善良的人物角色
皆本光一(皆本 光一 (みなもと こういち)，声优：中村悠一/少年时代：钉宫理惠;中国台湾：魏伯勤/少年时代：詹雅菁)
9月18日生日、处女座、血型B型、身高181公分、体重67公斤。
本故事男主角，初登场20岁，国中篇开始时为22岁，高中篇开始为26岁。
名字的由来与设定，是引用光源氏和某超能力漫画主人公的名字“浩一”。
依短篇版 (第1集)和漫画附录 (第5集)来看，初期设定有超能度7的反‧反超能力者或是有着‘超能少女组’的全部能力，正式连载时取消此设定。为求区别，名字从“水元光”改成“皆本光一”。
“‘超能少女组’为天使还是恶魔?”的关键。
能力
平常状态下等于完全没有超能力的普通人，但是自幼聪明而被送到特殊学校就读，小学时发现“费鲁曼最终定理”的新解法，18岁就拿到双学位的天才。
能引出超能力者的潜力，即使初次遇见的超能力也能运用得淋漓尽至。被传闻为史上唯一能领导无人可驾驭、 巴贝尔最凶恶的超能特务‘超能少女组’的天才指挥官，甚至曾让他国以年薪六百万美金进行挖角。
为了能承受明石薰的念动力攻击而持续锻练身体，因此有副好身材。
多次被催眠能力攻击而有抵抗力。
有手枪作为防身武器。第8集开始随身携带超能力克星“高能量热线枪”：能杀死对枪炮无效的超能力者，但是除威吓以外从未真正伤人。
职务
‘超能少女组’的现场指挥主任。阶级为中尉。第18集起也兼任‘超能少女组’的支援部队指挥官。
因为‘超能少女组’的超能力成长时很不安定、需谨慎管理，所以与‘超能少女组’一起住照护其日常生活。第23集搬到隔壁，但是隔墙被‘超能少女组’开个洞方便出入。
也是科学家和超能力研究员，参与开发了ESP限幅器、增幅器、兵部京介的专用监狱 (但是从未用过)。
服装
勤务时穿西装。视力很糟，没带眼镜就看不清楚。
性格
做事认真有耐心、有责任感。个性温和有礼，是个标准的好好先生。完全生气时连‘超能少女组’、甚至蕾见不二子和桐壶帝三都敌不过。
因为只做正确事情的性格，受到‘超能少女组’的吸引。
虽然是天才，但完全不了解女人心。
第17集中知道明石薰听到自己去相亲却不闻不问，而察觉自己的心情，但以她还是小孩为由压住心情。
兴趣是做家事，被贤木修二说是天生的保母。
家人
双亲健在，有养狗“托鲁”。祖母已过世5年。
母亲也认识贤木修二。
人际关系
因为是各项条件都极优秀的男性，登场的女角色对其都有好感。因而常被‘超能少女组’施以花心的惩罚。
跟贤木修二是美国留学时期就认识的好友。
过去
小学5年级时因为天才的头脑造成老师教学上的困难，被劝说到特殊教育体制学习，有着痛苦的经历。
在镁国留学结束特殊教育后，就读超能力研究科。这时认识了卡莉，虽然相爱但以分手作收。
回国后进入巴贝尔的研究设施，研究改良ESP限幅器。‘超能少女组’当时主任须磨贵理子委托强化限幅器，但他以那是给予电击的项圈、不畏被开除的风险而拒绝，对此桐壶帝三相当欣赏。
后与‘超能少女组’共同漂亮地解决事件，柏木胧也给予很高的评价。桐壶帝三用计强制让他担任‘超能少女组’的主任。
未来
透过伊九号的预知能力知道20岁的明石薰会成为潘朵拉的领导，而且将被自己枪杀身亡。第8集中蕾见不二子交给他预知中同型的手枪“高能量热线枪”。
故事中多次暗示未来会与明石薰秘密交往。
安迪・日宫(アンディ・ヒノミヤ(アンディ・ヒノミヤ)，声优：诹访部顺一)
出生年不明、6月2日出生。双子座。血液型A型。身高182cm。体重71kg。
首次登场于外传动画第1集、正传漫画348话。
能力：超能力“反超能力(无效化)”(左眼)。此能力是天生的、并非改造。但另有心灵感应能力改造人，可以传达所发现的情报和接受上头的信号。而改造人的能力不受到超能力恨制器或无效化能力的影响。
