以创立60年的传统而自豪的私立诚教学园，建立在一座小山上俯瞰著整个城市。不过，学园创立以来，以“旧校舍的幽灵”为首的各式各样鬼怪故事和城市传说在学生之间流传。
有一天，在校生新谷贞一遇见穿着旧式黑色水手服的女学生。那位女学生称自己正是“旧校舍的幽灵”夕子，并希望贞一协助她找出自己的死因与真相。
用语
学校怪谈
七大不可思议
旧校舍的幽灵（旧校舎の幽霊（きゅうこうしゃのゆうれい））
传闻在旧校舍有面大镜子，只要在那面前回头，就会被旧校舍的灵魂拉进去，永远在镜子里徘徊，此不可思议叙述了遗骸的位置。
捉迷藏（隠れ鬼（かくれおに））
以游戏的方式来进行一项“仪式”，有趣的是这是“一个人的游戏”。
游戏的顺序：首先要准备人偶并替它取名字，并且在学校放学后一个人都不在时举行。游戏开始首先是当鬼，在默数10秒后找出人偶，并宣告胜利：“埋藏夕子，埋进柱子里”；接下来是躲藏，在同一个校舍躲藏起来，接着规则有三：“不可离开校舍、不可发出声音、不可被找到”。想要正常结束游戏就必须对着人偶说游戏结束，如果不正确，游戏将持续下去。此不可思议叙述了活祭品一事。
神隐（神隠し（かみかくし））
在建校时期，有一位女学生意外身亡，由于不合理所导致的怨念，使她徘徊于学校内。在小此木提供的线报得知学校是建设在神社旧址上的，而女学生正因神明发怒而将她带走这样的结果。此不可思议叙述了消失的女学生。
诅咒石（呪い石（のろいいし））
传说只要在诅咒石上写上憎恨的人之名，就能咒他至死，如果发现自己的名字在上面，也会遭受诅咒而死期亦将不远。诅咒石实际是块昭和27年（1952年）的慰灵碑，纪录60年前因瘟疫而死了许多人，并且意外发现夕子的名字也在上面。此不可思议叙述了60年前为了镇瘟疫之患，而献上了活祭品夕子。
小红人（アカヒトさん）
据传是在学园祭时出现的怪人，全身沾满血迹，会跟踪逗留在学校的学生直到太阳下山，之后就会追捕那些学生，将他们的血放光并加以杀害。根据佐原对传说的了解，小红人又称作“铜人”，而铜人则是当地于江户时代的活人献祭传说中神明的使者之名。
那时人们相信土地上的灾害是土地神愤怒的表现，而这块土地为了平息神的愤怒，便会从村民中选出一位“铜人”献给神明。
异次元十三层阶梯（異次元十三階段）
传说内容为整个校园内仅有一处有13阶的阶梯，而最后的梯层就是通往异次元的入口，只要误踩其中就永远无法回来。为藏匿在被称“监狱”的废弃校舍中3楼秘密隔间的楼梯，一共13层梯阶，面前有一道门，而门通往的地方是：没有，也就是说一打开门就会面临3楼层高的临际，一不注意就会摔下去，符合“一般”怪谈的内容。真实的内容为楼梯的转折处旁有道隐藏的玄关，楼梯紧接通往的是陈列许多旧饰的小房间。实际为摆放夕子遗物的地方。
七大不思议的诅咒（七不思議の呪い）
据悉一旦知道了七大不可思议的实质内容，就会因诅咒而亡。实际情况目前有过于草率，有待调查。
其他怪谈
放学后的骚灵现象（クイックシルバー）
源自因为一个理科实验意外，使某位女学生水银中毒而死的怪谈，在漫长的痛苦而无法解脱使得女学生的亡灵会在没人的教室大肆破坏，有点类似骚灵现象。
怨念的自动电梯（怨念の自動エレベーター（おんねんのじどうエレベーター））
小此木所找寻类似骚灵现象的故事，故事是叙述曾经有学生的头被供应营养午餐的电梯夹断，因其怨恨而使自动电梯继续运转，据传被其诱惑的学生，会诱入电梯内并送往异界。实际上是因为夕子觉得很方便而在使用此电梯。
叫住之窗（呼び止め窓（よびとめまど））
