作品以爱情来临前的孤独——“孤悲”来呈现“恋爱”的主题。梅雨时节，以成为鞋匠为目标的高中生秋月孝雄与神秘的女性雪野百香里，在雨中的新宿御苑中相遇。故事以女性留给少年的一段《万叶集》诗句为契机，就此开展……
故事以15岁高中生，秋月孝雄翘课来到新宿御苑内为开端，此时的东京随着入梅而开始进入雨季。喜欢雨季的孝雄为自己规定仅在雨天的上午翘课，他以成为制鞋师为目标，到庭院内来也是思考设计鞋子并画出草图。这一次孝雄在亭子里与神秘的女性雪野百香里邂逅，27岁的她翘班来到庭院内饮酒并配以许多种类的巧克力，有时她也会看书。在雪野注意到孝雄的校服后转身离去，留下了一首让孝雄不解的、出自《万叶集》的短歌。自此以后，雨季早晨的新宿御苑内的那座亭子便成为他们二人短暂交谈的地点，两人逐渐产生超越年龄的情愫。
为了表明对雪野的情意，孝雄开始专心于打工赚钱，并打算制作一双与雪野的脚相同尺寸的鞋。然而，随着雨季的结束，两人之间也逐渐浮现许多阻碍。暑假落幕后，孝雄意外在学校遇到雪野，发现她是校园里任教古文的教师，与此同时雪野因为校园女学生相泽造谣毁谤陷入困境，导致孝雄为了替雪野抱不平而和同校学生爆发肢体冲突。两者再约雨亭相谈期间，天气骤变成暴雨，雪野带着孝雄返回自己居住的公寓稍作歇息，孝雄鼓起勇气向雪野表白，但因为后者特意回避的举动，让按耐不住心绪的孝雄向她喊出内在的心声，终使得雪野不再逃避自己的内心，感谢对方让她拥有再度向前的勇气，紧抱着孝雄放声大哭。
故事近尾声，雪野因为无法再承受校园学生的造谣毁谤，辞去教职离开东京后，返回故乡四国的学校任教。孝雄因为多度翘课造成学业成绩受影响，仍为了成为制鞋师的梦想在课余打工赚钱。最终孝雄于冬季飘雪的日子收到雪野报备近况的来信，再次抵达两人曾经交谈的亭子，留下亲手制作的女鞋，离去之际期盼著未来能和雪野再次相会。
被称作“祸津日神”的恶灵开始在日本蔓延。祸津日神会附身在人类或物品上，为害各地。在这样的背景下，故事就从主角少女和她伙伴兼宠物的御先神在森林中醒来开始。
少女突然被祸津日神袭击。她借助稻田真姬这名魔法少女的力量成功击退敌人。由于少女和御先神不知为何失去了记忆，真姬便为她们分别取名为“榊天音”和“山田”。 接着，天音和山田就展开了除魔的全国旅行。
在遥远的未来，人类为了生存，不断地与怪异的生命体“希迪亚斯”(ヒディアーズ)对抗。在一场战斗中，人类银河同盟少尉莱德和他的人形兵器“Chamber”(チェインバー)被吞入不明的时空。当他从人工冬眠中醒过来时，他发现自己连同机体被打捞至一个古旧地方——加尔冈蒂亚之内。更进一步，他发现身处的是早已被人类遗忘的起始之星——地球。如今这个行星被一望无际的海水围绕著，人们只能住在巨大的舰船，靠着打捞古文明遗留在深海中的物品生存。由于缺乏行星历史、文化以至语言方面的知识，他被逼于海中的城市加尔冈蒂亚滞留着，与对其充满兴趣的艾美一同生活……
人类银河同盟(人類銀河同盟)
同盟成员有4亿7000万人。透过讨伐黑迪亚斯，从而维护人类的安定。身体较弱者会被视为劣等者以及淘汰。
拥有军队。军人执行军务的时间达到14万5000小时(约16.5年)便拥有限定市民权、申请在同盟的根据地‧阿瓦隆进行四星期的旅游与滞留资格(拥有自由睡眠、自由饮食以及生殖的自由)。
其起源是在旧文明时代提倡以宇宙船进出宇宙，并因人道争议问题而与EVOLVER(自发进化推进派)进行战争冲突的多国组织“大陆同盟”。
