主角渡边早季5人小组在野营中抓到国立国会图书馆筑波分馆自发进化型SE-778Hλ（拟蓑白），拷问拟蓑白后得知人类屠杀人类的黑历史、愧死机构等规则。得知2011年人类获得超能力（咒力）后，超能力者能轻易毁灭一座城市，热兵器无法抵抗他们，导致世界人口剩下2%，经过了五百多年的暗黑时代，东北亚分成4种集团：超能力者统治普通人的奴隶王朝、普通人组织的狩猎逃亡集团、移动型超能力者掠夺集团、继承科学技术的超能力者集团。超能力王朝暴君被刺杀，新世界的日本尚存6万名继承科学技术的超能力者集团，以基因改造产生愧死维持社会和平，并将普通人改造成化鼠排除出愧死反应的对象。
后来伊东守因咒力太弱被教育委员会下令处死，伊东守击退不净猫后逃亡，秋月真理亚随其叛逃，伦理委员会议长朝比奈富子下令渡边早季与朝比奈觉3天内追回2人可不追究，否则将通报各町及化鼠部落追杀。两人因感情徇私，伙同食虫虻化鼠部落领袖斯奎拉谎称叛逃的两人被雪崩埋入山谷。
数年后食虫虻部落扩张势力与奇狼丸率领的大黄蜂部族交战，斯奎拉驱使伊东守的孩子用咒力防御大黄蜂部族攻击，大黄蜂军队战败，仅剩首领奇狼丸脱逃，神栖66町议会中决议派出5人死神小组抹杀食虫虻部落及其同盟，食虫虻部落早有防备，死神小组中只有干先生幸存。渡边早季的母亲渡边瑞穗与丈夫返回町中学校放出不净猫、烧毁图书馆后遇害；渡边早季与朝比奈觉逃至清净寺取得母亲遗书及国会图书馆筑波分馆终端008号（太阳能型），清净寺随后被攻破焚毁。
渡边早季、朝比奈觉、奇狼丸、干先生四人前往东京找寻能杀死伊东守孩子的生化武器（炭疽杆菌），斯奎拉率领伪恶鬼与5只化鼠追踪，四人躲至地道后兵分两路，朝比奈觉、奇狼丸引开斯奎拉，渡边早季、干先生由地下运河至生化研究所，而后干先生被大鬼矶女杀死，渡边早季在生化研究所中找到生化武器，回地表与众人会合。战斗中，朝比奈觉抛出生化武器，由于渡边早季不想让唯一的亲友死亡，将空中的炭疽杆菌粉末烧毁引发尘爆，奇狼丸以放过大黄蜂部族女王为条件，穿上人类的衣服让伪恶鬼用咒力杀死，因伪恶鬼认为自己是化鼠，杀死同为化鼠的奇狼丸触发愧死机构死亡。事件后斯奎拉被施加永久性极端痛苦的惩罚。
后来朝比奈觉发现化鼠的学名〈Homo cephals Glaber〉像是人类与裸鼹鼠组成的，而伦理委员会规定禁止对化鼠的基因进行研究分析，但朝比奈觉仍发现化鼠的染色体有23对与人类相同。两人讨论后，渡边早季烧毁斯奎拉，中止惩罚。最后渡边早季与朝比奈觉结婚，两人一起努力改变“将孩子当作恐怖因子”的社会。
用语
地理
新世界里的日本社会共由9个各自独立的“町”组成，总人口约5到6万人。主人公生活的神栖66町即这9个町之一。其他8町分别为“夕张新生町”（北海道）、“白石71町”（东北）、“胎内84町”（北陆）、“小海95町”（中部）、“精华59町”（关西）、“石见银山町”（中国）、“四万十町”（四国）、“西海77町”（九州）。
和万事依赖科学文明的旧时代不同，这里因为受到交通和通讯手段限制，只在必要的时候才会进行町与町之间的联络以及合作。恶鬼袭击事件后，早季正在规划成立“联络协议会”，以加强町间的相互联系。
神栖66町（神栖66町（かみすろくじゅうろくちょう））
位于利根川下游，是现实世界中茨城县神栖市一角所伸展出的城市，由散布在方圆五十千米内的7个乡镇组成，目前约有3000人居住于此。町围绕霞之浦到利根川河口的水路而建，居民利用丰富的水资源进行移动、运输和发电。町内不存在货币的概念，社会通过互相帮助和无偿的服务所组成。此外，町被一条叫做“八丁标”的注连绳圈住，与外界隔断开来。这条注连绳是为防止外部邪恶之物侵入町内而设立的一条防御线，町里的孩子越过“八丁标”前往町外的行为被明令禁止。
在神栖66町的中部地区，集中了众多町级行政机关的便是坐落在利根川东岸的“茅轮之乡”。町的北面，是在森林中散落分布住宅区的“松风之乡”。“白砂之乡”位于东部沿海的宽广地区。“茅轮之乡”南面与“水车之乡”相接壤；西北面与适合登高眺望的“见晴之乡”，西南面与水田农业区“黄金之乡”隔川相望。而“栎林之乡”则位于神栖66町的最西端（瞬变成业魔后改名为“朽木之乡”）。
完人学校（全人学級（ぜんじんがっきゅう））
从和贵园毕业的学生继续升学的学校。号称不偏重知识与技能的教育，而要使人全面和谐发展。
和贵园（和貴園（わきえん））
神栖66町的三所小学之一，另外两所分别为“友爱园”和“德育园”，校内正面墙壁上有写有“以和为贵”的牌匾。为早季、觉、瞬3人的母校。毕业的时间并不固定，基本上以出现“祝灵现象”的人作为咒力表现的依据，进而往上级学校“全人班”升学。在神栖66町，凡满6岁的小孩必须上小学。
如果在小学一定时间内仍无法觉醒念力则会遭受教育委员会处分。
妙法农场（妙法農場（みょうほうのうじょう））
小町主要的粮食产地，同时也是各种基因实验的基地。里面的七彩蚕、袋牛等都是基因改造的产物。
清浄寺（清浄寺（しょうじょうじ））
在利根川的上流，位于霞之浦旁的寺院，无嗔上人担任寺院住持。由于要传授发动咒力的关键话语，即“真言”，而进行各种各样的秘密仪式，町民对其正确的位置也一无所知。后于“化鼠叛乱事件”中毁于战火。
咒力
咒力（呪力（じゅりょく））
新世界的人类所拥有的念力，起源于现人类的进化，本作中所有“正常”的人类到一定年龄便会拥有，如果没有的儿童将被处分（被不净猫杀死）。
可用的能量是无上限的，强力咒力的威力甚至远超核武器。由此，若发起攻击可能造成社会的全面崩坏，为了避免这一情况，而将能抵制其能量的“攻击抑制”与“愧死机构”的咒力植入了人类的基因中。
据信，咒力是由对不占多数的咒力拥有人进行超心理学实验而被发现的，并在世界各地急速扩展。至于咒力的根源，有两种说法，一是咒力来自太阳的影响，另一说则是人脑的量子力学现象。
真言（まんとら）
表面上的人类发动咒力的关键话语。神栖66町居民的真言在清净寺正式传授咒力的仪式上被授予，具体内容因人而异，并被告诫若随意告诉别人便会失去言灵，对咒力的发动会产生阻碍。实际上真言是用于催眠控制人类咒力开关的手段。瞬就是因为是自己想起真言，所以早季解放其咒力之后无法控制咒力，导致自己业魔化。
