《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

成濑顺小时候因为不经意间说出某些话，被父亲指责导致家庭分裂，因此感到自责，不久后她遇见了突然出现的“蛋之妖精”，妖精告诉她如果再任意说话，她的人生会变得一团乱。因此施加了一说话就会肚子痛的诅咒，让她再也没有办法说话。

此后，她与其他人的沟通只是通过手机邮件进行。升上高中二年级后，顺在某天被班导任命为“地域沟通交流会”的实行委员，班导希望在交流会上表演音乐剧……

光之美少女（第1期）

运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨渚。成绩优秀，永远是班上的第一名，但有点天真的雪城穗乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，小渚和穗乃香各自遇见了不可思议的神奇生物梅普鲁和米普鲁，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。

两人被梅普鲁和米普鲁赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Precure”。性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自暗之领域的邪恶敌人展开战斗。

光之美少女 Max Heart（第2期）

新学期开始，小渚和穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的学校生活。而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。同一时间，小渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。

突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成“Precure”，而且力量居然也提升了。为了让失去记忆和原本姿态的女王恢复原样，小渚和穗乃香，以及苏醒后力量提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将和不可思议的少女，九条光展开新的故事。

保伦和光之园的长老由于发音相近，因此偶尔会把“Precure”故意说成“光之美小女（Precura）”。