在同盟内，黑迪亚斯的诞生以及与其所发生的战争都被视为机密资料。
由于组织信念的关系，大型战舰均有“人”的象征，且全是载人兵器。
其实在本篇开始前经历了数月和黑迪亚斯战斗的连败，处境极为不利，实际上人口数也不到4亿7000万，有一些成员因为恐惧这没有尽头的战争而脱离同盟，成为“漂流部族”。
黑迪亚斯(ヒディアーズ)
人类基因为基础演变出来的宇宙生命体，与人类银河同盟属于敌对状态。拥有高战斗力，可以在一瞬间摧毁人类银河同盟的舰艇及Machine Calibur。
为了应付复杂的战局而特化出了多种个体，外表类似由三片花瓣组成，可搬运的“中型攻击体”、菱形，可搭载许多攻击形并俱备反舰光束发射器官战力强大的“攻击型母舰”、和具有学习能力，可免疫相同攻击的“进化型母舰”，透过奈米机械模拟碳元素形成坚固的外骨骼的同时可高效率的将电磁波转换成能量，并且可由外部补食机械的能源，虽然不具备虫洞技术，但其战斗力远远凌驾人类银河同盟。
其起源是旧文明时代的EVOLVER(自发进化推进派)。由于冰河期逼近，而使用宇宙船进行移民需时长，人类可能在宇宙船内因衰老而自然死亡，因此主张在人类的基因组上进行调整，使人类自己的身体转变成适合在宇宙的真空环境生存。但因为如此将会使人类失去自我而成为另类生物而使的大陆同盟的人们感到非人道而且是威胁到人类的存在，无视于同盟的多次通牒而持续推广并进行基因改造研究，最终发展成长期的慢性战争。
黑迪亚斯是从鲸鱼乌贼进化演变成的，在宇宙严酷的环境以及长期的战争中演变为躯体与生存力强大的生物，失去了社会、文明以及伦理，成为威胁人类于宇宙发展的生物兵器。
鲸鱼乌贼(クジライカ)
形状类似一只巨大的鱿鱼，是地球最强的海洋生物。加尔冈蒂亚船团的住民视它为神圣的生物。特征与黑迪亚斯相似，由DNA分析证实与黑迪亚斯是同种生物。
不会主动对人类进行攻击，但受到攻击就会狂暴化，而加尔冈蒂亚船团的装备亦不可能与其进行对抗。
人类适应宇宙实验的先行海中适应实验产物，其实验体的后裔、黑迪亚斯的原型，称为 “共生体”(共生体)，由旧文明时代的人类制造，能呼吸海中的氧气，还可承受深海的水压。通过奈米机械“光虫”共生进行营养补给，和光合作用相似，但效率更高。
光虫(ヒカリムシ)
奈米机械所构成拟似生体组织。渡过地球寒冷化后人类能源的来源，组成鲸鱼乌贼的皮膜及触手，在宇宙则是黑迪亚斯的外壳。
迷宫都市欧拉丽是一座拥有雄伟地下迷宫(通称“地下城”)的巨大都市。为了实现英雄故事中“在地下城邂逅迷人女主角”而进入迷宫的少年贝尔·克朗尼，却被强大怪物“弥诺陶洛斯”袭击。危急之际，上级冒险者艾丝·华伦斯坦出面拯救了贝尔，被艾丝的英勇举动感动的贝尔更因此爱慕著对方，将对方当成目标，希望能成为配得上她的男人。
故事发生在虚构的、在废弃堆填区上兴建的未来城市-洲笼市。这个城市曾经发展急促，但现在人口正逐年减少。
在暑假前数天，一位神秘又无表情的女子-园崎法子告诉他的同学阿形胜平，他被选为一位“羈絆者Kiznaiver”，因为他感觉不到疼痛。他们一起体会到共享疼痛的羁绊。这种羁绊可让胜平分享他的痛以及联系与他生活、性格都不同的的同学。而他的同学，包括法子在内，都是不同的“羁绊者”。
这个羁绊系统的最终目标是透过伤痛连接众人回忆及经验，创造世界和平。当一位羁绊者受创伤时，系统会把他/她的痛苦转移到其他的羁绊者身上。胜平的同学们承担彼此的痛苦，而法子负责分配大家的任务。