攻撃抑制（攻撃抑制（こうげきよくせい））
为了避免拥有强力咒力的人类之间的争斗而在DNA里加入的机构。能抑制人类的攻击冲动。
PK
为使用意志力——意念致动能力，Psychokinesis（念动力）的简称。拥有这种能力的人均称为PK能力者。例如动画版第4话台词：“A某日发现了他自己利用PK可以自由打开任何门锁”。
愧死机构（愧死機構（きしきこう））
一种存在于人类的遗传因子中的强制性且强劲的攻击抑制机能。拥有意念致动的人类，将其视为维持集体的社会生活而必不可少的东西。在企图攻击同类（不一定是人类）时以及大脑在进行认知时，会潜意识启动意念致动，肾脏及副甲状腺的机能停止，从而导致不安、悸动、出汗等的警告发作；如若继续发动攻击，生理上会因低钙血浆发作导致窒息而死，或因钾浓度的急剧增加导致心脏停止跳动，但此反应在现实中是十分缓慢的，所以实际愧死发动的机制不明。
生物
恶鬼（悪鬼（あっき））
神栖66町传说中的怪物，据说踏出八丁标就会被恶鬼袭击。
实际上是“拉曼-库洛基斯症候群（ラーマン?クロギウス症候群）”，别名“鸡舍狐狸症候群（鶏小屋の狐症候群，Fox In The Henhouse）”的精神疾病的患者。患者先天缺少攻击抑制及愧死机构，杀害人类时毫不犹豫，会使用咒力进行无止境的杀戮。“拉曼-库洛基斯症候群”一词来自在过去杀掉数万人，如魔鬼一样的少年的名字。
业魔（業魔（ごうま））
与恶鬼一样是神栖66町传说中的怪物。
事实上是对“桥本-阿培巴姆症候群（橋本?アッペルバウム症候群）”的重症期患者的俗称。此类患者无法控制自己咒力的开关，进而无意识之间泄漏咒力，使得周围的生物和非生物异形化，异形化生物因不能维持生命活动而死亡。
化鼠（バケネズミ）
据说是裸鼹鼠（一种类似于蜜蜂、蚂蚁之真社会性哺乳动物）与无咒力的人类基因改造进化而成的生物，和人类同样拥有23对染色体（生物界拥有23对染色体的仅有人类与橄榄树）。将有着咒力的人类看作是神明而绝对服从。
身高普遍在120～140cm左右，也有少数超过儿童身高的例子。
有着以女王为中心的社会群体——“部族”，一个部族的化鼠少则数百，多则上万。
和人类有着相似的智力，也有自己的语言。指挥官、女王级别的高级个体则可理解人类的语言。
平时以部族为单位，散居在八丁标之外的巢穴中，但在奉命从事土木建筑工事等杂务时，被准许进入町内。另外，忠于人类的化鼠在额头上会有标识部族名的刺青。
虽然被视为由裸鼹鼠进化而来，但根据觉的猜测，化鼠其实是没有咒力而被基因改造的人类，是PK能力者为求自保下的牺牲品。之所以选择裸鼹鼠，是因为裸鼹鼠奇丑无比，难以让人类产生同理心；另一方面是裸鼹鼠是仅有的两种真社会性哺乳动物之一。
部族
以女王为中心的化鼠集团组成的单位。神栖66町周边存在着大约10个化鼠部族，其中由奇狼丸担任司令官的“大黄蜂”部族、由斯奎拉担任传话者的“食虫虻”部族等服从人类的部族被允许存续。
相反，对人类及咒力的存在一无所知的“土蜘蛛”等来自海外的化鼠部族，被称为“外来种”。一旦试图加害人类，整个部族都会被视为驱逐对象。
猫怪（ネコダマシ（猫騙し））/不净猫（不浄猫（ふじょうねこ））
孩子之间广为流传的一种巨大猫形妖怪。传说无法从和贵园毕业的孩子都会被其掳走。
后证实是被基因改造的大型猫科动物，拥有像狮子般的体型和力量还有集体作战的习性，和像家猫般对主人驯服的态度。
假巢蛇（カヤノスヅクリ（茅の巣作り））
由菜花蛇（缟蛇）进化而来的一种蛇，其特征是嘴部和鸟的嘴部一样尖。
会筑造像鸟类一样的巢，生产假蛋，蛋的臭味是种厉害武器，是种会放置假鸟蛋的奇怪蛇类。
假巢蛇吞下鸟蛋之后，并不会把蛋壳排出，而是将其磨碎吸收充当制作假蛋的材料。而为了排除掉青蛇，念珠蛇等竞争对手，它的假蛋内藏机关。
利用鸟类孵蛋的习性，筑造假巢，然后孵蛋，吸引其他蛇来吞食假蛋。一旦假蛋被吞食或破裂，藏在壳中的臭粪以及其他物质就会炸裂而出，其中就包括了“恶魔之手”，“恶魔之手”带有锋利的逆棘，会对吞食掉它的生物造成巨大伤害。
虎蛱（トラバサミ（虎挟み））
肉食性的螃蟹。平素潜藏在河底和浅水的地方捕食猎物。驱使强而有力和如金属般强韧的甲壳，有能力捕食比自己体型还大的生物。为此，躯体尺寸超过1米也不怎么新奇。大量生活在八丁标外，尽管具有相当大的食欲，但是并不会袭击人类。
根据当时的定论，其祖先是生活在海中的三疣梭子蟹。
是蓑白唯一的克星。
蓑白（ミノシロ）
根据当时最新查明的资料，蓑白的直系祖先为蓑海牛（海蛞蝓）。
四只脚行走的哺乳类生物。体长约30公分到1米。被推论为近百年才演化出来的新物种。背上长著10支左右的触手，会振荡发生警戒的声音。通常可以在田地上发现它的出没。除了会吃害虫之外，也可以对土壤进行改良的作用，因此被视为一种益兽。
由于体型巨大，毒性强烈而且散发令人不快的味道，所以除了虎蛱之外基本没有天敌，同样不会对人类产生危害。
分化出了非常多的品种，分别通过外观以及特性进行命名。如“蓑白”“赤蓑白”“蓝蓑白”“虹蓑白”“鬼蓑白”等等。
拟蓑白（ミノシロモドキ）
一种长相类似蓑白，且被称为“恶魔蓑白”的危险生物。其实是国立国会图书馆自走型情报终端。
能够利用声音传达前时代各式各样的情报，主角便从此得知一些旧人类历史。从触手散发出的光线，是一种自我防卫，可以对试图施加危害的人施以催眠。
拟蓑白被认定为禁忌的生物，因为内含过多“人类”的资讯，包含“人类能够互相残杀”、“恶鬼”及“业魔”的病兆。
气球狗（風船犬（ふうせんいぬ））
大小和普通的黑狗一样，身体粗壮而头部只有普通的狗的一半大，体内储集的硫磺和硝石可产生火药，是一种由化鼠变异而成的动物。平时性格温和，不过当察觉到危险或将它激怒时，会让身体像气球一样的膨胀，以威吓敌人。如果敌人依旧不离开，体内的部分骨头会充当燧石让身体产生剧烈爆炸。爆炸时，身体的骨头将如手里剑般四处飞散，具有相当大的杀伤力。
袋牛（フクロウシ（袋牛））