下课后，经过某扇窗户时会被除了自己以外谁也听不见的声音叫住，只要在那个时候抬头仰望那扇窗户，就会与怪谈中出现的女子四眼互视。怪谈源自校内的第四校舍，生前遭到虐待霸凌的女学生于第四校舍顶楼跳楼自杀，所以只要与她四眼相对的人三天后都会在第四校舍跳楼自杀。
六年樱（六年桜（ろくねんざくら））
曾经有对要好的女学生，因注定的别离而打算在毕业前夕双双自我了结性命，之后在那个地方种了棵樱花树，每隔六年总会有不堪离别之痛的学生在此树下丧命。
归来的夕子小姐（かえってきたゆうこさん）
起源是一位名字念法相同的女学生，因为遭受欺负所引起的报复。
理化教室的人体模型（こころない人体模型（こころないじんたいもけい））
位于旧校舍的理化教室的人体模型，为了寻找缺失的心脏而在深夜里的校园四处徘徊著，据传还有工友因此而整颗心脏被挖走，隔天早上只留下没有心的尸体。没有心隐含了“没有心脏”和“缺乏人心的残酷”两种意义。最后那颗心脏在怪事调查社发现，原来是夕子带回来的..。
六点的哭声（ろくじになく声）
一旦听说过这个怪谈，将会不久人世，而唯一解除的方式就是转述给其他人。不过到目前为止只知晓其名，从没人清楚怪谈的内容。实际上只是第三新闻社玩笑用的传统。
黑暗绘画
传闻为尘封在美术室仓库，一张由幽灵所画的画作的俗称，据传看过画的人就会开始在现实中看得见那位被描绘的幽灵的身影。
画作后方题有理事长庚紫子的名字，如同字义上的意思，绘者正是理事长本人。
私立诚教学园
旧校舍
根据第一集最后的补充，可以一窥整个诚教学园，旧校舍则是位在这个校园中最里面偏近山上的地方，而调查社则是校舍侧边的一楼处。
怪事调查社（怪异调查部）
根据第一集最后的补充能看见整个调查社内部，原先是个很少人经过的储藏室，后来由夕子整理，不过还未被学校认可。
第三新闻社
小此木是该社团的社员，社长佐原自称是从“花园的最新情报到小鸡的极密信息”都无所不包的社团。
四方山八百万新闻（よもやまやおよろずしんぶん）
第三新闻社发行的刊物，可以在单行本最末页看见，会发行一些校内小轶事，以及“好吃到爆”的水果销售面，另外还小小的帮助怪事调查社做点宣传。
有趣的是第一刷的单行本第一集可以看到印错的年代（2010年（平成22年）），正确年份是平成21年。
监狱校舍
校舍扩建时期因柱子包围着看起来像监狱而衍生的戏称，现已废弃使用，同时也是三原瞧见幽灵的地点。
每集列表
| 话数 | 日文标题 | 中文标题 | 脚本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 | 总作画监督 | 预告插画 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 一之怪 | 幽霊乙女 | 幽灵少女 | 高山克彦 | 大沼心 | 楠本祐子 | 番由纪子 | 冰川へきる | |
| 二之怪 | 邂逅乙女 | 邂逅少女 | 坂本隆 | 牛岛希、长谷川享雄 古川英树、佐野惠理 |
桐原和泉 | |||
| 三之怪 | 昏黒乙女 | 昏黑少女 | 阿部纪之 | 平田丰 | 渡边亚彩美 | LLO | ||
| 四之怪 | 払暁乙女 | 拂晓少女 | 黑川智之 | 竹森由加、门智昭 深泽谦二 |
楠本祐子 | ぽんかん⑧ | ||
| 五之怪 | 憧憬乙女 | 憧憬少女 | 关根亚由实 | 渡边慎一 | 神保昌登 | 松下郁子、木下勇喜 | 柚木凉太 | |
| 六之怪 | 復讐乙女 | 复仇少女 | 坂本隆 | 山口赖房 | 野田惠、高桥贤 竹森由加、门智昭 |