异色瞳：左眼为金色、右眼为灰色，右眼在外传漫画时则是蓝色。
称兵部京介为兵部、并不称兵部为少校而时直称他的姓氏。
为合众国USEI派到潘朵拉的间谍。并其右眼被植入监控用的芯片。
既不是普通人(因为有特殊能力)也非正常的超能力者(偏偏他的能力是将超能力无效化)，并拥有改造人的能力 。所以他对人类和超能力者都带有些许怀疑及不信任感。
从外传可知他深受兵部信任、即使知道他是间谍、兵部依然将他带在身边。
体术极强、有特种部队的身手。即使不靠能力、也能突破许多敌人。
在潘朵拉被袭击时、救了因过度使用能力而坠入海中的兵部、之后结识了巴贝尔的女主角一行人。
知道兵部的过去、是不二子叙述给他听的。
于外传后半反过来帮助潘朵拉、背叛了合众国、所以是通缉犯。
身上的限制器是兵部亲手替他戴上的、并留有被合众国灭口时的弹痕。
外传最后一集、离开潘朵拉。
于本篇348话中间出现、加入了“财团”、并私下跟巴贝尔连络。继续用他自己的方式协助超能力者。
由外传和潘朵拉各干部及兵部的互动可知、他是有受到潘朵拉干部及兵部信任的、相处自然、宛如朋友。
在外传登场的小女孩夕雾非常喜欢他(很意外 因为夕雾很怕生)、在外传时常受兵部委托陪夕雾一起出门。
左眼在外传最后为了压抑兵部暴走的能力、貌似有过度负荷而失去超能力(不确定)、但在正篇漫画348话登场时、左眼是用眼罩盖住。
在外传的番外漫画中恢复了能力。
漫画出场分别在348话、370话、414话。
菅谷创介(菅谷 創介(すがや そうすけ)，Sugaya Sōsuke)
配音：宫下荣治/不明/无(日本)
演员：小泽顾亚
具有杰出的美术才能，擅长迷彩和伪装，但他的双亲都认为他只是在涂鸦，并要求他把心力放在课业上。当杀老师赞许了他的作品时，他感到开心而且获得成就感。在毕业后，他成为艺术家并在一座美术馆中创作巨大的艺术品。
张小菲
年龄：14岁(实际年龄以漫画中的数据为准)
身高：155cm(成长中)
体重：42kg
血型：O型
生日：5月17日
星座：金牛座
梦想：成为天才美少女漫画家
性格：爱幻想，爱浪漫，有毅力却又很死心眼的初二学生，语文“学酥”，数学奇烂。梦想成为伟大的漫画家，虽然画得奇渣，但是一直努力着。
外貌：浅绿色的水母头，蓝紫色眼睛，不是很高，头上有一根呆毛。
家人：妈妈、爸爸
好友：万千娇、烛天、庶岚、徐婷、陆任嘉、童霜月、肆海沙、神秘人、阿姐、秦芷雪等。
老师：烛天
喜欢的颜色：粉色和金色
喜欢的歌曲：《最初的梦想》《隐形的翅膀》《遇见》《约定》等(或者是有关梦想的歌曲)(都被小菲演唱过)
喜欢的食物：甜的都喜欢
喜欢的动物：猫
偶像：徐婷、靓亮。
特长：头发特长，卖萌，唱歌，聊星座、血型的事。
口头禅：嚯呀
外号：绿水母、水母菲，小菲LOLI(庶岚)，嚯呀怪(烛天)，飞机思汗、菲吉斯汗，汗妹(陈迪不良少年军团)，广播操女王(全校所有人，司大七)，小菲SAMA(陆任嘉)，相亲妹、小妃子(万千娇)，史莱姆菲、泥马菲(自称)，汤神(肆海沙)，男厕夜女侠(小菲误闯男厕后烛天所叫，编辑)， 彩虹女孩(靓亮、楠楠)
沼地蜡花(沼地 蠟花(ぬまち ろうか)，Numachi Rōka，声：阿澄佳奈)
骏河于中学时期打篮球时的竞争对手。在《鬼物语》和《恋物语》中出现其名字，于《花物语》正式登场。特征是蓬松的茶色头发，穿着运动外套，左脚行动不便需拄着手杖，说话的语调意外地跟不上别人。自家是经营讨论工作的商讨会，贝木曾表示所有的工作委托都与他少不了关系。