一种以寄生模式在牛身上繁殖的袋状生物，但其型态和牛完全不同。体长约4公分，形状类似毛毛虫和蝎子。出生时，注入自己的细胞到牛的身体里面（成为体内的组织）。寄生在后腿的根部，以确保基因的遗传。
倭黑猩猩
隶属于人科黑猩猩属的猴类。比黑猩猩拥有更高智能。
虽属惯于捕食小型哺乳类的杂食性动物，但极少爆发同族争斗。一般认为原因在于，当个体间紧张情绪或压力堆积到一定程度时，会通过进行频繁性接触来消除抗争的火种。
不仅是成熟个体的雄性和雌性之间，同性间或未成熟个体间也会进行拟态性行为。因此在念动力对人攻击行为频发之际，当时的人类效仿其习性，制定了倭黑猩猩式社会改革计划。从此之后，儿童间性接触包括同性间接触也被默许甚至推广。
其他
夏季野营（夏季キャンプ）
完人学校最大的活动。各班分成小组乘小舟，沿利根川逆流而上，在预定的地点野营。为期七天。为了各小组不至于行程产生冲突，负责的老师会进行调整。这并非单纯的野营，而是野外实习。在活动结束后，各组需提交此次实习的课题。
归途（家路（いえじ））
捷克音乐家德沃夏克（Antonín Dvo?ák）的E小调第9号交响曲《新世界》 第二乐章主题部分。神栖66町的孩子们只要听到从公民馆设置的扩音器里播放的这首曲子，就必须要赶紧回家。三十年代著名翻译家李抱忱曾将之译为“念故乡”，引入中国。但此曲歌词与李叔同的歌词翻译不同。
恶鬼袭击事件
渡边早季26岁时，于神栖66町所遭遇的恶鬼袭击事件。
该事件名中的“恶鬼”定义并不准确，因为人类定义上的恶鬼主要是先天性缺乏DNA上的攻击抑制冲动，并且对愧死机构免疫，然而在此事件中，攻击村庄的是被化鼠养大的人类小孩，其愧死机构仍然可以发动，只是被保护对象换成了化鼠。
事件起因推测为以斯奎拉为领导的化鼠“食虫虻”部族透过捕获拟蓑白（国立国会图书馆自走型情报终端）学习了其记录的知识，认为化鼠与人类应是平起平坐的对等关系，人类被认为是剥夺其尊严的存在。故“食虫虻”部族通过学习知识进行社会改革，积极储备战力，并将出逃的真理亚与守的孩子抚养长大，作为其对付人类的杀手锏——恶鬼。
事件直接导火索为“木蠹蛾”部族遇袭，引发“食虫虻”系部族与“大黄蜂”系部族的战争。斯奎拉利用恶鬼消灭对人类最忠诚的大黄蜂部队后，便利用各种战术削弱村民的力量，其间日野光风被化鼠偷袭死亡。和恶鬼一战中，受到愧死机构的限制，镝木肆星战死，大量的村民只能处于被屠杀的状况。
最早推测大黄蜂部队是被咒力歼灭的是镝木肆星，此后也决议通过应尽快消灭相关化鼠部落，但由于日野光风的过于自信，祭典并没有延期，过于松懈因而给了化鼠最佳攻击的机会，斯奎拉在战术上的运用，也给予以咒力自峙的人类极大的打击。
教育委员会（きょういくいいんかい）
管理孩子教育的机构。不受町里最高级组织伦理委员会的管理，拥有独立的权限，在孩子的教育以及相关待遇上拥有绝对的决定权。
伦理委员会（りんりいいんかい）
汇总城市一切方针的最高决策机构。其委员长的权限高于町长。
伦理规定（倫理規定）
神栖66町所制定的法律之力。为了市民的安全生活而制定的根本规定。“禁止对他人正在施用咒力的对象施以咒力加以干涉”这一条例是最重要的规定之一（咒力间相互角逐，会产生彩虹般的干涉现象，空间扭曲，十分危险）。违者将受到相应的处罚。
运球比赛
在比赛前几日给每班下发一定量的粘土，把粘土捏成推球手，攻球手和守球手；如果中途有损伤，可以向班主任申请更换同等重量的粘土。
神圣樱花王朝（神聖サクラ王朝）
新世界初期，支配日本关东地区到中部地方长达570年的奴隶王朝。王朝初期，由少数的意念致动能力者（PK能力者）奴役多数的普通民众，使这些普通民众成为他们的奴隶，王朝由此建成。但是，王族内部排除异己的肃清运动相继发生，最终演变成单一王族血统的绝对王政。历代君王共计94代，到了王朝末期，后继者谋朝篡位之事屡见不鲜。历代君王中，第5代皇帝“大欢喜帝”及第79代皇帝“慈光帝”尤为残暴的说法流传甚广。由于几百年来犯下的罪孽，神圣的樱花王朝终于于第94代帝王时代，拉上了570年历史的帷幕。
阳奉阴违（面従腹背）
意思为“表面服从，暗中违反”的四字成语。化鼠虽对拥有咒力的人敬以为神，但会对没有咒力的孩子如何不得而知。神栖66町的大人因了解化鼠有着阳奉阴违的性格而极力避免孩子与化鼠的接触。
《火影忍者》（日语：NARUTO -ナルト-）是由岸本齐史创作的一部漫画，并有动画、游戏、小说等衍生作品。原作标题的直译为“鸣人”，也就是主角的名字；“火影忍者”的译名最早则见于中国台湾东立版漫画的翻译。通常也简称“火影”。故事讲述木叶忍者村的吊车尾忍者漩涡鸣人，以成为村子最伟大的忍者“火影”为目标，历经多种磨练而不断成长着。
这是体内封印着九尾妖狐的吊车尾忍者──漩涡鸣人以成为村子第一的忍者“火影”为目标，与伙伴们一起克服各种试炼并且成长的故事。
第一部
漫画：第1卷第1话-第27卷第238话/动画：第1集-第220集
12年前，忍者五大国之一的火之国的木叶隱村遭遇了拥有强大力量的尾兽“九尾妖狐”的袭击，当时的首领也就是第四代火影牺牲自己的晴明将九尾封印到刚出生不久的婴儿漩涡鸣人身上。岁月流逝，村子在复职的“第三代火影”猿飞日斩的治理下恢复了和平。
波之国篇
漫画：第1卷第1话-第5卷第44话/动画：第1集-第26集
希望成为忍者，学业成绩却是吊车尾的忍者学校的学生漩涡鸣人是一个每天都在恶作剧的超级问题少年。连续3次都没有通过毕业考试，在水木企图夺取第一代火影的封印卷轴的事件中获得自己的老师海野伊鲁卡的认同，得到作为毕业证明的护额之后成为下忍。成为下忍的鸣人与宇智波佐助、春野樱一起被分配到上忍旗木卡卡西的第七班。在夺取卡卡西身上的铃铛的生存演习中知道到自己的不成熟，同时也知道了伙伴的重要性，被从未给予学生合格的卡卡西认可为正式的下忍。
之后，在波之国执行护卫达兹纳的任务中与雾隱村的逃亡忍者桃地再不斩与使用冰遁忍术的少年白战斗。尽管是一场苦战，强大鸣人作为一名忍者还是在实战中获得了极大的成长。在这场战斗中，佐助让宇智波一族的血继限界“写轮眼”开眼，而鸣人则第一次展现了封印在自己体内的九尾的强大力量的一小部分。