番由纪子 | 勇人 | |
| 七之怪 | 忘却乙女 | 忘却少女 | 高山克彦 | 钉宫洋 | 神保昌登 | 渡边亚彩美 | ナイロン | |
| 八之怪 | 追憶乙女 | 追忆少女 | 玉村仁 | 楠本祐子、山吉幸一 竹森由加、牛岛希 |
番由纪子 楠本祐子 |
清原纮 | ||
| 九之怪 | 怨念乙女 | 怨念少女 | 黑川智之 | 山吉一幸、竹森由加 门智昭、渡边亚彩美 |
あぼしまこ | |||
| 十之怪 | 喪失乙女 | 丧失少女 | 佐山圣子 | 永冈智佳 | 松下郁子、木下勇喜 のりみそのみ |
岸田梅尔 | ||
| 十一之怪 | 紅涙乙女 | 红泪少女 | 坂本隆 | 平田丰 | 渡边亚沙美 | namo | ||
| 十二之怪 | 黄昏乙女 | 黄昏少女 | 坂本隆 | 番由纪子、楠本祐子 中本尚子 |
めいびい （片尾插画） |
|||
| 十三之怪 | 退魔乙女 | 退魔少女 | 番由纪子 | - | ||||
某天，高中生夜知春亮，从旅途中的父亲收到一个神秘的黑色立方体。那是曾接收人的负面意念而变质倒霉的道具。这个人形化后的祸具菲雅此后寄住在夜知家中，另外跟夜知家有渊源的村正此叶，努力解除诅咒而反复行善，可是却被这新报到的倒霉道具而卷进了各样的事情中。
诅咒道具
这个是以受到诅咒的道具为中心题材而展开的一个故事。
道具因长期浸淫在人类的负面意念之下，也会往负面方向变质而受到诅咒。这种受诅咒的道具也会对周围的人发挥不可思议的力量，为他们带来种种坏影响。而且当道具非常强烈地持续受到人的灵魂所发出的负面意念时，它们就能既持有道具的本身姿态，也能自由地以人类的姿态所存在。能人形化后的道具能兼有道具的特质及人类的特质，且就算诅咒解除后，因为道具本身的性质已经改变，所以人的特性也不会就此丢失。一般的道具的负面气息能自然而愈，但很难对变成人形的道具作强迫性影响。
每集列表
| 话数 | 日文标题 | 中文标题 | 脚本 | 分镜 | 演出 | 作画监督 | 片尾插画 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 第一章 | 布団に移るものを知らない | 不识被窝染上之物 | 横手美智子 | 石黑恭平 | 野田惠、山吉一幸 竹森由加、渡边亚彩美 |
后藤圭二 | |
| 第二章 | どこに、なにを、なにか | 在哪里、是什么、做什么 | 坂本隆 | 泷本祥子、牛岛希 古川英树、高原修司 |
あぼしまこ | ||
| 第三章 | 彼らの温度の二律背反 | 他们体温的二律背反 | 大沼心 | 山口赖房 | 山吉一幸、渡边亚彩美 佐野惠理、小川绘理 高原修司、松浦里美 |
えれっと | |
| 第四章 | 夜には母親と抱き枕を | 夜晚需要母亲与抱枕 | 渡边慎一 | 野田惠、山吉一幸 丸山修二、楠本祐子 中西理惠、牛岛希 宫川智惠子、佐野惠理 木下由美子、野口孝行 |
成濑守 | ||
| 第五章 | たとえ呪われても | 即使被诅咒 | 齐藤良成 | 森宫崇佳 | 齐藤良成、高原修司 竹森由加、寺尾宪治 丸山修二 |
沟口凯吉 | |
| 第六章 | 球形硝子に似て脆弱な | 像玻璃球一样脆弱 | 黑川智之 | 平田丰 | 渡边亚彩美 | 中岛有华 | |
| 第七章 | 予見者の眼に映らない | 预见者的眼睛无法看见 | 西田正义 | 山口赖房 | 野田惠、山吉一幸、高原修司 出野喜则、佐野惠理、渡边亚彩美 |
