高中生兼轻小说作家和泉正宗有个家里蹲的妹妹和泉纱雾，两人一年前才成为兄妹，可是纱雾完全不走出房间。正宗除了每天都帮纱雾准备食物，还天天在想办法让她走出房间。而正宗的搭档插画家“埃罗芒阿老师”，是个能画出非常棒的杀必死插画的人。然而某一天，正宗突然发现冲击的事实：“埃罗芒阿老师”其实是纱雾。正宗与纱雾的关系瞬间出现变化，正宗身边也越聚越多个轻小说作家。正宗与纱雾就此展开了一段环绕青春的爱情故事。
以“真正的实力、真正的平等到底是什么?”为主题，描写全新的学园默示录。
因某个理由而在入学考试偷工减料的主角绫小路清隆，被分配到了被揶揄为次品聚集地的D班。与同一个班级、成绩优秀但性格超麻烦的美少女堀北铃音，还有由牵挂与善良构成的天使般的少女栉田桔梗的相遇，使得状况开始发生改变。
这个社会是否平等呢。真正的“实力”是什么——。东京都高度育成高等学校。那是宣扬彻底的实力至上主义，以升学率·就业率100%而引以为豪的升学学校。升入那里，被分配到1年D班的绫小路清隆，却发现学校与实力至上主义的招牌相反，学生每个月会得到相当于10万日元、与现金同等价值的分数，在授课和生活态度方面也贯彻放任主义。在梦幻般的高中生活当中，不断地挥金如土、过着自甘堕落日子的同班同学们。但，不久他就得知了学校系统的真面目，并被打入绝望的深渊……!来自吊车尾聚集的D班的少年少女们所发现的，是世界的矛盾，还是正当的实力社会?
作品设定
高度育成高等学校(高度育成高等学校)
99.9% 能够就职于期望的工作，拥有最新的设备。每个月学校发放货币，发型和私有物的携带等等极其自由的校风。学校指南的小册子里是个由梦幻般文字书写而成的学校。然而其真实情况则是一切皆由自身实力来衡量，完全的实力主义教育学校。入学测试的综合分数(包括笔试、面试、国中时的评价)按照高到低，从A班开始分配。一开始能力就很高且无不良纪录的人必然被分到A班。而因为能力低或拥有不良纪录的人则会被分配到D班，因此入学后的点数必然会被越拉越开。优秀的人会被作为优秀的存在而被郑重其事地对待。因为比起笔试，面试，也就是个人的外在占的比重更大，所以D班里必然聚集了一堆问题人物(不良品)。
S系统(Sシステム)
入学后班级人员的分配，以及班级点数增减原因，都根据此系统决定，是一个潜藏在高度育成高等学校未明朗化的系统，学生只能根据自己的手上的资讯，来推测此系统的正体，整体状况不明。
S点数(Sポイント)
又称为“班级点数”，简称“Cl”，动画简称为“CP”。每个月底班级点数汇入各班并转换成个人点数，“1 Cl”可转换成“100 Pt”。
个人点数(個人的なポイント)
简称“Pt”，动画简称为“PPt”。“1 Pt”相当于“日圆1元”，在这所学校中，只要有点数，没有买不到的东西(除了违反校规之外)。个人持有两千万个人点数可以单独转去想去的班级，是除了依靠提升班级点数超越别班之外，另一个可以往A班的方法，只是创校以来，没有任何一个学生成功达成此功绩。
就连三年前依靠违反校规的手段收集个人点数，达成创校以来收集最多个人点数纪录的3年B班学生，直到毕业前夕最高也只有收集到一千两百万，而且后来此学生还被学校退学。龙园打算在这三年内收集八亿个人点数，让C班全员转入A班。
特别考试(特別試験)
在这所学校除了其他正常学校有的考试之外，还有独特的考试，其次数甚至超过正常的考试，不如说这所学校的考试主轴就是特别考试。根据幸村的说法和实际体验痛悟，在这所学校只会学习是不行的，只会运动也是不行的，即使两者兼备，也无法只依靠这些通过这所学校全部的特别考试，直觉、灵感、感觉，这所学校依次考验在人类社会中立足所必不可缺的东西。单打独斗已经是没有出路的了，将会需要的是能把那些要素全部填补的队伍与团结。