中忍考试篇
漫画：第5卷第45话-第10卷第90话/动画：第27集-第52集
成为下忍之后完成各种任务的第七班在卡卡西的推荐下参加了中忍考试。包括木叶的同期下忍在内，各个村子前来参加考试的下忍们都聚集在木叶隱村。
靠着毅力突破作为难关的第一场考试的笔试的鸣人等人在第二场考试要在死亡森林生存下去。但是在途中突然遭到“传说的三忍”之一的袭击，并且在佐助的身上刻上了神秘的咒印。主考官红豆前来追击大蛇丸，但是大蛇丸以压倒性的力量逃脱了。
之后，第二场考试结束。 由于合格者的人数超乎预期，于是加码举行以个人战为形式的第三场考试预选。小樱因为打成平手而遭到淘汰，鸣人与佐助成功打倒对手而胜出，晋级到一个月后举行作为正式选拔的第三场考试。
毁灭木叶行动篇
漫画：第11卷第91话-第16卷第140话/动画：第53集-第80集
中忍考试第三场考试预选的一个月后，各国的忍者首领以及观众都在观看之下，中忍考试正式选拔开始举行。鸣人与作为强敌拥有“白眼”的柔拳使用者日向宁次陷入苦战，但还是靠着解放九尾的力量而获得胜利。完成与卡卡西的修行的佐助飒爽地赶到会场，与砂隱村的我爱罗对战。
学会卡卡西传授的“千鸟”的佐助在与我爱罗的对战中占了上风。这时候突然有某人对在会场的所有人施展了幻术，大蛇丸与砂隱村利用中忍考试进行“毁灭木叶行动”，趁机对木叶隱村发动战争。第三代火影本来想封印大蛇丸却只差了一步，耗尽全部的力气将大蛇丸的双手连同他所能使用的术封印后去世。木叶的忍者们也拼死地战斗，将敌人击退。最后鸣人与同为人柱力的我爱罗展开激战，鸣人以九尾的查克拉与新学会的通灵之术将我爱罗打倒。
之后发现尸体严重损毁的真正的第四代风影以及随从，让大蛇丸利用砂隱村来发动战争的事实曝光。结果这场战争以五影的2人死亡以及多人伤亡，双方的村子遭到严重打击而结束。
纲手搜索篇
漫画：第16卷第141话-第19卷第171话/动画：第81集-第106集
几年前消灭宇智波一族的木叶隱村的逃亡忍者宇智波鼬与雾隱村的干柿鬼鲛这2人突然出现在村子。 他们是大蛇丸曾经所隶属的“晓”的组织成员，目标是寄宿著九尾的鸣人。查觉到他们入侵的猿飞阿斯玛、夕日红、旗木卡卡西前来应战，卡卡西因为被鼬以万花筒写轮眼发动的“月读”导致精神受到重创而不支倒地。得知此事的佐助为了找他的哥哥鼬复仇而前去追击。
当时“传说的三忍”之一的自来也受到了高层人员要求继任火影，但是在拒绝之后并推荐同为三忍也是第一代火影的孙女的纲手，让鸣人也能修练的同时一起踏上寻找纲手的旅途。途中受到目标是鸣人的鼬与鬼鲛的袭击，自来也反击之后鼬与鬼鲛撤退离开，而独自挑战鼬的佐助则是反而被打成重伤，被赶来的邁特凱带回去木叶隱村，鸣人与自来也继续寻找纲手。
与自来也一同离开村子后旅行的鸣人在修行时一路接受他的指导与鼓励。同时被第三代火影夺走双手导致术被封印的大蛇丸因为剧痛而痛苦，为了请身为医疗忍术的专家的纲手治疗自己的双手，与部下药师兜前去与纲手交涉。纲手面对治好手腕就会再次袭击木叶隱村的大蛇丸则到感到愤怒而拒绝交涉，却因为大蛇丸提出“复活最爱的2人”的条件感到动摇。
之后，鸣人与自来也随即找到了纲手。纲手与和她已经去世的弟弟的身影重叠的鸣人下了“如果能学会螺旋丸，就赠予第一代火影的首饰”的赌注。鸣人为了能学会螺旋丸而开始燃起斗志。后来，纲手彻底拒绝了大蛇丸的要求而与大蛇丸以及兜展开战斗。自来也赶到之后加入了战局，“传说的三忍”召唤3只巨大的通灵动物而展开壮烈的三足鼎立之战， 经过一场苦战，纲手的全力一击击退了大蛇丸。在这场战斗中，鸣人终于学会了螺旋丸并成功重创了兜，纲手也因此将第一代火影的首饰送给了鸣人并认同了他。
佐助夺还篇
漫画：第20卷第172话-第27卷第238话/动画：第107集-第135集
在击退大蛇丸之后，回到木叶隱村之后的纲手就任第五代火影，村子开始恢复平稳的状态。然而被大蛇丸刻上咒印的佐助开始为自己的宿命感到苦恼;同时间，佐助与大蛇丸的部下音之四人众接触，佐助为了得到足以打倒鼬的力量因而接受大蛇丸的劝诱而离开木叶隱村。鸣人、鹿丸、丁次、牙、宁次这5人为了夺回佐助而与音之四人众多由也、左近、鬼童丸、次郎坊以及前来支援的君麻吕交战，也得到前来支援的小李与身为同盟的我爱罗等砂之忍者的援助，在全员负伤的情况下打倒所有敌人。但是鸣人却在与佐助一战中败北，佐助前往大蛇丸的所在之处，夺回佐助的任务因此失败。
之后，鸣人为了在3年后找回佐助以及面对“晓”的威胁，而在成为自来也的弟子后离开木叶隱村而出发进行修行之旅。
卡卡西外传～战场上的少年时代～
漫画：第27卷第239话-第27卷第244话/动画：第339集-第340集
时代为在第一部十几年前的第三次忍界大战。描写少年时代的旗木卡卡西获得写轮眼的故事。晋升上忍的卡卡西、宇智波一族的中忍带土、同队的中忍以及医疗忍者的小凛、小队长官的波风水门(后来的第四代火影)这四个人一起执行任务。卡卡西与带土这两个人水火不容，总是冲突不断。水门为此一直教育他们，小凛则是作为这两个人的和事佬。
为了执行任务而与水门分开行动的卡卡西一行人遭到敌人的奇袭，而小凛被敌人掳走而被作为人质。优先执行任务的卡卡西与优先考虑伙伴性命的带土，这两人因为身为忍者的理念不同而彼此对立着。带土为了救出小凛独自进入敌人的据点却遭到攻击，被赶来的卡卡西救了下来。带土在这场战斗中觉醒了写轮眼，而卡卡西失去了左眼。尽管成功营救小凛，但是带土为了保护了卡卡西而被崩塌的岩石压住。意识到自己即将不久于人世的带土将自己的写轮眼作为晋升上忍的祝贺礼物送给了卡卡西，并将小凛托付给他。
第二部
漫画：第28卷第245话-第72卷第700话/动画：第221集-第720集
在终结山谷的激战过了二年半之后，鸣人结束与自来也的修行之旅回到了木叶隱村，与成为医疗忍者的小樱以及感觉和以前一样的卡卡西组成小队，并再次接受抢夺铃铛的生存演习，已经成长的鸣人与小樱成功通过演习。而就在鸣人与伙伴们重逢之时，“晓”的魔掌开始伸向已经成为风影的我爱罗。