驹都英二 | |
| 第八章 | 逃れ得ぬ呪いのような― | 宛如无法逃脱的诅咒一般 | 石黑恭平 | 筑紫大介 | 宫嶋仁志、福永纯一、高桥优也 | ここのか | |
| 第九章 | 帰還者は何処か不思議な | 归来者散发者不可思议的气息 | 渡边慎一 | 福井俊介 | 吉田隆彦、山吉一幸、渡边亚彩美 高泽美佳、佐野惠理、出野喜则 |
CUTEG | |
| 第十章 | 嗜虐者は何処にもいない | 嗜虐者在哪都找不到 | 坂本隆 | 野田惠、高原修司、松浦里美 寺尾宪治、竹森由加、泷原美树 牛岛希、古川英树 |
忧姬はぐれ | ||
| 第十一章 | 狂信者は何処かにいる | 狂信者隐藏在某处 | 西田正义 | 平田丰 | 渡边亚彩美 | 兼清みわ | |
| 第十二章 | 超越者は何処にでもいる | 超越者无处不在 | 川口敬一郎 | 山口赖房 | 野田惠、齐藤良成、山吉一幸 竹森由加、高原修司、松浦里美 渡边亚彩美、堤谷典子、寺尾宪治 中西理绘、松尾慎 |
さそりがため | |
| 第十三章 （影碟限定） |
林間学校こんふゅーじょん！ | 林间学校的骚动！ | 水濑叶月 | 二瓶勇一 | 神保昌登 | 大岛美和、渡边亚彩美、寺尾宪治 野田惠、山吉一幸 |
|
故事大纲
在游戏版本中，随着选择的不同，后面剧情亦会出现极大改变。游戏共有3条主线故事：“Fate”、“Unlimited Blade Works”及“Heaven's Feel”。玩家必须依次完成篇章才可解锁下一个线路。
序章
传说，在日本的某个名叫“冬木市”的城市里，每隔数十年，会出现能实现其持有者所有愿望的宝物“圣杯”。7名魔术师(御主(マスター，Master))与7名使魔(从者(サーヴァント，Servant))签订契约，为了争夺圣杯而参与“圣杯战争”。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。但是，这场战斗和魔术是完全对公众隐藏的。
高中二年级的冬天，远坂凛继承了在上次圣杯战争中丧生的父亲的遗愿，参与圣杯战争。凛召唤了一名男性从者，但是由于他对年轻的魔术师凛采取了轻视的态度。为了使他按自己的意愿行事，凛使用了次数有限的绝对命令权：令咒。虽然由于命令抽象而效果甚微，但出于作用于他的强大魔力，这名从者承认凛是他的御主，自己是Archer(弓兵)的从者。
第二天，凛注意到学校里被设立了一个以危害校园内的人员而获得魔力为目的的结界，于是在学生不在的夜间开始调查，期间遭到了别的从者Lancer(枪兵)的攻击，Archer便与之战斗。但是，一名学生目击到了这场战斗，Lancer为了封口而杀害了那个学生。那位学生名叫卫宫士郎，因为有重要的缘分，远坂凛用父亲留下的吊坠中的魔力救下了他，但是注意到Lancer不会放过死而复生的目击者后，为了保护士郎和Archer一起赶往了士郎的家(卫宫邸)，却在卫宫邸前被新的从者袭击。那个从者是一个身材矮小的金发少女，是凛真正希望召唤的从者：Saber(剑士)。
卫宫士郎是10年前(1994年)发生的冬木市火灾的幸存者，曾由其养父教学了基本的魔术，是一名半吊子魔术师。2004年2月2日晚，士郎在夜晚的学校偶然目击了从者Archer和Lancer之间的战斗，被Lancer杀死后幸得远坂凛用父亲留下的吊坠中的魔力所救，随后回到了家。而他没死的事很快被Lancer知道，刚到家不久就被Lancer追杀。他逃到了院子里的仓库里，发现藏在地上的魔法阵发动了，无意中召唤了从者之一的Saber(剑士)，被卷入了圣杯战争。士郎希望继承在灾难中救了自己的亡父卫宫切嗣的理想，成为“正义的伙伴”。士郎同意以御主的身份参与战争，以防止其他御主造成进一步的灾难，导致十年前的悲剧再度重演。
