海蛞蝓）。
四只脚行走的哺乳类生物。体长约30公分到1米。被推论为近百年才演化出来的新物种。背上长著10支左右的触手，会振荡发生警戒的声音。通常可以在田地上发现它的出没。除了会吃害虫之外，也可以对土壤进行改良的作用，因此被视为一种益兽。
由于体型巨大，毒性强烈而且散发令人不快的味道，所以除了虎蛱之外基本没有天敌，同样不会对人类产生危害。
分化出了非常多的品种，分别通过外观以及特性进行命名。如“蓑白”“赤蓑白”“蓝蓑白”“虹蓑白”“鬼蓑白”等等。
拟蓑白（ミノシロモドキ）
一种长相类似蓑白，且被称为“恶魔蓑白”的危险生物。其实是国立国会图书馆自走型情报终端。
能够利用声音传达前时代各式各样的情报，主角便从此得知一些旧人类历史。从触手散发出的光线，是一种自我防卫，可以对试图施加危害的人施以催眠。
拟蓑白被认定为禁忌的生物，因为内含过多“人类”的资讯，包含“人类能够互相残杀”、“恶鬼”及“业魔”的病兆。
气球狗（風船犬（ふうせんいぬ））
大小和普通的黑狗一样，身体粗壮而头部只有普通的狗的一半大，体内储集的硫磺和硝石可产生火药，是一种由化鼠变异而成的动物。平时性格温和，不过当察觉到危险或将它激怒时，会让身体像气球一样的膨胀，以威吓敌人。如果敌人依旧不离开，体内的部分骨头会充当燧石让身体产生剧烈爆炸。爆炸时，身体的骨头将如手里剑般四处飞散，具有相当大的杀伤力。
袋牛（フクロウシ（袋牛））
一种以寄生模式在牛身上繁殖的袋状生物，但其型态和牛完全不同。体长约4公分，形状类似毛毛虫和蝎子。出生时，注入自己的细胞到牛的身体里面（成为体内的组织）。寄生在后腿的根部，以确保基因的遗传。
倭黑猩猩
隶属于人科黑猩猩属的猴类。比黑猩猩拥有更高智能。
虽属惯于捕食小型哺乳类的杂食性动物，但极少爆发同族争斗。一般认为原因在于，当个体间紧张情绪或压力堆积到一定程度时，会通过进行频繁性接触来消除抗争的火种。
不仅是成熟个体的雄性和雌性之间，同性间或未成熟个体间也会进行拟态性行为。因此在念动力对人攻击行为频发之际，当时的人类效仿其习性，制定了倭黑猩猩式社会改革计划。从此之后，儿童间性接触包括同性间接触也被默许甚至推广。
其他
夏季野营（夏季キャンプ）
完人学校最大的活动。各班分成小组乘小舟，沿利根川逆流而上，在预定的地点野营。为期七天。为了各小组不至于行程产生冲突，负责的老师会进行调整。这并非单纯的野营，而是野外实习。在活动结束后，各组需提交此次实习的课题。
归途（家路（いえじ））
捷克音乐家德沃夏克（Antonín Dvo?ák）的E小调第9号交响曲《新世界》 第二乐章主题部分。神栖66町的孩子们只要听到从公民馆设置的扩音器里播放的这首曲子，就必须要赶紧回家。三十年代著名翻译家李抱忱曾将之译为“念故乡”，引入中国。但此曲歌词与李叔同的歌词翻译不同。
恶鬼袭击事件
渡边早季26岁时，于神栖66町所遭遇的恶鬼袭击事件。
该事件名中的“恶鬼”定义并不准确，因为人类定义上的恶鬼主要是先天性缺乏DNA上的攻击抑制冲动，并且对愧死机构免疫，然而在此事件中，攻击村庄的是被化鼠养大的人类小孩，其愧死机构仍然可以发动，只是被保护对象换成了化鼠。
事件起因推测为以斯奎拉为领导的化鼠“食虫虻”部族透过捕获拟蓑白（国立国会图书馆自走型情报终端）学习了其记录的知识，认为化鼠与人类应是平起平坐的对等关系，人类被认为是剥夺其尊严的存在。故“食虫虻”部族通过学习知识进行社会改革，积极储备战力，并将出逃的真理亚与守的孩子抚养长大，作为其对付人类的杀手锏——恶鬼。
事件直接导火索为“木蠹蛾”部族遇袭，引发“食虫虻”系部族与“大黄蜂”系部族的战争。斯奎拉利用恶鬼消灭对人类最忠诚的大黄蜂部队后，便利用各种战术削弱村民的力量，其间日野光风被化鼠偷袭死亡。和恶鬼一战中，受到愧死机构的限制，镝木肆星战死，大量的村民只能处于被屠杀的状况。
最早推测大黄蜂部队是被咒力歼灭的是镝木肆星，此后也决议通过应尽快消灭相关化鼠部落，但由于日野光风的过于自信，祭典并没有延期，过于松懈因而给了化鼠最佳攻击的机会，斯奎拉在战术上的运用，也给予以咒力自峙的人类极大的打击。
教育委员会（きょういくいいんかい）
管理孩子教育的机构。不受町里最高级组织伦理委员会的管理，拥有独立的权限，在孩子的教育以及相关待遇上拥有绝对的决定权。
伦理委员会（りんりいいんかい）
汇总城市一切方针的最高决策机构。其委员长的权限高于町长。
伦理规定（倫理規定）
神栖66町所制定的法律之力。为了市民的安全生活而制定的根本规定。“禁止对他人正在施用咒力的对象施以咒力加以干涉”这一条例是最重要的规定之一（咒力间相互角逐，会产生彩虹般的干涉现象，空间扭曲，十分危险）。违者将受到相应的处罚。
运球比赛
在比赛前几日给每班下发一定量的粘土，把粘土捏成推球手，攻球手和守球手；如果中途有损伤，可以向班主任申请更换同等重量的粘土。
神圣樱花王朝（神聖サクラ王朝）
新世界初期，支配日本关东地区到中部地方长达570年的奴隶王朝。王朝初期，由少数的意念致动能力者（PK能力者）奴役多数的普通民众，使这些普通民众成为他们的奴隶，王朝由此建成。但是，王族内部排除异己的肃清运动相继发生，最终演变成单一王族血统的绝对王政。历代君王共计94代，到了王朝末期，后继者谋朝篡位之事屡见不鲜。历代君王中，第5代皇帝“大欢喜帝”及第79代皇帝“慈光帝”尤为残暴的说法流传甚广。由于几百年来犯下的罪孽，神圣的樱花王朝终于于第94代帝王时代，拉上了570年历史的帷幕。
阳奉阴违（面従腹背）
意思为“表面服从，暗中违反”的四字成语。化鼠虽对拥有咒力的人敬以为神，但会对没有咒力的孩子如何不得而知。神栖66町的大人因了解化鼠有着阳奉阴违的性格而极力避免孩子与化鼠的接触。
出版社“玄武书房”在进行中型日本语词典《大渡海》的编纂企划时，在该社营业部门任职的马缔光也被即将退休的资深辞典编辑荒木发现了才能，并调动到辞典编辑部。马缔光也对于语言强烈的执著以及坚持不懈的天性，让其充分展现出辞典编辑的才能。但在马缔光也加入后不久，在公司内部素有“浪费公司资金的害虫”之称的辞典编辑部面临了辞典编纂企划喊停的危机，虽然在同事西冈正志的努力下让企划得以延续，但西冈却也遭到调职。十三年后，马缔光也晋升为编辑部主任，《大渡海》也终能问世。