风影夺还篇
漫画：第28卷第245话-第31卷第281话/动画：第221集-第252集
第一部结束的两年后，晓开始行动以获得尾兽。晓的成员迪達拉打败并掳走已成为砂隱村风影的我爱罗。
追击的勘九郎中了被迪達拉的伙伴蝎的毒而失去知觉。随后，收到砂隱村的紧急求援，鸣人所在的卡卡西班前往砂隱村。途中遇到正返回砂隱村的|手鞠。此时，邁特凱班和卡卡西班被分到同一任务中。抵达砂隱村后，卡卡西班的小樱治好中毒的勘九郎，并与身为砂隱村顾问的蝎的祖母千代一同前往晓的藏身处。
邁特凱班带着卡卡西的忍犬锁定晓在川之国的藏身处。一行人打破陷阱并进入晓的藏身洞穴后，眼前却只有已与尾兽分开而死去的我爱罗，以及晓的成员蝎和迪達拉。
卡卡西和愤怒鸣人追逐迪達拉以夺回我爱罗，小樱及千代则与蝎对峙。经过砂隱村史上最强傀儡师之二的祖孙间致命的战斗，小樱及千代击败了蝎，并前往与鸣人等人会合。
另一边，在卡卡西的萬花鏡寫輪眼帮助下，鸣人与卡卡西成功夺回我爱罗的遗体。本就为我爱罗之死感到愤怒的鸣人，听到千代站在砂隱村立场发表种种不重视人柱力的意见后，便迁怒于千代，因为这与体内封印尾兽并注定作为人柱力活下去的自己是一样的。千代在遇到鸣人后，重新认识自己的想法，决定以自身性命为代价施展禁术来复活我爱罗。醒来的我爱罗周围，围绕着前来营救村长、尊敬和崇拜他的砂忍们。
佐助再会篇
漫画：第32卷第282话-第34卷第310话/动画：第253集-第273集
成功夺回我爱罗的第七班归来。然而，卡卡西却因万花鏡写轮眼消耗过多查克拉而被迫住院，于是暗部的大和被任命为第七班代理队长。另外，来自根的佐井也被派来加入第七班以填补佐助的空缺。小樱从蝎那里得到消息，说几天后他将与派去大蛇丸那卧底的间谍会面，第七班便接到任务前往会面地点。然而，任务过程中鸣人和佐井总是起冲突。一行人抵达目的地后，大和假扮为蝎的样子前往会面。间谍的真实身份是大蛇丸的心腹药师兜。然而，大蛇丸突然现身及蝎的伪装被识破，让大和陷入困境，鸣人为帮助大和上前挑战大蛇丸。此时，大蛇丸说了提起佐助激怒了鸣人，让九尾之力觉醒。与此同时，佐井开始执行根交给他的任务。大和在压制九尾之力的同时，向小樱说明自己的身世：大和是大蛇丸融合初代火影基因的实验体，为木叶隱村唯一掌握木遁并能压制九尾之力的人。
之后第七班潜入大蛇丸的藏身处。佐井是團藏的部下，在團藏指使下与大蛇丸勾结，提出联手摧毁现在由纲手统领的木叶隱村。然而，佐井的真正目的，是刺杀身为大蛇丸下一个转生容器的佐助。然而，看着鸣人和小樱努力守护与佐助的羁绊，让佐井想起他与曾经珍视的哥哥段之间的羁绊，决定转而帮助鸣人夺回佐助。佐井比鸣人先遇见佐助，并提起鸣人和小樱。当鸣人一行抵达时，两年半来鸣人第一次与佐助重逢。然而，此一时彼一时，佐助是认真想杀了鸣人等人。当鸣人、佐井和大和相继被佐助打败，九尾怂恿鸣人使用它的力量;此时佐助出现在鸣人与九尾的精神世界中，用写轮眼压制住九尾，并知晓鸣人“真正的力量”。当佐助想施展绝招一举歼灭所有人时，大蛇丸阻止了他。昔日的好友佐助再次从鸣人等人面前消失。
朋友的转变和与意识到力量差距的鸣人，决定再次开始修炼，并请卡卡西指导。
飞段・角都篇
漫画：第35卷第311话-第38卷第342话/动画：第292集-第309集
鸣人一行人回到木叶隱村，为了能在短时间追上佐助的脚步，鸣人在卡卡西的指导下，进行风的“性质变化”的修行，最终目标是结合螺旋丸与风的性质变化，进而创造全新的忍术。就在鸣人修行的同时，“晓”的成员飞段与角都出现在云隱村，打倒了二尾的人柱力・二尾柚木斗并将其捕获。之后，为了完成组织给予的任务目标，入侵火之国并袭击著名的忍寺・火之寺，杀死了守护忍十二士之一的地陆。在其他国家，迪達拉与新的成员阿飞组成小队，成功捕获三尾。
当“晓”正逐步实现其目的之时，得知飞段与角都入侵火之国的第五代火影下令由精锐们组成新的20个小队前去执行逮捕任务。但是，猿飞阿斯玛在战斗中被飞段的忍术打成重伤，最后不幸殉职。
为了讨伐杀死老师的敌人，前第十班的成员与代替阿斯玛的卡卡西一同前往。尽管面对实力强大的飞段而陷入苦战，鹿丸还是赌上性命成功靠着战术打倒了飞段。在与角都的战斗，暂时由大和领导的第七班也加入战局，鸣人使出透过在修行时学到将螺旋丸与风的性质变化结合的风遁・螺旋手里剑打倒了角都。最后，卡卡西以雷切结束了早已无法动弹的角都的性命。
自来也VS佩恩・佐助VS鼬篇
漫画：第38卷第343话-第43卷第402话/动画：第333集-第363集
与飞段以及角都之间的战斗结束之时，佐助在大蛇丸的底下进行修行。不久之后，佐助确信自己的实力已经超越大蛇丸，而袭击了他。打倒大蛇丸并且得到他的力量的佐助将被囚禁的水月放了出来，并一起邀请香燐、重吾成为他的伙伴，四人组成了名为“蛇”的小队。
木叶隱村与“蛇”都开始捜索宇智波鼬的下落。大和的小队在途中与兜相遇，兜给了木叶忍者一本记载了“晓”的组织名册之后就逃走。与水月、香燐、重吾分别行动时，佐助遭到迪達拉与阿飞的袭击，最后佐助躲过迪達拉的自爆攻击而成功生存。“蛇”摆脱木叶忍者的追踪，佐助在遇到鼬的分身之后前往他的根据地，水月、香燐、重吾则是被干柿鬼鲛留了下来等待结果。
同一时间，自来也得到“晓”的首领的情报，单独一人入侵雨隱村。被昔日的两位学生，也就是“晓”的首领佩恩与小南发现并且战斗，自来也使用通灵之术召唤蛤蟆健以及两大仙人的深作与志摩，并且进入“仙人模式”来作战。在激战的最后，自来也战死，在临死之前将关于佩恩本体的情报托付给深作。
鸣人在任务中一度与“蛇”接触，并且与鼬的分身相遇。之后，木叶的小队被阿飞阻挡而停下了脚步。佐助与鼬的战斗开始，经过一场苦战之后成功杀死了鼬。但是之后，佐助在阿飞的述说下得知了有关宇智波一族与鼬的真相。
佩恩来袭篇
漫画：第44卷第403话-第48卷第450话/动画：第372集-第395集
因为得知哥哥鼬的真相感到悲伤的佐助得到萬花鏡寫輪眼，并与水月、香燐、重吾会合，将小队的名字从“蛇”改为“鹰”。象征向鼬与宇智波一族的真正敌人，也就是木叶隱村复仇的决心。此时，木叶隱村在深作的告知下得知自来也战死以及最后关于佩恩本体的情报。鸣人从自来也死亡的悲伤之中走了出来，并跟着深作前往妙木山开始进行仙术的修行。