故事结局
原著游戏中，故事结局共有45个。其中Bad ending/Dead ending出现了四十次，不过于其中一个结局中，士郎虽然死亡，此结局仅被归类于Normal End;最后五个以胜利者身份完成第五次圣杯战争的正面结局(并非所有Bad Ending士郎皆无法胜利，只是就剧情来说是属于负面结局)。而五个胜利的结局分别为：
Fate(Saber路线)
唯一结局：梦的延续
完成圣杯战争，完成与士郎的约定，破坏圣杯后，Saber终于可以放下从者的身份，微笑着对士郎说出“我爱你”。得到解脱的王回到自己的时代，归还精灵之剑，带着王的骄傲，在树下平静地安息，2006年Studio Deen制作的Fate线电视动画即以此作为结局之基础。
Unlimited Blade Works(凛路线)
True End：Brilliant Years
与士郎和Archer的相遇，使Saber坚定了自己的信念。带着对士郎的情感，Saber和Fate路线一样，继续走完她的旅途。Archer在朝阳下离去，将过去的自己托付给凛。士郎与凛经过残酷的战争后，士郎跟随凛学习魔术并定下相守一生的约定，在此结局中有透露凛即将在毕业后前往英国伦敦塔进修，并且邀约士郎一起前往伦敦，2010年制作的Unlimited Blade Works线剧场版和2014年重制的Unlimited Blade Works线电视动画即以此作为结局之基础。
Good End：Sunny Day
即使经过两次圣杯战争的血战，Saber仍未明定自己的意念，因此Saber决定借助凛与士郎的魔力，以“使魔”这种不会涉及到圣杯规定的契约留于现世。与士郎、凛过着幸福的三人生活的同时也试着寻找自己的信念。2015年ufotable公开了以此为结局的UBW动画SP。
Heaven's Feel(樱路线)
至少完成[Saber]、[凛]路线其一之结局之后才可解锁的游戏路线，所有的伏笔、真相皆于此路线中揭明，透过此路线的进程，玩家可完整的了解所谓圣杯战争真正的“样貌”。
True End：春天归来
伊莉雅丝菲尔以生命为代价留住士郎的魂魄，凛借助一个人偶使士郎复活。之后具有圣杯机能而拥有接近无限的魔力的樱以补充魔力的方式保持士郎的生命力。凛从伦敦返回后，似乎也加入进来。
在老虎道场第39回表示此线为游戏真正的结局。(奈须磨菇在后来已否定此线为真正结局。TYPE-MOON的世界是平行宇宙，即每个故事版本都可被视作“真正”发生。)
Normal End：樱之梦
士郎做出最后的投影以破坏几乎成型的圣杯，自身完全崩溃。得到救赎的樱在卫宫邸住下，一直期待与之相会，直到生命尽头。
“Réalta Nua”版追加结局
Last Episode(最后的结局)
Réalta Nua为爱尔兰语，意为新生。在2007年于PlayStation 2发售的《Réalta Nua》版本中，另追加Fate线的后续补完结局：“Last Episode”(最后的结局)。该剧情在完成全部45个结局后出现。
Saber在Fate线中完成她身为王的理想，来到理想乡。之后士郎与Saber在理想乡中再次相会。据Last Episode最后的解释，该草原即是阿瓦隆。