White Room(ホワイトルーム)
绫小路清隆成长并受教育的地方，故事开始一年前，绫小路清隆都在这里度过。由绫小路清隆的父亲所掌管，在White Room 里，绫小路清隆的父亲的命令是绝对的。根据绫小路清隆的说法，White Room 不是一个很有人道的地方，甚至见不得人，还有人权等诸多问题，但是这里可以受到最好的教育，因此绫小路清隆累积了远超越一般人一生所能学习到的知识。
这里的教育不止有单纯的能在普通学校能学习到的，还有各种各样的东西，学问、学术、武术、防身术、处世术……等等，绫小路清隆的父亲认为必要的部分都是White Room 必须学习的。反之绫小路清隆的父亲认为不必要的部分，如游戏、动漫……这些世俗东西之类的，不在White Room的学习范围内，导致绫小路清隆对于世俗方面的东西不是很了解。
White Room 将绫小路清隆培养成一个全才，并称作最高杰作品。因为某些原因，White Room 暂停一年，之后再度重启，不过都没有出现有如绫小路清隆的人才，导致绫小路清隆的父亲想用各种手段把绫小路清隆从学校带回去。坂柳有栖对White Room的想法是，为了让“没有天分的人”成为天才而准备的场所，作为天才出生的人不需要那个场所。
在某块土地上，宝石人和名为月人的敌人作战，月人企图将宝石人带回月球。统领宝石人的金刚老师将编纂博物志的工作交给较弱的磷叶石，为了搜集资料，磷叶石被推荐去寻访带有毒素的宝石辰砂。尽管辰砂因为毒素会破坏大地而不愿战斗，他仍为了保护磷叶石而击退月人。次日，磷叶石驳斥了辰砂希望被带到月球的愿望，发誓自己可以找到适合辰砂的工作。
在一次战斗中，磷叶石被类似蛞蝓的生物吞食，辰砂找到了使他复原的方式，而磷叶石则发现自己有能听懂蛞蝓状生物温特里克斯斯的话。温特里克斯斯表示自己是安多米拉比利斯一族的王，还透露过去曾存在这片大地上的人类已分裂成三个独立的物种：象征骨的宝石、象征肉的安多米拉比利斯一族和象征魂的月人。温特里克斯斯想将磷叶石交给月人以换取自己被俘虏的弟弟，磷叶石获救后原谅了他，但也因此失去双腿。在安装上自温特里克斯斯得到的玛瑙碎片制成的新腿后，磷叶石发现自己能跑得非常快，并因此开始参与战斗，但光是巡逻任务就让他疲惫不堪。
冬季来临，除了原本就只能在冬天活动的南极石、睡不着的磷叶石和金刚老师以外，所有宝石都在冬眠。磷叶石被浮冰的声音引诱，落入水中后失去双手，他将一些金和白金做为替代品，但金和白金失控并开始吞噬磷叶石，此时月人袭来，南极石为了拯救磷叶石而被捉，磷叶石控制了新的双手并试图救回南极石，但却没能成功。磷叶石因为失去南极石而感到痛苦，个性也比以往更加内敛，随着春天到来，他已经掌握新的手臂并足以单独对抗月人，而他也因为金手臂受其他宝石瞩目。随着失去双手，磷叶石疑似失去关于辰砂记忆。
磷叶石的行为引起黑钻注意，黑钻希望他成为自己的伙伴，取代原本的钻石。在金刚睡着的次日，出现足以抵挡黑钻和磷叶石攻击的巨型月人，巨型月人进入学校并追逐钻石，感到不能再依靠黑钻的协助后，钻石凭借自己的四肢击倒巨型月人。黑钻赶来协助钻石，他们发现巨型月人被切断后会分裂成更小的个体，他们将这些型如小狗的个体搜集起来后恢复了原本的大小，金刚称这个月人为小白。磷叶石怀疑金刚与小白的关系，辰砂透露其它宝石都认为金刚与月人间有秘密，但仍决定跟随他。
为查明真相，磷叶石决定调查月人，他协助金红石修复莲花刚玉，莲花刚玉给了磷叶石关于与月人交谈的建议后再度沉睡。磷叶石向变石学习关于月人的知识，并试图在战斗中质问其中一个月人，但他的质问被辰砂打断而没有结果。磷叶石想起两人的承诺，为辰砂找到了新工作：协助自己调查月人和金刚的真面目。