“鹰”在阿飞的委托下前往云隱村，与八尾的人柱力的奇拉比战斗，在水月、香燐、重吾的帮助之下，佐助发动天照击败奇拉比成功将奇拉比捕获，并移交给阿飞。“晓”接着进行八尾的封印，却发现佐助带回的奇拉比只是八尾的一只脚变成的分身，所以这次行动以只能封印八尾一小部分的查克拉而宣告失败。得知这件事的云隱村开始搜索“鹰”的下落，第四代雷影派遣寒、嘉露伊、重带着公文前往木叶隱村，并且准备召开五影会谈。
当鸣人在妙木山顺利进行之时，为了捕获九尾的佩恩与小南开始袭撃木叶隱村。佩恩为了问出鸣人的下落进行无差别的大规模破壊，追杀村子里的人民与忍者，卡卡西与静音等实力强大且坚强的忍者遭到杀害。佩恩最后发动神罗天征毁灭了木叶隱村，完成仙术修行的鸣人从蛤蟆那里知道木叶隱村遭到袭击的消息，赶着回去，并且单独一人与佩恩战斗。
进入仙人模式的鸣人发挥强大的实力接连打倒佩恩的几名个体，但是仍然被佩恩之中的天道抓住。雏田为了救出鸣人反而被佩恩打成重伤，鸣人看到雏田被打倒而陷入爆走，出现六根尾巴的鸣人与佩恩战斗，佩恩发动地爆天星困住已经出现八根尾巴的鸣人。在内心世界感到痛苦的鸣人即将解开九尾的封印之时，与自己的父亲第四代火影重逢，并且重新弄好封印。恢复原状的鸣人最后以螺旋丸打倒佩恩，与远距离操作佩恩的本体长门接触。长门向仰慕师父自来也的鸣人述说自己的过去，并质问如何将和平带入忍者世界，鸣人不放弃自来也的思想，认为自己来自自来也撰写的小说主角的名字就是自来也的理想。为了回应鸣人的想法，长门以性命为代价发动轮回天生，复活木叶隱村所有牺牲者，因而力尽而亡。带走长门以及作为天道的弥彦遗体的小南与继承长门遗志的鸣人和解。
五影篇
漫画：第48卷第451话-第52卷第490话/动画：第417集-第441集
当一度被毁灭的木叶隱村走向复兴之时，因为佩恩袭击的时候耗尽查克拉而一直昏迷的“第五代火影”纲手被解除职位，由“根”的领导人志村團藏就任第六代火影。
雷影因为奇拉比被掳走而感到愤怒，持续派遣云之忍者搜索佐助一行人。此外，也对木叶隱村对身为逃亡忍者的佐助的处理态度消极感到不满意，而准备一份要求追捕佐助的公文，并为此召集五影召开五影会谈，讨论关于“晓”的问题。阿飞因为八尾的捕获行动失败，再次接触佐助并告知身为他的仇人的團藏正前往参加五影会谈，也开始打算发动“月之眼计划”。
“五影会谈”在中立国的铁之国举行，“晓”的的成员入侵会场，与五影以及铁之国的武士战斗。阿飞在会场上告知“月之眼计划”的目的，之后宣布“第四次忍界大战”将要开战。忍者五大国组成以雷影为首的忍者联军，并决定保护鸣人与奇拉比这两位人柱力。各国在五影会谈结束之后都为了战争做准备。
五影会谈结束之后，佐助杀死了他的仇人之一的團藏。鸣人与佐助再次相遇，已经了解他的心情的鸣人期待着日后与佐助的战斗。鸣人得到大蛤蟆仙人的预言，将九尾的封印式放入体内，前往云隱村的孤岛。同时间，兜前来找阿飞，为了即将到来的第四次忍界大战而要求联手作战。
忍界大战篇
漫画：第52卷第491话-第72卷第700话/动画：第463集-第699集
忍界大战篇(1)(漫画：第52卷第491话-第57卷第536话/动画：第463集-第495集)
在恢复的纲手的要求下，鸣人前往在一个云隱村附近的孤岛(岛龟)上。为了获得新的力量，鸣人接受同样身为人柱力的奇拉比指导下进行控制九尾查克拉的修练。那时，鸣人终于和母亲玖辛奈见面，并得知16年前的真相。此外，尽管遭到了“晓”的鬼鲛袭击，并且打倒他了，但是有关忍者联军的情报却被泄露，以及大和也被掳走。同时，班与兜接触，并且达成协议。然后，小南在雨隱村与班战斗之后被杀死，班得到长门的轮回眼，并移植到了左眼。在那之后，为了战争的准备，兜的的“秽土转生”复活的忍者们与10万只的白绝组成共同战线。
鸣人与佐助之间宿命的战斗即将到来。为了进行月之眼计划的最后阶段的“晓”开始行动，忍者五大国则是为了阻止月之眼计划。最后，将所有因缘画上休止符的第四次忍界大战争开战。鸣人一行人的最后一战开始了。“晓”与忍者联军之间的决战终于开始了。兜发动的禁术“秽土转生”复活的历代强大的忍者们与忍者联军的各部队在各地的战场上激烈战斗。另一方面，没有被告知战斗发生的鸣人继续与奇拉比一起训练如何控制九尾查克拉，但是查觉到外面发生的战斗而从岛上跑了出来。
忍界大战篇(2)(漫画：第57卷第537话-第57卷第544话/动画：第496集-第509集)
斑操控外道魔像前来攻击第一部队所在的战区，成功夺取了封印了金角与银角兄弟的六道的忍具之后撤退，忍者联军8万兵力的死伤大约是4万人，“晓”10万兵力的死伤也达到5万人，而战争第一天也到了晚上。鸣人与奇拉比试图逃离岛上的过程中，九尾逼问鸣人要如何解决忍者世界的仇恨连锁，鸣人以坚决的态度回答九尾九尾的问题。入夜之后，忍者联军接连发生可以完全复制查克拉的白绝伪装的忍者刺杀以医疗忍者为主的成员，让联军开始陷入混乱，联军高层也在寻找对付白绝的方案。就在当鸣人与奇拉比要离开岛上时，第五代火影纲手与第四代雷影艾亲自前来阻止他们，最后鸣人与奇拉比靠着自身的信念得到第四代雷影的认同而前往战场。同时间，联军高层也得出以鸣人的能力找出白绝的方案，斑也带着他以被秽土转生的人柱力制作的佩恩六道准备参战。
忍界大战篇(3)(漫画：第58卷第545话-第59卷第557话/动画：第516集-第540集)
战争来到了第二天，鸣人与奇拉比来到了战场，并与白绝以及秽土转生的忍者战斗。联军的第四部队也与被秽土转生的历代五影战斗，我爱罗成功封印身为第四代风影的父亲罗砂，并且和解，其他三位五影却从封印之中逃脱。第一方面，鸣人与奇拉比碰上了被秽土转生的鼬与长门而与之一战，鼬靠着好友止水在生前托付给他的瞳术“别天神”而成功解除兜的控制，并和鸣人与奇拉比合力将长门封印成功，鼬将弟弟佐助托付给鸣人之后独自前往兜的所在之处去阻止秽土转生，而鸣人与奇拉比继续前往战场。