在过去打篮球的期间因为没有任何对手能突破她的防线，所以成为被冠上“剧毒泥沼”、“无法飞越的泥沼”称呼的选手。中学与骏河在同一个场次上棋逢敌手，但是在比赛的中途不慎弄伤了左脚，结束了自己的选手生涯。到了后期已无法来上学，因为自己的左脚受伤的关系无法去应征包含自由业在内的工作，形同于失业，于绝望下以割腕自杀结束自己的生命。
然而沼地竟不知道自己已经死亡，成为幽灵后的她以搜集不幸为目的来到其他城镇，以“恶魔大人”的化名接受许多人的咨询。后来在一次机缘巧合下，意外吸收了附身在一个咨询者身上的雨魔左脚，因此她便开始四处搜集雨魔的身体。后来到直江津高中与骏河重逢后，也将雨魔左手纳为己有，但骏河因为看不惯沼地承担一切的做法，便拿着雨魔的头颅为赌注，要求她进行篮球对决，沼地打输后便因了却心愿而升天。
阿呆(ボーちゃん Bōchan)
日本配音员：佐藤智惠
中国香港配音员：龙德琼(第1-208集)→姜丽仪(第219-315集、第608集起、剧场版1-12、18至今)
中国台湾配音员：冯友薇→于正昌(第22-23集&中期);张文俊(暂代)→于正昇(第27集起至前中期&后期、剧场版)、陈宏玮(电视版集数精选-DVD版)
主要角色之一，5岁，9月10日生，血型AB型。总是流鼻涕，但是他的鼻涕非常特别，可以伸缩自如。嗜好是观赏及照顾金鱼、收集各种石头和观察身边周围的东西，深藏不露，有丰富的知识。
个性随和，除非遇到真的不喜欢的事物或游戏(如妮妮的扮家家酒)，通常不会拒绝参加。也因此常常和小新玩一些旁人看不懂的游戏(如没有鬼的躲猫猫、想像躲避球等)。在妮妮的扮家家酒中，通常饰演一些无关紧要的角色(如婴儿、宠物等，甚至植物)。
对石头异常执著，甚至会为此与朋友吵架，也会藉石头表达心意。
有传言指阿呆真实的姓名为“井川棒太郎”，是因为在某集动画中，一连串的姓名对战表上面，出现了“井川棒太郎”这个名字，而“棒”的日文发音为“ぼう”，和阿呆的“ボー”非常相似，于是就有人猜测，这会不会就是阿呆的本名，但至今尚未被官方证实。
艾琳(エリン，声优：星井七瀬)
本作主角、由于母亲是雾之民的关系，拥有绿色的瞳孔的少女。名字取自于一种山里生长的苹果。
对于大自然的生物具有强烈的兴趣，聪明且具有好奇心和行动力。
具有优秀的观察力和听力，连听过一次的音乐也可以完美的再现。(绝对音感)。
在10歳的时候，由于无法救因为斗蛇大量的死亡而被处刑的母亲且被带离了从小生长的村子，身心受到了极大的创伤。之后被养蜂人约翰救助，由于他的温暖个性让艾琳又再次的展开笑颜。
在卡扎琉姆学舍学习的途中，经历许多的喜怒哀乐，成长为一个备受人信赖的女性。
由于故事的进展下，可以用操者之技和王兽交谈，但也因为这样而卷入国家的权力斗争之中，但还是贯彻著自己的信念。
约翰(ジョウン，声优：内田直哉)
住在真王领的东边的养蜂人。原本是在王都高等学舍内的教导师长，由于某事件引起一位学生死去而被免职。
救起成为孤儿的艾琳并教艾琳知识。
在送艾琳去卡扎琉姆后就和儿子住在一起、之后因为心臓的疾病而过世。
琴冢文江(琴塚 文江(ことづか ふみえ)，声：小清水亚美)
苍荣高中二年级生。因太完美而连续担任两届学生会长，同时也是文艺部的部员，极具人望。跟美星从小五到国中都同班，但因为美星的各种脱序行为而把她当作敌人，但某种程度上也视美星为朋友，始终认为天文社是问题社团。对朔有好感。个性严谨正经。
莳田姬(蒔田 姫(まきた ひめ)，声：户松遥)
苍荣高中一年级生，朔的同班同学。对朔有强烈的好感。头髪会自然卷起来，在小学时被大家称为“爆炸头”，但到高中已经摆脱这个绰号。视美星为情敌并称她为“老女人”。因美星的邀请和对朔的好感而加入天文社，并在过程中喜欢上了星空。后成为天文社第三代副社长。