第四部队与历代五影的战斗仍在持续，来到战场的鸣人的影分身成功逮败第二代土影无，鸣人的影分身再赶去另一边与第三代雷影艾战斗，另一方面，佐助杀死了白绝本体之后准备前往战场。鸣人在一番苦战中靠着灵机应变而打败第三代雷影;而我爱罗与使出暴危蒸威的第二代水影鬼灯幻月的战斗中陷入了苦战，最后靠着科学原理而打败了第二代水影。
忍界大战篇(4)(漫画：第59卷第558话-第63卷第607话/动画：第541集-第568集)
鸣人的影分身前往战场各处，透过察觉混入盟军的恶意发现并打败白绝，并协助封印以秽土转生复活的五大国知名忍者，忍者联军一下子占了上风。然而，兜却用秽土转生召唤出他的王牌——宇智波斑本尊。复活的斑借由压倒性的忍术、体术、瞳术席卷忍者联军。在这场最大的危机中，联军将五影传送到现场;五影委托鸣人解决面具男，斑则交给他们。之后，鸣人和奇拉比与面具男及秽土转生复活的人柱力们展开战斗;敌方非常强大，即使卡卡西和邁特凱赶在途中联手，仍渐渐落入下风。战斗过程中，鸣人进入四尾孙悟空的精神世界并和它对话;对话中，鸣人得知九尾的名字叫九喇嘛，并展现要认真对待尾兽的强烈意愿。受鸣人鼓舞的九尾终于和鸣人达成第一次完美结合。接着，鸣人进入尾兽更深处的内心世界，并见到其它尾兽与人柱力;尾兽们告诉鸣人它们的名字，并将人类和尾兽的未来托付给鸣人。接收到尾兽们的意志，鸣人完全控制了九尾查克拉，成功将尾兽从外道魔像中拉了出来。
随着战况愈演愈烈，佐助终于移植了鼬的眼睛，开启“永恒的萬花鏡寫輪眼”。杀死看守自己的白绝本体后，佐助冲了出去，并在路上与秽土转生的鼬重逢，接着兄弟二人联手对上操控秽土转生的兜。兜将大蛇丸和御手洗红豆等不同忍者的细胞吸收进体内，获得白蛇仙人模式的力量，既让兄弟二人陷入苦战，还能抵挡宇智波一族禁术“伊邪那岐”。后来鼬使出专克“伊邪那岐”的禁术“伊邪那美”，让兜陷入与他们无休止战斗的轮回直到发自内心回心转意，并寻找阻止秽土转生的线索。最后，包括鼬在内的所有秽土转生都被解除，被束缚的死者全部灵魂升天了。鼬在最后一刻用写轮眼的幻术把事情原委与灭族真相向佐助展现，并在表达“不论你怎么选择，我都会永远深爱着你”的爱意后升天了。
在秽土转生被解除的时候，斑因知晓施术与解术的方式，在升天前强行解除与施术者的契约而留在世上，并说这是秽土转生最大的风险。拥有不死之身、无限查克拉与特别强化过的木遁等强大力量，五影被斑打败而陷入濒死。另一边，鸣人、奇拉比、卡卡西和邁特凱在几番努力下成功摧毁面具男的面具;然而，当卡卡西看到他的真面目，他惊呆了。冒充斑的身份、身为晓幕后主使的面具男，竟是本应在第三次忍界大战中死去的卡卡西最好的朋友带土。当时濒死的带土被藏在地底深处的斑所救，经过辛苦的康复，本想返回木叶的带土在白绝的通报下得知凛被卷入雾隱村的阴谋，赶到现场的那一刻却看到自己的心上人死于卡卡西的雷切。目睹这一幕的带土对这个世界感到绝望，决定与斑合作展开“月之眼”计划;带土将在一切就绪时用轮回天生将因衰老死去的斑复活，自己则继续以斑的身份行动。卡卡西因挚友的转变本将失去斗志，后来决定与现在的带土战斗，以保护继承了带土曾经意志的鸣人。
忍界大战篇(5)(漫画：第64卷第608话-第66卷第637话/动画：第582集-第597集)
解决五影的斑为了找回尚未回收的八尾和九尾，来到带土这里并决定强行复活仍处于不完整状态的十尾;然而，忍者联军各部队也齐聚一堂，决战就此打响。联军向斑等人使出强大的连续攻击，十尾却一发尾兽玉消灭忍者联军总部，再用大范围攻击杀死众多忍者，其中包含舍身救下鸣人与日向雏田的日向宁次。鸣人无法承受同伴之死和带土的话带来双重打击，却被雏田和九喇嘛骂了一顿，重新振作与联军同伴一起进攻。另一方面，经过与鼬的联手，佐助想了解何谓忍者世界、隱村和忍者。与水月和重吾重逢的佐助将大蛇丸从被兜俘虏的御手洗红豆的咒印中复活，并说明他想了解木叶隱村的过去。大蛇丸看到佐助的转变如此之大后决定合作，并带领大家前往木叶隱村。借由曾经的研究，大蛇丸将封印在死神腹中的初代到四代四位火影的灵魂用秽土转生复活。初代火影千手柱间向佐助讲述他与斑的相遇、木叶隱村的诞生、斑离开村子到在终末之谷决战的故事。听完的佐助为保护鼬的生活方式，决定保护木叶隱村，与大家和被木叶隱村关押的香燐一同前往战场。
忍界大战篇(6)(漫画：第67卷第638话-第69卷第662话/动画：第598集-第613集)
战况变得十分惨烈。时空间里的卡卡西与带土开启决定性的决斗。历代火影与佐助接连抵达战场，佐助还宣布他要成为火影，以自己的方式改变木叶和忍者的世界。佐助的变化让小樱和其他人一头雾水，鸣人却淡淡接受这样的佐助;过了约三年，第七班第一次复活了。卡卡西赢了与带土在时空间的对决，带土说：“这场战斗你可以赢，但战争的胜利我不会拱手相让。”就丢下卡卡西回到战场。斑看到重伤濒死抛弃带土，试图控制他施展轮回天生完全复活自己，却遭到带土反抗而让带土成为十尾人柱力。后来，鸣人、佐助与忍者联军联合将所有尾兽拉出带土身体，将其击败。
忍界大战篇(7)(漫画：第69卷第663话-第70卷第677话/动画：第634集-第651集)
之后斑透过黑绝控制带土的轮回眼将自己彻底复活并与尾兽交战;得到白绝找到并带来的右眼轮回眼后，他召唤出外道魔像，利用轮回眼的轮墓边狱将尾兽吸入外道魔像中，鸣人因九喇嘛被抽出身体而濒死。此外，上前攻击斑的佐助也被他一刀捅穿心脏而不省人事;斑接着成为十尾人柱力与卡卡西和邁特凱交战，被启动八门遁甲第八门死门的邁特凱逼到绝境却未能杀死。鸣人从改邪归正的带土那获得每种尾兽的查克拉，因此见到六道仙人并获得六道阳遁与六道仙术，复活后救下邁特凱阻止了开死门必死的结局;被脱离伊邪那美无限循环的兜治好的佐助，获得左眼轮回眼和六道仙人的六道阴遁查克拉。斑拒绝和复活的两人简短交手后就飞离现场，夺去卡卡西的左眼进入时空间，再从带土那夺回左眼轮回眼;集齐双眼后，斑启动了无限月读。
忍界大战篇：最终章(漫画：第70卷第678话-第72卷第700话/动画：第679集-第699集)
紧接着，黑绝刺穿斑的胸膛，作为复活大筒木辉夜的催化剂。所有人陷入无限月读的幻术，只有第七班与带土借助佐助的须佐能乎逃过一劫。在艰难的战斗与带土的牺牲后，鸣人与佐助成功封印大筒木辉夜和黑绝。一切似乎结束时，佐助突然说要处决现任五影并杀死所有尾兽，想斩断世间仇恨的因果由自己当共同敌人，以维持所有人继续团结的动机。鸣人奋力阻止佐助的“忍界革命”，与他在终末山谷最终决战。决战结束，两人耗尽所有力量与查克拉并各断一条手臂，但对立的关系终于和解，联手结印释放无限月读，结束旷日持久的第四次忍界大战。一段时日后，克服战争与灾难并取得长足进步的木叶隱村里，出现忍界大战中幸存忍者的后代，其中包含博人，他正被身为第七代火影的父亲鸣人斥责。
第01话 SYMPTOM 变异
膝丸灯为了救心上人百合子，参与地下格斗会，使自生能力觉醒。突然两位神秘人找到他，告诉他百合子已死的消息。膝丸灯悲愤欲绝，神秘人米歇尔和小町小吉邀请他加入U-NASA火星探测队。为了拯救和百合子得相同病的孩子，膝丸灯决定接受人体改造，前往火星，获取A.E病毒的样本，和伙伴们一同对抗外星物种。
第02话 DEPARTURE 出战
A·E病毒在地球流行起来，U-NASA决定在病毒流行前制作出疫苗，大型宇宙舰ANNEX1号背负着拯救人类的使命驶向火星。希拉喜欢舰长小町，她的爱慕之心所有人都看在眼里。经过39天的漫长旅程，ANNEX1号顺利进入火星大气层，所有舰员将要登陆火星。这时大家遭到火星蟑螂的突袭，众多队员遇难，计划眼看就要失败了…
第03话 TO MARS 前往灾星
火星蟑螂袭击ANNEX1号，破坏舰员们用来增强体质的药物。舰长小町向总部反映情况，他发现一切都是设好的陷阱，此时ANNEX1号主引擎发生故障，向火星坠落。小町和米歇尔及其他同盟国干部合力抵抗，杀死舰上的所有蟑螂。大家依次登陆火星，其他班成员都安全着陆，第六班却被蟑螂围攻，陷入险境。
第04话 WAR 全面战争
小町带领马尔克斯和庆次，准备活捉一只落单的蟑螂，没想到蟑螂使用调虎离山之计，趁小町离开袭击飞船。关键时刻，希拉用手枪制服并活捉蟑螂，却被蟑螂喷射出的超高温气体杀害。小町发现蟑螂们已经掌握了BUGES手术，并加以利用。面对强敌，队员们该如何是好，所谓的MO手术又是什么呢？
第05话 EXCEPTIONAL TWO 奇迹之子
马尔克斯得到白额高脚蛛的能力，为了给希拉报仇，他到处虐杀蟑螂。马尔克斯体力不支，关键时刻小町出手相助。米歇尔是BUGS2号舰长多纳特洛的独生女，她的子弹蚁能力遗传自父亲，爆炸蚂能力则通过后天的MO手术获得，拥有两种能力的她无疑是地球的最强战力。灯一直没忘记来火星的目的，他活捉蟑螂，希望能尽快研制出疫苗。
第06话 2 MINUTES 2分钟
阿莱克斯不敌腿部异常发达的蟑螂，蟑螂趁机驾驶飞船离开，船上的队员惊慌失措。灯得到大蓑蛾的能力，他用最强韧的丝帮助队员脱困，并与拥有异能的蟑螂决战。在另一边，米歇尔被龙虱缠住，双双掉入海中。身为陆地生物的米歇尔，极限活动时间只有两分钟，这么短的时间内，她能成功脱困么？
第07话 CRAB 猛士
米歇尔和灯联手干掉了龙虱，日美联合第二班暂时脱险，此时罗马第六班和日美联合第一班发出求救信号。北欧第三班同样被蟑螂袭击，班长阿西莫夫的女儿感染由“火星异种”起的未知病毒，危在旦夕。因此阿西莫夫十分憎恨蟑螂及其背后隐藏的黑幕，他超强的螃蟹能力带领队员们轻松突围。
第08话 DER ZITTERAAL 电击生物
幼年时无依无靠的阿道夫被军队收留成为M.O手术的实验体，阿道夫受尽折磨，变得不人不鬼，最终获得了电鳗的能力。阿道夫虽然可以去上学，但要接受严密监视和身体检查。在这种情况下，一位名叫罗莎的女人闯入他的生活，并成为他的妻子。某日阿道夫意外发现罗莎出轨，就连孩子也非他亲生，面对如此事实，阿道夫该何去何从……
第09话 TOO SAD TO DIE 雷雨中的一粒
阿道夫始终无法原谅妻子出轨，他把所有的压力倾注在战斗中，疯狂宰杀蟑螂。此时高智慧蟑螂领袖带领训练有素的蟑螂军队出现，众人被围困陷入危机。阿道夫寡不敌众，几乎丧命，众队员拼尽全力保护他。失去意识的阿道夫靠A.E.D.苏醒，他爆发出坚强意志与火星异种激烈对抗。
第10话 DESIRE 愿望
阿道夫使用落雷并未杀死蟑螂领袖，队员们都被捕获，仅剩伊娃和阿道夫两人。伊娃本是富家千金，却因经济危机被父母强行卖给U-NASA。阿道夫早已精疲力竭，他为了保护伊娃死在蟑螂的飞石攻击下。由于阿道夫的心脏停止时间过长而引发了他体内的自爆装置，最终全员都自愿死在了爆炸中。
第11话 BOXER 拳击手
庆次作为一个朴素的拳击手却有着不凡的成就，成为世界轻量级冠军的他依旧每周回家看望病重的母亲，就在他前途大好的时候视网膜却脱落了。因为眼睛的问题庆次放弃的拳击，而母亲也因病过世，在接受人体改造时他选择了视力最好的生物，因为他想从本岛看到母亲长眠的小岛，如今踏上火星上的他再次找到了出拳的理由。
第12话 SHOOTING STAR 轨道与无轨道
小吉舰长眼前的蟑螂所掌握的BUGS手术是蚕蛾，而这本应该属于他深爱着的秋田奈奈绪，这场对战让他的思绪回到了从前。欧洲第三班调查的金字塔其实是火星异种的仓库，他们意识到蟑螂们已经掌握了很危险的武器，而前来火星的某个班已经叛变。用作飞船推进器的燃料罐攻向了日美第一班，缺少药物无法变身的队员们在火海中又遭遇了大批蟑螂的攻击。
第13话 TERRA FOR MARS 彼处与此处
一班二班已经汇合，由于人为干扰，火星与地球的通讯完全中断，此时上千只蟑螂包围了漆丸灯等人。在救助舰到达前的39天里，为了灭杀蟑螂，每个人的能力都运用极致。然而地球方面，并未依照计划发射救助舰，而蟑螂一早就知道ANNEX1号的整个计划，战士与阴谋家的战斗开始……
一名古代的武士青马剑之介时贞，在长年的沉睡后苏醒于现代。他在过去所驾驶的机体，则被联合国作为古代人造物进行研究，并开发出了同样尺寸的大型机器人。而在过去曾与青马剑之介时贞战斗过的“鬼”，也从宇宙再次来到了地球。